More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3383 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0579  choline-glycine betaine transporter  71.35 
 
 		 519 aa  710    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3383  BCCT transporter  100 
 
 		 514 aa  1004    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.198067  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3860  BCCT family transporter  59.53 
 
 		 519 aa  617  1e-175  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.99321  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2126  BCCT transporter  58.33 
 
 		 533 aa  600  1e-170  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00109884  hitchhiker  0.00218719 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0815  BCCT transporter  56.26 
 
 		 530 aa  594  1e-168  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.820785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0875  glycine betaine transporter OpuD  60.04 
 
 		 524 aa  591  1e-167  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0576373  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000659  putative glycine betaine transporter  60.2 
 
 		 528 aa  587  1e-166  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3674  BCCT transporter  57.03 
 
 		 549 aa  584  1.0000000000000001e-165  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06536  choline/carnitine/betaine transporter  58.81 
 
 		 539 aa  583  1.0000000000000001e-165  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1238  BCCT transporter  55.58 
 
 		 554 aa  580  1e-164  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.332872 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1813  BCCT transporter  56.27 
 
 		 561 aa  577  1.0000000000000001e-163  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.566263 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0335  BCCT transporter  58.12 
 
 		 534 aa  550  1e-155  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.568613  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5625  osmoprotectant transporter, BCCT family  51.26 
 
 		 522 aa  525  1e-148  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5577  BCCT family osmoprotectant transporter  52.1 
 
 		 522 aa  524  1e-147  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5125  BCCT family osmoprotectant transporter  51.9 
 
 		 522 aa  520  1e-146  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5298  BCCT family osmoprotectant transporter  51.3 
 
 		 522 aa  516  1.0000000000000001e-145  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5140  BCCT family osmoprotectant transporter  51.3 
 
 		 522 aa  516  1.0000000000000001e-145  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5539  osmoprotectant transporter, BCCT family  51.3 
 
 		 522 aa  516  1.0000000000000001e-145  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5694  BCCT family osmoprotectant transporter  51.3 
 
 		 522 aa  516  1.0000000000000001e-145  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5237  BCCT transporter  51.5 
 
 		 522 aa  517  1.0000000000000001e-145  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5569  osmoprotectant transporter, BCCT family  51.7 
 
 		 522 aa  502  1e-141  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5380  osmoprotectant transporter, BCCT family  51.9 
 
 		 522 aa  502  1e-141  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.274616  normal  0.0982886 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2692  BCCT family transporter  52.99 
 
 		 516 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.315858 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3060  BCCT transporter  53.19 
 
 		 516 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.892998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2888  BCCT transporter  49.61 
 
 		 555 aa  489  1e-137  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.696836  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2887  BCCT transporter  49.49 
 
 		 529 aa  457  1e-127  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2920  BCCT transporter  49.6 
 
 		 518 aa  444  1e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00190717  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2467  BCCT transporter  48.65 
 
 		 537 aa  395  1e-109  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_16031  hypothetical protein  37.67 
 
 		 519 aa  343  2.9999999999999997e-93  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.034717  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0251  BCCT family glycine betaine transporter  39.33 
 
 		 516 aa  342  9e-93  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0223  BCCT family glycine betaine transporter  41.18 
 
 		 518 aa  338  9.999999999999999e-92  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.604599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05503  choline/carnitine/betaine transporter  55.18 
 
 		 341 aa  303  5.000000000000001e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2255  choline/carnitine/betaine transporter  35.25 
 
 		 520 aa  255  2.0000000000000002e-66  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2216  choline/carnitine/betaine transporter  35.25 
 
 		 520 aa  255  2.0000000000000002e-66  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  32.61 
 
 		 659 aa  252  1e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  32.61 
 
 		 659 aa  252  1e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1736  choline/carnitine/betaine transporter  32.77 
 
 		 506 aa  246  9.999999999999999e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00814809  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  31.34 
 
 		 551 aa  241  2e-62  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4042  choline/carnitine/betaine transporter  35.75 
 
 		 526 aa  239  8e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  33.73 
 
 		 503 aa  236  8e-61  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  33.12 
 
 		 550 aa  235  1.0000000000000001e-60  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5269  choline transporter  31.77 
 
 		 664 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4827  BCCT transporter  31.77 
 
 		 664 aa  234  3e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.767861 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  33.71 
 
 		 523 aa  233  5e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  34.06 
 
 		 545 aa  233  9e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  31.65 
 
 		 657 aa  232  1e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1174  choline transporter  32.36 
 
 		 671 aa  232  1e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  33.67 
 
 		 661 aa  232  1e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  32.68 
 
 		 637 aa  231  3e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  35.17 
 
 		 667 aa  230  4e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1109  choline/carnitine/betaine transporter  33.7 
 
 		 676 aa  229  8e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.507446  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0237  choline/carnitine/betaine transporter  31.37 
 
 		 550 aa  228  2e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000527978  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1384  choline/carnitine/betaine transporter  34.8 
 
 		 524 aa  228  2e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.095402  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12990  choline transporter  32.36 
 
 		 653 aa  227  4e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.283179 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  32.35 
 
 		 660 aa  227  5.0000000000000005e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4336  choline/carnitine/betaine transporter  34.11 
 
 		 529 aa  227  5.0000000000000005e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0920  choline/carnitine/betaine transporter  33.99 
 
 		 546 aa  226  7e-58  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0705081  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01813  Choline-glycine betaine transporter  33.01 
 
 		 656 aa  226  8e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000594064  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  32.18 
 
 		 606 aa  226  8e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0077  choline/carnitine/betaine transporter  34.29 
 
 		 546 aa  225  1e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0465  glycine betaine transporter  31.59 
 
 		 516 aa  225  1e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00194055  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0465  glycine betaine transporter  31.59 
 
 		 516 aa  226  1e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000010169  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0247  BCCT transporter  31.77 
 
 		 666 aa  225  1e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.442957  normal  0.516419 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5310  choline/carnitine/betaine transporter  33.19 
 
 		 698 aa  226  1e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.910175  normal  0.618905 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0610  glycine betaine transporter  31.59 
 
 		 516 aa  226  1e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4749  glycine betaine transporter  31.38 
 
 		 516 aa  225  1e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0790865 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2475  choline/carnitine/betaine transporter  34.81 
 
 		 538 aa  225  1e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.172611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0600  choline/carnitine/betaine transporter  30.77 
 
 		 584 aa  226  1e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000857259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  32.24 
 
 		 542 aa  225  2e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  0.00000108541 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  33.27 
 
 		 661 aa  225  2e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0614  glycine betaine transporter  31.59 
 
 		 516 aa  225  2e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000015754  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2376  choline/carnitine/betaine transporter  32.04 
 
 		 508 aa  224  2e-57  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0157817  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0683  glycine betaine transporter  31.8 
 
 		 516 aa  225  2e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000113352  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0485  choline/carnitine/betaine transporter  31.59 
 
 		 516 aa  225  2e-57  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000502789  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0522  glycine betaine transporter  31.38 
 
 		 516 aa  224  3e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0554  glycine betaine transporter  31.38 
 
 		 516 aa  224  3e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0654  choline/carnitine/betaine transport  32.81 
 
 		 544 aa  224  3e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3426  choline/carnitine/betaine transporter  31.61 
 
 		 531 aa  224  4e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0758867  normal  0.343027 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4027  BCCT family transporter  33.72 
 
 		 530 aa  223  4.9999999999999996e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  30.92 
 
 		 490 aa  223  4.9999999999999996e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3772  choline/carnitine/betaine transporter  31.57 
 
 		 505 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003606  High-affinity choline uptake protein BetT  33.59 
 
 		 553 aa  221  1.9999999999999999e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2098  choline/carnitine/betaine transporter  33.82 
 
 		 498 aa  221  3e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2320  choline/carnitine/betaine transporter  31.35 
 
 		 530 aa  220  3.9999999999999997e-56  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.439021  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0835  choline/carnitine/betaine transporter  33.78 
 
 		 574 aa  220  3.9999999999999997e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.475223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5032  choline/carnitine/betaine transporter  32.32 
 
 		 504 aa  220  3.9999999999999997e-56  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2648  choline/carnitine/betaine transporter  31.78 
 
 		 534 aa  220  5e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02455  choline/carnitine/betaine transporter  33.14 
 
 		 582 aa  220  5e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5358  glycine betaine transporter  32.64 
 
 		 505 aa  219  6e-56  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3803  choline/carnitine/betaine transporter  32.96 
 
 		 531 aa  219  7e-56  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.19587 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0023  choline/carnitine/betaine transporter  33.4 
 
 		 539 aa  219  1e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.16107 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0590  glycine betaine transporter  31.17 
 
 		 516 aa  218  1e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000851893  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0309  choline/carnitine/betaine transporter  31.8 
 
 		 552 aa  218  2e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.670789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5411  glycine betaine transporter  32.41 
 
 		 505 aa  218  2.9999999999999998e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1003  choline/carnitine/betaine transporter  31.13 
 
 		 553 aa  217  2.9999999999999998e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.399191 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4919  glycine betaine transporter  32.41 
 
 		 505 aa  217  4e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4934  glycine betaine transporter  32.41 
 
 		 505 aa  217  4e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5329  glycine betaine transporter  32.41 
 
 		 505 aa  217  4e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.52581e-23 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0345  choline transport protein BetT  30.7 
 
 		 677 aa  217  4e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0373  choline transport protein BetT  30.7 
 
 		 677 aa  216  5.9999999999999996e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.834443  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>