More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_02380 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013530  Xcel_2261  choline/carnitine/betaine transporter  54.81 
 
 		 671 aa  682    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02380  choline/carnitine/betaine transport  100 
 
 		 664 aa  1320    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.136626  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22610  choline/carnitine/betaine transport  45.27 
 
 		 663 aa  547  1e-154  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.524203  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1904  choline/carnitine/betaine transporter  46.56 
 
 		 678 aa  531  1e-149  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.674112 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0292  BCCT transporter  62.05 
 
 		 513 aa  528  1e-148  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0419043 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4702  choline/carnitine/betaine transporter  48.2 
 
 		 583 aa  526  1e-148  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.911193  decreased coverage  0.0031512 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1765  choline/carnitine/betaine transporter  49.17 
 
 		 573 aa  524  1e-147  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.582743 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1356  choline/carnitine/betaine transport  48.4 
 
 		 582 aa  512  1e-144  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.379286  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1374  choline/carnitine/betaine transporter  48.4 
 
 		 582 aa  512  1e-144  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.796407  normal  0.760016 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22280  choline/carnitine/betaine transport  45.38 
 
 		 639 aa  513  1e-144  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1390  choline/carnitine/betaine transporter  48.4 
 
 		 582 aa  511  1e-143  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.211195 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2609  choline/carnitine/betaine transporter  48.23 
 
 		 573 aa  509  1e-143  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0501554  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00860  choline/carnitine/betaine transport  44.93 
 
 		 662 aa  493  9.999999999999999e-139  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2914  choline/carnitine/betaine transporter  46.8 
 
 		 611 aa  485  1e-136  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.34631  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0044  choline/carnitine/betaine transporter  49.42 
 
 		 610 aa  477  1e-133  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16530  choline/carnitine/betaine transport  43.89 
 
 		 651 aa  467  9.999999999999999e-131  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0532776  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3716  choline/carnitine/betaine transporter  42.6 
 
 		 629 aa  454  1.0000000000000001e-126  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.903721  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3457  choline/carnitine/betaine transporter  46.63 
 
 		 694 aa  445  1e-123  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1485  choline/carnitine/betaine transporter  45.84 
 
 		 580 aa  443  1e-123  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00724238  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3628  choline/carnitine/betaine transporter  44.22 
 
 		 581 aa  432  1e-119  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00590  choline/carnitine/betaine transport  45.37 
 
 		 592 aa  429  1e-119  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0767816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2288  choline/carnitine/betaine transporter  44.06 
 
 		 582 aa  430  1e-119  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.529795 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2105  choline/carnitine/betaine transporter  44.22 
 
 		 581 aa  432  1e-119  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6409  choline/carnitine/betaine transporter  44.03 
 
 		 585 aa  429  1e-118  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2676  choline/carnitine/betaine transporter  43.65 
 
 		 582 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4142  choline/carnitine/betaine transporter  42.21 
 
 		 602 aa  416  9.999999999999999e-116  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0184  BCCT transporter  41.54 
 
 		 602 aa  410  1e-113  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3426  choline/carnitine/betaine transporter  43.98 
 
 		 531 aa  398  1e-109  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0758867  normal  0.343027 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2851  choline/carnitine/betaine transporter  37.96 
 
 		 600 aa  394  1e-108  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152332  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4898  choline/carnitine/betaine transporter  43.93 
 
 		 586 aa  392  1e-107  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2906  choline/carnitine/betaine transporter  39.55 
 
 		 577 aa  381  1e-104  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  42.21 
 
 		 573 aa  376  1e-103  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3803  choline/carnitine/betaine transporter  41.85 
 
 		 531 aa  370  1e-101  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.19587 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0920  choline/carnitine/betaine transporter  39.13 
 
 		 546 aa  365  1e-99  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0705081  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1132  choline/carnitine/betaine transporter  40.65 
 
 		 574 aa  363  8e-99  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0319453 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1410  choline/carnitine/betaine transporter  37.83 
 
 		 548 aa  355  1e-96  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.0000212445  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0046  glycine betaine transporter  36.69 
 
 		 532 aa  355  1e-96  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.275522  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1437  choline/carnitine/betaine transporter  37.83 
 
 		 548 aa  355  1e-96  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000110122  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2648  choline/carnitine/betaine transporter  38.29 
 
 		 534 aa  347  4e-94  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0757  choline/carnitine/betaine transport  45.04 
 
 		 525 aa  346  8e-94  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.26622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0465  glycine betaine transporter  36.04 
 
 		 516 aa  343  5.999999999999999e-93  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00194055  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0610  glycine betaine transporter  36.04 
 
 		 516 aa  343  7e-93  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0465  glycine betaine transporter  36.04 
 
 		 516 aa  343  7e-93  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000010169  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0614  glycine betaine transporter  35.19 
 
 		 516 aa  342  1e-92  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000015754  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0522  glycine betaine transporter  35.84 
 
 		 516 aa  342  2e-92  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0554  glycine betaine transporter  35.84 
 
 		 516 aa  342  2e-92  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0683  glycine betaine transporter  35.84 
 
 		 516 aa  342  2e-92  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000113352  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5593  glycine betaine transporter  38.04 
 
 		 504 aa  338  9.999999999999999e-92  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000183656 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4919  glycine betaine transporter  38.16 
 
 		 505 aa  338  9.999999999999999e-92  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5411  glycine betaine transporter  38.16 
 
 		 505 aa  339  9.999999999999999e-92  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4934  glycine betaine transporter  38.16 
 
 		 505 aa  338  9.999999999999999e-92  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18950  choline/carnitine/betaine transport  40.95 
 
 		 606 aa  338  9.999999999999999e-92  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.318822  normal  0.131435 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5329  glycine betaine transporter  38.16 
 
 		 505 aa  338  9.999999999999999e-92  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.52581e-23 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0485  choline/carnitine/betaine transporter  35.19 
 
 		 516 aa  338  1.9999999999999998e-91  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000502789  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5363  glycine betaine transporter  37.65 
 
 		 504 aa  337  5e-91  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0727  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  38.87 
 
 		 681 aa  337  5.999999999999999e-91  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5358  glycine betaine transporter  37.96 
 
 		 505 aa  336  7.999999999999999e-91  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0590  glycine betaine transporter  35.25 
 
 		 516 aa  336  7.999999999999999e-91  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000851893  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4749  glycine betaine transporter  35.12 
 
 		 516 aa  336  9e-91  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0790865 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  36.25 
 
 		 657 aa  335  1e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5089  glycine betaine transporter  37.96 
 
 		 505 aa  336  1e-90  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5479  glycine betaine transporter  37.96 
 
 		 505 aa  336  1e-90  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.231091  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2376  choline/carnitine/betaine transporter  38.25 
 
 		 508 aa  334  3e-90  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0157817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0160  choline/carnitine/betaine transporter  39.72 
 
 		 497 aa  333  5e-90  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  37.97 
 
 		 490 aa  333  5e-90  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  38.82 
 
 		 637 aa  333  6e-90  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  39.02 
 
 		 661 aa  331  2e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  34.4 
 
 		 523 aa  330  3e-89  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  39.57 
 
 		 538 aa  330  4e-89  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2255  choline/carnitine/betaine transporter  37.68 
 
 		 520 aa  329  8e-89  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2216  choline/carnitine/betaine transporter  37.68 
 
 		 520 aa  329  8e-89  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2125  choline/carnitine/betaine transport  38.24 
 
 		 549 aa  329  9e-89  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4324  choline/carnitine/betaine transporter  35.67 
 
 		 494 aa  328  1.0000000000000001e-88  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  39.27 
 
 		 661 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3772  choline/carnitine/betaine transporter  37.97 
 
 		 505 aa  327  3e-88  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0079  choline/carnitine/betaine transporter  39.47 
 
 		 558 aa  327  4.0000000000000003e-88  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06510  choline/carnitine/betaine transport  36.72 
 
 		 642 aa  327  4.0000000000000003e-88  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  38.54 
 
 		 659 aa  327  6e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0023  choline/carnitine/betaine transporter  38.49 
 
 		 539 aa  326  7e-88  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.16107 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  36.2 
 
 		 503 aa  325  1e-87  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  38.54 
 
 		 659 aa  325  1e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5032  choline/carnitine/betaine transporter  37.08 
 
 		 504 aa  325  2e-87  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0022  choline/carnitine/betaine transporter  36.31 
 
 		 580 aa  325  2e-87  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.499144 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13010  choline/carnitine/betaine transport  37.59 
 
 		 603 aa  324  3e-87  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.639384 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1301  BCCT family betaine/choline/carnitine/glycine transporter  37.24 
 
 		 682 aa  323  4e-87  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  35.73 
 
 		 551 aa  323  9.000000000000001e-87  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0875  choline/carnitine/betaine transport  37.77 
 
 		 681 aa  322  9.999999999999999e-87  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5310  choline/carnitine/betaine transporter  37.34 
 
 		 698 aa  318  2e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.910175  normal  0.618905 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1109  choline/carnitine/betaine transporter  37.82 
 
 		 676 aa  318  2e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.507446  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2364  choline/carnitine/betaine transporter  38.13 
 
 		 685 aa  318  2e-85  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  40.42 
 
 		 545 aa  317  4e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  37.92 
 
 		 667 aa  317  5e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30890  choline/carnitine/betaine transport  40.72 
 
 		 572 aa  317  6e-85  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3341  choline/carnitine/betaine transporter  41.54 
 
 		 637 aa  317  6e-85  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1610  hypothetical protein  39.66 
 
 		 646 aa  315  1.9999999999999998e-84  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00096761  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0237  choline/carnitine/betaine transporter  37.38 
 
 		 550 aa  314  2.9999999999999996e-84  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000527978  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3745  choline/carnitine/betaine transporter  36.43 
 
 		 724 aa  313  3.9999999999999997e-84  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10935  glycine betaine transport integral membrane protein betP  42.76 
 
 		 593 aa  313  4.999999999999999e-84  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1121  choline/carnitine/betaine transporter  39.96 
 
 		 611 aa  313  6.999999999999999e-84  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  37.73 
 
 		 660 aa  313  6.999999999999999e-84  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>