More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_2906 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_2906  choline/carnitine/betaine transporter  100 
 
 		 577 aa  1133    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2851  choline/carnitine/betaine transporter  56.13 
 
 		 600 aa  582  1.0000000000000001e-165  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152332  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0044  choline/carnitine/betaine transporter  52.33 
 
 		 610 aa  508  9.999999999999999e-143  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0757  choline/carnitine/betaine transport  57.38 
 
 		 525 aa  505  9.999999999999999e-143  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.26622  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4702  choline/carnitine/betaine transporter  47.16 
 
 		 583 aa  494  9.999999999999999e-139  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.911193  decreased coverage  0.0031512 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6409  choline/carnitine/betaine transporter  50 
 
 		 585 aa  493  9.999999999999999e-139  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2609  choline/carnitine/betaine transporter  50.83 
 
 		 573 aa  493  9.999999999999999e-139  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0501554  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1765  choline/carnitine/betaine transporter  50.19 
 
 		 573 aa  493  9.999999999999999e-139  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.582743 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3426  choline/carnitine/betaine transporter  51.07 
 
 		 531 aa  483  1e-135  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0758867  normal  0.343027 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1390  choline/carnitine/betaine transporter  47.52 
 
 		 582 aa  479  1e-134  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.211195 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1356  choline/carnitine/betaine transport  47.61 
 
 		 582 aa  479  1e-134  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.379286  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1374  choline/carnitine/betaine transporter  47.61 
 
 		 582 aa  479  1e-134  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.796407  normal  0.760016 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3628  choline/carnitine/betaine transporter  50.1 
 
 		 581 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2105  choline/carnitine/betaine transporter  50.1 
 
 		 581 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2914  choline/carnitine/betaine transporter  51.7 
 
 		 611 aa  467  9.999999999999999e-131  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.34631  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1132  choline/carnitine/betaine transporter  47.39 
 
 		 574 aa  466  9.999999999999999e-131  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0319453 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2288  choline/carnitine/betaine transporter  49.9 
 
 		 582 aa  464  1e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.529795 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00590  choline/carnitine/betaine transport  48 
 
 		 592 aa  464  1e-129  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0767816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3803  choline/carnitine/betaine transporter  48.95 
 
 		 531 aa  459  9.999999999999999e-129  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.19587 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2676  choline/carnitine/betaine transporter  48.67 
 
 		 582 aa  457  1e-127  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  45.84 
 
 		 503 aa  454  1.0000000000000001e-126  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1485  choline/carnitine/betaine transporter  47.12 
 
 		 580 aa  449  1e-125  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00724238  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5089  glycine betaine transporter  45.44 
 
 		 505 aa  444  1e-123  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4919  glycine betaine transporter  45.44 
 
 		 505 aa  442  1e-123  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4934  glycine betaine transporter  45.44 
 
 		 505 aa  442  1e-123  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5479  glycine betaine transporter  45.44 
 
 		 505 aa  444  1e-123  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.231091  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5032  choline/carnitine/betaine transporter  45.03 
 
 		 504 aa  442  1e-123  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5411  glycine betaine transporter  45.44 
 
 		 505 aa  442  1e-123  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5329  glycine betaine transporter  45.44 
 
 		 505 aa  442  1e-123  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.52581e-23 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5593  glycine betaine transporter  45.03 
 
 		 504 aa  444  1e-123  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000183656 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5358  glycine betaine transporter  45.03 
 
 		 505 aa  441  9.999999999999999e-123  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3772  choline/carnitine/betaine transporter  44.56 
 
 		 505 aa  439  9.999999999999999e-123  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5363  glycine betaine transporter  45.66 
 
 		 504 aa  441  9.999999999999999e-123  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  44.38 
 
 		 523 aa  434  1e-120  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3716  choline/carnitine/betaine transporter  44.77 
 
 		 629 aa  432  1e-120  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.903721  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2098  choline/carnitine/betaine transporter  46.28 
 
 		 498 aa  429  1e-119  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1736  choline/carnitine/betaine transporter  42.43 
 
 		 506 aa  426  1e-118  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00814809  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0046  glycine betaine transporter  41.02 
 
 		 532 aa  424  1e-117  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.275522  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4749  glycine betaine transporter  41.47 
 
 		 516 aa  419  1e-116  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0790865 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  42.42 
 
 		 490 aa  421  1e-116  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0465  glycine betaine transporter  41.47 
 
 		 516 aa  417  9.999999999999999e-116  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00194055  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0465  glycine betaine transporter  41.95 
 
 		 516 aa  417  9.999999999999999e-116  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000010169  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3457  choline/carnitine/betaine transporter  44.79 
 
 		 694 aa  416  9.999999999999999e-116  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2376  choline/carnitine/betaine transporter  43.09 
 
 		 508 aa  417  9.999999999999999e-116  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0157817  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0683  glycine betaine transporter  41.95 
 
 		 516 aa  417  9.999999999999999e-116  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000113352  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0610  glycine betaine transporter  41.95 
 
 		 516 aa  417  9.999999999999999e-116  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  44.33 
 
 		 659 aa  413  1e-114  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0590  glycine betaine transporter  41.55 
 
 		 516 aa  414  1e-114  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000851893  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0614  glycine betaine transporter  41.88 
 
 		 516 aa  414  1e-114  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000015754  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0522  glycine betaine transporter  41.75 
 
 		 516 aa  415  1e-114  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0554  glycine betaine transporter  41.75 
 
 		 516 aa  415  1e-114  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0485  choline/carnitine/betaine transporter  43.03 
 
 		 516 aa  413  1e-114  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000502789  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4142  choline/carnitine/betaine transporter  45.7 
 
 		 602 aa  414  1e-114  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  44.14 
 
 		 659 aa  412  1e-113  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0160  choline/carnitine/betaine transporter  43.49 
 
 		 497 aa  400  9.999999999999999e-111  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0184  BCCT transporter  42.6 
 
 		 602 aa  395  1e-109  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  42.21 
 
 		 657 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4324  choline/carnitine/betaine transporter  40 
 
 		 494 aa  391  1e-107  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2261  choline/carnitine/betaine transporter  44.51 
 
 		 671 aa  391  1e-107  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  43.69 
 
 		 573 aa  391  1e-107  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0022  choline/carnitine/betaine transporter  42.49 
 
 		 580 aa  383  1e-105  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.499144 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18950  choline/carnitine/betaine transport  42.68 
 
 		 606 aa  385  1e-105  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.318822  normal  0.131435 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  40.28 
 
 		 551 aa  384  1e-105  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  44.29 
 
 		 661 aa  382  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25390  choline/carnitine/betaine transport  40.16 
 
 		 514 aa  380  1e-104  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.229483  normal  0.345378 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02380  choline/carnitine/betaine transport  41.92 
 
 		 664 aa  381  1e-104  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.136626  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22610  choline/carnitine/betaine transport  39.18 
 
 		 663 aa  380  1e-104  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.524203  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0079  choline/carnitine/betaine transporter  39.65 
 
 		 558 aa  380  1e-104  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  41.64 
 
 		 538 aa  379  1e-104  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2025  choline/carnitine/betaine transporter  45.69 
 
 		 533 aa  380  1e-104  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2320  choline/carnitine/betaine transporter  38.54 
 
 		 530 aa  376  1e-103  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.439021  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  43.57 
 
 		 661 aa  377  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  41.78 
 
 		 545 aa  377  1e-103  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0654  choline/carnitine/betaine transport  39.77 
 
 		 544 aa  378  1e-103  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  41.7 
 
 		 637 aa  379  1e-103  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0920  choline/carnitine/betaine transporter  40.57 
 
 		 546 aa  369  1e-101  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0705081  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  41.8 
 
 		 550 aa  370  1e-101  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4898  choline/carnitine/betaine transporter  46.23 
 
 		 586 aa  372  1e-101  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3341  choline/carnitine/betaine transporter  41.65 
 
 		 637 aa  366  1e-100  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  37.23 
 
 		 606 aa  366  1e-100  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3576  choline/carnitine/betaine transporter  41.59 
 
 		 567 aa  367  1e-100  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.440158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  39.96 
 
 		 542 aa  365  1e-100  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  0.00000108541 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4027  BCCT family transporter  40.16 
 
 		 530 aa  365  1e-99  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2255  choline/carnitine/betaine transporter  40.61 
 
 		 520 aa  365  1e-99  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2216  choline/carnitine/betaine transporter  40.61 
 
 		 520 aa  365  1e-99  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2475  choline/carnitine/betaine transporter  40.2 
 
 		 538 aa  365  1e-99  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.172611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01813  Choline-glycine betaine transporter  40.4 
 
 		 656 aa  365  2e-99  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000594064  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4042  choline/carnitine/betaine transporter  39.44 
 
 		 526 aa  362  1e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5374  choline/carnitine/betaine transporter family protein  38.36 
 
 		 567 aa  360  5e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.985383  normal  0.22306 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01900  choline/carnitine/betaine transport  41.2 
 
 		 619 aa  358  1.9999999999999998e-97  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1904  choline/carnitine/betaine transporter  41.52 
 
 		 678 aa  355  1e-96  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.674112 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1437  choline/carnitine/betaine transporter  39.27 
 
 		 548 aa  355  2e-96  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000110122  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4319  choline/carnitine/betaine transporter  37.48 
 
 		 534 aa  355  2e-96  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1410  choline/carnitine/betaine transporter  39.27 
 
 		 548 aa  355  2e-96  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.0000212445  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0421  choline/carnitine/betaine transporter  43.29 
 
 		 661 aa  352  1e-95  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.45567  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3532  choline/carnitine/betaine transporter  38.18 
 
 		 556 aa  351  2e-95  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2125  choline/carnitine/betaine transport  39.49 
 
 		 549 aa  349  9e-95  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30890  choline/carnitine/betaine transport  43.38 
 
 		 572 aa  348  1e-94  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1512  choline transport protein BetT  38.07 
 
 		 679 aa  348  2e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0971262  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2029  choline/carnitine/betaine transporter  40.13 
 
 		 558 aa  348  2e-94  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>