More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_06429 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0049  choline/carnitine/betaine transporter  67.37 
 
 		 523 aa  751    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.335489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06429  hypothetical protein  100 
 
 		 535 aa  1065    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0898  BCCT family transporter  66.1 
 
 		 540 aa  741    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003545  choline-glycine betaine transporter  86.31 
 
 		 526 aa  936    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01883  choline/carnitine/betaine transporter  67.75 
 
 		 529 aa  743    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003138  High-affinity choline uptake protein BetT  68.46 
 
 		 450 aa  640    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000429409  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2323  glycine betaine transporter  64.88 
 
 		 525 aa  719    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.100678  hitchhiker  0.00817837 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0098  transporter, BCCT family  65.45 
 
 		 526 aa  744    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1809  choline/carnitine/betaine transporter  65.89 
 
 		 526 aa  742    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1282  transporter, BCCT family  57.28 
 
 		 534 aa  654    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0969  choline/carnitine/betaine transporter  65.83 
 
 		 525 aa  738    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.375142  normal  0.0777887 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0433  transporter, BCCT family  69.19 
 
 		 531 aa  751    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4336  choline/carnitine/betaine transporter  57.77 
 
 		 529 aa  605  9.999999999999999e-173  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2648  choline/carnitine/betaine transporter  57.55 
 
 		 534 aa  603  1.0000000000000001e-171  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2045  choline/carnitine/betaine transporter  57.45 
 
 		 554 aa  604  1.0000000000000001e-171  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0189191  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0023  choline/carnitine/betaine transporter  60.12 
 
 		 539 aa  591  1e-167  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.16107 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2003  choline/carnitine/betaine transport family protein  58.22 
 
 		 535 aa  585  1e-166  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0237  choline/carnitine/betaine transporter  54.74 
 
 		 550 aa  558  1e-158  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000527978  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2125  choline/carnitine/betaine transport  53.77 
 
 		 549 aa  542  1e-153  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02455  choline/carnitine/betaine transporter  49.27 
 
 		 582 aa  510  1e-143  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0835  choline/carnitine/betaine transporter  50.46 
 
 		 574 aa  507  9.999999999999999e-143  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.475223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3080  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  50.75 
 
 		 551 aa  503  1e-141  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0980  choline/carnitine/betaine transport  52.98 
 
 		 548 aa  502  1e-141  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3807  choline/carnitine/betaine transporter  50.75 
 
 		 551 aa  503  1e-141  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00825508  normal  0.301611 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2505  choline/carnitine/betaine transporter  51.04 
 
 		 541 aa  504  1e-141  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3038  choline/carnitine/betaine transporter  51.59 
 
 		 554 aa  504  1e-141  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4552  choline/carnitine/betaine transporter  52.17 
 
 		 555 aa  503  1e-141  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003606  High-affinity choline uptake protein BetT  50.56 
 
 		 553 aa  501  1e-140  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3129  choline/carnitine/betaine transporter  53.12 
 
 		 554 aa  489  1e-137  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.32452  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3929  hypothetical protein  50.94 
 
 		 551 aa  479  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.720842  normal  0.613133 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4548  choline/carnitine/betaine transporter  50.84 
 
 		 551 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  48.76 
 
 		 606 aa  464  1e-129  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1003  choline/carnitine/betaine transporter  43.92 
 
 		 553 aa  426  1e-118  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.399191 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  45.63 
 
 		 545 aa  418  9.999999999999999e-116  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  44.21 
 
 		 538 aa  406  1.0000000000000001e-112  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0600  choline/carnitine/betaine transporter  41.7 
 
 		 584 aa  402  9.999999999999999e-111  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000857259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  43.74 
 
 		 659 aa  397  1e-109  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0066  choline/carnitine/betaine transporter  45.42 
 
 		 583 aa  393  1e-108  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.432279  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  43.54 
 
 		 659 aa  395  1e-108  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  41.67 
 
 		 667 aa  389  1e-106  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  40.84 
 
 		 637 aa  384  1e-105  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3576  choline/carnitine/betaine transporter  42.56 
 
 		 567 aa  380  1e-104  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.440158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01813  Choline-glycine betaine transporter  41.73 
 
 		 656 aa  380  1e-104  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000594064  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1610  hypothetical protein  40.59 
 
 		 646 aa  373  1e-102  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00096761  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  41.37 
 
 		 657 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  39.17 
 
 		 660 aa  373  1e-102  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1055  choline/carnitine/betaine transporter  44.09 
 
 		 520 aa  370  1e-101  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.144567  normal  0.0392371 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1362  choline/carnitine/betaine transport  40.78 
 
 		 673 aa  369  1e-101  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000623924  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0421  choline/carnitine/betaine transporter  41.68 
 
 		 661 aa  367  1e-100  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.45567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1576  choline/carnitine/betaine transporter  41.67 
 
 		 658 aa  365  1e-99  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.823699 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1542  choline/carnitine/betaine transporter  41.67 
 
 		 658 aa  365  1e-99  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.869304  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2804  choline/carnitine/betaine transporter  41.67 
 
 		 658 aa  365  1e-99  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1805  choline/carnitine/betaine transporter  41.1 
 
 		 664 aa  364  2e-99  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.376035  hitchhiker  0.00814736 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0174  choline/carnitine/betaine transporter  42.47 
 
 		 541 aa  363  5.0000000000000005e-99  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.525828  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4324  choline/carnitine/betaine transporter  38.83 
 
 		 494 aa  362  7.0000000000000005e-99  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1505  choline/carnitine/betaine transporter  44.77 
 
 		 668 aa  362  7.0000000000000005e-99  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  41.33 
 
 		 661 aa  361  2e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1384  choline/carnitine/betaine transporter  43.12 
 
 		 524 aa  361  2e-98  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.095402  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1546  choline/carnitine/betaine transporter  41.47 
 
 		 658 aa  360  3e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  37.55 
 
 		 490 aa  360  4e-98  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0154  choline/carnitine/betaine transporter  41.41 
 
 		 682 aa  360  5e-98  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4027  BCCT family transporter  41.14 
 
 		 530 aa  359  7e-98  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1175  choline/carnitine/betaine transport  41.32 
 
 		 658 aa  359  9e-98  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0833615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2741  choline/carnitine/betaine transporter  41.29 
 
 		 661 aa  358  9.999999999999999e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  41.67 
 
 		 551 aa  358  1.9999999999999998e-97  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3164  choline/carnitine/betaine transporter  43.14 
 
 		 660 aa  358  1.9999999999999998e-97  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2364  choline/carnitine/betaine transporter  40.38 
 
 		 685 aa  358  1.9999999999999998e-97  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4042  choline/carnitine/betaine transporter  38.42 
 
 		 526 aa  357  2.9999999999999997e-97  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04148  secondary glycine betaine transporter BetU  40.47 
 
 		 667 aa  356  5.999999999999999e-97  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04111  hypothetical protein  40.47 
 
 		 667 aa  356  5.999999999999999e-97  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1441  choline/carnitine/betaine transporter  41.58 
 
 		 658 aa  356  6.999999999999999e-97  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3532  choline/carnitine/betaine transporter  39.92 
 
 		 556 aa  355  1e-96  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01511  putative high-affinity choline transport protein  41.42 
 
 		 676 aa  355  1e-96  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  41.33 
 
 		 661 aa  355  1e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0764  transporter, BCCT family  40.27 
 
 		 667 aa  355  2e-96  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.846408  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  41.28 
 
 		 550 aa  354  2.9999999999999997e-96  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1301  BCCT family betaine/choline/carnitine/glycine transporter  40.2 
 
 		 682 aa  354  2.9999999999999997e-96  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4850  BCCT family transporter  40.08 
 
 		 667 aa  353  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  39.62 
 
 		 503 aa  351  2e-95  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2552  choline/carnitine/betaine transporter  40.56 
 
 		 658 aa  351  2e-95  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000125111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0160  choline/carnitine/betaine transporter  40.08 
 
 		 497 aa  350  3e-95  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2376  choline/carnitine/betaine transporter  38.52 
 
 		 508 aa  350  5e-95  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0157817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2619  choline/carnitine/betaine transporter  40.28 
 
 		 658 aa  349  7e-95  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000908403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2719  choline/carnitine/betaine transporter  40.08 
 
 		 658 aa  348  2e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13950  choline/carnitine/betaine transport  36.59 
 
 		 568 aa  347  4e-94  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.626795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2475  choline/carnitine/betaine transporter  39.13 
 
 		 538 aa  347  4e-94  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.172611  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  37.95 
 
 		 573 aa  345  1e-93  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  39.96 
 
 		 542 aa  345  2e-93  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  0.00000108541 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4430  choline/carnitine/betaine transporter  41.2 
 
 		 691 aa  344  2.9999999999999997e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4045  choline/carnitine/betaine transporter  40.35 
 
 		 673 aa  343  4e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.158094  normal  0.57128 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10935  glycine betaine transport integral membrane protein betP  40.64 
 
 		 593 aa  343  5e-93  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3360  choline/carnitine/betaine transporter  39.96 
 
 		 676 aa  343  5.999999999999999e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0225578  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1364  BCCT family transporter  39.6 
 
 		 676 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0971  choline/carnitine/betaine transporter  39.6 
 
 		 676 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.745252  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0727  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  38.68 
 
 		 681 aa  340  2.9999999999999998e-92  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1109  choline/carnitine/betaine transporter  40 
 
 		 676 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.507446  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1859  BCCT family transporter  39.6 
 
 		 676 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06510  choline/carnitine/betaine transport  38.07 
 
 		 642 aa  340  4e-92  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0407  BCCT family transporter  39.6 
 
 		 716 aa  340  4e-92  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0234  BCCT family transporter  39.6 
 
 		 716 aa  340  4e-92  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>