More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PsycPRwf_0877 on replicon NC_009524
Organism: Psychrobacter sp. PRwf-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  73.39 
 
 		 550 aa  791    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  73.63 
 
 		 551 aa  837    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  100 
 
 		 542 aa  1090    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  0.00000108541 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  49.59 
 
 		 659 aa  504  1e-141  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  49.59 
 
 		 659 aa  503  1e-141  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  50.72 
 
 		 545 aa  499  1e-140  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  48.5 
 
 		 538 aa  488  1e-136  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  49.19 
 
 		 657 aa  487  1e-136  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0174  choline/carnitine/betaine transporter  49.32 
 
 		 541 aa  478  1e-133  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.525828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1441  choline/carnitine/betaine transporter  50.47 
 
 		 658 aa  474  1e-132  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1576  choline/carnitine/betaine transporter  50.1 
 
 		 658 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.823699 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3164  choline/carnitine/betaine transporter  48.85 
 
 		 660 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01813  Choline-glycine betaine transporter  44.79 
 
 		 656 aa  472  1.0000000000000001e-131  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000594064  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1542  choline/carnitine/betaine transporter  50.1 
 
 		 658 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.869304  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2804  choline/carnitine/betaine transporter  50.1 
 
 		 658 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1505  choline/carnitine/betaine transporter  49.13 
 
 		 668 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  48.01 
 
 		 661 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1301  BCCT family betaine/choline/carnitine/glycine transporter  48.55 
 
 		 682 aa  463  1e-129  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1362  choline/carnitine/betaine transport  48.38 
 
 		 673 aa  463  1e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000623924  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2741  choline/carnitine/betaine transporter  47.98 
 
 		 661 aa  462  1e-129  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1546  choline/carnitine/betaine transporter  49.9 
 
 		 658 aa  464  1e-129  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2364  choline/carnitine/betaine transporter  48.66 
 
 		 685 aa  463  1e-129  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4042  choline/carnitine/betaine transporter  45.51 
 
 		 526 aa  459  9.999999999999999e-129  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  45.29 
 
 		 667 aa  460  9.999999999999999e-129  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  47.71 
 
 		 661 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1384  choline/carnitine/betaine transporter  48.2 
 
 		 524 aa  458  9.999999999999999e-129  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.095402  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  47.44 
 
 		 660 aa  458  1e-127  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2552  choline/carnitine/betaine transporter  48.77 
 
 		 658 aa  458  1e-127  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000125111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2619  choline/carnitine/betaine transporter  48.58 
 
 		 658 aa  455  1e-127  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000908403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2719  choline/carnitine/betaine transporter  48.77 
 
 		 658 aa  457  1e-127  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0421  choline/carnitine/betaine transporter  48.57 
 
 		 661 aa  454  1.0000000000000001e-126  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.45567  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  45.55 
 
 		 606 aa  453  1.0000000000000001e-126  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  45.78 
 
 		 637 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0154  choline/carnitine/betaine transporter  46.64 
 
 		 682 aa  449  1e-125  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1805  choline/carnitine/betaine transporter  48.41 
 
 		 664 aa  450  1e-125  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.376035  hitchhiker  0.00814736 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04148  secondary glycine betaine transporter BetU  49.29 
 
 		 667 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04111  hypothetical protein  49.29 
 
 		 667 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  46.22 
 
 		 503 aa  446  1.0000000000000001e-124  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4850  BCCT family transporter  49.29 
 
 		 667 aa  445  1e-123  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1055  choline/carnitine/betaine transporter  50 
 
 		 520 aa  442  1e-123  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.144567  normal  0.0392371 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1077  choline/carnitine/betaine transport  48.55 
 
 		 682 aa  442  1e-123  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.892042  normal  0.109945 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0764  transporter, BCCT family  49.29 
 
 		 667 aa  445  1e-123  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.846408  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1337  choline/carnitine/betaine transport  48.45 
 
 		 687 aa  442  9.999999999999999e-123  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1175  choline/carnitine/betaine transport  48.05 
 
 		 658 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0833615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  46.2 
 
 		 523 aa  430  1e-119  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4027  BCCT family transporter  43.33 
 
 		 530 aa  432  1e-119  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2098  choline/carnitine/betaine transporter  45.05 
 
 		 498 aa  429  1e-119  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3107  choline/carnitine/betaine transporter  46.96 
 
 		 539 aa  431  1e-119  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1610  hypothetical protein  44.69 
 
 		 646 aa  429  1e-119  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00096761  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2648  choline/carnitine/betaine transporter  45.11 
 
 		 534 aa  426  1e-118  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0240  choline/carnitine/betaine transporter  47.31 
 
 		 662 aa  427  1e-118  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.167365  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5310  choline/carnitine/betaine transporter  43.78 
 
 		 698 aa  423  1e-117  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.910175  normal  0.618905 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5374  choline/carnitine/betaine transporter family protein  41.86 
 
 		 567 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.985383  normal  0.22306 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  41.91 
 
 		 573 aa  423  1e-117  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0066  choline/carnitine/betaine transporter  43.95 
 
 		 583 aa  419  1e-116  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.432279  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2475  choline/carnitine/betaine transporter  41.15 
 
 		 538 aa  419  1e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.172611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01511  putative high-affinity choline transport protein  46.38 
 
 		 676 aa  421  1e-116  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1874  BCCT transporter  43.89 
 
 		 676 aa  419  1e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0838618  normal  0.235512 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3360  choline/carnitine/betaine transporter  43.08 
 
 		 676 aa  420  1e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0225578  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3532  choline/carnitine/betaine transporter  42.09 
 
 		 556 aa  420  1e-116  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4045  choline/carnitine/betaine transporter  43.98 
 
 		 673 aa  420  1e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.158094  normal  0.57128 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0160  choline/carnitine/betaine transporter  44.38 
 
 		 497 aa  419  1e-116  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1736  choline/carnitine/betaine transporter  41.73 
 
 		 506 aa  415  9.999999999999999e-116  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00814809  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4919  glycine betaine transporter  44.4 
 
 		 505 aa  417  9.999999999999999e-116  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4934  glycine betaine transporter  44.4 
 
 		 505 aa  417  9.999999999999999e-116  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5411  glycine betaine transporter  44.4 
 
 		 505 aa  417  9.999999999999999e-116  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3576  choline/carnitine/betaine transporter  43.08 
 
 		 567 aa  416  9.999999999999999e-116  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.440158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5329  glycine betaine transporter  44.4 
 
 		 505 aa  417  9.999999999999999e-116  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.52581e-23 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3772  choline/carnitine/betaine transporter  45.18 
 
 		 505 aa  414  1e-114  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2667  choline/carnitine/betaine transporter  40.93 
 
 		 606 aa  413  1e-114  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0383388 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5358  glycine betaine transporter  44.2 
 
 		 505 aa  415  1e-114  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5089  glycine betaine transporter  44.2 
 
 		 505 aa  414  1e-114  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5479  glycine betaine transporter  44.2 
 
 		 505 aa  414  1e-114  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.231091  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1109  choline/carnitine/betaine transporter  42.28 
 
 		 676 aa  412  1e-114  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.507446  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5593  glycine betaine transporter  44 
 
 		 504 aa  415  1e-114  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000183656 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5363  glycine betaine transporter  44 
 
 		 504 aa  414  1e-114  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0600  choline/carnitine/betaine transporter  44.98 
 
 		 584 aa  409  1e-113  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000857259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4210  choline/carnitine/betaine transport  43.08 
 
 		 676 aa  410  1e-113  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.157306  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0224  high-affinity choline transport protein  44.72 
 
 		 644 aa  411  1e-113  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0309  choline/carnitine/betaine transporter  43.37 
 
 		 552 aa  410  1e-113  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.670789  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13010  choline/carnitine/betaine transport  42.64 
 
 		 603 aa  410  1e-113  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.639384 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4156  choline/carnitine/betaine transporter  43.08 
 
 		 676 aa  410  1e-113  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87836  normal  0.0109397 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4430  choline/carnitine/betaine transporter  43.08 
 
 		 691 aa  412  1e-113  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1774  BCCT family transporter  42.77 
 
 		 676 aa  402  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0841224  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2003  choline/carnitine/betaine transport family protein  46.28 
 
 		 535 aa  404  1e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2216  choline/carnitine/betaine transporter  42.92 
 
 		 520 aa  402  1e-111  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1364  BCCT family transporter  42.77 
 
 		 676 aa  403  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0971  choline/carnitine/betaine transporter  42.77 
 
 		 676 aa  403  1e-111  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.745252  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0727  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  39.52 
 
 		 681 aa  405  1e-111  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0328  choline/carnitine/betaine transporter  42.77 
 
 		 676 aa  402  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.140196  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5032  choline/carnitine/betaine transporter  43.09 
 
 		 504 aa  403  1e-111  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0875  choline/carnitine/betaine transport  40 
 
 		 681 aa  404  1e-111  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1174  choline transporter  40.86 
 
 		 671 aa  402  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0485  choline/carnitine/betaine transporter  43.8 
 
 		 516 aa  402  1e-111  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000502789  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2255  choline/carnitine/betaine transporter  42.92 
 
 		 520 aa  402  1e-111  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0407  BCCT family transporter  42.77 
 
 		 716 aa  403  1e-111  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0077  choline/carnitine/betaine transporter  45.39 
 
 		 546 aa  404  1e-111  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1859  BCCT family transporter  42.69 
 
 		 676 aa  403  1e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0234  BCCT family transporter  42.77 
 
 		 716 aa  403  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0046  glycine betaine transporter  44.11 
 
 		 532 aa  400  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.275522  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>