More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_13950 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_3532  choline/carnitine/betaine transporter  60.11 
 
 		 556 aa  650    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13950  choline/carnitine/betaine transport  100 
 
 		 568 aa  1129    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.626795  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2667  choline/carnitine/betaine transporter  51.23 
 
 		 606 aa  552  1e-156  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0383388 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04020  choline/carnitine/betaine transport  49.74 
 
 		 609 aa  539  9.999999999999999e-153  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0187444  normal  0.0477577 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03700  choline/carnitine/betaine transport  52.55 
 
 		 600 aa  523  1e-147  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3107  choline/carnitine/betaine transporter  50.7 
 
 		 539 aa  513  1e-144  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11170  dephospho-CoA kinase  43.46 
 
 		 789 aa  464  1e-129  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.901477  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  45.35 
 
 		 659 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  45.16 
 
 		 659 aa  437  1e-121  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  43.78 
 
 		 661 aa  426  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  42.33 
 
 		 657 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  43.78 
 
 		 661 aa  419  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  41.84 
 
 		 551 aa  419  1e-116  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04148  secondary glycine betaine transporter BetU  42.19 
 
 		 667 aa  409  1e-113  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4850  BCCT family transporter  42.19 
 
 		 667 aa  409  1e-113  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  41.23 
 
 		 660 aa  412  1e-113  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0764  transporter, BCCT family  42.37 
 
 		 667 aa  410  1e-113  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.846408  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04111  hypothetical protein  42.19 
 
 		 667 aa  409  1e-113  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  44.1 
 
 		 637 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  40.39 
 
 		 545 aa  402  1e-111  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1805  choline/carnitine/betaine transporter  42.37 
 
 		 664 aa  402  1e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.376035  hitchhiker  0.00814736 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  40.57 
 
 		 550 aa  399  9.999999999999999e-111  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  41.37 
 
 		 538 aa  397  1e-109  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1576  choline/carnitine/betaine transporter  42.88 
 
 		 658 aa  392  1e-108  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.823699 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1542  choline/carnitine/betaine transporter  42.88 
 
 		 658 aa  393  1e-108  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.869304  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4042  choline/carnitine/betaine transporter  40.22 
 
 		 526 aa  395  1e-108  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2804  choline/carnitine/betaine transporter  42.88 
 
 		 658 aa  393  1e-108  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  39.92 
 
 		 606 aa  389  1e-107  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3164  choline/carnitine/betaine transporter  42.21 
 
 		 660 aa  391  1e-107  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  40.44 
 
 		 573 aa  390  1e-107  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  38.59 
 
 		 667 aa  391  1e-107  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0174  choline/carnitine/betaine transporter  39.82 
 
 		 541 aa  388  1e-106  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.525828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1505  choline/carnitine/betaine transporter  41.71 
 
 		 668 aa  387  1e-106  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1546  choline/carnitine/betaine transporter  42.69 
 
 		 658 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4027  BCCT family transporter  40.33 
 
 		 530 aa  383  1e-105  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  39.11 
 
 		 542 aa  381  1e-104  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  0.00000108541 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  41.1 
 
 		 523 aa  382  1e-104  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1362  choline/carnitine/betaine transport  42.13 
 
 		 673 aa  381  1e-104  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000623924  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0421  choline/carnitine/betaine transporter  41.14 
 
 		 661 aa  380  1e-104  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.45567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2741  choline/carnitine/betaine transporter  42.78 
 
 		 661 aa  379  1e-104  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1441  choline/carnitine/betaine transporter  41.57 
 
 		 658 aa  378  1e-103  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  41.65 
 
 		 503 aa  378  1e-103  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1736  choline/carnitine/betaine transporter  40.57 
 
 		 506 aa  375  1e-103  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00814809  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4336  choline/carnitine/betaine transporter  39.14 
 
 		 529 aa  375  1e-103  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2552  choline/carnitine/betaine transporter  41.37 
 
 		 658 aa  377  1e-103  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000125111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2648  choline/carnitine/betaine transporter  38.96 
 
 		 534 aa  376  1e-103  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2719  choline/carnitine/betaine transporter  41.37 
 
 		 658 aa  377  1e-103  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1610  hypothetical protein  39.96 
 
 		 646 aa  378  1e-103  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00096761  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2364  choline/carnitine/betaine transporter  39.16 
 
 		 685 aa  377  1e-103  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4324  choline/carnitine/betaine transporter  38.49 
 
 		 494 aa  373  1e-102  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2619  choline/carnitine/betaine transporter  41.37 
 
 		 658 aa  375  1e-102  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000908403  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01813  Choline-glycine betaine transporter  40.07 
 
 		 656 aa  368  1e-100  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000594064  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13010  choline/carnitine/betaine transport  40.79 
 
 		 603 aa  366  1e-100  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.639384 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0066  choline/carnitine/betaine transporter  39.59 
 
 		 583 aa  367  1e-100  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.432279  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3576  choline/carnitine/betaine transporter  39.05 
 
 		 567 aa  366  1e-100  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.440158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1301  BCCT family betaine/choline/carnitine/glycine transporter  40.46 
 
 		 682 aa  367  1e-100  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01511  putative high-affinity choline transport protein  40 
 
 		 676 aa  365  2e-99  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1175  choline/carnitine/betaine transport  40.15 
 
 		 658 aa  364  2e-99  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0833615  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2098  choline/carnitine/betaine transporter  41 
 
 		 498 aa  363  3e-99  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1337  choline/carnitine/betaine transport  39.66 
 
 		 687 aa  364  3e-99  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0600  choline/carnitine/betaine transporter  38.58 
 
 		 584 aa  362  8e-99  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000857259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2475  choline/carnitine/betaine transporter  37.07 
 
 		 538 aa  360  3e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.172611  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0154  choline/carnitine/betaine transporter  39.41 
 
 		 682 aa  360  6e-98  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5374  choline/carnitine/betaine transporter family protein  36.45 
 
 		 567 aa  358  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.985383  normal  0.22306 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1874  BCCT transporter  39.51 
 
 		 676 aa  357  5e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0838618  normal  0.235512 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1003  choline/carnitine/betaine transporter  37.8 
 
 		 553 aa  355  1e-96  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.399191 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0240  choline/carnitine/betaine transporter  40.8 
 
 		 662 aa  355  1e-96  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.167365  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1765  choline/carnitine/betaine transporter  38.55 
 
 		 573 aa  355  1e-96  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.582743 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3360  choline/carnitine/betaine transporter  39.51 
 
 		 676 aa  355  1e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0225578  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0077  choline/carnitine/betaine transporter  40.94 
 
 		 546 aa  354  2e-96  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4430  choline/carnitine/betaine transporter  39.2 
 
 		 691 aa  354  2.9999999999999997e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1109  choline/carnitine/betaine transporter  37.88 
 
 		 676 aa  353  4e-96  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.507446  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3426  choline/carnitine/betaine transporter  38.24 
 
 		 531 aa  353  4e-96  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0758867  normal  0.343027 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5310  choline/carnitine/betaine transporter  39.04 
 
 		 698 aa  352  8e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.910175  normal  0.618905 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0023  choline/carnitine/betaine transporter  38.72 
 
 		 539 aa  352  1e-95  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.16107 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2003  choline/carnitine/betaine transport family protein  37.87 
 
 		 535 aa  351  2e-95  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1077  choline/carnitine/betaine transport  39.5 
 
 		 682 aa  351  2e-95  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.892042  normal  0.109945 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1174  choline transporter  37.73 
 
 		 671 aa  350  4e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0022  choline/carnitine/betaine transporter  39.69 
 
 		 580 aa  350  6e-95  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.499144 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4045  choline/carnitine/betaine transporter  38.94 
 
 		 673 aa  350  6e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.158094  normal  0.57128 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4702  choline/carnitine/betaine transporter  37.93 
 
 		 583 aa  347  3e-94  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.911193  decreased coverage  0.0031512 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1384  choline/carnitine/betaine transporter  40.08 
 
 		 524 aa  347  3e-94  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.095402  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2045  choline/carnitine/betaine transporter  38.05 
 
 		 554 aa  347  5e-94  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0189191  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1485  choline/carnitine/betaine transporter  35.8 
 
 		 580 aa  346  8e-94  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00724238  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0224  high-affinity choline transport protein  37.78 
 
 		 644 aa  345  1e-93  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2792  choline/carnitine/betaine transporter  36.67 
 
 		 711 aa  345  1e-93  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12990  choline transporter  37.75 
 
 		 653 aa  345  1e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.283179 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18950  choline/carnitine/betaine transport  36.67 
 
 		 606 aa  345  1e-93  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.318822  normal  0.131435 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0049  choline/carnitine/betaine transporter  38.76 
 
 		 523 aa  344  2e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.335489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4210  choline/carnitine/betaine transport  39.51 
 
 		 676 aa  345  2e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.157306  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06429  hypothetical protein  36.59 
 
 		 535 aa  344  2e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4156  choline/carnitine/betaine transporter  39.51 
 
 		 676 aa  345  2e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87836  normal  0.0109397 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0898  BCCT family transporter  39.08 
 
 		 540 aa  343  4e-93  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2125  choline/carnitine/betaine transport  37.5 
 
 		 549 aa  343  4e-93  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0160  choline/carnitine/betaine transporter  38.78 
 
 		 497 aa  343  5e-93  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1364  BCCT family transporter  37.31 
 
 		 676 aa  341  2e-92  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0971  choline/carnitine/betaine transporter  37.31 
 
 		 676 aa  341  2e-92  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.745252  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1390  choline/carnitine/betaine transporter  39.54 
 
 		 582 aa  341  2e-92  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.211195 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1859  BCCT family transporter  37.31 
 
 		 676 aa  342  2e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0234  BCCT family transporter  37.31 
 
 		 716 aa  341  2e-92  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>