More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_2029 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013889  TK90_2029  choline/carnitine/betaine transporter  100 
 
 		 558 aa  1105    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1851  choline/carnitine/betaine transporter  58.35 
 
 		 543 aa  620  1e-176  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.993809  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0309  choline/carnitine/betaine transporter  53.22 
 
 		 552 aa  545  1e-154  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.670789  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4027  BCCT family transporter  46.05 
 
 		 530 aa  467  9.999999999999999e-131  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4042  choline/carnitine/betaine transporter  42.22 
 
 		 526 aa  441  9.999999999999999e-123  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1384  choline/carnitine/betaine transporter  46.65 
 
 		 524 aa  436  1e-121  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.095402  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2119  betaine/carnitine/choline transporter family protein  41.04 
 
 		 524 aa  410  1e-113  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  44.95 
 
 		 659 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  44.95 
 
 		 659 aa  402  9.999999999999999e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2475  choline/carnitine/betaine transporter  42.51 
 
 		 538 aa  401  9.999999999999999e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.172611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  37.95 
 
 		 551 aa  390  1e-107  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  38.3 
 
 		 637 aa  389  1e-107  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  40.87 
 
 		 657 aa  388  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001291  choline/carnitine/betaine transporter family protein  39.06 
 
 		 578 aa  386  1e-106  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.335478  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5374  choline/carnitine/betaine transporter family protein  41.46 
 
 		 567 aa  385  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.985383  normal  0.22306 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3436  choline/carnitine/betaine transporter  43.77 
 
 		 526 aa  382  1e-105  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.97143  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  40.17 
 
 		 606 aa  383  1e-105  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  39.51 
 
 		 538 aa  381  1e-104  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01813  Choline-glycine betaine transporter  38.07 
 
 		 656 aa  379  1e-103  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000594064  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  38.65 
 
 		 573 aa  376  1e-103  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  42.61 
 
 		 667 aa  374  1e-102  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  40 
 
 		 523 aa  371  1e-101  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0154  choline/carnitine/betaine transporter  42.69 
 
 		 682 aa  370  1e-101  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  40.61 
 
 		 661 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1610  hypothetical protein  38.76 
 
 		 646 aa  369  1e-101  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00096761  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  40.32 
 
 		 661 aa  367  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0174  choline/carnitine/betaine transporter  41.49 
 
 		 541 aa  367  1e-100  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.525828  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3576  choline/carnitine/betaine transporter  36.89 
 
 		 567 aa  365  2e-99  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.440158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5363  glycine betaine transporter  42.23 
 
 		 504 aa  364  2e-99  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2098  choline/carnitine/betaine transporter  42.64 
 
 		 498 aa  364  3e-99  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  41.38 
 
 		 503 aa  364  3e-99  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5032  choline/carnitine/betaine transporter  41.01 
 
 		 504 aa  363  5.0000000000000005e-99  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0224  high-affinity choline transport protein  36.57 
 
 		 644 aa  363  6e-99  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5358  glycine betaine transporter  41.14 
 
 		 505 aa  362  7.0000000000000005e-99  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  39.36 
 
 		 542 aa  362  8e-99  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  0.00000108541 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4919  glycine betaine transporter  41.36 
 
 		 505 aa  362  1e-98  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4934  glycine betaine transporter  41.36 
 
 		 505 aa  362  1e-98  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5411  glycine betaine transporter  41.36 
 
 		 505 aa  362  1e-98  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5329  glycine betaine transporter  41.36 
 
 		 505 aa  362  1e-98  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.52581e-23 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5593  glycine betaine transporter  41.58 
 
 		 504 aa  362  1e-98  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000183656 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  41.34 
 
 		 545 aa  361  2e-98  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  38.56 
 
 		 550 aa  360  4e-98  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3772  choline/carnitine/betaine transporter  41.1 
 
 		 505 aa  360  5e-98  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5089  glycine betaine transporter  41.36 
 
 		 505 aa  360  5e-98  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  41.65 
 
 		 660 aa  360  5e-98  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5479  glycine betaine transporter  41.36 
 
 		 505 aa  360  5e-98  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.231091  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12990  choline transporter  41.13 
 
 		 653 aa  360  5e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.283179 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1174  choline transporter  41.33 
 
 		 671 aa  358  9.999999999999999e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0757  choline/carnitine/betaine transport  42.8 
 
 		 525 aa  358  1.9999999999999998e-97  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.26622  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4324  choline/carnitine/betaine transporter  39.35 
 
 		 494 aa  356  5e-97  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0160  choline/carnitine/betaine transporter  40.84 
 
 		 497 aa  356  6.999999999999999e-97  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1736  choline/carnitine/betaine transporter  40.29 
 
 		 506 aa  355  7.999999999999999e-97  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00814809  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0421  choline/carnitine/betaine transporter  40.29 
 
 		 661 aa  355  1e-96  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.45567  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  36.91 
 
 		 490 aa  355  1e-96  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0022  choline/carnitine/betaine transporter  40 
 
 		 580 aa  353  2.9999999999999997e-96  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.499144 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1805  choline/carnitine/betaine transporter  41.18 
 
 		 664 aa  353  2.9999999999999997e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.376035  hitchhiker  0.00814736 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2045  choline/carnitine/betaine transporter  39.84 
 
 		 554 aa  353  4e-96  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0189191  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04148  secondary glycine betaine transporter BetU  41.18 
 
 		 667 aa  353  5.9999999999999994e-96  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04111  hypothetical protein  41.18 
 
 		 667 aa  353  5.9999999999999994e-96  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18950  choline/carnitine/betaine transport  40.72 
 
 		 606 aa  353  5.9999999999999994e-96  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.318822  normal  0.131435 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0764  transporter, BCCT family  41.18 
 
 		 667 aa  352  1e-95  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.846408  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4850  BCCT family transporter  40.97 
 
 		 667 aa  351  2e-95  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2645  choline transport protein BetT  39.36 
 
 		 684 aa  351  2e-95  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00290709  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2364  choline/carnitine/betaine transporter  42.05 
 
 		 685 aa  351  2e-95  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0600  choline/carnitine/betaine transporter  38.23 
 
 		 584 aa  350  3e-95  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000857259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0077  choline/carnitine/betaine transporter  44.89 
 
 		 546 aa  350  4e-95  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0066  choline/carnitine/betaine transporter  40.52 
 
 		 583 aa  348  1e-94  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.432279  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1301  BCCT family betaine/choline/carnitine/glycine transporter  39.26 
 
 		 682 aa  348  2e-94  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1874  BCCT transporter  39.24 
 
 		 676 aa  347  2e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0838618  normal  0.235512 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0046  glycine betaine transporter  38.24 
 
 		 532 aa  347  3e-94  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.275522  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1109  choline/carnitine/betaine transporter  40.7 
 
 		 676 aa  347  3e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.507446  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1362  choline/carnitine/betaine transport  41.32 
 
 		 673 aa  347  3e-94  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000623924  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4045  choline/carnitine/betaine transporter  41.61 
 
 		 673 aa  346  5e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.158094  normal  0.57128 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3360  choline/carnitine/betaine transporter  41.67 
 
 		 676 aa  346  6e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0225578  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0485  choline/carnitine/betaine transporter  39.42 
 
 		 516 aa  346  7e-94  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000502789  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02455  choline/carnitine/betaine transporter  37.01 
 
 		 582 aa  345  8.999999999999999e-94  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2906  choline/carnitine/betaine transporter  38.6 
 
 		 577 aa  345  2e-93  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1003  choline/carnitine/betaine transporter  37.75 
 
 		 553 aa  344  2.9999999999999997e-93  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.399191 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2320  choline/carnitine/betaine transporter  34.88 
 
 		 530 aa  343  5e-93  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.439021  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0247  BCCT transporter  40.19 
 
 		 666 aa  343  5.999999999999999e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.442957  normal  0.516419 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1576  choline/carnitine/betaine transporter  40.08 
 
 		 658 aa  342  7e-93  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.823699 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1542  choline/carnitine/betaine transporter  40.08 
 
 		 658 aa  343  7e-93  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.869304  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2804  choline/carnitine/betaine transporter  40.08 
 
 		 658 aa  343  7e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2741  choline/carnitine/betaine transporter  38.48 
 
 		 661 aa  342  1e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4430  choline/carnitine/betaine transporter  40.7 
 
 		 691 aa  341  2e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5310  choline/carnitine/betaine transporter  38.36 
 
 		 698 aa  341  2.9999999999999998e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.910175  normal  0.618905 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3164  choline/carnitine/betaine transporter  39.72 
 
 		 660 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1505  choline/carnitine/betaine transporter  39.39 
 
 		 668 aa  340  5e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2288  choline/carnitine/betaine transporter  40.48 
 
 		 582 aa  340  5e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.529795 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13010  choline/carnitine/betaine transport  39.21 
 
 		 603 aa  340  5e-92  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.639384 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2105  choline/carnitine/betaine transporter  40.48 
 
 		 581 aa  339  7e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3628  choline/carnitine/betaine transporter  40.48 
 
 		 581 aa  339  8e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3532  choline/carnitine/betaine transporter  36.08 
 
 		 556 aa  339  9e-92  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2828  choline transport protein BetT  37.9 
 
 		 682 aa  339  9e-92  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2914  choline transport protein BetT  37.71 
 
 		 682 aa  338  9.999999999999999e-92  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.929761  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2851  choline/carnitine/betaine transporter  37.65 
 
 		 600 aa  338  9.999999999999999e-92  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152332  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01511  putative high-affinity choline transport protein  41.36 
 
 		 676 aa  338  9.999999999999999e-92  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2376  choline/carnitine/betaine transporter  37.53 
 
 		 508 aa  338  9.999999999999999e-92  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0157817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3426  choline/carnitine/betaine transporter  40.12 
 
 		 531 aa  338  1.9999999999999998e-91  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0758867  normal  0.343027 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1546  choline/carnitine/betaine transporter  39.88 
 
 		 658 aa  338  1.9999999999999998e-91  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>