More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_2667 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013172  Bfae_03700  choline/carnitine/betaine transport  71.57 
 
 
600 aa  828    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04020  choline/carnitine/betaine transport  57.12 
 
 
609 aa  666    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0187444  normal  0.0477577 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2667  choline/carnitine/betaine transporter  100 
 
 
606 aa  1209    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0383388 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3532  choline/carnitine/betaine transporter  59.42 
 
 
556 aa  624  1e-177  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13950  choline/carnitine/betaine transport  52.09 
 
 
568 aa  550  1e-155  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.626795  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11170  dephospho-CoA kinase  50.09 
 
 
789 aa  550  1e-155  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.901477  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3107  choline/carnitine/betaine transporter  46.69 
 
 
539 aa  478  1e-133  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  43.07 
 
 
657 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  44.73 
 
 
661 aa  422  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  41.14 
 
 
659 aa  422  1e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  41.14 
 
 
659 aa  422  1e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  45.04 
 
 
661 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  43.74 
 
 
545 aa  415  1e-114  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  40.76 
 
 
551 aa  411  1e-113  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  43.72 
 
 
637 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1805  choline/carnitine/betaine transporter  41.06 
 
 
664 aa  399  9.999999999999999e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.376035  hitchhiker  0.00814736 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  39.85 
 
 
660 aa  399  9.999999999999999e-111  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  42.35 
 
 
667 aa  401  9.999999999999999e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  42.75 
 
 
538 aa  401  9.999999999999999e-111  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  40.56 
 
 
542 aa  398  1e-109  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  0.00000108541 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  41.38 
 
 
550 aa  395  1e-108  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  40.76 
 
 
606 aa  390  1e-107  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2364  choline/carnitine/betaine transporter  39.55 
 
 
685 aa  390  1e-107  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0174  choline/carnitine/betaine transporter  41.43 
 
 
541 aa  392  1e-107  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.525828  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04148  secondary glycine betaine transporter BetU  39.51 
 
 
667 aa  387  1e-106  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4850  BCCT family transporter  39.34 
 
 
667 aa  386  1e-106  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04111  hypothetical protein  39.51 
 
 
667 aa  387  1e-106  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1505  choline/carnitine/betaine transporter  39.46 
 
 
668 aa  387  1e-106  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3576  choline/carnitine/betaine transporter  42.86 
 
 
567 aa  387  1e-106  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.440158  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3164  choline/carnitine/betaine transporter  38.05 
 
 
660 aa  382  1e-105  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1512  choline transport protein BetT  40.35 
 
 
679 aa  384  1e-105  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0971262  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0764  transporter, BCCT family  39.51 
 
 
667 aa  385  1e-105  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.846408  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00270  choline transporter of high affinity  37.16 
 
 
677 aa  380  1e-104  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3292  choline/carnitine/betaine transporter  37.16 
 
 
677 aa  380  1e-104  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3309  choline transport protein BetT  37.16 
 
 
677 aa  380  1e-104  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0331  choline transport protein BetT  37.16 
 
 
677 aa  380  1e-104  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0376  choline transport protein BetT  37.16 
 
 
677 aa  380  1e-104  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0597337 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00273  hypothetical protein  37.16 
 
 
677 aa  380  1e-104  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0373  choline transport protein BetT  37.16 
 
 
677 aa  380  1e-104  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.834443  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01813  Choline-glycine betaine transporter  38.7 
 
 
656 aa  380  1e-104  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000594064  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2645  choline transport protein BetT  38.78 
 
 
684 aa  381  1e-104  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00290709  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  41.7 
 
 
523 aa  380  1e-104  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1174  choline transporter  38.36 
 
 
671 aa  381  1e-104  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0345  choline transport protein BetT  37.16 
 
 
677 aa  380  1e-104  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3426  choline/carnitine/betaine transporter  40.68 
 
 
531 aa  376  1e-103  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0758867  normal  0.343027 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0154  choline/carnitine/betaine transporter  39.89 
 
 
682 aa  377  1e-103  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1301  BCCT family betaine/choline/carnitine/glycine transporter  40 
 
 
682 aa  372  1e-102  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2741  choline/carnitine/betaine transporter  41.54 
 
 
661 aa  374  1e-102  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1337  choline/carnitine/betaine transport  40.64 
 
 
687 aa  375  1e-102  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0421  choline/carnitine/betaine transporter  45.7 
 
 
661 aa  373  1e-102  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.45567  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3803  choline/carnitine/betaine transporter  42.35 
 
 
531 aa  373  1e-102  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.19587 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12990  choline transporter  37.41 
 
 
653 aa  373  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.283179 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0224  high-affinity choline transport protein  35.76 
 
 
644 aa  369  1e-101  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2648  choline/carnitine/betaine transporter  41.98 
 
 
534 aa  372  1e-101  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3745  choline/carnitine/betaine transporter  39.84 
 
 
724 aa  370  1e-101  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1175  choline/carnitine/betaine transport  40.04 
 
 
658 aa  369  1e-101  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0833615  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2557  choline transport protein BetT  39.88 
 
 
677 aa  371  1e-101  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.592172  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1542  choline/carnitine/betaine transporter  38.85 
 
 
658 aa  368  1e-100  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.869304  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  37.68 
 
 
573 aa  368  1e-100  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2804  choline/carnitine/betaine transporter  38.85 
 
 
658 aa  368  1e-100  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1109  choline/carnitine/betaine transporter  40.35 
 
 
676 aa  365  1e-100  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.507446  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1362  choline/carnitine/betaine transport  39.12 
 
 
673 aa  368  1e-100  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000623924  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3360  choline/carnitine/betaine transporter  38.91 
 
 
676 aa  366  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0225578  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2552  choline/carnitine/betaine transporter  37.92 
 
 
658 aa  366  1e-100  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000125111  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3496  choline/carnitine/betaine transporter  39.33 
 
 
724 aa  369  1e-100  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.81429 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4042  choline/carnitine/betaine transporter  39.54 
 
 
526 aa  366  1e-100  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1576  choline/carnitine/betaine transporter  38.85 
 
 
658 aa  368  1e-100  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.823699 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2376  choline/carnitine/betaine transporter  41.18 
 
 
508 aa  368  1e-100  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0157817  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4045  choline/carnitine/betaine transporter  39.16 
 
 
673 aa  365  1e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.158094  normal  0.57128 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1441  choline/carnitine/betaine transporter  38.57 
 
 
658 aa  365  1e-99  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01511  putative high-affinity choline transport protein  41.58 
 
 
676 aa  365  1e-99  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2719  choline/carnitine/betaine transporter  37.92 
 
 
658 aa  365  1e-99  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1765  choline/carnitine/betaine transporter  42.18 
 
 
573 aa  365  1e-99  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.582743 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5310  choline/carnitine/betaine transporter  40.62 
 
 
698 aa  364  2e-99  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.910175  normal  0.618905 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2619  choline/carnitine/betaine transporter  38.28 
 
 
658 aa  365  2e-99  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000908403  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5269  choline transporter  38.32 
 
 
664 aa  364  3e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1874  BCCT transporter  38.81 
 
 
676 aa  364  3e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0838618  normal  0.235512 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4336  choline/carnitine/betaine transporter  40.43 
 
 
529 aa  364  3e-99  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1610  hypothetical protein  36.78 
 
 
646 aa  364  3e-99  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00096761  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4430  choline/carnitine/betaine transporter  38.63 
 
 
691 aa  363  7.0000000000000005e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4027  BCCT family transporter  38.6 
 
 
530 aa  362  8e-99  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1546  choline/carnitine/betaine transporter  38.75 
 
 
658 aa  362  8e-99  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0247  BCCT transporter  38.9 
 
 
666 aa  361  2e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.442957  normal  0.516419 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4702  choline/carnitine/betaine transporter  39.33 
 
 
583 aa  360  5e-98  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.911193  decreased coverage  0.0031512 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2828  choline transport protein BetT  39.49 
 
 
682 aa  360  6e-98  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2914  choline transport protein BetT  39.3 
 
 
682 aa  359  6e-98  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.929761  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13010  choline/carnitine/betaine transport  40.49 
 
 
603 aa  359  7e-98  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.639384 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0066  choline/carnitine/betaine transporter  41.83 
 
 
583 aa  358  9.999999999999999e-98  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.432279  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  40 
 
 
503 aa  359  9.999999999999999e-98  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4324  choline/carnitine/betaine transporter  37.88 
 
 
494 aa  357  3.9999999999999996e-97  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4827  BCCT transporter  38.05 
 
 
664 aa  357  3.9999999999999996e-97  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.767861 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0407  BCCT family transporter  38.07 
 
 
716 aa  357  3.9999999999999996e-97  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0234  BCCT family transporter  38.07 
 
 
716 aa  357  3.9999999999999996e-97  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1364  BCCT family transporter  38.07 
 
 
676 aa  357  5e-97  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0971  choline/carnitine/betaine transporter  38.07 
 
 
676 aa  357  5e-97  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.745252  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1055  choline/carnitine/betaine transporter  42.46 
 
 
520 aa  356  5.999999999999999e-97  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.144567  normal  0.0392371 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1859  BCCT family transporter  38.07 
 
 
676 aa  356  5.999999999999999e-97  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0328  choline/carnitine/betaine transporter  38.07 
 
 
676 aa  356  7.999999999999999e-97  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.140196  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1774  BCCT family transporter  38.07 
 
 
676 aa  356  7.999999999999999e-97  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0841224  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4210  choline/carnitine/betaine transport  38.64 
 
 
676 aa  355  1e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.157306  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>