More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_4280 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00270  choline transporter of high affinity  56.14 
 
 
677 aa  795    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3292  choline/carnitine/betaine transporter  56.14 
 
 
677 aa  795    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0345  choline transport protein BetT  56.14 
 
 
677 aa  795    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3309  choline transport protein BetT  56.14 
 
 
677 aa  795    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2792  choline/carnitine/betaine transporter  52.1 
 
 
711 aa  719    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2914  choline transport protein BetT  55.41 
 
 
682 aa  765    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.929761  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22520  choline/carnitine/betaine transport  47.92 
 
 
748 aa  664    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  decreased coverage  0.00223968  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00273  hypothetical protein  56.14 
 
 
677 aa  795    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0223  choline transport protein BetT  49.93 
 
 
686 aa  698    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0331  choline transport protein BetT  56.14 
 
 
677 aa  795    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2645  choline transport protein BetT  53.12 
 
 
684 aa  739    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00290709  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0376  choline transport protein BetT  56.14 
 
 
677 aa  795    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0597337 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4280  choline/carnitine/betaine transporter  100 
 
 
720 aa  1446    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.692689  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2603  choline transport protein BetT  51.47 
 
 
685 aa  685    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.158704 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23270  choline/carnitine/betaine transport  71.05 
 
 
695 aa  988    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0746939  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3496  choline/carnitine/betaine transporter  58.65 
 
 
724 aa  825    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.81429 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1512  choline transport protein BetT  55.7 
 
 
679 aa  790    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0971262  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2828  choline transport protein BetT  54.66 
 
 
682 aa  765    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3745  choline/carnitine/betaine transporter  58.65 
 
 
724 aa  835    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0373  choline transport protein BetT  56.14 
 
 
677 aa  795    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.834443  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2557  choline transport protein BetT  56.6 
 
 
677 aa  784    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.592172  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31680  choline/carnitine/betaine transport  66.15 
 
 
534 aa  708    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.130775  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1709  choline/carnitine/betaine transporter  57.61 
 
 
697 aa  736    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.227681  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3281  choline/carnitine/betaine transporter  44.9 
 
 
751 aa  621  1e-176  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0983086  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1919  choline/carnitine/betaine transporter  43.94 
 
 
750 aa  620  1e-176  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1174  choline transporter  46.61 
 
 
671 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12990  choline transporter  46.83 
 
 
653 aa  605  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.283179 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5269  choline transporter  45.51 
 
 
664 aa  587  1e-166  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4827  BCCT transporter  45.36 
 
 
664 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.767861 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0247  BCCT transporter  45.43 
 
 
666 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.442957  normal  0.516419 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0727  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  42.03 
 
 
681 aa  561  1e-158  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4983  choline/carnitine/betaine transporter  45.33 
 
 
665 aa  552  1e-156  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.684113  normal  0.911624 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0875  choline/carnitine/betaine transport  43.11 
 
 
681 aa  555  1e-156  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0253  choline/carnitine/betaine transporter  45.06 
 
 
667 aa  548  1e-154  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.984352  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0244  choline/carnitine/betaine transporter  45.01 
 
 
667 aa  548  1e-154  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.300044  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  44.67 
 
 
661 aa  546  1e-154  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0229  choline/carnitine/betaine transporter  45.1 
 
 
653 aa  543  1e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00896074 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  43.52 
 
 
657 aa  543  1e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  44.3 
 
 
661 aa  538  1e-151  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  43.03 
 
 
660 aa  538  1e-151  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2299  choline/carnitine/betaine transporter  44.54 
 
 
659 aa  532  1e-149  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.944514  normal  0.189875 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  41.56 
 
 
637 aa  528  1e-148  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1805  choline/carnitine/betaine transporter  43.86 
 
 
664 aa  521  1e-146  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.376035  hitchhiker  0.00814736 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04148  secondary glycine betaine transporter BetU  42.92 
 
 
667 aa  509  1e-143  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0764  transporter, BCCT family  42.92 
 
 
667 aa  509  1e-143  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.846408  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4850  BCCT family transporter  43.07 
 
 
667 aa  510  1e-143  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04111  hypothetical protein  42.92 
 
 
667 aa  509  1e-143  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  40.03 
 
 
667 aa  506  9.999999999999999e-143  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0404  choline/carnitine/betaine transporter  40.21 
 
 
667 aa  504  1e-141  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.766464 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5241  BCCT transporter  42.31 
 
 
665 aa  503  1e-141  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.151008  normal  0.0666066 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1610  hypothetical protein  38.4 
 
 
646 aa  503  1e-141  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00096761  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5061  choline/carnitine/betaine transporter  39.91 
 
 
667 aa  501  1e-140  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536897  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5112  choline/carnitine/betaine transporter  39.91 
 
 
667 aa  501  1e-140  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.181568  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4934  choline/carnitine/betaine transporter  39.76 
 
 
667 aa  496  1e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.205263  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01813  Choline-glycine betaine transporter  39.76 
 
 
656 aa  498  1e-139  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000594064  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  40.21 
 
 
659 aa  495  9.999999999999999e-139  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  40.21 
 
 
659 aa  495  9.999999999999999e-139  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0421  choline/carnitine/betaine transporter  42.42 
 
 
661 aa  483  1e-135  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.45567  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0154  choline/carnitine/betaine transporter  39.61 
 
 
682 aa  480  1e-134  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3164  choline/carnitine/betaine transporter  39.56 
 
 
660 aa  473  1e-132  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1505  choline/carnitine/betaine transporter  39.46 
 
 
668 aa  472  1.0000000000000001e-131  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01511  putative high-affinity choline transport protein  39.47 
 
 
676 aa  470  1.0000000000000001e-131  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2741  choline/carnitine/betaine transporter  39.22 
 
 
661 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1175  choline/carnitine/betaine transport  40.9 
 
 
658 aa  464  1e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0833615  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1542  choline/carnitine/betaine transporter  39.24 
 
 
658 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.869304  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2804  choline/carnitine/betaine transporter  39.24 
 
 
658 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1441  choline/carnitine/betaine transporter  38.67 
 
 
658 aa  462  9.999999999999999e-129  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1337  choline/carnitine/betaine transport  39.25 
 
 
687 aa  461  9.999999999999999e-129  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0224  high-affinity choline transport protein  35.4 
 
 
644 aa  460  9.999999999999999e-129  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1576  choline/carnitine/betaine transporter  39.04 
 
 
658 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.823699 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1301  BCCT family betaine/choline/carnitine/glycine transporter  38.48 
 
 
682 aa  457  1e-127  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2552  choline/carnitine/betaine transporter  39.03 
 
 
658 aa  457  1e-127  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000125111  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2619  choline/carnitine/betaine transporter  39.13 
 
 
658 aa  456  1e-127  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000908403  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2719  choline/carnitine/betaine transporter  39.03 
 
 
658 aa  457  1e-127  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1546  choline/carnitine/betaine transporter  38.74 
 
 
658 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2364  choline/carnitine/betaine transporter  39.97 
 
 
685 aa  455  1.0000000000000001e-126  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6160  choline transporter BetT  46.49 
 
 
534 aa  451  1e-125  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0240  choline/carnitine/betaine transporter  39.27 
 
 
662 aa  449  1e-125  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.167365  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1109  choline/carnitine/betaine transporter  37.23 
 
 
676 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.507446  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1362  choline/carnitine/betaine transport  39.08 
 
 
673 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000623924  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5310  choline/carnitine/betaine transporter  38.45 
 
 
698 aa  449  1.0000000000000001e-124  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.910175  normal  0.618905 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1077  choline/carnitine/betaine transport  38.3 
 
 
682 aa  441  9.999999999999999e-123  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.892042  normal  0.109945 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4430  choline/carnitine/betaine transporter  38.53 
 
 
691 aa  438  1e-121  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1774  BCCT family transporter  37.54 
 
 
676 aa  433  1e-120  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0841224  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1859  BCCT family transporter  37.54 
 
 
676 aa  433  1e-120  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0971  choline/carnitine/betaine transporter  37.54 
 
 
676 aa  433  1e-120  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.745252  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0328  choline/carnitine/betaine transporter  37.54 
 
 
676 aa  433  1e-120  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.140196  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0407  BCCT family transporter  37.23 
 
 
716 aa  435  1e-120  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1364  BCCT family transporter  37.54 
 
 
676 aa  433  1e-120  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3360  choline/carnitine/betaine transporter  37.78 
 
 
676 aa  434  1e-120  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0225578  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0234  BCCT family transporter  37.23 
 
 
716 aa  435  1e-120  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70980  choline transporter BetT  45.95 
 
 
516 aa  427  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.92652 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1874  BCCT transporter  37.5 
 
 
676 aa  423  1e-117  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0838618  normal  0.235512 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3308  choline/carnitine/betaine transporter  37.82 
 
 
698 aa  423  1e-117  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.634741 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4045  choline/carnitine/betaine transporter  36.83 
 
 
673 aa  420  1e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.158094  normal  0.57128 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4210  choline/carnitine/betaine transport  37.64 
 
 
676 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.157306  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4156  choline/carnitine/betaine transporter  37.64 
 
 
676 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87836  normal  0.0109397 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1835  choline/carnitine/betaine transporter  42.94 
 
 
516 aa  399  9.999999999999999e-111  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.484388 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1835  choline/carnitine/betaine transporter  33.74 
 
 
671 aa  378  1e-103  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.314511  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  39.02 
 
 
545 aa  367  1e-100  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>