More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3628 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3628  choline/carnitine/betaine transporter  100 
 
 
581 aa  1164    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2288  choline/carnitine/betaine transporter  96.39 
 
 
582 aa  1097    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.529795 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2676  choline/carnitine/betaine transporter  87.26 
 
 
582 aa  1018    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0044  choline/carnitine/betaine transporter  62.55 
 
 
610 aa  655    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1390  choline/carnitine/betaine transporter  61.15 
 
 
582 aa  668    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.211195 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2105  choline/carnitine/betaine transporter  99.66 
 
 
581 aa  1159    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1356  choline/carnitine/betaine transport  61.32 
 
 
582 aa  670    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.379286  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2914  choline/carnitine/betaine transporter  62.05 
 
 
611 aa  658    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.34631  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2609  choline/carnitine/betaine transporter  64.79 
 
 
573 aa  675    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0501554  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1374  choline/carnitine/betaine transporter  61.32 
 
 
582 aa  670    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.796407  normal  0.760016 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4702  choline/carnitine/betaine transporter  62.25 
 
 
583 aa  671    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.911193  decreased coverage  0.0031512 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1765  choline/carnitine/betaine transporter  60.75 
 
 
573 aa  670    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.582743 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3716  choline/carnitine/betaine transporter  55.57 
 
 
629 aa  629  1e-179  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.903721  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6409  choline/carnitine/betaine transporter  58.32 
 
 
585 aa  627  1e-178  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00590  choline/carnitine/betaine transport  57.37 
 
 
592 aa  623  1e-177  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0767816  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3457  choline/carnitine/betaine transporter  56.71 
 
 
694 aa  617  1e-175  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1485  choline/carnitine/betaine transporter  57.45 
 
 
580 aa  599  1e-170  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00724238  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4898  choline/carnitine/betaine transporter  58.43 
 
 
586 aa  554  1e-156  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4142  choline/carnitine/betaine transporter  56.23 
 
 
602 aa  536  1e-151  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0184  BCCT transporter  50.27 
 
 
602 aa  529  1e-149  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3426  choline/carnitine/betaine transporter  49.72 
 
 
531 aa  483  1e-135  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0758867  normal  0.343027 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22610  choline/carnitine/betaine transport  43.83 
 
 
663 aa  473  1e-132  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.524203  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2906  choline/carnitine/betaine transporter  50.1 
 
 
577 aa  473  1e-132  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3803  choline/carnitine/betaine transporter  50.2 
 
 
531 aa  466  9.999999999999999e-131  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.19587 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0757  choline/carnitine/betaine transport  56.29 
 
 
525 aa  467  9.999999999999999e-131  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.26622  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1132  choline/carnitine/betaine transporter  48.2 
 
 
574 aa  452  1.0000000000000001e-126  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0319453 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2851  choline/carnitine/betaine transporter  47.84 
 
 
600 aa  441  9.999999999999999e-123  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152332  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1904  choline/carnitine/betaine transporter  42.7 
 
 
678 aa  438  1e-121  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.674112 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2261  choline/carnitine/betaine transporter  44.04 
 
 
671 aa  437  1e-121  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02380  choline/carnitine/betaine transport  45.27 
 
 
664 aa  435  1e-120  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.136626  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00860  choline/carnitine/betaine transport  44.3 
 
 
662 aa  425  1e-117  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22280  choline/carnitine/betaine transport  42.43 
 
 
639 aa  419  1e-116  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5411  glycine betaine transporter  42.15 
 
 
505 aa  405  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2098  choline/carnitine/betaine transporter  43.23 
 
 
498 aa  406  1.0000000000000001e-112  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5358  glycine betaine transporter  41.95 
 
 
505 aa  404  1e-111  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13010  choline/carnitine/betaine transport  41.92 
 
 
603 aa  404  1e-111  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.639384 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5089  glycine betaine transporter  42.15 
 
 
505 aa  403  1e-111  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4919  glycine betaine transporter  42.15 
 
 
505 aa  405  1e-111  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4934  glycine betaine transporter  42.15 
 
 
505 aa  405  1e-111  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16530  choline/carnitine/betaine transport  43.63 
 
 
651 aa  404  1e-111  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0532776  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5479  glycine betaine transporter  42.15 
 
 
505 aa  403  1e-111  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.231091  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5329  glycine betaine transporter  42.15 
 
 
505 aa  405  1e-111  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.52581e-23 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5032  choline/carnitine/betaine transporter  41.37 
 
 
504 aa  403  1e-111  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  41.95 
 
 
573 aa  401  9.999999999999999e-111  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5593  glycine betaine transporter  41.75 
 
 
504 aa  400  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000183656 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5363  glycine betaine transporter  41.75 
 
 
504 aa  400  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0920  choline/carnitine/betaine transporter  39.12 
 
 
546 aa  396  1e-109  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0705081  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  40.31 
 
 
503 aa  396  1e-109  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  43.8 
 
 
523 aa  394  1e-108  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3772  choline/carnitine/betaine transporter  40.76 
 
 
505 aa  387  1e-106  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10935  glycine betaine transport integral membrane protein betP  47.65 
 
 
593 aa  388  1e-106  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0614  glycine betaine transporter  39.11 
 
 
516 aa  382  1e-105  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000015754  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18950  choline/carnitine/betaine transport  42.64 
 
 
606 aa  385  1e-105  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.318822  normal  0.131435 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  42.44 
 
 
490 aa  385  1e-105  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  43.95 
 
 
659 aa  382  1e-105  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2376  choline/carnitine/betaine transporter  42.33 
 
 
508 aa  384  1e-105  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0157817  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0465  glycine betaine transporter  39.11 
 
 
516 aa  381  1e-104  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00194055  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0465  glycine betaine transporter  39.11 
 
 
516 aa  380  1e-104  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000010169  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4324  choline/carnitine/betaine transporter  41.01 
 
 
494 aa  380  1e-104  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  43.75 
 
 
659 aa  380  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0610  glycine betaine transporter  39.11 
 
 
516 aa  380  1e-104  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4749  glycine betaine transporter  39.26 
 
 
516 aa  378  1e-103  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0790865 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0683  glycine betaine transporter  39.6 
 
 
516 aa  377  1e-103  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000113352  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1437  choline/carnitine/betaine transporter  37.25 
 
 
548 aa  378  1e-103  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000110122  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0522  glycine betaine transporter  39.68 
 
 
516 aa  378  1e-103  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0046  glycine betaine transporter  38.06 
 
 
532 aa  376  1e-103  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.275522  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0554  glycine betaine transporter  39.68 
 
 
516 aa  378  1e-103  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1410  choline/carnitine/betaine transporter  37.25 
 
 
548 aa  378  1e-103  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.0000212445  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2320  choline/carnitine/betaine transporter  39.5 
 
 
530 aa  373  1e-102  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.439021  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0590  glycine betaine transporter  39.24 
 
 
516 aa  374  1e-102  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000851893  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5310  choline/carnitine/betaine transporter  42.37 
 
 
698 aa  375  1e-102  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.910175  normal  0.618905 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2648  choline/carnitine/betaine transporter  40.86 
 
 
534 aa  370  1e-101  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0079  choline/carnitine/betaine transporter  41.07 
 
 
558 aa  367  1e-100  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0485  choline/carnitine/betaine transporter  37.48 
 
 
516 aa  367  1e-100  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000502789  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0160  choline/carnitine/betaine transporter  42.28 
 
 
497 aa  367  1e-100  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4336  choline/carnitine/betaine transporter  39.37 
 
 
529 aa  366  1e-100  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3341  choline/carnitine/betaine transporter  41.59 
 
 
637 aa  367  1e-100  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01900  choline/carnitine/betaine transport  42.66 
 
 
619 aa  365  1e-99  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0022  choline/carnitine/betaine transporter  38.92 
 
 
580 aa  364  2e-99  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.499144 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2003  choline/carnitine/betaine transport family protein  42.48 
 
 
535 aa  364  3e-99  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  41.26 
 
 
637 aa  363  5.0000000000000005e-99  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1736  choline/carnitine/betaine transporter  39.33 
 
 
506 aa  363  5.0000000000000005e-99  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00814809  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  41.06 
 
 
545 aa  360  3e-98  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  35.58 
 
 
606 aa  358  9.999999999999999e-98  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  41.1 
 
 
657 aa  358  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  39.84 
 
 
667 aa  356  5e-97  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3360  choline/carnitine/betaine transporter  41.15 
 
 
676 aa  356  5.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0225578  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4430  choline/carnitine/betaine transporter  40.94 
 
 
691 aa  356  6.999999999999999e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1109  choline/carnitine/betaine transporter  41.36 
 
 
676 aa  356  7.999999999999999e-97  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.507446  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1874  BCCT transporter  40.94 
 
 
676 aa  355  1e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0838618  normal  0.235512 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  42.4 
 
 
661 aa  355  1e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4045  choline/carnitine/betaine transporter  41.28 
 
 
673 aa  355  1e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.158094  normal  0.57128 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  37.66 
 
 
551 aa  355  2e-96  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1505  choline/carnitine/betaine transporter  41.3 
 
 
668 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0049  choline/carnitine/betaine transporter  39.68 
 
 
523 aa  352  7e-96  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.335489  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3164  choline/carnitine/betaine transporter  38.58 
 
 
660 aa  353  7e-96  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06510  choline/carnitine/betaine transport  39.59 
 
 
642 aa  352  8.999999999999999e-96  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0023  choline/carnitine/betaine transporter  39.64 
 
 
539 aa  352  1e-95  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.16107 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1610  hypothetical protein  41.03 
 
 
646 aa  351  2e-95  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00096761  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12990  choline transporter  39.92 
 
 
653 aa  351  2e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.283179 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>