More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_01010 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  100 
 
 		 573 aa  1137    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3341  choline/carnitine/betaine transporter  58.93 
 
 		 637 aa  598  1e-169  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0022  choline/carnitine/betaine transporter  55.58 
 
 		 580 aa  560  1e-158  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.499144 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18950  choline/carnitine/betaine transport  57.98 
 
 		 606 aa  556  1e-157  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.318822  normal  0.131435 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13010  choline/carnitine/betaine transport  49.11 
 
 		 603 aa  514  1e-144  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.639384 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06510  choline/carnitine/betaine transport  50.98 
 
 		 642 aa  511  1e-143  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1121  choline/carnitine/betaine transporter  50.18 
 
 		 611 aa  494  9.999999999999999e-139  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01900  choline/carnitine/betaine transport  49.72 
 
 		 619 aa  469  1.0000000000000001e-131  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  48.6 
 
 		 659 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  48.6 
 
 		 659 aa  458  1e-127  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10935  glycine betaine transport integral membrane protein betP  50.29 
 
 		 593 aa  439  9.999999999999999e-123  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  46.86 
 
 		 545 aa  440  9.999999999999999e-123  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1384  choline/carnitine/betaine transporter  48.05 
 
 		 524 aa  439  9.999999999999999e-123  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.095402  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  47.03 
 
 		 657 aa  435  1e-120  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  46.23 
 
 		 661 aa  429  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  44.49 
 
 		 637 aa  426  1e-118  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4027  BCCT family transporter  47.91 
 
 		 530 aa  424  1e-117  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  47.96 
 
 		 661 aa  422  1e-117  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2364  choline/carnitine/betaine transporter  45.7 
 
 		 685 aa  424  1e-117  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04148  secondary glycine betaine transporter BetU  48.62 
 
 		 667 aa  419  1e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1362  choline/carnitine/betaine transport  46.99 
 
 		 673 aa  419  1e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000623924  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04111  hypothetical protein  48.62 
 
 		 667 aa  419  1e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  45.56 
 
 		 667 aa  420  1e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  43 
 
 		 606 aa  415  9.999999999999999e-116  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4850  BCCT family transporter  48.43 
 
 		 667 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  46.23 
 
 		 660 aa  415  9.999999999999999e-116  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01813  Choline-glycine betaine transporter  45.22 
 
 		 656 aa  417  9.999999999999999e-116  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000594064  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  40.8 
 
 		 551 aa  416  9.999999999999999e-116  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3164  choline/carnitine/betaine transporter  47.24 
 
 		 660 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1505  choline/carnitine/betaine transporter  47.52 
 
 		 668 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1765  choline/carnitine/betaine transporter  44.55 
 
 		 573 aa  418  9.999999999999999e-116  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.582743 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0764  transporter, BCCT family  48.62 
 
 		 667 aa  418  9.999999999999999e-116  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.846408  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  44.97 
 
 		 503 aa  416  9.999999999999999e-116  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0421  choline/carnitine/betaine transporter  47.15 
 
 		 661 aa  412  1e-114  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.45567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3772  choline/carnitine/betaine transporter  44.05 
 
 		 505 aa  412  1e-114  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2741  choline/carnitine/betaine transporter  45.62 
 
 		 661 aa  415  1e-114  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4702  choline/carnitine/betaine transporter  43.69 
 
 		 583 aa  415  1e-114  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.911193  decreased coverage  0.0031512 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0044  choline/carnitine/betaine transporter  43.73 
 
 		 610 aa  415  1e-114  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2609  choline/carnitine/betaine transporter  46 
 
 		 573 aa  413  1e-114  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0501554  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  46.02 
 
 		 538 aa  412  1e-114  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3360  choline/carnitine/betaine transporter  41.63 
 
 		 676 aa  410  1e-113  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0225578  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1485  choline/carnitine/betaine transporter  42.23 
 
 		 580 aa  412  1e-113  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00724238  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1390  choline/carnitine/betaine transporter  44.42 
 
 		 582 aa  410  1e-113  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.211195 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1356  choline/carnitine/betaine transport  44.42 
 
 		 582 aa  410  1e-113  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.379286  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5032  choline/carnitine/betaine transporter  45.15 
 
 		 504 aa  410  1e-113  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1374  choline/carnitine/betaine transporter  44.42 
 
 		 582 aa  410  1e-113  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.796407  normal  0.760016 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4042  choline/carnitine/betaine transporter  40.33 
 
 		 526 aa  411  1e-113  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  44.8 
 
 		 523 aa  407  1.0000000000000001e-112  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1301  BCCT family betaine/choline/carnitine/glycine transporter  45.21 
 
 		 682 aa  408  1.0000000000000001e-112  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4045  choline/carnitine/betaine transporter  42.22 
 
 		 673 aa  408  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.158094  normal  0.57128 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0066  choline/carnitine/betaine transporter  42.6 
 
 		 583 aa  408  1.0000000000000001e-112  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.432279  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2851  choline/carnitine/betaine transporter  45.04 
 
 		 600 aa  408  1.0000000000000001e-112  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152332  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1805  choline/carnitine/betaine transporter  46.74 
 
 		 664 aa  409  1.0000000000000001e-112  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.376035  hitchhiker  0.00814736 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0174  choline/carnitine/betaine transporter  45.66 
 
 		 541 aa  407  1.0000000000000001e-112  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.525828  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3532  choline/carnitine/betaine transporter  42.65 
 
 		 556 aa  407  1.0000000000000001e-112  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4919  glycine betaine transporter  44.95 
 
 		 505 aa  403  1e-111  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4934  glycine betaine transporter  44.95 
 
 		 505 aa  403  1e-111  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1874  BCCT transporter  41.13 
 
 		 676 aa  405  1e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0838618  normal  0.235512 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5329  glycine betaine transporter  44.95 
 
 		 505 aa  403  1e-111  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.52581e-23 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1109  choline/carnitine/betaine transporter  40.78 
 
 		 676 aa  404  1e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.507446  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1542  choline/carnitine/betaine transporter  46.81 
 
 		 658 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.869304  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2804  choline/carnitine/betaine transporter  46.81 
 
 		 658 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1364  BCCT family transporter  40.66 
 
 		 676 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6409  choline/carnitine/betaine transporter  41.12 
 
 		 585 aa  400  9.999999999999999e-111  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5593  glycine betaine transporter  44.86 
 
 		 504 aa  402  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000183656 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5089  glycine betaine transporter  44.95 
 
 		 505 aa  402  9.999999999999999e-111  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3426  choline/carnitine/betaine transporter  46.26 
 
 		 531 aa  402  9.999999999999999e-111  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0758867  normal  0.343027 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  41.91 
 
 		 542 aa  402  9.999999999999999e-111  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  0.00000108541 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0971  choline/carnitine/betaine transporter  40.66 
 
 		 676 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.745252  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4430  choline/carnitine/betaine transporter  41.83 
 
 		 691 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  41.96 
 
 		 550 aa  401  9.999999999999999e-111  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5411  glycine betaine transporter  44.74 
 
 		 505 aa  402  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5479  glycine betaine transporter  44.95 
 
 		 505 aa  402  9.999999999999999e-111  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.231091  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0875  choline/carnitine/betaine transport  41.47 
 
 		 681 aa  399  9.999999999999999e-111  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5363  glycine betaine transporter  44.86 
 
 		 504 aa  402  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1859  BCCT family transporter  40.66 
 
 		 676 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1576  choline/carnitine/betaine transporter  46.81 
 
 		 658 aa  402  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.823699 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5310  choline/carnitine/betaine transporter  41.9 
 
 		 698 aa  400  9.999999999999999e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.910175  normal  0.618905 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0407  BCCT family transporter  40.58 
 
 		 716 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2475  choline/carnitine/betaine transporter  40.37 
 
 		 538 aa  401  9.999999999999999e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.172611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0234  BCCT family transporter  40.58 
 
 		 716 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1610  hypothetical protein  43.71 
 
 		 646 aa  396  1e-109  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00096761  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5358  glycine betaine transporter  44.86 
 
 		 505 aa  399  1e-109  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1774  BCCT family transporter  40.66 
 
 		 676 aa  399  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0841224  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0727  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  38.68 
 
 		 681 aa  396  1e-109  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0328  choline/carnitine/betaine transporter  40.66 
 
 		 676 aa  399  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.140196  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2676  choline/carnitine/betaine transporter  41.46 
 
 		 582 aa  396  1e-109  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1441  choline/carnitine/betaine transporter  46.11 
 
 		 658 aa  396  1e-109  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4210  choline/carnitine/betaine transport  41.44 
 
 		 676 aa  396  1e-109  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.157306  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2098  choline/carnitine/betaine transporter  46.32 
 
 		 498 aa  399  1e-109  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3576  choline/carnitine/betaine transporter  42.8 
 
 		 567 aa  397  1e-109  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.440158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4156  choline/carnitine/betaine transporter  41.44 
 
 		 676 aa  396  1e-109  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87836  normal  0.0109397 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1175  choline/carnitine/betaine transport  46.92 
 
 		 658 aa  396  1e-109  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0833615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1546  choline/carnitine/betaine transporter  46.61 
 
 		 658 aa  397  1e-109  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2105  choline/carnitine/betaine transporter  44.89 
 
 		 581 aa  396  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3628  choline/carnitine/betaine transporter  44.89 
 
 		 581 aa  395  1e-108  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2288  choline/carnitine/betaine transporter  44.89 
 
 		 582 aa  395  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.529795 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1337  choline/carnitine/betaine transport  43.84 
 
 		 687 aa  392  1e-108  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2376  choline/carnitine/betaine transporter  43.06 
 
 		 508 aa  393  1e-108  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0157817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2719  choline/carnitine/betaine transporter  45.82 
 
 		 658 aa  393  1e-108  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>