More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0579 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0579  choline-glycine betaine transporter  100 
 
 		 519 aa  1019    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3383  BCCT transporter  71.35 
 
 		 514 aa  699    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.198067  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3860  BCCT family transporter  59.04 
 
 		 519 aa  585  1e-166  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.99321  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2126  BCCT transporter  57.5 
 
 		 533 aa  585  1e-166  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00109884  hitchhiker  0.00218719 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0815  BCCT transporter  55.77 
 
 		 530 aa  567  1e-160  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.820785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1238  BCCT transporter  55.21 
 
 		 554 aa  567  1e-160  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.332872 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1813  BCCT transporter  57.26 
 
 		 561 aa  568  1e-160  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.566263 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3674  BCCT transporter  57.2 
 
 		 549 aa  566  1e-160  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0875  glycine betaine transporter OpuD  59.6 
 
 		 524 aa  562  1.0000000000000001e-159  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0576373  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000659  putative glycine betaine transporter  58.81 
 
 		 528 aa  561  1e-158  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0335  BCCT transporter  55.9 
 
 		 534 aa  548  1e-155  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.568613  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06536  choline/carnitine/betaine transporter  57.03 
 
 		 539 aa  551  1e-155  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5577  BCCT family osmoprotectant transporter  49.4 
 
 		 522 aa  500  1e-140  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5125  BCCT family osmoprotectant transporter  49.2 
 
 		 522 aa  498  1e-140  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5625  osmoprotectant transporter, BCCT family  49.4 
 
 		 522 aa  500  1e-140  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5237  BCCT transporter  49 
 
 		 522 aa  492  9.999999999999999e-139  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5298  BCCT family osmoprotectant transporter  48.59 
 
 		 522 aa  493  9.999999999999999e-139  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5140  BCCT family osmoprotectant transporter  48.59 
 
 		 522 aa  495  9.999999999999999e-139  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5694  BCCT family osmoprotectant transporter  48.59 
 
 		 522 aa  493  9.999999999999999e-139  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5539  osmoprotectant transporter, BCCT family  48.59 
 
 		 522 aa  493  9.999999999999999e-139  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2692  BCCT family transporter  53.19 
 
 		 516 aa  489  1e-137  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.315858 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3060  BCCT transporter  53.19 
 
 		 516 aa  491  1e-137  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.892998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5380  osmoprotectant transporter, BCCT family  49.6 
 
 		 522 aa  482  1e-135  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.274616  normal  0.0982886 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5569  osmoprotectant transporter, BCCT family  49.4 
 
 		 522 aa  481  1e-134  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2888  BCCT transporter  49.22 
 
 		 555 aa  477  1e-133  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.696836  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2887  BCCT transporter  47.59 
 
 		 529 aa  431  1e-119  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2920  BCCT transporter  48.37 
 
 		 518 aa  422  1e-117  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00190717  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2467  BCCT transporter  49.08 
 
 		 537 aa  412  1e-114  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0251  BCCT family glycine betaine transporter  38.26 
 
 		 516 aa  326  8.000000000000001e-88  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_16031  hypothetical protein  35.97 
 
 		 519 aa  317  3e-85  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.034717  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0223  BCCT family glycine betaine transporter  38.96 
 
 		 518 aa  312  1e-83  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.604599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05503  choline/carnitine/betaine transporter  59.21 
 
 		 341 aa  301  3e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2255  choline/carnitine/betaine transporter  31.87 
 
 		 520 aa  241  2.9999999999999997e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2216  choline/carnitine/betaine transporter  31.87 
 
 		 520 aa  241  2.9999999999999997e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  30.8 
 
 		 490 aa  231  2e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  34.3 
 
 		 667 aa  227  4e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  30.21 
 
 		 551 aa  226  9e-58  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  32.59 
 
 		 659 aa  226  9e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  33.8 
 
 		 659 aa  225  2e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4042  choline/carnitine/betaine transporter  33.09 
 
 		 526 aa  223  6e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0920  choline/carnitine/betaine transporter  31.42 
 
 		 546 aa  221  3e-56  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0705081  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1736  choline/carnitine/betaine transporter  30.77 
 
 		 506 aa  221  3.9999999999999997e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00814809  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0600  choline/carnitine/betaine transporter  31.01 
 
 		 584 aa  220  3.9999999999999997e-56  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000857259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1384  choline/carnitine/betaine transporter  34.01 
 
 		 524 aa  219  7.999999999999999e-56  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.095402  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3532  choline/carnitine/betaine transporter  31.34 
 
 		 556 aa  218  2.9999999999999998e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2475  choline/carnitine/betaine transporter  33.56 
 
 		 538 aa  218  2.9999999999999998e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.172611  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  31.9 
 
 		 503 aa  216  5.9999999999999996e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3576  choline/carnitine/betaine transporter  35.02 
 
 		 567 aa  216  7e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.440158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5310  choline/carnitine/betaine transporter  33.57 
 
 		 698 aa  216  9.999999999999999e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.910175  normal  0.618905 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  32.75 
 
 		 550 aa  214  2.9999999999999995e-54  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1003  choline/carnitine/betaine transporter  30.71 
 
 		 553 aa  214  2.9999999999999995e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.399191 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  33.33 
 
 		 657 aa  214  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2320  choline/carnitine/betaine transporter  29.79 
 
 		 530 aa  214  3.9999999999999995e-54  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.439021  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4027  BCCT family transporter  30.99 
 
 		 530 aa  213  4.9999999999999996e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2376  choline/carnitine/betaine transporter  32.57 
 
 		 508 aa  213  7e-54  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0157817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3426  choline/carnitine/betaine transporter  30 
 
 		 531 aa  213  7.999999999999999e-54  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0758867  normal  0.343027 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1109  choline/carnitine/betaine transporter  33.7 
 
 		 676 aa  212  1e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.507446  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3803  choline/carnitine/betaine transporter  31.73 
 
 		 531 aa  211  3e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.19587 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003606  High-affinity choline uptake protein BetT  32.36 
 
 		 553 aa  211  3e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  31.29 
 
 		 637 aa  211  4e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12990  choline transporter  33.89 
 
 		 653 aa  210  6e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.283179 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2119  betaine/carnitine/choline transporter family protein  31.83 
 
 		 524 aa  209  7e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2261  choline/carnitine/betaine transporter  30.22 
 
 		 671 aa  209  7e-53  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  32.78 
 
 		 545 aa  209  9e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  30.64 
 
 		 573 aa  209  1e-52  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  33.09 
 
 		 606 aa  209  1e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1174  choline transporter  33.68 
 
 		 671 aa  209  1e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1410  choline/carnitine/betaine transporter  32.08 
 
 		 548 aa  208  2e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.0000212445  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  32.14 
 
 		 660 aa  208  2e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1437  choline/carnitine/betaine transporter  32.08 
 
 		 548 aa  208  2e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000110122  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0835  choline/carnitine/betaine transporter  31.7 
 
 		 574 aa  207  3e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.475223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  29.96 
 
 		 523 aa  207  3e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  33.78 
 
 		 661 aa  207  4e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1904  choline/carnitine/betaine transporter  30.29 
 
 		 678 aa  206  6e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.674112 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0971  choline/carnitine/betaine transporter  34.14 
 
 		 676 aa  206  8e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.745252  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1364  BCCT family transporter  34.14 
 
 		 676 aa  206  8e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1859  BCCT family transporter  34.14 
 
 		 676 aa  206  9e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0234  BCCT family transporter  34.14 
 
 		 716 aa  205  1e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02455  choline/carnitine/betaine transporter  31.84 
 
 		 582 aa  205  1e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0309  choline/carnitine/betaine transporter  32 
 
 		 552 aa  205  1e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.670789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0407  BCCT family transporter  34.14 
 
 		 716 aa  205  1e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04148  secondary glycine betaine transporter BetU  31.47 
 
 		 667 aa  205  2e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0485  choline/carnitine/betaine transporter  30.43 
 
 		 516 aa  205  2e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000502789  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0764  transporter, BCCT family  31.47 
 
 		 667 aa  204  2e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.846408  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04111  hypothetical protein  31.47 
 
 		 667 aa  205  2e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4850  BCCT family transporter  31.47 
 
 		 667 aa  204  3e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0022  choline/carnitine/betaine transporter  31.19 
 
 		 580 aa  204  3e-51  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.499144 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0465  glycine betaine transporter  30 
 
 		 516 aa  204  3e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000010169  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0328  choline/carnitine/betaine transporter  33.92 
 
 		 676 aa  204  3e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.140196  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0610  glycine betaine transporter  30 
 
 		 516 aa  204  3e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1774  BCCT family transporter  33.92 
 
 		 676 aa  204  3e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0841224  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1851  choline/carnitine/betaine transporter  29.9 
 
 		 543 aa  204  3e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.993809  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0465  glycine betaine transporter  30 
 
 		 516 aa  204  4e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00194055  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4336  choline/carnitine/betaine transporter  29.89 
 
 		 529 aa  204  4e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0077  choline/carnitine/betaine transporter  32.39 
 
 		 546 aa  204  4e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0683  glycine betaine transporter  30 
 
 		 516 aa  203  6e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000113352  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1121  choline/carnitine/betaine transporter  33.03 
 
 		 611 aa  203  6e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0160  choline/carnitine/betaine transporter  32.77 
 
 		 497 aa  203  6e-51  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22610  choline/carnitine/betaine transport  30.33 
 
 		 663 aa  203  7e-51  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.524203  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0654  choline/carnitine/betaine transport  29.41 
 
 		 544 aa  203  7e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>