More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_05503 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_05503  choline/carnitine/betaine transporter  100 
 
 		 341 aa  684    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2126  BCCT transporter  83.13 
 
 		 533 aa  549  1e-155  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00109884  hitchhiker  0.00218719 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0875  glycine betaine transporter OpuD  80.37 
 
 		 524 aa  499  1e-140  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0576373  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0815  BCCT transporter  75.68 
 
 		 530 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.820785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1238  BCCT transporter  66.67 
 
 		 554 aa  447  1.0000000000000001e-124  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.332872 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1813  BCCT transporter  68.71 
 
 		 561 aa  446  1.0000000000000001e-124  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.566263 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000659  putative glycine betaine transporter  61.28 
 
 		 528 aa  390  1e-107  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3674  BCCT transporter  56.34 
 
 		 549 aa  387  1e-106  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06536  choline/carnitine/betaine transporter  58.77 
 
 		 539 aa  383  1e-105  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3860  BCCT family transporter  54.52 
 
 		 519 aa  363  3e-99  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.99321  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3383  BCCT transporter  55.63 
 
 		 514 aa  308  5.9999999999999995e-83  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.198067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0579  choline-glycine betaine transporter  59.21 
 
 		 519 aa  308  8e-83  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2888  BCCT transporter  47.58 
 
 		 555 aa  306  4.0000000000000004e-82  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.696836  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0335  BCCT transporter  50.48 
 
 		 534 aa  296  3e-79  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.568613  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5125  BCCT family osmoprotectant transporter  50.18 
 
 		 522 aa  295  8e-79  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5298  BCCT family osmoprotectant transporter  50.18 
 
 		 522 aa  293  2e-78  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5694  BCCT family osmoprotectant transporter  50.18 
 
 		 522 aa  293  2e-78  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5539  osmoprotectant transporter, BCCT family  50.18 
 
 		 522 aa  293  2e-78  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5577  BCCT family osmoprotectant transporter  49.82 
 
 		 522 aa  291  9e-78  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5140  BCCT family osmoprotectant transporter  50.36 
 
 		 522 aa  291  2e-77  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5625  osmoprotectant transporter, BCCT family  49.82 
 
 		 522 aa  290  2e-77  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5237  BCCT transporter  49.12 
 
 		 522 aa  288  6e-77  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5380  osmoprotectant transporter, BCCT family  50.18 
 
 		 522 aa  274  1.0000000000000001e-72  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.274616  normal  0.0982886 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2887  BCCT transporter  47.9 
 
 		 529 aa  273  2.0000000000000002e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5569  osmoprotectant transporter, BCCT family  49.47 
 
 		 522 aa  272  7e-72  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2692  BCCT family transporter  51.49 
 
 		 516 aa  270  2e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.315858 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2467  BCCT transporter  49.45 
 
 		 537 aa  268  7e-71  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3060  BCCT transporter  51.49 
 
 		 516 aa  269  7e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.892998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2920  BCCT transporter  46.25 
 
 		 518 aa  263  3e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00190717  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_16031  hypothetical protein  36.67 
 
 		 519 aa  182  8.000000000000001e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.034717  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0251  BCCT family glycine betaine transporter  37.91 
 
 		 516 aa  182  8.000000000000001e-45  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0223  BCCT family glycine betaine transporter  36.63 
 
 		 518 aa  161  2e-38  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.604599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  31 
 
 		 490 aa  148  2.0000000000000003e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1512  choline transport protein BetT  30.07 
 
 		 679 aa  146  6e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0971262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  32.5 
 
 		 550 aa  145  8.000000000000001e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2216  choline/carnitine/betaine transporter  35.68 
 
 		 520 aa  145  1e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2255  choline/carnitine/betaine transporter  35.68 
 
 		 520 aa  145  1e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2792  choline/carnitine/betaine transporter  29.94 
 
 		 711 aa  144  3e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  35.63 
 
 		 503 aa  144  3e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1437  choline/carnitine/betaine transporter  31.46 
 
 		 548 aa  143  4e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000110122  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0079  choline/carnitine/betaine transporter  32.59 
 
 		 558 aa  143  4e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1410  choline/carnitine/betaine transporter  31.46 
 
 		 548 aa  143  4e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.0000212445  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3803  choline/carnitine/betaine transporter  33.33 
 
 		 531 aa  142  9.999999999999999e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.19587 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  31.08 
 
 		 657 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2603  choline transport protein BetT  29.74 
 
 		 685 aa  139  8.999999999999999e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.158704 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0920  choline/carnitine/betaine transporter  33.21 
 
 		 546 aa  138  1e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0705081  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0190  BCCT transporter  31.32 
 
 		 525 aa  139  1e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3426  choline/carnitine/betaine transporter  32.97 
 
 		 531 aa  138  1e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0758867  normal  0.343027 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5241  BCCT transporter  32.81 
 
 		 665 aa  137  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.151008  normal  0.0666066 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  28.03 
 
 		 551 aa  137  2e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1736  choline/carnitine/betaine transporter  31.56 
 
 		 506 aa  137  2e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00814809  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0345  choline transport protein BetT  30.23 
 
 		 677 aa  136  4e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00270  choline transporter of high affinity  30.23 
 
 		 677 aa  136  5e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3292  choline/carnitine/betaine transporter  30.23 
 
 		 677 aa  136  5e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3309  choline transport protein BetT  30.23 
 
 		 677 aa  136  5e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0376  choline transport protein BetT  30.23 
 
 		 677 aa  136  5e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0597337 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00273  hypothetical protein  30.23 
 
 		 677 aa  136  5e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0331  choline transport protein BetT  30.23 
 
 		 677 aa  136  5e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0373  choline transport protein BetT  30.23 
 
 		 677 aa  136  5e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.834443  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0309  choline/carnitine/betaine transporter  36.21 
 
 		 552 aa  135  9.999999999999999e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.670789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4324  choline/carnitine/betaine transporter  30.59 
 
 		 494 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3496  choline/carnitine/betaine transporter  30.83 
 
 		 724 aa  134  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.81429 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0223  choline transport protein BetT  28.67 
 
 		 686 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2376  choline/carnitine/betaine transporter  32.96 
 
 		 508 aa  133  5e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0157817  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2557  choline transport protein BetT  31.21 
 
 		 677 aa  133  5e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.592172  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3745  choline/carnitine/betaine transporter  28.34 
 
 		 724 aa  133  5e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2828  choline transport protein BetT  30.98 
 
 		 682 aa  132  9e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1003  choline/carnitine/betaine transporter  33.57 
 
 		 553 aa  132  1.0000000000000001e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.399191 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  33.1 
 
 		 661 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  34.14 
 
 		 660 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  34.85 
 
 		 637 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1904  choline/carnitine/betaine transporter  28.68 
 
 		 678 aa  130  3e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.674112 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2914  choline transport protein BetT  30.3 
 
 		 682 aa  130  4.0000000000000003e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.929761  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0160  choline/carnitine/betaine transporter  28.32 
 
 		 497 aa  129  6e-29  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01900  choline/carnitine/betaine transport  34.4 
 
 		 619 aa  129  6e-29  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  28.57 
 
 		 542 aa  129  8.000000000000001e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  0.00000108541 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4280  choline/carnitine/betaine transporter  29.93 
 
 		 720 aa  129  9.000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.692689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0404  choline/carnitine/betaine transporter  29.8 
 
 		 667 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.766464 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2648  choline/carnitine/betaine transporter  31.27 
 
 		 534 aa  128  1.0000000000000001e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  31 
 
 		 523 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6160  choline transporter BetT  33.99 
 
 		 534 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1610  hypothetical protein  32.4 
 
 		 646 aa  127  3e-28  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00096761  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1301  BCCT family betaine/choline/carnitine/glycine transporter  31.14 
 
 		 682 aa  127  3e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1077  choline/carnitine/betaine transport  32.23 
 
 		 682 aa  127  3e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.892042  normal  0.109945 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3107  choline/carnitine/betaine transporter  30.87 
 
 		 539 aa  127  3e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3341  choline/carnitine/betaine transporter  30.62 
 
 		 637 aa  127  3e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4934  choline/carnitine/betaine transporter  31.29 
 
 		 667 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.205263  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5061  choline/carnitine/betaine transporter  31.29 
 
 		 667 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536897  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0727  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  29.77 
 
 		 681 aa  126  5e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0600  choline/carnitine/betaine transporter  30.94 
 
 		 584 aa  126  5e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000857259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  32.41 
 
 		 661 aa  126  5e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5112  choline/carnitine/betaine transporter  31.29 
 
 		 667 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.181568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  30.52 
 
 		 545 aa  126  7e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23270  choline/carnitine/betaine transport  31.27 
 
 		 695 aa  125  1e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0746939  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13950  choline/carnitine/betaine transport  30 
 
 		 568 aa  125  1e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.626795  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  32.61 
 
 		 659 aa  125  1e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  32.61 
 
 		 659 aa  125  1e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5374  choline/carnitine/betaine transporter family protein  32.95 
 
 		 567 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.985383  normal  0.22306 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3532  choline/carnitine/betaine transporter  30.65 
 
 		 556 aa  124  2e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2645  choline transport protein BetT  29.84 
 
 		 684 aa  124  2e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00290709  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>