More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_0757 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_0757  choline/carnitine/betaine transport  100 
 
 
525 aa  1026    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.26622  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0044  choline/carnitine/betaine transporter  58.85 
 
 
610 aa  553  1e-156  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2906  choline/carnitine/betaine transporter  56.8 
 
 
577 aa  547  1e-154  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1765  choline/carnitine/betaine transporter  58.08 
 
 
573 aa  542  1e-153  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.582743 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4702  choline/carnitine/betaine transporter  58.08 
 
 
583 aa  540  9.999999999999999e-153  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.911193  decreased coverage  0.0031512 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2851  choline/carnitine/betaine transporter  53.38 
 
 
600 aa  535  1e-151  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152332  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3426  choline/carnitine/betaine transporter  53.76 
 
 
531 aa  534  1e-150  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0758867  normal  0.343027 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2609  choline/carnitine/betaine transporter  58.32 
 
 
573 aa  530  1e-149  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0501554  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1390  choline/carnitine/betaine transporter  59.04 
 
 
582 aa  525  1e-148  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.211195 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1356  choline/carnitine/betaine transport  58.55 
 
 
582 aa  526  1e-148  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.379286  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1374  choline/carnitine/betaine transporter  58.55 
 
 
582 aa  526  1e-148  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.796407  normal  0.760016 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1132  choline/carnitine/betaine transporter  55.2 
 
 
574 aa  525  1e-148  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0319453 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3803  choline/carnitine/betaine transporter  54.02 
 
 
531 aa  523  1e-147  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.19587 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6409  choline/carnitine/betaine transporter  54.83 
 
 
585 aa  517  1.0000000000000001e-145  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2676  choline/carnitine/betaine transporter  56.55 
 
 
582 aa  510  1e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  51.94 
 
 
523 aa  507  9.999999999999999e-143  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2288  choline/carnitine/betaine transporter  55.47 
 
 
582 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.529795 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3628  choline/carnitine/betaine transporter  55.56 
 
 
581 aa  504  1e-141  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2914  choline/carnitine/betaine transporter  56.15 
 
 
611 aa  503  1e-141  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.34631  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00590  choline/carnitine/betaine transport  54.98 
 
 
592 aa  503  1e-141  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0767816  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2105  choline/carnitine/betaine transporter  55.56 
 
 
581 aa  503  1e-141  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1485  choline/carnitine/betaine transporter  51.97 
 
 
580 aa  496  1e-139  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00724238  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  50.81 
 
 
503 aa  492  9.999999999999999e-139  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2098  choline/carnitine/betaine transporter  52.02 
 
 
498 aa  483  1e-135  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3716  choline/carnitine/betaine transporter  51.34 
 
 
629 aa  479  1e-134  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.903721  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  47.42 
 
 
490 aa  474  1e-132  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4324  choline/carnitine/betaine transporter  47.13 
 
 
494 aa  467  9.999999999999999e-131  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2376  choline/carnitine/betaine transporter  48.04 
 
 
508 aa  467  9.999999999999999e-131  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0157817  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3457  choline/carnitine/betaine transporter  51.53 
 
 
694 aa  462  1e-129  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1736  choline/carnitine/betaine transporter  47.51 
 
 
506 aa  461  9.999999999999999e-129  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00814809  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5089  glycine betaine transporter  48.88 
 
 
505 aa  459  9.999999999999999e-129  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5479  glycine betaine transporter  48.88 
 
 
505 aa  459  9.999999999999999e-129  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.231091  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0160  choline/carnitine/betaine transporter  48.89 
 
 
497 aa  458  9.999999999999999e-129  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5358  glycine betaine transporter  48.28 
 
 
505 aa  456  1e-127  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5032  choline/carnitine/betaine transporter  48.07 
 
 
504 aa  457  1e-127  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4919  glycine betaine transporter  48.68 
 
 
505 aa  457  1e-127  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4934  glycine betaine transporter  48.68 
 
 
505 aa  457  1e-127  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5411  glycine betaine transporter  48.68 
 
 
505 aa  457  1e-127  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5593  glycine betaine transporter  48.07 
 
 
504 aa  455  1e-127  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000183656 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5329  glycine betaine transporter  48.68 
 
 
505 aa  457  1e-127  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.52581e-23 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5363  glycine betaine transporter  48.07 
 
 
504 aa  454  1.0000000000000001e-126  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4142  choline/carnitine/betaine transporter  51.81 
 
 
602 aa  449  1e-125  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0079  choline/carnitine/betaine transporter  47.43 
 
 
558 aa  450  1e-125  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0184  BCCT transporter  50.2 
 
 
602 aa  448  1.0000000000000001e-124  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3772  choline/carnitine/betaine transporter  47.06 
 
 
505 aa  445  1.0000000000000001e-124  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  45.99 
 
 
657 aa  443  1e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  46.56 
 
 
659 aa  442  1e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  46.56 
 
 
659 aa  443  1e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0683  glycine betaine transporter  43.38 
 
 
516 aa  441  9.999999999999999e-123  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000113352  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0522  glycine betaine transporter  43.19 
 
 
516 aa  439  9.999999999999999e-123  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0465  glycine betaine transporter  43.38 
 
 
516 aa  441  9.999999999999999e-123  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00194055  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0465  glycine betaine transporter  43.38 
 
 
516 aa  441  9.999999999999999e-123  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000010169  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0046  glycine betaine transporter  43.51 
 
 
532 aa  441  9.999999999999999e-123  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.275522  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0610  glycine betaine transporter  43.38 
 
 
516 aa  441  9.999999999999999e-123  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  47.1 
 
 
545 aa  441  9.999999999999999e-123  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0554  glycine betaine transporter  43.19 
 
 
516 aa  439  9.999999999999999e-123  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0614  glycine betaine transporter  45.07 
 
 
516 aa  438  1e-121  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000015754  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0590  glycine betaine transporter  42.99 
 
 
516 aa  436  1e-121  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000851893  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4749  glycine betaine transporter  43.87 
 
 
516 aa  437  1e-121  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0790865 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2320  choline/carnitine/betaine transporter  41.44 
 
 
530 aa  429  1e-119  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.439021  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0485  choline/carnitine/betaine transporter  43.95 
 
 
516 aa  431  1e-119  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000502789  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  43.69 
 
 
551 aa  429  1e-119  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0920  choline/carnitine/betaine transporter  46.09 
 
 
546 aa  427  1e-118  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0705081  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  46.03 
 
 
667 aa  427  1e-118  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  44.87 
 
 
538 aa  420  1e-116  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4898  choline/carnitine/betaine transporter  51.61 
 
 
586 aa  419  1e-116  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0654  choline/carnitine/betaine transport  42.64 
 
 
544 aa  421  1e-116  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  45.06 
 
 
661 aa  419  1e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  44.13 
 
 
606 aa  421  1e-116  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  45.37 
 
 
573 aa  419  1e-116  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2364  choline/carnitine/betaine transporter  44.19 
 
 
685 aa  421  1e-116  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2475  choline/carnitine/betaine transporter  43.95 
 
 
538 aa  421  1e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.172611  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  44.66 
 
 
550 aa  418  9.999999999999999e-116  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  44.26 
 
 
637 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  46.53 
 
 
661 aa  412  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2255  choline/carnitine/betaine transporter  46.01 
 
 
520 aa  414  1e-114  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2216  choline/carnitine/betaine transporter  46.01 
 
 
520 aa  414  1e-114  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3532  choline/carnitine/betaine transporter  41.57 
 
 
556 aa  414  1e-114  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3164  choline/carnitine/betaine transporter  45.35 
 
 
660 aa  410  1e-113  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25390  choline/carnitine/betaine transport  43.57 
 
 
514 aa  410  1e-113  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.229483  normal  0.345378 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0174  choline/carnitine/betaine transporter  47.33 
 
 
541 aa  405  1.0000000000000001e-112  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.525828  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22610  choline/carnitine/betaine transport  43.85 
 
 
663 aa  408  1.0000000000000001e-112  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.524203  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1410  choline/carnitine/betaine transporter  42.34 
 
 
548 aa  408  1.0000000000000001e-112  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.0000212445  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1505  choline/carnitine/betaine transporter  45.47 
 
 
668 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1437  choline/carnitine/betaine transporter  42.34 
 
 
548 aa  408  1.0000000000000001e-112  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000110122  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18950  choline/carnitine/betaine transport  44.11 
 
 
606 aa  406  1.0000000000000001e-112  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.318822  normal  0.131435 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  45.33 
 
 
660 aa  402  1e-111  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01813  Choline-glycine betaine transporter  44.62 
 
 
656 aa  405  1e-111  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000594064  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3576  choline/carnitine/betaine transporter  44.47 
 
 
567 aa  402  1e-111  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.440158  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0421  choline/carnitine/betaine transporter  47.18 
 
 
661 aa  404  1e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.45567  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2648  choline/carnitine/betaine transporter  43.33 
 
 
534 aa  404  1e-111  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4027  BCCT family transporter  43.88 
 
 
530 aa  400  9.999999999999999e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0022  choline/carnitine/betaine transporter  44.33 
 
 
580 aa  400  9.999999999999999e-111  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.499144 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  43.29 
 
 
542 aa  402  9.999999999999999e-111  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  0.00000108541 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2741  choline/carnitine/betaine transporter  44.95 
 
 
661 aa  397  1e-109  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0154  choline/carnitine/betaine transporter  45.67 
 
 
682 aa  397  1e-109  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1301  BCCT family betaine/choline/carnitine/glycine transporter  45.11 
 
 
682 aa  398  1e-109  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1362  choline/carnitine/betaine transport  45.35 
 
 
673 aa  398  1e-109  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000623924  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30890  choline/carnitine/betaine transport  48.09 
 
 
572 aa  397  1e-109  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1175  choline/carnitine/betaine transport  45.4 
 
 
658 aa  396  1e-109  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0833615  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>