More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_4142 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_1485  choline/carnitine/betaine transporter  65.96 
 
 		 580 aa  689    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00724238  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4142  choline/carnitine/betaine transporter  100 
 
 		 602 aa  1202    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0044  choline/carnitine/betaine transporter  58.53 
 
 		 610 aa  592  1e-168  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6409  choline/carnitine/betaine transporter  53.79 
 
 		 585 aa  582  1.0000000000000001e-165  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4702  choline/carnitine/betaine transporter  55.27 
 
 		 583 aa  580  1e-164  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.911193  decreased coverage  0.0031512 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2609  choline/carnitine/betaine transporter  58.8 
 
 		 573 aa  579  1e-164  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0501554  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1765  choline/carnitine/betaine transporter  58.28 
 
 		 573 aa  580  1e-164  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.582743 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1390  choline/carnitine/betaine transporter  57.17 
 
 		 582 aa  576  1.0000000000000001e-163  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.211195 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1356  choline/carnitine/betaine transport  56.78 
 
 		 582 aa  572  1.0000000000000001e-162  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.379286  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1374  choline/carnitine/betaine transporter  56.78 
 
 		 582 aa  572  1.0000000000000001e-162  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.796407  normal  0.760016 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3628  choline/carnitine/betaine transporter  56.23 
 
 		 581 aa  565  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2914  choline/carnitine/betaine transporter  55.7 
 
 		 611 aa  564  1.0000000000000001e-159  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.34631  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2105  choline/carnitine/betaine transporter  56.23 
 
 		 581 aa  565  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2288  choline/carnitine/betaine transporter  56.23 
 
 		 582 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.529795 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2676  choline/carnitine/betaine transporter  56.13 
 
 		 582 aa  559  1e-158  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00590  choline/carnitine/betaine transport  58.55 
 
 		 592 aa  555  1e-156  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0767816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3716  choline/carnitine/betaine transporter  53.41 
 
 		 629 aa  536  1e-151  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.903721  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3457  choline/carnitine/betaine transporter  54.43 
 
 		 694 aa  526  1e-148  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0184  BCCT transporter  50.09 
 
 		 602 aa  520  1e-146  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4898  choline/carnitine/betaine transporter  54.05 
 
 		 586 aa  473  1e-132  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3426  choline/carnitine/betaine transporter  48.23 
 
 		 531 aa  471  1.0000000000000001e-131  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0758867  normal  0.343027 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3803  choline/carnitine/betaine transporter  48.5 
 
 		 531 aa  460  9.999999999999999e-129  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.19587 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1132  choline/carnitine/betaine transporter  50.09 
 
 		 574 aa  456  1e-127  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0319453 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22610  choline/carnitine/betaine transport  43.86 
 
 		 663 aa  449  1.0000000000000001e-124  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.524203  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2851  choline/carnitine/betaine transporter  47.49 
 
 		 600 aa  436  1e-121  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152332  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2906  choline/carnitine/betaine transporter  45.16 
 
 		 577 aa  432  1e-120  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02380  choline/carnitine/betaine transport  42.71 
 
 		 664 aa  430  1e-119  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.136626  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00860  choline/carnitine/betaine transport  47.1 
 
 		 662 aa  426  1e-118  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0757  choline/carnitine/betaine transport  52.07 
 
 		 525 aa  426  1e-118  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.26622  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1904  choline/carnitine/betaine transporter  42.09 
 
 		 678 aa  416  9.999999999999999e-116  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.674112 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2261  choline/carnitine/betaine transporter  44.49 
 
 		 671 aa  413  1e-114  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  42.13 
 
 		 503 aa  386  1e-106  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2098  choline/carnitine/betaine transporter  43.98 
 
 		 498 aa  384  1e-105  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22280  choline/carnitine/betaine transport  42.61 
 
 		 639 aa  384  1e-105  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3772  choline/carnitine/betaine transporter  40.67 
 
 		 505 aa  379  1e-104  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  42.03 
 
 		 523 aa  382  1e-104  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5358  glycine betaine transporter  39.92 
 
 		 505 aa  376  1e-103  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5089  glycine betaine transporter  40.23 
 
 		 505 aa  378  1e-103  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4919  glycine betaine transporter  40.04 
 
 		 505 aa  378  1e-103  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4934  glycine betaine transporter  40.04 
 
 		 505 aa  378  1e-103  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1736  choline/carnitine/betaine transporter  41.91 
 
 		 506 aa  375  1e-103  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00814809  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5479  glycine betaine transporter  40.23 
 
 		 505 aa  378  1e-103  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.231091  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5411  glycine betaine transporter  40.04 
 
 		 505 aa  377  1e-103  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5329  glycine betaine transporter  40.04 
 
 		 505 aa  378  1e-103  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.52581e-23 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16530  choline/carnitine/betaine transport  45.4 
 
 		 651 aa  378  1e-103  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0532776  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0160  choline/carnitine/betaine transporter  43.81 
 
 		 497 aa  377  1e-103  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0920  choline/carnitine/betaine transporter  40.27 
 
 		 546 aa  374  1e-102  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0705081  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2376  choline/carnitine/betaine transporter  42.37 
 
 		 508 aa  374  1e-102  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0157817  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5593  glycine betaine transporter  40.28 
 
 		 504 aa  373  1e-102  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000183656 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5363  glycine betaine transporter  40.2 
 
 		 504 aa  370  1e-101  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1437  choline/carnitine/betaine transporter  38.41 
 
 		 548 aa  369  1e-101  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000110122  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1410  choline/carnitine/betaine transporter  38.41 
 
 		 548 aa  369  1e-101  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.0000212445  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0046  glycine betaine transporter  39.06 
 
 		 532 aa  366  1e-100  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.275522  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  41.37 
 
 		 573 aa  367  1e-100  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5032  choline/carnitine/betaine transporter  40.48 
 
 		 504 aa  368  1e-100  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  41.68 
 
 		 490 aa  366  1e-100  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0614  glycine betaine transporter  38.88 
 
 		 516 aa  363  6e-99  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000015754  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3341  choline/carnitine/betaine transporter  37.9 
 
 		 637 aa  362  8e-99  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0610  glycine betaine transporter  38.88 
 
 		 516 aa  360  3e-98  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0465  glycine betaine transporter  38.88 
 
 		 516 aa  360  3e-98  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000010169  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0465  glycine betaine transporter  38.45 
 
 		 516 aa  360  4e-98  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00194055  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4749  glycine betaine transporter  38.68 
 
 		 516 aa  360  4e-98  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0790865 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0079  choline/carnitine/betaine transporter  42.86 
 
 		 558 aa  359  8e-98  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0522  glycine betaine transporter  38.68 
 
 		 516 aa  359  9.999999999999999e-98  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0554  glycine betaine transporter  38.68 
 
 		 516 aa  359  9.999999999999999e-98  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0485  choline/carnitine/betaine transporter  37.94 
 
 		 516 aa  358  9.999999999999999e-98  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000502789  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0683  glycine betaine transporter  38.3 
 
 		 516 aa  358  1.9999999999999998e-97  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000113352  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0590  glycine betaine transporter  39.07 
 
 		 516 aa  357  2.9999999999999997e-97  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000851893  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2648  choline/carnitine/betaine transporter  41.41 
 
 		 534 aa  355  1e-96  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4324  choline/carnitine/betaine transporter  39.44 
 
 		 494 aa  354  2.9999999999999997e-96  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13010  choline/carnitine/betaine transport  40.24 
 
 		 603 aa  353  2.9999999999999997e-96  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.639384 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18950  choline/carnitine/betaine transport  40.99 
 
 		 606 aa  350  5e-95  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.318822  normal  0.131435 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3576  choline/carnitine/betaine transporter  38.27 
 
 		 567 aa  349  7e-95  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.440158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0898  BCCT family transporter  39.8 
 
 		 540 aa  346  8.999999999999999e-94  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  41.58 
 
 		 659 aa  345  1e-93  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  41.89 
 
 		 659 aa  344  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0022  choline/carnitine/betaine transporter  38.49 
 
 		 580 aa  343  7e-93  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.499144 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0098  transporter, BCCT family  40.28 
 
 		 526 aa  343  8e-93  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10935  glycine betaine transport integral membrane protein betP  42.53 
 
 		 593 aa  342  8e-93  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30890  choline/carnitine/betaine transport  41.88 
 
 		 572 aa  342  9e-93  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06510  choline/carnitine/betaine transport  39.25 
 
 		 642 aa  341  2e-92  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1809  choline/carnitine/betaine transporter  41.09 
 
 		 526 aa  342  2e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5310  choline/carnitine/betaine transporter  40.08 
 
 		 698 aa  341  2.9999999999999998e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.910175  normal  0.618905 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2003  choline/carnitine/betaine transport family protein  41.7 
 
 		 535 aa  338  1.9999999999999998e-91  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  40.8 
 
 		 545 aa  338  1.9999999999999998e-91  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0049  choline/carnitine/betaine transporter  39.39 
 
 		 523 aa  338  1.9999999999999998e-91  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.335489  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01900  choline/carnitine/betaine transport  39.89 
 
 		 619 aa  336  7e-91  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  40.73 
 
 		 657 aa  335  1e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2255  choline/carnitine/betaine transporter  37.92 
 
 		 520 aa  335  2e-90  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2216  choline/carnitine/betaine transporter  37.92 
 
 		 520 aa  335  2e-90  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  39.3 
 
 		 637 aa  334  3e-90  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3129  choline/carnitine/betaine transporter  39.61 
 
 		 554 aa  333  4e-90  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.32452  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2045  choline/carnitine/betaine transporter  39.96 
 
 		 554 aa  334  4e-90  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0189191  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  36.05 
 
 		 551 aa  332  1e-89  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2320  choline/carnitine/betaine transporter  37.84 
 
 		 530 aa  331  2e-89  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.439021  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2364  choline/carnitine/betaine transporter  37.68 
 
 		 685 aa  331  2e-89  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0023  choline/carnitine/betaine transporter  39.64 
 
 		 539 aa  330  3e-89  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.16107 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01883  choline/carnitine/betaine transporter  38.95 
 
 		 529 aa  330  6e-89  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0600  choline/carnitine/betaine transporter  36.42 
 
 		 584 aa  328  1.0000000000000001e-88  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000857259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2125  choline/carnitine/betaine transport  40.63 
 
 		 549 aa  329  1.0000000000000001e-88  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>