More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0049 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_01883  choline/carnitine/betaine transporter  86.97 
 
 		 529 aa  908    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0049  choline/carnitine/betaine transporter  100 
 
 		 523 aa  1034    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.335489  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0098  transporter, BCCT family  77.2 
 
 		 526 aa  840    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2323  glycine betaine transporter  78.54 
 
 		 525 aa  837    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.100678  hitchhiker  0.00817837 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003138  High-affinity choline uptake protein BetT  88.64 
 
 		 450 aa  782    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000429409  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06429  hypothetical protein  67.37 
 
 		 535 aa  746    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003545  choline-glycine betaine transporter  68.52 
 
 		 526 aa  761    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0433  transporter, BCCT family  69.69 
 
 		 531 aa  763    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1809  choline/carnitine/betaine transporter  77.39 
 
 		 526 aa  847    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0898  BCCT family transporter  82.15 
 
 		 540 aa  884    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0969  choline/carnitine/betaine transporter  75.67 
 
 		 525 aa  822    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.375142  normal  0.0777887 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1282  transporter, BCCT family  60.54 
 
 		 534 aa  649    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2045  choline/carnitine/betaine transporter  62.74 
 
 		 554 aa  653    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0189191  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4336  choline/carnitine/betaine transporter  62.82 
 
 		 529 aa  629  1e-179  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2003  choline/carnitine/betaine transport family protein  61.82 
 
 		 535 aa  624  1e-178  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0023  choline/carnitine/betaine transporter  61.64 
 
 		 539 aa  603  1.0000000000000001e-171  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.16107 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2648  choline/carnitine/betaine transporter  55.7 
 
 		 534 aa  587  1e-166  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0237  choline/carnitine/betaine transporter  58.96 
 
 		 550 aa  582  1.0000000000000001e-165  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000527978  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2125  choline/carnitine/betaine transport  55.16 
 
 		 549 aa  554  1e-156  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0835  choline/carnitine/betaine transporter  53.67 
 
 		 574 aa  539  9.999999999999999e-153  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.475223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02455  choline/carnitine/betaine transporter  51.5 
 
 		 582 aa  530  1e-149  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003606  High-affinity choline uptake protein BetT  51.4 
 
 		 553 aa  526  1e-148  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3080  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  52.25 
 
 		 551 aa  521  1e-147  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3807  choline/carnitine/betaine transporter  52.25 
 
 		 551 aa  521  1e-147  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00825508  normal  0.301611 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3038  choline/carnitine/betaine transporter  53.28 
 
 		 554 aa  522  1e-147  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0980  choline/carnitine/betaine transport  53.64 
 
 		 548 aa  519  1e-146  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4552  choline/carnitine/betaine transporter  53.21 
 
 		 555 aa  519  1e-146  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2505  choline/carnitine/betaine transporter  53.03 
 
 		 541 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3929  hypothetical protein  53.2 
 
 		 551 aa  509  1e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.720842  normal  0.613133 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3129  choline/carnitine/betaine transporter  53.88 
 
 		 554 aa  509  1e-143  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.32452  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4548  choline/carnitine/betaine transporter  52.35 
 
 		 551 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  48.48 
 
 		 606 aa  476  1e-133  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1003  choline/carnitine/betaine transporter  45.28 
 
 		 553 aa  434  1e-120  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.399191 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  46.94 
 
 		 538 aa  426  1e-118  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  47.18 
 
 		 659 aa  426  1e-118  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  46.98 
 
 		 659 aa  424  1e-117  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  46.09 
 
 		 545 aa  419  1e-116  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0066  choline/carnitine/betaine transporter  46.85 
 
 		 583 aa  415  9.999999999999999e-116  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.432279  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0600  choline/carnitine/betaine transporter  44.25 
 
 		 584 aa  415  1e-114  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000857259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  44.55 
 
 		 667 aa  410  1e-113  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  43.53 
 
 		 637 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  44.4 
 
 		 657 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2804  choline/carnitine/betaine transporter  47.33 
 
 		 658 aa  397  1e-109  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1576  choline/carnitine/betaine transporter  47.33 
 
 		 658 aa  398  1e-109  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.823699 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2741  choline/carnitine/betaine transporter  49.34 
 
 		 661 aa  397  1e-109  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1505  choline/carnitine/betaine transporter  49.89 
 
 		 668 aa  397  1e-109  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01813  Choline-glycine betaine transporter  42.77 
 
 		 656 aa  396  1e-109  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000594064  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1542  choline/carnitine/betaine transporter  47.33 
 
 		 658 aa  397  1e-109  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.869304  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  44.42 
 
 		 661 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  44.62 
 
 		 661 aa  393  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1362  choline/carnitine/betaine transport  48.53 
 
 		 673 aa  394  1e-108  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000623924  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3164  choline/carnitine/betaine transporter  47.23 
 
 		 660 aa  394  1e-108  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1546  choline/carnitine/betaine transporter  47.13 
 
 		 658 aa  393  1e-108  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4027  BCCT family transporter  43.55 
 
 		 530 aa  389  1e-107  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1441  choline/carnitine/betaine transporter  47.13 
 
 		 658 aa  392  1e-107  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  40.96 
 
 		 490 aa  386  1e-106  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2552  choline/carnitine/betaine transporter  49.13 
 
 		 658 aa  388  1e-106  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000125111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2719  choline/carnitine/betaine transporter  48.7 
 
 		 658 aa  385  1e-106  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3576  choline/carnitine/betaine transporter  43.24 
 
 		 567 aa  386  1e-106  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.440158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  42.42 
 
 		 660 aa  384  1e-105  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2619  choline/carnitine/betaine transporter  48.91 
 
 		 658 aa  384  1e-105  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000908403  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1055  choline/carnitine/betaine transporter  44.67 
 
 		 520 aa  381  1e-104  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.144567  normal  0.0392371 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0160  choline/carnitine/betaine transporter  42.42 
 
 		 497 aa  382  1e-104  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1805  choline/carnitine/betaine transporter  45.38 
 
 		 664 aa  382  1e-104  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.376035  hitchhiker  0.00814736 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04148  secondary glycine betaine transporter BetU  44.08 
 
 		 667 aa  378  1e-103  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4850  BCCT family transporter  43.88 
 
 		 667 aa  377  1e-103  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04111  hypothetical protein  44.08 
 
 		 667 aa  378  1e-103  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  44.58 
 
 		 550 aa  378  1e-103  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3532  choline/carnitine/betaine transporter  42.83 
 
 		 556 aa  375  1e-103  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0421  choline/carnitine/betaine transporter  43.86 
 
 		 661 aa  378  1e-103  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.45567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1175  choline/carnitine/betaine transport  47.03 
 
 		 658 aa  376  1e-103  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0833615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0764  transporter, BCCT family  43.56 
 
 		 667 aa  378  1e-103  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.846408  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5310  choline/carnitine/betaine transporter  43.61 
 
 		 698 aa  373  1e-102  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.910175  normal  0.618905 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  41.88 
 
 		 573 aa  372  1e-102  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3360  choline/carnitine/betaine transporter  44.31 
 
 		 676 aa  372  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0225578  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  41.47 
 
 		 551 aa  375  1e-102  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0174  choline/carnitine/betaine transporter  43.19 
 
 		 541 aa  371  1e-101  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.525828  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  42.89 
 
 		 503 aa  372  1e-101  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5089  glycine betaine transporter  41.42 
 
 		 505 aa  371  1e-101  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4919  glycine betaine transporter  41.42 
 
 		 505 aa  370  1e-101  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4934  glycine betaine transporter  41.42 
 
 		 505 aa  370  1e-101  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3772  choline/carnitine/betaine transporter  42.23 
 
 		 505 aa  371  1e-101  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1874  BCCT transporter  44.31 
 
 		 676 aa  371  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0838618  normal  0.235512 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5479  glycine betaine transporter  41.42 
 
 		 505 aa  371  1e-101  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.231091  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5329  glycine betaine transporter  41.42 
 
 		 505 aa  370  1e-101  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.52581e-23 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4045  choline/carnitine/betaine transporter  43.9 
 
 		 673 aa  370  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.158094  normal  0.57128 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5411  glycine betaine transporter  41.42 
 
 		 505 aa  370  1e-101  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2364  choline/carnitine/betaine transporter  41.45 
 
 		 685 aa  369  1e-101  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5358  glycine betaine transporter  40.83 
 
 		 505 aa  366  1e-100  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1301  BCCT family betaine/choline/carnitine/glycine transporter  42.42 
 
 		 682 aa  366  1e-100  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2376  choline/carnitine/betaine transporter  41.6 
 
 		 508 aa  367  1e-100  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0157817  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4430  choline/carnitine/betaine transporter  43.64 
 
 		 691 aa  368  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5593  glycine betaine transporter  41.22 
 
 		 504 aa  368  1e-100  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000183656 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5363  glycine betaine transporter  41.22 
 
 		 504 aa  367  1e-100  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1384  choline/carnitine/betaine transporter  43.49 
 
 		 524 aa  367  1e-100  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.095402  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1610  hypothetical protein  40.12 
 
 		 646 aa  363  5.0000000000000005e-99  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00096761  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  41.87 
 
 		 542 aa  362  8e-99  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  0.00000108541 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3803  choline/carnitine/betaine transporter  43.83 
 
 		 531 aa  362  1e-98  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.19587 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4210  choline/carnitine/betaine transport  43.9 
 
 		 676 aa  360  3e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.157306  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4156  choline/carnitine/betaine transporter  43.9 
 
 		 676 aa  360  3e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87836  normal  0.0109397 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>