More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3957 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_04148  secondary glycine betaine transporter BetU  65.45 
 
 		 667 aa  858    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  100 
 
 		 657 aa  1328    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3164  choline/carnitine/betaine transporter  55.32 
 
 		 660 aa  694    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  82.12 
 
 		 661 aa  1092    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1441  choline/carnitine/betaine transporter  56.92 
 
 		 658 aa  702    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4850  BCCT family transporter  65.15 
 
 		 667 aa  856    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0224  high-affinity choline transport protein  49.92 
 
 		 644 aa  666    Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0421  choline/carnitine/betaine transporter  55.19 
 
 		 661 aa  663    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.45567  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04111  hypothetical protein  65.45 
 
 		 667 aa  858    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1301  BCCT family betaine/choline/carnitine/glycine transporter  50.69 
 
 		 682 aa  654    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1337  choline/carnitine/betaine transport  51.84 
 
 		 687 aa  663    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  62.18 
 
 		 660 aa  836    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1576  choline/carnitine/betaine transporter  57.43 
 
 		 658 aa  701    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.823699 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1610  hypothetical protein  52.23 
 
 		 646 aa  698    Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00096761  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1362  choline/carnitine/betaine transport  55.32 
 
 		 673 aa  677    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000623924  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1805  choline/carnitine/betaine transporter  66 
 
 		 664 aa  850    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.376035  hitchhiker  0.00814736 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  54.6 
 
 		 659 aa  692    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  57.75 
 
 		 637 aa  766    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01813  Choline-glycine betaine transporter  55.74 
 
 		 656 aa  758    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000594064  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  50.77 
 
 		 667 aa  660    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2552  choline/carnitine/betaine transporter  55.38 
 
 		 658 aa  684    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000125111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2619  choline/carnitine/betaine transporter  55.38 
 
 		 658 aa  678    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000908403  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  54.6 
 
 		 659 aa  692    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  82.12 
 
 		 661 aa  1096    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2719  choline/carnitine/betaine transporter  55.38 
 
 		 658 aa  683    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1542  choline/carnitine/betaine transporter  57.43 
 
 		 658 aa  700    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.869304  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1175  choline/carnitine/betaine transport  55.64 
 
 		 658 aa  656    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0833615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0764  transporter, BCCT family  65.3 
 
 		 667 aa  857    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.846408  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1505  choline/carnitine/betaine transporter  54.55 
 
 		 668 aa  689    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1546  choline/carnitine/betaine transporter  57.27 
 
 		 658 aa  697    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0154  choline/carnitine/betaine transporter  52.28 
 
 		 682 aa  678    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2364  choline/carnitine/betaine transporter  49.85 
 
 		 685 aa  639    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2741  choline/carnitine/betaine transporter  55.71 
 
 		 661 aa  689    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2804  choline/carnitine/betaine transporter  57.43 
 
 		 658 aa  700    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1174  choline transporter  48.93 
 
 		 671 aa  632  1e-180  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12990  choline transporter  48.78 
 
 		 653 aa  630  1e-179  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.283179 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0247  BCCT transporter  46.85 
 
 		 666 aa  622  1e-177  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.442957  normal  0.516419 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1077  choline/carnitine/betaine transport  49.77 
 
 		 682 aa  615  1e-175  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.892042  normal  0.109945 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5269  choline transporter  45.86 
 
 		 664 aa  611  1e-173  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4827  BCCT transporter  46.01 
 
 		 664 aa  611  1e-173  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.767861 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0734  choline/carnitine/betaine transporter  72.01 
 
 		 426 aa  608  1e-173  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.797641  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01511  putative high-affinity choline transport protein  49.38 
 
 		 676 aa  604  1.0000000000000001e-171  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0240  choline/carnitine/betaine transporter  47.67 
 
 		 662 aa  602  1.0000000000000001e-171  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.167365  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2645  choline transport protein BetT  46.59 
 
 		 684 aa  598  1e-169  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00290709  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5310  choline/carnitine/betaine transporter  47.4 
 
 		 698 aa  590  1e-167  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.910175  normal  0.618905 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0223  choline transport protein BetT  46.36 
 
 		 686 aa  576  1.0000000000000001e-163  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0253  choline/carnitine/betaine transporter  45.2 
 
 		 667 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.984352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3360  choline/carnitine/betaine transporter  47.16 
 
 		 676 aa  575  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0225578  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1109  choline/carnitine/betaine transporter  46.92 
 
 		 676 aa  574  1.0000000000000001e-162  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.507446  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4430  choline/carnitine/betaine transporter  47.54 
 
 		 691 aa  574  1.0000000000000001e-162  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2299  choline/carnitine/betaine transporter  45.58 
 
 		 659 aa  574  1.0000000000000001e-162  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.944514  normal  0.189875 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0229  choline/carnitine/betaine transporter  45.64 
 
 		 653 aa  568  1e-161  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00896074 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0244  choline/carnitine/betaine transporter  45.2 
 
 		 667 aa  571  1e-161  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.300044  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0875  choline/carnitine/betaine transport  42.63 
 
 		 681 aa  566  1e-160  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4983  choline/carnitine/betaine transporter  45.18 
 
 		 665 aa  567  1e-160  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.684113  normal  0.911624 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4045  choline/carnitine/betaine transporter  47 
 
 		 673 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.158094  normal  0.57128 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2603  choline transport protein BetT  44.33 
 
 		 685 aa  565  1.0000000000000001e-159  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.158704 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4210  choline/carnitine/betaine transport  47.31 
 
 		 676 aa  565  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.157306  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4156  choline/carnitine/betaine transporter  47.31 
 
 		 676 aa  565  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87836  normal  0.0109397 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1874  BCCT transporter  46.54 
 
 		 676 aa  559  1e-158  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0838618  normal  0.235512 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0328  choline/carnitine/betaine transporter  47.08 
 
 		 676 aa  555  1e-157  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.140196  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1774  BCCT family transporter  47.08 
 
 		 676 aa  555  1e-157  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0841224  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1859  BCCT family transporter  46.92 
 
 		 676 aa  554  1e-156  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1512  choline transport protein BetT  43.46 
 
 		 679 aa  553  1e-156  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0971262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1364  BCCT family transporter  46.92 
 
 		 676 aa  553  1e-156  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0971  choline/carnitine/betaine transporter  46.92 
 
 		 676 aa  553  1e-156  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.745252  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0727  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  40.88 
 
 		 681 aa  553  1e-156  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3745  choline/carnitine/betaine transporter  43.86 
 
 		 724 aa  552  1e-156  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0407  BCCT family transporter  46.92 
 
 		 716 aa  554  1e-156  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0234  BCCT family transporter  46.92 
 
 		 716 aa  554  1e-156  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2557  choline transport protein BetT  43.62 
 
 		 677 aa  550  1e-155  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.592172  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00270  choline transporter of high affinity  42.02 
 
 		 677 aa  547  1e-154  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3292  choline/carnitine/betaine transporter  42.02 
 
 		 677 aa  547  1e-154  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0331  choline transport protein BetT  42.02 
 
 		 677 aa  547  1e-154  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0376  choline transport protein BetT  42.02 
 
 		 677 aa  547  1e-154  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0597337 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0373  choline transport protein BetT  42.02 
 
 		 677 aa  547  1e-154  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.834443  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3309  choline transport protein BetT  42.02 
 
 		 677 aa  547  1e-154  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00273  hypothetical protein  42.02 
 
 		 677 aa  547  1e-154  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3496  choline/carnitine/betaine transporter  43.65 
 
 		 724 aa  547  1e-154  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.81429 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0345  choline transport protein BetT  42.02 
 
 		 677 aa  548  1e-154  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4280  choline/carnitine/betaine transporter  43.52 
 
 		 720 aa  543  1e-153  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.692689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2828  choline transport protein BetT  42.71 
 
 		 682 aa  538  1e-151  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2914  choline transport protein BetT  42.71 
 
 		 682 aa  538  1e-151  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.929761  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5241  BCCT transporter  43.2 
 
 		 665 aa  534  1e-150  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.151008  normal  0.0666066 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23270  choline/carnitine/betaine transport  44.7 
 
 		 695 aa  535  1e-150  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0746939  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5061  choline/carnitine/betaine transporter  40.96 
 
 		 667 aa  531  1e-149  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4934  choline/carnitine/betaine transporter  40.42 
 
 		 667 aa  530  1e-149  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.205263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5112  choline/carnitine/betaine transporter  40.51 
 
 		 667 aa  526  1e-148  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.181568  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0404  choline/carnitine/betaine transporter  40.81 
 
 		 667 aa  528  1e-148  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.766464 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3308  choline/carnitine/betaine transporter  44.68 
 
 		 698 aa  519  1e-146  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.634741 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2792  choline/carnitine/betaine transporter  42.79 
 
 		 711 aa  516  1.0000000000000001e-145  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1709  choline/carnitine/betaine transporter  44.58 
 
 		 697 aa  508  9.999999999999999e-143  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.227681  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  51.23 
 
 		 545 aa  496  1e-139  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  48.21 
 
 		 551 aa  489  1e-137  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1919  choline/carnitine/betaine transporter  37.12 
 
 		 750 aa  480  1e-134  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  49.41 
 
 		 538 aa  476  1e-133  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  49.1 
 
 		 550 aa  468  9.999999999999999e-131  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  49.19 
 
 		 542 aa  468  9.999999999999999e-131  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  0.00000108541 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22520  choline/carnitine/betaine transport  39.68 
 
 		 748 aa  462  1e-129  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  decreased coverage  0.00223968  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0077  choline/carnitine/betaine transporter  52.97 
 
 		 546 aa  465  1e-129  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>