More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4548 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_02455  choline/carnitine/betaine transporter  64.27 
 
 		 582 aa  716    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4552  choline/carnitine/betaine transporter  76.41 
 
 		 555 aa  839    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4548  choline/carnitine/betaine transporter  100 
 
 		 551 aa  1081    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3080  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  66.11 
 
 		 551 aa  700    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3929  hypothetical protein  64.98 
 
 		 551 aa  680    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.720842  normal  0.613133 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0980  choline/carnitine/betaine transport  65.76 
 
 		 548 aa  700    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2125  choline/carnitine/betaine transport  66.36 
 
 		 549 aa  703    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2505  choline/carnitine/betaine transporter  64.71 
 
 		 541 aa  681    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0835  choline/carnitine/betaine transporter  70.9 
 
 		 574 aa  772    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.475223  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3129  choline/carnitine/betaine transporter  68.93 
 
 		 554 aa  706    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.32452  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3038  choline/carnitine/betaine transporter  64.31 
 
 		 554 aa  684    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3807  choline/carnitine/betaine transporter  66.11 
 
 		 551 aa  700    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00825508  normal  0.301611 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003606  High-affinity choline uptake protein BetT  63.9 
 
 		 553 aa  699    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2003  choline/carnitine/betaine transport family protein  51.37 
 
 		 535 aa  538  9.999999999999999e-153  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2648  choline/carnitine/betaine transporter  52.63 
 
 		 534 aa  535  1e-151  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0098  transporter, BCCT family  52.35 
 
 		 526 aa  533  1e-150  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1809  choline/carnitine/betaine transporter  52.71 
 
 		 526 aa  530  1e-149  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2045  choline/carnitine/betaine transporter  53.12 
 
 		 554 aa  528  1e-149  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0189191  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0049  choline/carnitine/betaine transporter  53.17 
 
 		 523 aa  527  1e-148  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.335489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0898  BCCT family transporter  52.15 
 
 		 540 aa  526  1e-148  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01883  choline/carnitine/betaine transporter  53.27 
 
 		 529 aa  525  1e-147  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0023  choline/carnitine/betaine transporter  54.15 
 
 		 539 aa  525  1e-147  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.16107 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4336  choline/carnitine/betaine transporter  51.87 
 
 		 529 aa  524  1e-147  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0237  choline/carnitine/betaine transporter  53.08 
 
 		 550 aa  516  1.0000000000000001e-145  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000527978  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0969  choline/carnitine/betaine transporter  50.09 
 
 		 525 aa  513  1e-144  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.375142  normal  0.0777887 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2323  glycine betaine transporter  51.59 
 
 		 525 aa  511  1e-143  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.100678  hitchhiker  0.00817837 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003545  choline-glycine betaine transporter  51.3 
 
 		 526 aa  509  1e-143  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0433  transporter, BCCT family  50.38 
 
 		 531 aa  503  1e-141  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06429  hypothetical protein  50.84 
 
 		 535 aa  499  1e-140  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003138  High-affinity choline uptake protein BetT  57.08 
 
 		 450 aa  494  9.999999999999999e-139  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000429409  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  49.33 
 
 		 538 aa  482  1e-135  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  47.32 
 
 		 606 aa  485  1e-135  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  50.5 
 
 		 545 aa  481  1e-134  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1282  transporter, BCCT family  44.61 
 
 		 534 aa  440  9.999999999999999e-123  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  45.69 
 
 		 657 aa  434  1e-120  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0066  choline/carnitine/betaine transporter  47.93 
 
 		 583 aa  431  1e-119  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.432279  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  46.25 
 
 		 667 aa  422  1e-117  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  45.58 
 
 		 659 aa  421  1e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  45.58 
 
 		 659 aa  422  1e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1055  choline/carnitine/betaine transporter  47.39 
 
 		 520 aa  417  9.999999999999999e-116  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.144567  normal  0.0392371 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  44.89 
 
 		 661 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1003  choline/carnitine/betaine transporter  43.66 
 
 		 553 aa  413  1e-114  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.399191 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  44.47 
 
 		 637 aa  409  1e-113  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01813  Choline-glycine betaine transporter  42.69 
 
 		 656 aa  410  1e-113  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000594064  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  41.45 
 
 		 551 aa  405  1.0000000000000001e-112  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  45.09 
 
 		 661 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3576  choline/carnitine/betaine transporter  43.12 
 
 		 567 aa  404  1e-111  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.440158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  44.09 
 
 		 550 aa  404  1e-111  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3164  choline/carnitine/betaine transporter  46.75 
 
 		 660 aa  404  1e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0421  choline/carnitine/betaine transporter  47.75 
 
 		 661 aa  402  9.999999999999999e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.45567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1505  choline/carnitine/betaine transporter  45.99 
 
 		 668 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04148  secondary glycine betaine transporter BetU  45.78 
 
 		 667 aa  398  1e-109  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0764  transporter, BCCT family  45.78 
 
 		 667 aa  397  1e-109  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.846408  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2804  choline/carnitine/betaine transporter  46.48 
 
 		 658 aa  397  1e-109  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1576  choline/carnitine/betaine transporter  46.48 
 
 		 658 aa  396  1e-109  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.823699 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0600  choline/carnitine/betaine transporter  42.88 
 
 		 584 aa  397  1e-109  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000857259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1542  choline/carnitine/betaine transporter  46.48 
 
 		 658 aa  397  1e-109  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.869304  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04111  hypothetical protein  45.78 
 
 		 667 aa  398  1e-109  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4850  BCCT family transporter  45.78 
 
 		 667 aa  397  1e-109  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4027  BCCT family transporter  42.94 
 
 		 530 aa  394  1e-108  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1362  choline/carnitine/betaine transport  46.65 
 
 		 673 aa  393  1e-108  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000623924  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  44.92 
 
 		 573 aa  395  1e-108  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1805  choline/carnitine/betaine transporter  46.41 
 
 		 664 aa  394  1e-108  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.376035  hitchhiker  0.00814736 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1441  choline/carnitine/betaine transporter  46.09 
 
 		 658 aa  394  1e-108  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1175  choline/carnitine/betaine transport  46.65 
 
 		 658 aa  393  1e-108  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0833615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2741  choline/carnitine/betaine transporter  46.25 
 
 		 661 aa  391  1e-107  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2719  choline/carnitine/betaine transporter  46.48 
 
 		 658 aa  389  1e-107  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1546  choline/carnitine/betaine transporter  46.29 
 
 		 658 aa  392  1e-107  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  42.89 
 
 		 660 aa  387  1e-106  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  42.44 
 
 		 503 aa  387  1e-106  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1384  choline/carnitine/betaine transporter  44.55 
 
 		 524 aa  388  1e-106  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.095402  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0174  choline/carnitine/betaine transporter  43.84 
 
 		 541 aa  384  1e-105  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.525828  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2552  choline/carnitine/betaine transporter  45.9 
 
 		 658 aa  385  1e-105  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000125111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2619  choline/carnitine/betaine transporter  45.9 
 
 		 658 aa  384  1e-105  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000908403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  42.01 
 
 		 542 aa  384  1e-105  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  0.00000108541 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2364  choline/carnitine/betaine transporter  41.5 
 
 		 685 aa  383  1e-105  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1301  BCCT family betaine/choline/carnitine/glycine transporter  41.67 
 
 		 682 aa  380  1e-104  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3772  choline/carnitine/betaine transporter  40.55 
 
 		 505 aa  377  1e-103  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5358  glycine betaine transporter  42.17 
 
 		 505 aa  374  1e-102  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4919  glycine betaine transporter  42.38 
 
 		 505 aa  374  1e-102  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4934  glycine betaine transporter  42.38 
 
 		 505 aa  374  1e-102  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5593  glycine betaine transporter  41.96 
 
 		 504 aa  373  1e-102  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000183656 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2098  choline/carnitine/betaine transporter  43.51 
 
 		 498 aa  373  1e-102  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3532  choline/carnitine/betaine transporter  41.72 
 
 		 556 aa  373  1e-102  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1109  choline/carnitine/betaine transporter  42.51 
 
 		 676 aa  373  1e-102  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.507446  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5329  glycine betaine transporter  42.38 
 
 		 505 aa  374  1e-102  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.52581e-23 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0154  choline/carnitine/betaine transporter  40.99 
 
 		 682 aa  375  1e-102  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  39.13 
 
 		 490 aa  375  1e-102  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5411  glycine betaine transporter  42.38 
 
 		 505 aa  374  1e-102  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5310  choline/carnitine/betaine transporter  41.19 
 
 		 698 aa  370  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.910175  normal  0.618905 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1610  hypothetical protein  39.49 
 
 		 646 aa  371  1e-101  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00096761  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1364  BCCT family transporter  41.86 
 
 		 676 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5089  glycine betaine transporter  41.96 
 
 		 505 aa  369  1e-101  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0971  choline/carnitine/betaine transporter  41.86 
 
 		 676 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.745252  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5479  glycine betaine transporter  41.96 
 
 		 505 aa  369  1e-101  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.231091  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0234  BCCT family transporter  41.86 
 
 		 716 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1859  BCCT family transporter  41.86 
 
 		 676 aa  370  1e-101  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5363  glycine betaine transporter  41.75 
 
 		 504 aa  371  1e-101  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0407  BCCT family transporter  41.86 
 
 		 716 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1774  BCCT family transporter  42.06 
 
 		 676 aa  372  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0841224  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>