More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hhal_0237 on replicon NC_008789
Organism: Halorhodospira halophila SL1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_2003  choline/carnitine/betaine transport family protein  60.59 
 
 		 535 aa  655    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0023  choline/carnitine/betaine transporter  69.34 
 
 		 539 aa  729    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.16107 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2045  choline/carnitine/betaine transporter  60.96 
 
 		 554 aa  656    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0189191  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0237  choline/carnitine/betaine transporter  100 
 
 		 550 aa  1091    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000527978  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4336  choline/carnitine/betaine transporter  57.3 
 
 		 529 aa  608  1e-173  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0049  choline/carnitine/betaine transporter  58.96 
 
 		 523 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.335489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01883  choline/carnitine/betaine transporter  60 
 
 		 529 aa  603  1.0000000000000001e-171  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1809  choline/carnitine/betaine transporter  56.29 
 
 		 526 aa  594  1e-168  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2648  choline/carnitine/betaine transporter  56.41 
 
 		 534 aa  593  1e-168  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0098  transporter, BCCT family  57.47 
 
 		 526 aa  585  1e-166  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0898  BCCT family transporter  55.15 
 
 		 540 aa  583  1.0000000000000001e-165  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0969  choline/carnitine/betaine transporter  56.04 
 
 		 525 aa  583  1.0000000000000001e-165  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.375142  normal  0.0777887 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2323  glycine betaine transporter  56.73 
 
 		 525 aa  565  1e-160  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.100678  hitchhiker  0.00817837 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06429  hypothetical protein  54.74 
 
 		 535 aa  567  1e-160  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003545  choline-glycine betaine transporter  54.18 
 
 		 526 aa  563  1.0000000000000001e-159  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0433  transporter, BCCT family  54.34 
 
 		 531 aa  555  1e-157  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003138  High-affinity choline uptake protein BetT  62.75 
 
 		 450 aa  555  1e-157  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000429409  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02455  choline/carnitine/betaine transporter  52.25 
 
 		 582 aa  547  1e-154  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0835  choline/carnitine/betaine transporter  51.75 
 
 		 574 aa  546  1e-154  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.475223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3807  choline/carnitine/betaine transporter  53.47 
 
 		 551 aa  537  1e-151  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00825508  normal  0.301611 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3080  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  53.47 
 
 		 551 aa  537  1e-151  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2505  choline/carnitine/betaine transporter  53.08 
 
 		 541 aa  536  1e-151  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003606  High-affinity choline uptake protein BetT  50.63 
 
 		 553 aa  533  1e-150  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2125  choline/carnitine/betaine transport  50.98 
 
 		 549 aa  533  1e-150  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3038  choline/carnitine/betaine transporter  51.96 
 
 		 554 aa  531  1e-149  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4552  choline/carnitine/betaine transporter  51.87 
 
 		 555 aa  519  1e-146  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0980  choline/carnitine/betaine transport  52.2 
 
 		 548 aa  516  1.0000000000000001e-145  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3129  choline/carnitine/betaine transporter  51.34 
 
 		 554 aa  517  1.0000000000000001e-145  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.32452  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1282  transporter, BCCT family  49.81 
 
 		 534 aa  512  1e-144  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3929  hypothetical protein  51.53 
 
 		 551 aa  508  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.720842  normal  0.613133 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4548  choline/carnitine/betaine transporter  52.71 
 
 		 551 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  44.83 
 
 		 606 aa  467  9.999999999999999e-131  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  47.21 
 
 		 538 aa  438  1e-121  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  45.54 
 
 		 545 aa  422  1e-116  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  44.89 
 
 		 659 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1003  choline/carnitine/betaine transporter  42.91 
 
 		 553 aa  416  9.999999999999999e-116  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.399191 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  46.17 
 
 		 667 aa  414  1e-114  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  44.69 
 
 		 659 aa  415  1e-114  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0600  choline/carnitine/betaine transporter  42.27 
 
 		 584 aa  409  1e-113  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000857259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2804  choline/carnitine/betaine transporter  44.49 
 
 		 658 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0066  choline/carnitine/betaine transporter  44.61 
 
 		 583 aa  403  1e-111  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.432279  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1576  choline/carnitine/betaine transporter  44.49 
 
 		 658 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.823699 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1542  choline/carnitine/betaine transporter  44.49 
 
 		 658 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.869304  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  42.69 
 
 		 657 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1441  choline/carnitine/betaine transporter  44.72 
 
 		 658 aa  402  9.999999999999999e-111  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1301  BCCT family betaine/choline/carnitine/glycine transporter  44.67 
 
 		 682 aa  398  1e-109  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  42.63 
 
 		 660 aa  397  1e-109  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1546  choline/carnitine/betaine transporter  44.29 
 
 		 658 aa  397  1e-109  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2552  choline/carnitine/betaine transporter  44.49 
 
 		 658 aa  398  1e-109  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000125111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2619  choline/carnitine/betaine transporter  44.29 
 
 		 658 aa  394  1e-108  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000908403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  44.72 
 
 		 661 aa  393  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2719  choline/carnitine/betaine transporter  44.09 
 
 		 658 aa  394  1e-108  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2741  choline/carnitine/betaine transporter  44.75 
 
 		 661 aa  394  1e-108  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1505  choline/carnitine/betaine transporter  43.74 
 
 		 668 aa  390  1e-107  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1362  choline/carnitine/betaine transport  45.98 
 
 		 673 aa  392  1e-107  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000623924  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0421  choline/carnitine/betaine transporter  46 
 
 		 661 aa  390  1e-107  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.45567  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3164  choline/carnitine/betaine transporter  43.98 
 
 		 660 aa  387  1e-106  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01813  Choline-glycine betaine transporter  42.74 
 
 		 656 aa  385  1e-106  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000594064  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1384  choline/carnitine/betaine transporter  43.14 
 
 		 524 aa  387  1e-106  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.095402  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2364  choline/carnitine/betaine transporter  42.09 
 
 		 685 aa  386  1e-106  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1055  choline/carnitine/betaine transporter  45.26 
 
 		 520 aa  385  1e-105  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.144567  normal  0.0392371 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  43.67 
 
 		 661 aa  383  1e-105  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1175  choline/carnitine/betaine transport  44.64 
 
 		 658 aa  383  1e-105  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0833615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1077  choline/carnitine/betaine transport  44.47 
 
 		 682 aa  382  1e-104  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.892042  normal  0.109945 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  41.56 
 
 		 637 aa  380  1e-104  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  42.2 
 
 		 490 aa  376  1e-103  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  40.2 
 
 		 551 aa  376  1e-103  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1610  hypothetical protein  41.24 
 
 		 646 aa  379  1e-103  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00096761  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4027  BCCT family transporter  39.84 
 
 		 530 aa  373  1e-102  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1805  choline/carnitine/betaine transporter  42.54 
 
 		 664 aa  370  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.376035  hitchhiker  0.00814736 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  43.7 
 
 		 503 aa  366  1e-100  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2376  choline/carnitine/betaine transporter  42.09 
 
 		 508 aa  368  1e-100  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0157817  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  43.64 
 
 		 573 aa  365  1e-100  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4042  choline/carnitine/betaine transporter  38.73 
 
 		 526 aa  367  1e-100  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  42.97 
 
 		 550 aa  368  1e-100  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0174  choline/carnitine/betaine transporter  42.29 
 
 		 541 aa  367  1e-100  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.525828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  41.44 
 
 		 542 aa  366  1e-100  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  0.00000108541 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0154  choline/carnitine/betaine transporter  40.67 
 
 		 682 aa  367  1e-100  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0240  choline/carnitine/betaine transporter  41.98 
 
 		 662 aa  366  1e-100  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.167365  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3576  choline/carnitine/betaine transporter  41.96 
 
 		 567 aa  362  7.0000000000000005e-99  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.440158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2475  choline/carnitine/betaine transporter  40.7 
 
 		 538 aa  362  9e-99  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.172611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12990  choline transporter  40.16 
 
 		 653 aa  361  2e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.283179 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1512  choline transport protein BetT  40.56 
 
 		 679 aa  360  3e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0971262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4324  choline/carnitine/betaine transporter  38.12 
 
 		 494 aa  360  3e-98  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00270  choline transporter of high affinity  40.39 
 
 		 677 aa  360  5e-98  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3292  choline/carnitine/betaine transporter  40.39 
 
 		 677 aa  360  5e-98  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3309  choline transport protein BetT  40.39 
 
 		 677 aa  360  5e-98  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3532  choline/carnitine/betaine transporter  40.59 
 
 		 556 aa  360  5e-98  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00273  hypothetical protein  40.39 
 
 		 677 aa  360  5e-98  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0376  choline transport protein BetT  40.39 
 
 		 677 aa  360  5e-98  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0597337 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0373  choline transport protein BetT  40.39 
 
 		 677 aa  360  5e-98  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.834443  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0345  choline transport protein BetT  40.39 
 
 		 677 aa  360  5e-98  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0331  choline transport protein BetT  40.39 
 
 		 677 aa  360  5e-98  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1174  choline transporter  39.8 
 
 		 671 aa  358  9.999999999999999e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2098  choline/carnitine/betaine transporter  43.5 
 
 		 498 aa  358  9.999999999999999e-98  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04148  secondary glycine betaine transporter BetU  42 
 
 		 667 aa  358  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04111  hypothetical protein  42 
 
 		 667 aa  358  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0764  transporter, BCCT family  41.8 
 
 		 667 aa  357  2.9999999999999997e-97  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.846408  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4850  BCCT family transporter  41.6 
 
 		 667 aa  356  7.999999999999999e-97  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2645  choline transport protein BetT  41.47 
 
 		 684 aa  355  1e-96  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00290709  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>