More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I0875 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_3860  BCCT family transporter  61.58 
 
 		 519 aa  669    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.99321  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000659  putative glycine betaine transporter  68.93 
 
 		 528 aa  735    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06536  choline/carnitine/betaine transporter  68.37 
 
 		 539 aa  734    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0875  glycine betaine transporter OpuD  100 
 
 		 524 aa  1043    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0576373  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1813  BCCT transporter  77.41 
 
 		 561 aa  821    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.566263 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1238  BCCT transporter  75.76 
 
 		 554 aa  830    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.332872 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3674  BCCT transporter  64.9 
 
 		 549 aa  719    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2126  BCCT transporter  85.93 
 
 		 533 aa  927    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00109884  hitchhiker  0.00218719 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0815  BCCT transporter  78.05 
 
 		 530 aa  846    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.820785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3383  BCCT transporter  60.04 
 
 		 514 aa  584  1.0000000000000001e-165  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.198067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0335  BCCT transporter  53.47 
 
 		 534 aa  573  1.0000000000000001e-162  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.568613  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0579  choline-glycine betaine transporter  58.67 
 
 		 519 aa  571  1e-161  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5577  BCCT family osmoprotectant transporter  53.43 
 
 		 522 aa  560  1e-158  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5298  BCCT family osmoprotectant transporter  53.43 
 
 		 522 aa  558  1e-158  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5125  BCCT family osmoprotectant transporter  53.43 
 
 		 522 aa  561  1e-158  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5140  BCCT family osmoprotectant transporter  53.78 
 
 		 522 aa  558  1e-158  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5694  BCCT family osmoprotectant transporter  53.43 
 
 		 522 aa  558  1e-158  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5625  osmoprotectant transporter, BCCT family  53.02 
 
 		 522 aa  558  1e-158  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5539  osmoprotectant transporter, BCCT family  53.43 
 
 		 522 aa  558  1e-158  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5237  BCCT transporter  52.82 
 
 		 522 aa  555  1e-157  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5569  osmoprotectant transporter, BCCT family  51.81 
 
 		 522 aa  530  1e-149  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5380  osmoprotectant transporter, BCCT family  52.22 
 
 		 522 aa  531  1e-149  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.274616  normal  0.0982886 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2692  BCCT family transporter  51.54 
 
 		 516 aa  508  1e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.315858 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05503  choline/carnitine/betaine transporter  80.37 
 
 		 341 aa  511  1e-143  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2888  BCCT transporter  47.82 
 
 		 555 aa  510  1e-143  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.696836  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3060  BCCT transporter  51.16 
 
 		 516 aa  501  1e-140  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.892998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2887  BCCT transporter  46.2 
 
 		 529 aa  473  1e-132  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2920  BCCT transporter  48.67 
 
 		 518 aa  467  9.999999999999999e-131  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00190717  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2467  BCCT transporter  47.65 
 
 		 537 aa  419  1e-116  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_16031  hypothetical protein  37.06 
 
 		 519 aa  348  1e-94  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.034717  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0251  BCCT family glycine betaine transporter  38.25 
 
 		 516 aa  328  1.0000000000000001e-88  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0223  BCCT family glycine betaine transporter  39.84 
 
 		 518 aa  322  9.999999999999999e-87  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.604599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0079  choline/carnitine/betaine transporter  32.96 
 
 		 558 aa  256  6e-67  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1736  choline/carnitine/betaine transporter  32.24 
 
 		 506 aa  247  4e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00814809  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2475  choline/carnitine/betaine transporter  33.4 
 
 		 538 aa  245  9.999999999999999e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.172611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  31.29 
 
 		 551 aa  246  9.999999999999999e-64  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18950  choline/carnitine/betaine transport  32.86 
 
 		 606 aa  243  6e-63  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.318822  normal  0.131435 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2255  choline/carnitine/betaine transporter  32.71 
 
 		 520 aa  241  2e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2216  choline/carnitine/betaine transporter  32.71 
 
 		 520 aa  241  2e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0920  choline/carnitine/betaine transporter  32.92 
 
 		 546 aa  241  2.9999999999999997e-62  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0705081  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  31.95 
 
 		 545 aa  239  6.999999999999999e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4324  choline/carnitine/betaine transporter  29.69 
 
 		 494 aa  238  1e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  34.3 
 
 		 550 aa  236  7e-61  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  33.33 
 
 		 503 aa  233  6e-60  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4336  choline/carnitine/betaine transporter  29.83 
 
 		 529 aa  233  7.000000000000001e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3426  choline/carnitine/betaine transporter  31.74 
 
 		 531 aa  232  1e-59  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0758867  normal  0.343027 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  30.73 
 
 		 573 aa  232  1e-59  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1437  choline/carnitine/betaine transporter  31.01 
 
 		 548 aa  231  2e-59  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000110122  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2320  choline/carnitine/betaine transporter  30.19 
 
 		 530 aa  232  2e-59  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.439021  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1410  choline/carnitine/betaine transporter  31.01 
 
 		 548 aa  231  2e-59  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.0000212445  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  29.89 
 
 		 490 aa  231  3e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  32.93 
 
 		 667 aa  230  5e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4042  choline/carnitine/betaine transporter  31.6 
 
 		 526 aa  227  5.0000000000000005e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  33.33 
 
 		 606 aa  227  5.0000000000000005e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0223  choline transport protein BetT  31.87 
 
 		 686 aa  226  8e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2376  choline/carnitine/betaine transporter  31.66 
 
 		 508 aa  226  8e-58  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0157817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0160  choline/carnitine/betaine transporter  31.24 
 
 		 497 aa  226  9e-58  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  31.97 
 
 		 659 aa  226  9e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2603  choline transport protein BetT  32.44 
 
 		 685 aa  224  3e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.158704 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  31.76 
 
 		 659 aa  224  4e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003606  High-affinity choline uptake protein BetT  33.12 
 
 		 553 aa  223  7e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2667  choline/carnitine/betaine transporter  31.75 
 
 		 606 aa  223  8e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0383388 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  29.82 
 
 		 657 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06510  choline/carnitine/betaine transport  31.31 
 
 		 642 aa  222  9.999999999999999e-57  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3532  choline/carnitine/betaine transporter  30.28 
 
 		 556 aa  222  9.999999999999999e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2648  choline/carnitine/betaine transporter  29.42 
 
 		 534 aa  223  9.999999999999999e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0077  choline/carnitine/betaine transporter  33.49 
 
 		 546 aa  222  1.9999999999999999e-56  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  30.63 
 
 		 661 aa  220  6e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  31.91 
 
 		 538 aa  219  7e-56  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0022  choline/carnitine/betaine transporter  30.28 
 
 		 580 aa  219  1e-55  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.499144 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2645  choline transport protein BetT  31.56 
 
 		 684 aa  218  1e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00290709  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3803  choline/carnitine/betaine transporter  30.79 
 
 		 531 aa  218  2e-55  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.19587 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3341  choline/carnitine/betaine transporter  30.79 
 
 		 637 aa  218  2e-55  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02455  choline/carnitine/betaine transporter  30.22 
 
 		 582 aa  218  2e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2003  choline/carnitine/betaine transport family protein  30.77 
 
 		 535 aa  217  2.9999999999999998e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1512  choline transport protein BetT  30.2 
 
 		 679 aa  218  2.9999999999999998e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0971262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1003  choline/carnitine/betaine transporter  29.45 
 
 		 553 aa  218  2.9999999999999998e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.399191 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0654  choline/carnitine/betaine transport  33.02 
 
 		 544 aa  218  2.9999999999999998e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  30.47 
 
 		 542 aa  217  2.9999999999999998e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  0.00000108541 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2851  choline/carnitine/betaine transporter  29.08 
 
 		 600 aa  217  2.9999999999999998e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152332  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  30.35 
 
 		 523 aa  217  4e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0190  BCCT transporter  29.81 
 
 		 525 aa  217  4e-55  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  30.63 
 
 		 661 aa  217  4e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0485  choline/carnitine/betaine transporter  31.75 
 
 		 516 aa  216  5.9999999999999996e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000502789  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5358  glycine betaine transporter  30.56 
 
 		 505 aa  215  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5089  glycine betaine transporter  30.43 
 
 		 505 aa  216  9.999999999999999e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4919  glycine betaine transporter  30.34 
 
 		 505 aa  216  9.999999999999999e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5411  glycine betaine transporter  30.34 
 
 		 505 aa  216  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4934  glycine betaine transporter  30.34 
 
 		 505 aa  216  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2914  choline/carnitine/betaine transporter  33.33 
 
 		 611 aa  216  9.999999999999999e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.34631  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5479  glycine betaine transporter  30.43 
 
 		 505 aa  216  9.999999999999999e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.231091  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0600  choline/carnitine/betaine transporter  30.17 
 
 		 584 aa  216  9.999999999999999e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000857259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1809  choline/carnitine/betaine transporter  31.48 
 
 		 526 aa  216  9.999999999999999e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5329  glycine betaine transporter  30.34 
 
 		 505 aa  216  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.52581e-23 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  30.97 
 
 		 637 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1765  choline/carnitine/betaine transporter  29.96 
 
 		 573 aa  215  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.582743 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5032  choline/carnitine/betaine transporter  30.19 
 
 		 504 aa  214  3.9999999999999995e-54  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5374  choline/carnitine/betaine transporter family protein  30.35 
 
 		 567 aa  213  5.999999999999999e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.985383  normal  0.22306 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2098  choline/carnitine/betaine transporter  32.54 
 
 		 498 aa  213  5.999999999999999e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0835  choline/carnitine/betaine transporter  30.23 
 
 		 574 aa  212  1e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.475223  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>