More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_4027 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_4027  BCCT family transporter  100 
 
 		 530 aa  1060    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1384  choline/carnitine/betaine transporter  60.31 
 
 		 524 aa  596  1e-169  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.095402  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4042  choline/carnitine/betaine transporter  54.72 
 
 		 526 aa  593  1e-168  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2475  choline/carnitine/betaine transporter  52.91 
 
 		 538 aa  556  1e-157  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.172611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0309  choline/carnitine/betaine transporter  53.38 
 
 		 552 aa  550  1e-155  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.670789  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5374  choline/carnitine/betaine transporter family protein  51.72 
 
 		 567 aa  537  1e-151  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.985383  normal  0.22306 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001291  choline/carnitine/betaine transporter family protein  50.19 
 
 		 578 aa  534  1e-150  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.335478  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1851  choline/carnitine/betaine transporter  48.65 
 
 		 543 aa  512  1e-144  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.993809  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  50.69 
 
 		 659 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  50.69 
 
 		 659 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3436  choline/carnitine/betaine transporter  51.06 
 
 		 526 aa  491  1e-137  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.97143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2119  betaine/carnitine/choline transporter family protein  49.07 
 
 		 524 aa  486  1e-136  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  48.51 
 
 		 657 aa  475  1e-133  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2029  choline/carnitine/betaine transporter  46.05 
 
 		 558 aa  473  1e-132  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0174  choline/carnitine/betaine transporter  52.07 
 
 		 541 aa  474  1e-132  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.525828  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  48.91 
 
 		 661 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  49.1 
 
 		 550 aa  462  1e-129  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  47.38 
 
 		 545 aa  464  1e-129  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  48.31 
 
 		 661 aa  462  1e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  45.99 
 
 		 538 aa  457  1e-127  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  47.05 
 
 		 606 aa  457  1e-127  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  48.02 
 
 		 637 aa  456  1e-127  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  46.39 
 
 		 667 aa  458  1e-127  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  44.62 
 
 		 551 aa  454  1.0000000000000001e-126  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1505  choline/carnitine/betaine transporter  50.2 
 
 		 668 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  45.45 
 
 		 503 aa  443  1e-123  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3164  choline/carnitine/betaine transporter  48.92 
 
 		 660 aa  442  1e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0077  choline/carnitine/betaine transporter  48.78 
 
 		 546 aa  444  1e-123  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0421  choline/carnitine/betaine transporter  49.9 
 
 		 661 aa  441  9.999999999999999e-123  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.45567  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3532  choline/carnitine/betaine transporter  45.87 
 
 		 556 aa  440  9.999999999999999e-123  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  46.92 
 
 		 660 aa  441  9.999999999999999e-123  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2741  choline/carnitine/betaine transporter  49.51 
 
 		 661 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1805  choline/carnitine/betaine transporter  47.52 
 
 		 664 aa  437  1e-121  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.376035  hitchhiker  0.00814736 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  47.5 
 
 		 573 aa  438  1e-121  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4324  choline/carnitine/betaine transporter  44.75 
 
 		 494 aa  435  1e-120  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  46.56 
 
 		 523 aa  435  1e-120  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1362  choline/carnitine/betaine transport  47.66 
 
 		 673 aa  430  1e-119  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000623924  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1175  choline/carnitine/betaine transport  48.71 
 
 		 658 aa  428  1e-119  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0833615  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1055  choline/carnitine/betaine transporter  45.86 
 
 		 520 aa  426  1e-118  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.144567  normal  0.0392371 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04148  secondary glycine betaine transporter BetU  46.45 
 
 		 667 aa  422  1e-117  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2098  choline/carnitine/betaine transporter  43.88 
 
 		 498 aa  423  1e-117  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1301  BCCT family betaine/choline/carnitine/glycine transporter  46.02 
 
 		 682 aa  424  1e-117  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1441  choline/carnitine/betaine transporter  49.61 
 
 		 658 aa  423  1e-117  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04111  hypothetical protein  46.45 
 
 		 667 aa  422  1e-117  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2364  choline/carnitine/betaine transporter  45.86 
 
 		 685 aa  422  1e-117  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  43.66 
 
 		 542 aa  420  1e-116  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  0.00000108541 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0600  choline/carnitine/betaine transporter  43.95 
 
 		 584 aa  422  1e-116  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000857259  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0764  transporter, BCCT family  46.45 
 
 		 667 aa  421  1e-116  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.846408  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4850  BCCT family transporter  46.26 
 
 		 667 aa  420  1e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1736  choline/carnitine/betaine transporter  44.09 
 
 		 506 aa  421  1e-116  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00814809  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1576  choline/carnitine/betaine transporter  48.9 
 
 		 658 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.823699 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0154  choline/carnitine/betaine transporter  44.98 
 
 		 682 aa  417  9.999999999999999e-116  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1542  choline/carnitine/betaine transporter  48.9 
 
 		 658 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.869304  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2804  choline/carnitine/betaine transporter  48.9 
 
 		 658 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3576  choline/carnitine/betaine transporter  42.97 
 
 		 567 aa  414  1e-114  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.440158  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0066  choline/carnitine/betaine transporter  43.84 
 
 		 583 aa  412  1e-113  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.432279  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01813  Choline-glycine betaine transporter  43.28 
 
 		 656 aa  410  1e-113  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000594064  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2552  choline/carnitine/betaine transporter  46.67 
 
 		 658 aa  409  1e-113  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000125111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1610  hypothetical protein  43.8 
 
 		 646 aa  409  1e-113  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00096761  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1546  choline/carnitine/betaine transporter  48.7 
 
 		 658 aa  411  1e-113  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1003  choline/carnitine/betaine transporter  43.05 
 
 		 553 aa  408  1.0000000000000001e-112  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.399191 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  41.63 
 
 		 490 aa  408  1.0000000000000001e-112  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5363  glycine betaine transporter  44.56 
 
 		 504 aa  405  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5032  choline/carnitine/betaine transporter  44.56 
 
 		 504 aa  406  1.0000000000000001e-112  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2719  choline/carnitine/betaine transporter  46.27 
 
 		 658 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4336  choline/carnitine/betaine transporter  42.66 
 
 		 529 aa  405  1.0000000000000001e-112  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0160  choline/carnitine/betaine transporter  44.91 
 
 		 497 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5411  glycine betaine transporter  44.77 
 
 		 505 aa  403  1e-111  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5329  glycine betaine transporter  44.77 
 
 		 505 aa  403  1e-111  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.52581e-23 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5358  glycine betaine transporter  44.56 
 
 		 505 aa  404  1e-111  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5089  glycine betaine transporter  44.77 
 
 		 505 aa  402  1e-111  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4919  glycine betaine transporter  44.77 
 
 		 505 aa  403  1e-111  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4934  glycine betaine transporter  44.77 
 
 		 505 aa  403  1e-111  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5593  glycine betaine transporter  44.14 
 
 		 504 aa  404  1e-111  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000183656 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5479  glycine betaine transporter  44.77 
 
 		 505 aa  402  1e-111  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.231091  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2125  choline/carnitine/betaine transport  43.1 
 
 		 549 aa  404  1e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2619  choline/carnitine/betaine transporter  46.67 
 
 		 658 aa  405  1e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000908403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2648  choline/carnitine/betaine transporter  42.4 
 
 		 534 aa  403  1e-111  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18950  choline/carnitine/betaine transport  44.6 
 
 		 606 aa  404  1e-111  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.318822  normal  0.131435 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3772  choline/carnitine/betaine transporter  43.61 
 
 		 505 aa  402  1e-111  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0022  choline/carnitine/betaine transporter  46.49 
 
 		 580 aa  399  9.999999999999999e-111  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.499144 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0049  choline/carnitine/betaine transporter  43.95 
 
 		 523 aa  402  9.999999999999999e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.335489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1109  choline/carnitine/betaine transporter  43.14 
 
 		 676 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.507446  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3298  BCCT transporter  51.41 
 
 		 491 aa  400  9.999999999999999e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.183438  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2003  choline/carnitine/betaine transport family protein  43.14 
 
 		 535 aa  396  1e-109  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5310  choline/carnitine/betaine transporter  42.89 
 
 		 698 aa  396  1e-109  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.910175  normal  0.618905 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4045  choline/carnitine/betaine transporter  43.64 
 
 		 673 aa  397  1e-109  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.158094  normal  0.57128 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1874  BCCT transporter  43.36 
 
 		 676 aa  397  1e-109  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0838618  normal  0.235512 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0898  BCCT family transporter  43.49 
 
 		 540 aa  397  1e-109  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1077  choline/carnitine/betaine transport  45.88 
 
 		 682 aa  396  1e-109  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.892042  normal  0.109945 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0835  choline/carnitine/betaine transporter  43.41 
 
 		 574 aa  398  1e-109  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.475223  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1371  choline/carnitine/betaine transporter  48.22 
 
 		 689 aa  397  1e-109  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.274218  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01511  putative high-affinity choline transport protein  44.85 
 
 		 676 aa  394  1e-108  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1809  choline/carnitine/betaine transporter  43.67 
 
 		 526 aa  393  1e-108  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3360  choline/carnitine/betaine transporter  43.05 
 
 		 676 aa  395  1e-108  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0225578  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1512  choline transport protein BetT  40.89 
 
 		 679 aa  392  1e-108  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0971262  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2376  choline/carnitine/betaine transporter  41.24 
 
 		 508 aa  393  1e-108  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0157817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0240  choline/carnitine/betaine transporter  45.62 
 
 		 662 aa  390  1e-107  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.167365  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0098  transporter, BCCT family  42.13 
 
 		 526 aa  389  1e-107  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2645  choline transport protein BetT  44.6 
 
 		 684 aa  389  1e-107  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00290709  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>