More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3060 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2692  BCCT family transporter  99.03 
 
 		 516 aa  1006    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.315858 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3060  BCCT transporter  100 
 
 		 516 aa  1013    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.892998  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3860  BCCT family transporter  54.04 
 
 		 519 aa  565  1e-160  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.99321  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06536  choline/carnitine/betaine transporter  51.26 
 
 		 539 aa  535  1e-151  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0815  BCCT transporter  52.41 
 
 		 530 aa  532  1e-150  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.820785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3674  BCCT transporter  52.94 
 
 		 549 aa  530  1e-149  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000659  putative glycine betaine transporter  53.54 
 
 		 528 aa  531  1e-149  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2126  BCCT transporter  52.21 
 
 		 533 aa  531  1e-149  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00109884  hitchhiker  0.00218719 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1238  BCCT transporter  51.36 
 
 		 554 aa  520  1e-146  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.332872 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1813  BCCT transporter  52.13 
 
 		 561 aa  516  1.0000000000000001e-145  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.566263 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0875  glycine betaine transporter OpuD  52.41 
 
 		 524 aa  518  1.0000000000000001e-145  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0576373  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0579  choline-glycine betaine transporter  53.19 
 
 		 519 aa  508  9.999999999999999e-143  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3383  BCCT transporter  53.19 
 
 		 514 aa  499  1e-140  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.198067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0335  BCCT transporter  48.27 
 
 		 534 aa  497  1e-139  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.568613  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5298  BCCT family osmoprotectant transporter  47.7 
 
 		 522 aa  496  1e-139  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5694  BCCT family osmoprotectant transporter  47.7 
 
 		 522 aa  496  1e-139  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5539  osmoprotectant transporter, BCCT family  47.7 
 
 		 522 aa  496  1e-139  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5577  BCCT family osmoprotectant transporter  47.5 
 
 		 522 aa  494  9.999999999999999e-139  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5125  BCCT family osmoprotectant transporter  48.7 
 
 		 522 aa  494  9.999999999999999e-139  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5237  BCCT transporter  47.41 
 
 		 522 aa  492  9.999999999999999e-139  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5625  osmoprotectant transporter, BCCT family  48.3 
 
 		 522 aa  493  9.999999999999999e-139  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5140  BCCT family osmoprotectant transporter  48.1 
 
 		 522 aa  491  1e-137  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5569  osmoprotectant transporter, BCCT family  48.01 
 
 		 522 aa  478  1e-134  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5380  osmoprotectant transporter, BCCT family  48.21 
 
 		 522 aa  480  1e-134  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.274616  normal  0.0982886 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2888  BCCT transporter  42.45 
 
 		 555 aa  405  1e-111  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.696836  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2920  BCCT transporter  44.82 
 
 		 518 aa  390  1e-107  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00190717  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2887  BCCT transporter  44.67 
 
 		 529 aa  388  1e-106  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2467  BCCT transporter  45.78 
 
 		 537 aa  384  1e-105  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_16031  hypothetical protein  38.85 
 
 		 519 aa  357  3.9999999999999996e-97  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.034717  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0251  BCCT family glycine betaine transporter  40.4 
 
 		 516 aa  330  3e-89  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0223  BCCT family glycine betaine transporter  41.37 
 
 		 518 aa  327  3e-88  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.604599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05503  choline/carnitine/betaine transporter  51.49 
 
 		 341 aa  287  2.9999999999999996e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  31.61 
 
 		 551 aa  258  1e-67  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1736  choline/carnitine/betaine transporter  33.2 
 
 		 506 aa  249  9e-65  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00814809  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2475  choline/carnitine/betaine transporter  32.38 
 
 		 538 aa  248  2e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.172611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  32.75 
 
 		 550 aa  247  3e-64  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3426  choline/carnitine/betaine transporter  32.41 
 
 		 531 aa  245  1.9999999999999999e-63  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0758867  normal  0.343027 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4324  choline/carnitine/betaine transporter  31.56 
 
 		 494 aa  244  3.9999999999999997e-63  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0920  choline/carnitine/betaine transporter  33.05 
 
 		 546 aa  239  1e-61  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0705081  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  34.13 
 
 		 661 aa  239  1e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4042  choline/carnitine/betaine transporter  30.82 
 
 		 526 aa  237  3e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  34.22 
 
 		 657 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  34.13 
 
 		 661 aa  234  3e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4027  BCCT family transporter  30.43 
 
 		 530 aa  233  9e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2261  choline/carnitine/betaine transporter  32.91 
 
 		 671 aa  232  1e-59  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  32.02 
 
 		 659 aa  232  1e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3532  choline/carnitine/betaine transporter  31.22 
 
 		 556 aa  231  2e-59  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  33.71 
 
 		 637 aa  231  2e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  32.02 
 
 		 659 aa  231  3e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  32.12 
 
 		 490 aa  230  4e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2320  choline/carnitine/betaine transporter  31.3 
 
 		 530 aa  230  4e-59  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.439021  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1904  choline/carnitine/betaine transporter  33.2 
 
 		 678 aa  229  1e-58  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.674112 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3803  choline/carnitine/betaine transporter  31.45 
 
 		 531 aa  228  3e-58  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.19587 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2255  choline/carnitine/betaine transporter  33.11 
 
 		 520 aa  228  3e-58  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2376  choline/carnitine/betaine transporter  33.05 
 
 		 508 aa  228  3e-58  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0157817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2216  choline/carnitine/betaine transporter  33.11 
 
 		 520 aa  228  3e-58  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1410  choline/carnitine/betaine transporter  32.14 
 
 		 548 aa  226  6e-58  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.0000212445  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1437  choline/carnitine/betaine transporter  32.14 
 
 		 548 aa  226  6e-58  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000110122  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  30.52 
 
 		 523 aa  225  1e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  33.57 
 
 		 545 aa  224  4e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  31.91 
 
 		 542 aa  223  6e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  0.00000108541 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22610  choline/carnitine/betaine transport  31.83 
 
 		 663 aa  222  9.999999999999999e-57  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.524203  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2119  betaine/carnitine/choline transporter family protein  33.4 
 
 		 524 aa  222  9.999999999999999e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0079  choline/carnitine/betaine transporter  31.81 
 
 		 558 aa  222  9.999999999999999e-57  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1384  choline/carnitine/betaine transporter  31.43 
 
 		 524 aa  221  1.9999999999999999e-56  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.095402  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0875  choline/carnitine/betaine transport  31.26 
 
 		 681 aa  221  1.9999999999999999e-56  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  32.03 
 
 		 667 aa  220  5e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2648  choline/carnitine/betaine transporter  30.54 
 
 		 534 aa  220  5e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2645  choline transport protein BetT  32.14 
 
 		 684 aa  219  1e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00290709  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3576  choline/carnitine/betaine transporter  31.37 
 
 		 567 aa  219  1e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.440158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4319  choline/carnitine/betaine transporter  30.73 
 
 		 534 aa  219  1e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0600  choline/carnitine/betaine transporter  33.47 
 
 		 584 aa  218  2e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000857259  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02380  choline/carnitine/betaine transport  32.48 
 
 		 664 aa  217  2.9999999999999998e-55  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.136626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0309  choline/carnitine/betaine transporter  32.14 
 
 		 552 aa  217  4e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.670789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2364  choline/carnitine/betaine transporter  32.02 
 
 		 685 aa  216  5.9999999999999996e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1512  choline transport protein BetT  29.67 
 
 		 679 aa  216  8e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0971262  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2851  choline/carnitine/betaine transporter  28.63 
 
 		 600 aa  215  9.999999999999999e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152332  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0727  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  30.68 
 
 		 681 aa  216  9.999999999999999e-55  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5241  BCCT transporter  28.39 
 
 		 665 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.151008  normal  0.0666066 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0485  choline/carnitine/betaine transporter  30.88 
 
 		 516 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000502789  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  29.86 
 
 		 538 aa  214  1.9999999999999998e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12990  choline transporter  33.04 
 
 		 653 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.283179 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  32 
 
 		 503 aa  215  1.9999999999999998e-54  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0046  glycine betaine transporter  30.82 
 
 		 532 aa  214  2.9999999999999995e-54  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.275522  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0049  choline/carnitine/betaine transporter  31.45 
 
 		 523 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.335489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5310  choline/carnitine/betaine transporter  31.3 
 
 		 698 aa  214  3.9999999999999995e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.910175  normal  0.618905 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06510  choline/carnitine/betaine transport  32.63 
 
 		 642 aa  214  3.9999999999999995e-54  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1809  choline/carnitine/betaine transporter  30.93 
 
 		 526 aa  214  3.9999999999999995e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1174  choline transporter  32.61 
 
 		 671 aa  214  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0898  BCCT family transporter  31.23 
 
 		 540 aa  213  5.999999999999999e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3436  choline/carnitine/betaine transporter  30.39 
 
 		 526 aa  213  9e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.97143  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  30.5 
 
 		 573 aa  212  1e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1805  choline/carnitine/betaine transporter  32.82 
 
 		 664 aa  212  1e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.376035  hitchhiker  0.00814736 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  33.56 
 
 		 660 aa  211  2e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0190  BCCT transporter  28.48 
 
 		 525 aa  211  2e-53  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1003  choline/carnitine/betaine transporter  31.16 
 
 		 553 aa  211  3e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.399191 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3745  choline/carnitine/betaine transporter  29.75 
 
 		 724 aa  211  3e-53  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  29.27 
 
 		 606 aa  211  3e-53  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0077  choline/carnitine/betaine transporter  34.19 
 
 		 546 aa  211  3e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0044  choline/carnitine/betaine transporter  30.72 
 
 		 610 aa  210  4e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>