More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3824 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_3824  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 267 aa  551  1e-156  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00247699  normal  0.327982 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2049  response regulator receiver protein  65.41 
 
 		 265 aa  362  2e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3582  response regulator receiver protein  42.7 
 
 		 263 aa  219  3.9999999999999997e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0320  response regulator receiver protein  41.57 
 
 		 275 aa  206  4e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319961 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2166  response regulator receiver protein  32.18 
 
 		 247 aa  128  7.000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3525  response regulator receiver protein  30.74 
 
 		 274 aa  116  3e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.243537  normal  0.113939 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45250  putative transcriptional regulator  32.55 
 
 		 268 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3842  putative transcriptional regulator  37.19 
 
 		 268 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3769  regulatory protein, LuxR  28.57 
 
 		 257 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.997171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3042  LuxR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 257 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.494353  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1191  LuxR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 275 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63520  putative transcriptional regulator  30.32 
 
 		 227 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.498884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4854  response regulator receiver protein  27.48 
 
 		 262 aa  108  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4769  transcriptional regulator, LuxR family  30 
 
 		 284 aa  106  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.141742  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2587  LuxR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 280 aa  105  8e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0358062  normal  0.430196 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2873  LuxR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 282 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.246205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3129  LuxR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 303 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5001  transcriptional regulator, LuxR family  29.96 
 
 		 271 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0590  LuxR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 266 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.822458  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1105  LuxR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 266 aa  103  3e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1019  LuxR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 266 aa  103  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2324  LuxR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 257 aa  103  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0878  LuxR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 257 aa  103  4e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1845  LuxR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 257 aa  103  4e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.301448  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2047  LuxR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 301 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.909025  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3717  LuxR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 299 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.314676 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3251  LuxR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 280 aa  99  7e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.139103 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1180  LuxR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 267 aa  99  8e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2190  LuxR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 298 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.429309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4046  LuxR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 266 aa  98.2  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4320  LuxR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 266 aa  98.2  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.2813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4558  LuxR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 266 aa  95.9  5e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1686  LuxR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 266 aa  96.3  5e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.158074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2589  LuxR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 262 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.658278  normal  0.222146 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4209  LuxR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 266 aa  92.4  7e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.602642  normal  0.235438 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4290  LuxR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 266 aa  92  9e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.397968 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3531  LuxR family transcriptional regulator  30 
 
 		 257 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.272328  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3735  LuxR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 266 aa  91.3  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3201  LuxR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 266 aa  90.5  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17720  LuxR family transcriptional regulator  28.94 
 
 		 261 aa  89.4  6e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000142633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1542  putative transcriptional regulator  29 
 
 		 262 aa  88.6  9e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.409159  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4514  LuxR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 263 aa  87.8  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0333975  normal  0.669249 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0389  LuxR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 274 aa  85.1  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2590  LuxR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 263 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.572263  normal  0.168073 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1652  LuxR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 257 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6179  transcriptional regulator, LuxR family  28.03 
 
 		 267 aa  82.4  0.000000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06519  hypothetical protein  23.19 
 
 		 273 aa  80.1  0.00000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0062  LuxR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 275 aa  79.7  0.00000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0160  response regulator receiver protein  29.9 
 
 		 279 aa  78.2  0.0000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0016  LuxR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 267 aa  78.6  0.0000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0612  LuxR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 252 aa  78.6  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3847  LuxR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 265 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.126392  normal  0.51742 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1637  LuxR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 272 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00717804  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3530  LuxR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 272 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.941293 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4373  LuxR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 272 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.489834  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3993  LuxR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 272 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.829145  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2608  LuxR family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 269 aa  72.4  0.000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.237341  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000650  transcriptional regulator LuxR family  21.9 
 
 		 292 aa  69.3  0.00000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30580  LuxR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 268 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.706127 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3175  response regulator receiver protein  27.14 
 
 		 250 aa  65.9  0.0000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000721008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3718  response regulator receiver protein  26.18 
 
 		 264 aa  65.1  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0157  transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 321 aa  55.8  0.0000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4190  LuxR family transcriptional regulator  23.11 
 
 		 272 aa  53.1  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2728  LuxR family transcriptional regulator  28 
 
 		 272 aa  53.1  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.108423  normal  0.0203812 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1975  two component LuxR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 293 aa  53.1  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0150451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6270  LuxR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 262 aa  53.1  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4124  LuxR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 269 aa  52.8  0.000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000894771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3411  LuxR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 290 aa  52  0.000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0444105 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0888  LuxR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 204 aa  52.4  0.000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.227634  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1552  response regulator receiver protein  39.34 
 
 		 199 aa  50.8  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3979  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.1 
 
 		 220 aa  50.8  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.487116  normal  0.704163 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3782  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.5 
 
 		 223 aa  50.8  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0876  LuxR family transcriptional regulator  24.2 
 
 		 269 aa  51.2  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.118506  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03553  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system wtih UhpB  40.32 
 
 		 196 aa  50.4  0.00003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0034  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.32 
 
 		 196 aa  50.4  0.00003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3882  DNA-binding transcriptional activator UhpA  40.32 
 
 		 196 aa  50.4  0.00003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4250  DNA-binding transcriptional activator UhpA  40.32 
 
 		 196 aa  50.4  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0030  DNA-binding transcriptional activator UhpA  40.32 
 
 		 196 aa  50.4  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03495  hypothetical protein  40.32 
 
 		 196 aa  50.4  0.00003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2103  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.35 
 
 		 210 aa  50.4  0.00003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5099  DNA-binding transcriptional activator UhpA  40.32 
 
 		 196 aa  50.4  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0828785 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4034  DNA-binding transcriptional activator UhpA  40.32 
 
 		 196 aa  50.4  0.00003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.383338 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4178  DNA-binding transcriptional activator UhpA  40.32 
 
 		 196 aa  50.4  0.00003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0132  two component LuxR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 196 aa  50.4  0.00003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.401597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4016  DNA-binding transcriptional activator UhpA  40.32 
 
 		 196 aa  50.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4179  DNA-binding transcriptional activator UhpA  40.32 
 
 		 196 aa  50.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4121  DNA-binding transcriptional activator UhpA  40.32 
 
 		 196 aa  50.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.97066  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000091  transcriptional regulatory protein UhpA  36.25 
 
 		 202 aa  50.1  0.00004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.136186  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4000  DNA-binding transcriptional activator UhpA  40.32 
 
 		 196 aa  50.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.348805  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4071  DNA-binding transcriptional activator UhpA  40.32 
 
 		 196 aa  50.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0081  two component LuxR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 196 aa  49.7  0.00005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4080  transcriptional regulatory protein UhpA  41.51 
 
 		 196 aa  49.3  0.00006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0582  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.98 
 
 		 204 aa  49.3  0.00006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0306  two component LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 215 aa  49.7  0.00006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.000000000161342  hitchhiker  0.00000159266 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1291  transcriptional regulator, LuxR family  33.87 
 
 		 300 aa  49.3  0.00006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.979242  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0615  transcriptional regulator, LuxR family  36.14 
 
 		 462 aa  49.3  0.00006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.000000110739  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4132  two-component system response regulator  41.51 
 
 		 196 aa  49.3  0.00006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.249835 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3504  DNA-binding transcriptional activator UhpA  40.68 
 
 		 196 aa  49.7  0.00006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1604  LuxR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 94 aa  49.3  0.00007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0409  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.43 
 
 		 191 aa  49.3  0.00007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>