More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Snas_6409 on replicon NC_013947
Organism: Stackebrandtia nassauensis DSM 44728



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009338  Mflv_4702  choline/carnitine/betaine transporter  61.38 
 
 
583 aa  639    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.911193  decreased coverage  0.0031512 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0044  choline/carnitine/betaine transporter  64.84 
 
 
610 aa  689    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1356  choline/carnitine/betaine transport  65.58 
 
 
582 aa  650    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.379286  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6409  choline/carnitine/betaine transporter  100 
 
 
585 aa  1169    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2609  choline/carnitine/betaine transporter  62.98 
 
 
573 aa  645    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0501554  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1374  choline/carnitine/betaine transporter  65.58 
 
 
582 aa  650    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.796407  normal  0.760016 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1390  choline/carnitine/betaine transporter  65.97 
 
 
582 aa  651    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.211195 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1765  choline/carnitine/betaine transporter  61.31 
 
 
573 aa  647    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.582743 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2914  choline/carnitine/betaine transporter  62.41 
 
 
611 aa  631  1e-179  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.34631  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2105  choline/carnitine/betaine transporter  58.32 
 
 
581 aa  620  1e-176  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3628  choline/carnitine/betaine transporter  58.32 
 
 
581 aa  620  1e-176  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2288  choline/carnitine/betaine transporter  57.79 
 
 
582 aa  620  1e-176  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.529795 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2676  choline/carnitine/betaine transporter  57.19 
 
 
582 aa  609  1e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00590  choline/carnitine/betaine transport  58.77 
 
 
592 aa  595  1e-169  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0767816  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0184  BCCT transporter  53.98 
 
 
602 aa  583  1.0000000000000001e-165  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1485  choline/carnitine/betaine transporter  54.18 
 
 
580 aa  578  1e-164  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00724238  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3716  choline/carnitine/betaine transporter  52.82 
 
 
629 aa  577  1.0000000000000001e-163  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.903721  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4142  choline/carnitine/betaine transporter  55.49 
 
 
602 aa  555  1e-157  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3457  choline/carnitine/betaine transporter  53.1 
 
 
694 aa  546  1e-154  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4898  choline/carnitine/betaine transporter  52.4 
 
 
586 aa  509  1e-143  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2906  choline/carnitine/betaine transporter  50 
 
 
577 aa  484  1e-135  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22610  choline/carnitine/betaine transport  44.42 
 
 
663 aa  469  1.0000000000000001e-131  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.524203  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1132  choline/carnitine/betaine transporter  49.74 
 
 
574 aa  468  9.999999999999999e-131  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0319453 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0757  choline/carnitine/betaine transport  55.17 
 
 
525 aa  466  9.999999999999999e-131  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.26622  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3426  choline/carnitine/betaine transporter  47.34 
 
 
531 aa  460  9.999999999999999e-129  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0758867  normal  0.343027 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2851  choline/carnitine/betaine transporter  43.28 
 
 
600 aa  454  1.0000000000000001e-126  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152332  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3803  choline/carnitine/betaine transporter  48.18 
 
 
531 aa  446  1.0000000000000001e-124  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.19587 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1904  choline/carnitine/betaine transporter  43.24 
 
 
678 aa  428  1e-118  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.674112 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2261  choline/carnitine/betaine transporter  42.21 
 
 
671 aa  423  1e-117  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02380  choline/carnitine/betaine transport  44.29 
 
 
664 aa  419  1e-116  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.136626  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  42.97 
 
 
503 aa  409  1.0000000000000001e-112  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0046  glycine betaine transporter  40.15 
 
 
532 aa  402  1e-111  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.275522  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2098  choline/carnitine/betaine transporter  43.33 
 
 
498 aa  404  1e-111  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00860  choline/carnitine/betaine transport  42.75 
 
 
662 aa  402  1e-111  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  41.12 
 
 
573 aa  400  9.999999999999999e-111  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1736  choline/carnitine/betaine transporter  42.12 
 
 
506 aa  394  1e-108  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00814809  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0614  glycine betaine transporter  40.57 
 
 
516 aa  395  1e-108  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000015754  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0610  glycine betaine transporter  41.83 
 
 
516 aa  395  1e-108  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0522  glycine betaine transporter  41.63 
 
 
516 aa  393  1e-108  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0465  glycine betaine transporter  40.64 
 
 
516 aa  395  1e-108  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00194055  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0465  glycine betaine transporter  41.83 
 
 
516 aa  395  1e-108  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000010169  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0554  glycine betaine transporter  41.63 
 
 
516 aa  393  1e-108  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0160  choline/carnitine/betaine transporter  43.87 
 
 
497 aa  393  1e-108  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4749  glycine betaine transporter  41.8 
 
 
516 aa  391  1e-107  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0790865 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  42.08 
 
 
523 aa  391  1e-107  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0590  glycine betaine transporter  41.6 
 
 
516 aa  391  1e-107  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000851893  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0683  glycine betaine transporter  41.25 
 
 
516 aa  391  1e-107  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000113352  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0920  choline/carnitine/betaine transporter  42.17 
 
 
546 aa  388  1e-106  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0705081  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0485  choline/carnitine/betaine transporter  39.31 
 
 
516 aa  386  1e-106  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000502789  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22280  choline/carnitine/betaine transport  40.58 
 
 
639 aa  388  1e-106  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5089  glycine betaine transporter  41.29 
 
 
505 aa  384  1e-105  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5479  glycine betaine transporter  41.29 
 
 
505 aa  384  1e-105  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.231091  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16530  choline/carnitine/betaine transport  42.73 
 
 
651 aa  383  1e-105  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0532776  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3772  choline/carnitine/betaine transporter  40.59 
 
 
505 aa  382  1e-105  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  40.04 
 
 
490 aa  382  1e-105  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5358  glycine betaine transporter  40.61 
 
 
505 aa  380  1e-104  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4919  glycine betaine transporter  40.8 
 
 
505 aa  381  1e-104  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4934  glycine betaine transporter  40.8 
 
 
505 aa  381  1e-104  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5329  glycine betaine transporter  40.8 
 
 
505 aa  381  1e-104  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.52581e-23 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5411  glycine betaine transporter  40.8 
 
 
505 aa  381  1e-104  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5593  glycine betaine transporter  40.95 
 
 
504 aa  379  1e-104  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000183656 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18950  choline/carnitine/betaine transport  42.31 
 
 
606 aa  380  1e-104  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.318822  normal  0.131435 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5032  choline/carnitine/betaine transporter  40.94 
 
 
504 aa  381  1e-104  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5363  glycine betaine transporter  41.14 
 
 
504 aa  379  1e-104  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3341  choline/carnitine/betaine transporter  44.44 
 
 
637 aa  374  1e-102  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10935  glycine betaine transport integral membrane protein betP  44.95 
 
 
593 aa  373  1e-102  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1410  choline/carnitine/betaine transporter  40.64 
 
 
548 aa  371  1e-101  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.0000212445  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0022  choline/carnitine/betaine transporter  42.04 
 
 
580 aa  369  1e-101  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.499144 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13010  choline/carnitine/betaine transport  38.95 
 
 
603 aa  369  1e-101  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.639384 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2376  choline/carnitine/betaine transporter  40.99 
 
 
508 aa  372  1e-101  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0157817  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1437  choline/carnitine/betaine transporter  40.64 
 
 
548 aa  371  1e-101  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000110122  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2216  choline/carnitine/betaine transporter  41.55 
 
 
520 aa  368  1e-100  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2255  choline/carnitine/betaine transporter  41.55 
 
 
520 aa  368  1e-100  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4324  choline/carnitine/betaine transporter  38.34 
 
 
494 aa  366  1e-100  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  39.29 
 
 
659 aa  356  6.999999999999999e-97  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  39.29 
 
 
659 aa  355  1e-96  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01900  choline/carnitine/betaine transport  40.99 
 
 
619 aa  353  4e-96  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  38.88 
 
 
550 aa  353  5.9999999999999994e-96  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0079  choline/carnitine/betaine transporter  40.08 
 
 
558 aa  352  7e-96  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2125  choline/carnitine/betaine transport  40.77 
 
 
549 aa  350  4e-95  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0066  choline/carnitine/betaine transporter  39.71 
 
 
583 aa  350  5e-95  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.432279  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  40.08 
 
 
637 aa  350  5e-95  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  41.14 
 
 
538 aa  349  8e-95  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0835  choline/carnitine/betaine transporter  41.04 
 
 
574 aa  349  8e-95  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.475223  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3576  choline/carnitine/betaine transporter  38.42 
 
 
567 aa  348  1e-94  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.440158  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0049  choline/carnitine/betaine transporter  40.04 
 
 
523 aa  347  3e-94  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.335489  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  40.16 
 
 
545 aa  347  3e-94  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06510  choline/carnitine/betaine transport  40.43 
 
 
642 aa  347  3e-94  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  35.43 
 
 
551 aa  347  3e-94  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1384  choline/carnitine/betaine transporter  39.53 
 
 
524 aa  347  3e-94  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.095402  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  39.26 
 
 
606 aa  346  7e-94  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01883  choline/carnitine/betaine transporter  39.88 
 
 
529 aa  342  8e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0898  BCCT family transporter  39.3 
 
 
540 aa  342  1e-92  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5310  choline/carnitine/betaine transporter  40.69 
 
 
698 aa  342  1e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.910175  normal  0.618905 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  37.76 
 
 
542 aa  341  2e-92  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  0.00000108541 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  39 
 
 
657 aa  341  2e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3129  choline/carnitine/betaine transporter  40.78 
 
 
554 aa  342  2e-92  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.32452  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1874  BCCT transporter  40.3 
 
 
676 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0838618  normal  0.235512 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4336  choline/carnitine/betaine transporter  39.33 
 
 
529 aa  338  9.999999999999999e-92  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2648  choline/carnitine/betaine transporter  36.2 
 
 
534 aa  337  5e-91  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>