More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2288 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3628  choline/carnitine/betaine transporter  96.39 
 
 		 581 aa  1097    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2288  choline/carnitine/betaine transporter  100 
 
 		 582 aa  1167    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.529795 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1390  choline/carnitine/betaine transporter  63.38 
 
 		 582 aa  669    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.211195 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2676  choline/carnitine/betaine transporter  86.4 
 
 		 582 aa  1017    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0044  choline/carnitine/betaine transporter  62.17 
 
 		 610 aa  653    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2914  choline/carnitine/betaine transporter  62.59 
 
 		 611 aa  659    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.34631  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1356  choline/carnitine/betaine transport  63.57 
 
 		 582 aa  671    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.379286  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2105  choline/carnitine/betaine transporter  96.21 
 
 		 581 aa  1101    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2609  choline/carnitine/betaine transporter  64.61 
 
 		 573 aa  674    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0501554  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1374  choline/carnitine/betaine transporter  63.57 
 
 		 582 aa  671    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.796407  normal  0.760016 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4702  choline/carnitine/betaine transporter  62.62 
 
 		 583 aa  674    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.911193  decreased coverage  0.0031512 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1765  choline/carnitine/betaine transporter  60.93 
 
 		 573 aa  671    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.582743 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6409  choline/carnitine/betaine transporter  57.79 
 
 		 585 aa  628  1e-179  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3716  choline/carnitine/betaine transporter  56.23 
 
 		 629 aa  628  1e-179  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.903721  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00590  choline/carnitine/betaine transport  59.45 
 
 		 592 aa  622  1e-177  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0767816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3457  choline/carnitine/betaine transporter  57.64 
 
 		 694 aa  616  1e-175  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1485  choline/carnitine/betaine transporter  57.83 
 
 		 580 aa  599  1e-170  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00724238  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4898  choline/carnitine/betaine transporter  58.62 
 
 		 586 aa  555  1e-157  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4142  choline/carnitine/betaine transporter  56.23 
 
 		 602 aa  535  1e-150  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0184  BCCT transporter  48.89 
 
 		 602 aa  528  1e-148  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3426  choline/carnitine/betaine transporter  49.35 
 
 		 531 aa  480  1e-134  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0758867  normal  0.343027 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22610  choline/carnitine/betaine transport  45.5 
 
 		 663 aa  474  1e-132  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.524203  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0757  choline/carnitine/betaine transport  56.2 
 
 		 525 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.26622  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2906  choline/carnitine/betaine transporter  49.9 
 
 		 577 aa  471  1.0000000000000001e-131  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3803  choline/carnitine/betaine transporter  49.8 
 
 		 531 aa  464  1e-129  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.19587 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1132  choline/carnitine/betaine transporter  48.56 
 
 		 574 aa  456  1e-127  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0319453 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2851  choline/carnitine/betaine transporter  47.84 
 
 		 600 aa  441  9.999999999999999e-123  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152332  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1904  choline/carnitine/betaine transporter  43.43 
 
 		 678 aa  437  1e-121  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.674112 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2261  choline/carnitine/betaine transporter  43.73 
 
 		 671 aa  435  1e-120  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02380  choline/carnitine/betaine transport  45.11 
 
 		 664 aa  433  1e-120  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.136626  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00860  choline/carnitine/betaine transport  44.12 
 
 		 662 aa  424  1e-117  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22280  choline/carnitine/betaine transport  42.61 
 
 		 639 aa  419  1e-116  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5411  glycine betaine transporter  42.38 
 
 		 505 aa  406  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4919  glycine betaine transporter  42.38 
 
 		 505 aa  405  1.0000000000000001e-112  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4934  glycine betaine transporter  42.38 
 
 		 505 aa  405  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5329  glycine betaine transporter  42.38 
 
 		 505 aa  405  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.52581e-23 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2098  choline/carnitine/betaine transporter  43.03 
 
 		 498 aa  406  1.0000000000000001e-112  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5358  glycine betaine transporter  42.18 
 
 		 505 aa  405  1e-111  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5089  glycine betaine transporter  42.15 
 
 		 505 aa  404  1e-111  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16530  choline/carnitine/betaine transport  44.16 
 
 		 651 aa  404  1e-111  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0532776  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5479  glycine betaine transporter  42.15 
 
 		 505 aa  404  1e-111  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.231091  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5032  choline/carnitine/betaine transporter  41.18 
 
 		 504 aa  402  1e-111  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  41.95 
 
 		 573 aa  400  9.999999999999999e-111  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5363  glycine betaine transporter  41.98 
 
 		 504 aa  401  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5593  glycine betaine transporter  41.98 
 
 		 504 aa  402  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000183656 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13010  choline/carnitine/betaine transport  41.46 
 
 		 603 aa  400  9.999999999999999e-111  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.639384 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  43.69 
 
 		 523 aa  396  1e-109  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  40.7 
 
 		 503 aa  398  1e-109  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0920  choline/carnitine/betaine transporter  40.48 
 
 		 546 aa  391  1e-107  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0705081  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3772  choline/carnitine/betaine transporter  40.56 
 
 		 505 aa  387  1e-106  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0614  glycine betaine transporter  39.11 
 
 		 516 aa  384  1e-105  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000015754  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0465  glycine betaine transporter  39.11 
 
 		 516 aa  382  1e-105  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00194055  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  42.65 
 
 		 490 aa  385  1e-105  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10935  glycine betaine transport integral membrane protein betP  47.65 
 
 		 593 aa  384  1e-105  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18950  choline/carnitine/betaine transport  42.86 
 
 		 606 aa  383  1e-105  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.318822  normal  0.131435 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2376  choline/carnitine/betaine transporter  42.13 
 
 		 508 aa  384  1e-105  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0157817  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0522  glycine betaine transporter  39.68 
 
 		 516 aa  380  1e-104  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0465  glycine betaine transporter  39.88 
 
 		 516 aa  382  1e-104  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000010169  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0554  glycine betaine transporter  39.68 
 
 		 516 aa  380  1e-104  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4749  glycine betaine transporter  39.26 
 
 		 516 aa  380  1e-104  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0790865 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0683  glycine betaine transporter  39.6 
 
 		 516 aa  379  1e-104  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000113352  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  43.55 
 
 		 659 aa  380  1e-104  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  43.35 
 
 		 659 aa  379  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0610  glycine betaine transporter  39.88 
 
 		 516 aa  382  1e-104  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4324  choline/carnitine/betaine transporter  41.21 
 
 		 494 aa  381  1e-104  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0590  glycine betaine transporter  39.24 
 
 		 516 aa  375  1e-103  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000851893  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0046  glycine betaine transporter  38.06 
 
 		 532 aa  378  1e-103  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.275522  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1437  choline/carnitine/betaine transporter  37.14 
 
 		 548 aa  374  1e-102  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000110122  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5310  choline/carnitine/betaine transporter  42.58 
 
 		 698 aa  375  1e-102  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.910175  normal  0.618905 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1410  choline/carnitine/betaine transporter  37.14 
 
 		 548 aa  374  1e-102  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.0000212445  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2320  choline/carnitine/betaine transporter  37.23 
 
 		 530 aa  371  1e-101  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.439021  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0485  choline/carnitine/betaine transporter  37.48 
 
 		 516 aa  370  1e-101  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000502789  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3341  choline/carnitine/betaine transporter  40.88 
 
 		 637 aa  367  1e-100  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0160  choline/carnitine/betaine transporter  42.48 
 
 		 497 aa  367  1e-100  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0022  choline/carnitine/betaine transporter  39.57 
 
 		 580 aa  367  1e-100  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.499144 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2648  choline/carnitine/betaine transporter  40.67 
 
 		 534 aa  368  1e-100  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4336  choline/carnitine/betaine transporter  39.74 
 
 		 529 aa  367  1e-100  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0079  choline/carnitine/betaine transporter  40.88 
 
 		 558 aa  365  1e-99  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1736  choline/carnitine/betaine transporter  39.33 
 
 		 506 aa  363  5.0000000000000005e-99  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00814809  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2003  choline/carnitine/betaine transport family protein  42.69 
 
 		 535 aa  363  6e-99  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  35.92 
 
 		 606 aa  362  1e-98  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  40.65 
 
 		 637 aa  362  1e-98  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1109  choline/carnitine/betaine transporter  41.49 
 
 		 676 aa  360  3e-98  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.507446  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01900  choline/carnitine/betaine transport  42.26 
 
 		 619 aa  360  5e-98  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  40.95 
 
 		 545 aa  360  5e-98  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  40.88 
 
 		 667 aa  360  6e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  41.1 
 
 		 657 aa  358  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  37.89 
 
 		 551 aa  358  1.9999999999999998e-97  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4430  choline/carnitine/betaine transporter  42.04 
 
 		 691 aa  358  1.9999999999999998e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3360  choline/carnitine/betaine transporter  41.58 
 
 		 676 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0225578  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1874  BCCT transporter  41.36 
 
 		 676 aa  356  5.999999999999999e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0838618  normal  0.235512 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  42.6 
 
 		 661 aa  356  7.999999999999999e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4045  choline/carnitine/betaine transporter  41.7 
 
 		 673 aa  355  8.999999999999999e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.158094  normal  0.57128 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1505  choline/carnitine/betaine transporter  41.51 
 
 		 668 aa  355  2e-96  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0835  choline/carnitine/betaine transporter  38.35 
 
 		 574 aa  354  2e-96  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.475223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3164  choline/carnitine/betaine transporter  40.16 
 
 		 660 aa  354  2.9999999999999997e-96  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0049  choline/carnitine/betaine transporter  39.88 
 
 		 523 aa  352  8e-96  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.335489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1774  BCCT family transporter  42.13 
 
 		 676 aa  351  2e-95  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0841224  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0023  choline/carnitine/betaine transporter  40.04 
 
 		 539 aa  351  2e-95  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.16107 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0898  BCCT family transporter  39.8 
 
 		 540 aa  351  2e-95  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>