More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1029 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_1029  sensor protein  100 
 
 		 462 aa  947    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.57663 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1482  sensory box histidine kinase/response regulator  52.71 
 
 		 1213 aa  437  1e-121  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1292  PAS  53.32 
 
 		 1209 aa  427  1e-118  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.746783 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1420  sensory box histidine kinase/response regulator  35.21 
 
 		 1199 aa  206  1e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.293149  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2100  two-component sensor protein  31.58 
 
 		 1211 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349009  normal  0.142111 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3639  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.34 
 
 		 1210 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.847136  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1642  putative PAS/PAC sensor protein  30.17 
 
 		 796 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0928458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.9 
 
 		 1201 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.278595  normal  0.0196406 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1162  two-component sensor  29.18 
 
 		 1215 aa  161  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3975  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.93 
 
 		 1214 aa  157  3e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2326  extracellular solute-binding protein/sensory box protein  29.3 
 
 		 751 aa  155  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0163187  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2113  PAS  29.41 
 
 		 1206 aa  154  5e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.819255  normal  0.387177 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12820  two-component sensor  29.41 
 
 		 1212 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0303  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.32 
 
 		 1196 aa  144  3e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.723835  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5710  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase (bvgS-like)  30.09 
 
 		 1040 aa  140  4.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0633  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.89 
 
 		 1480 aa  125  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.461456  normal  0.141694 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0173  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.09 
 
 		 1191 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4067  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.25 
 
 		 1490 aa  123  5e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2507  hybrid sensory histidine kinase in two-component regulatory system with EvgA  26.97 
 
 		 1197 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0203632  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2520  hybrid sensory histidine kinase in two-component regulatory system with EvgA  26.49 
 
 		 1127 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2739  hybrid sensory histidine kinase in two-component regulatory system with EvgA  26.73 
 
 		 1197 aa  121  3e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.485487  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02280  hybrid sensory histidine kinase in two-component regulatory system with EvgA  26.73 
 
 		 1197 aa  120  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1287  Hpt sensor hybrid histidine kinase  26.73 
 
 		 1197 aa  120  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02241  hypothetical protein  26.73 
 
 		 1197 aa  120  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3601  hybrid sensory histidine kinase in two-component regulatory system with EvgA  26.9 
 
 		 1127 aa  120  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.317303 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1299  hybrid sensory histidine kinase in two-component regulatory system with EvgA  26.73 
 
 		 1197 aa  120  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2657  hybrid sensory histidine kinase in two-component regulatory system with EvgA  26.73 
 
 		 1197 aa  120  6e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3358  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.79 
 
 		 1436 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.504651  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3011  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.86 
 
 		 1436 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.701044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.59 
 
 		 1165 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4640  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.94 
 
 		 1194 aa  101  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0814409  normal  0.0127622 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2094  virulence sensor protein BvgS  31.43 
 
 		 691 aa  99.4  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4255  PAS/PAC sensor, hybrid histidine kinase  22.9 
 
 		 1418 aa  94.4  4e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.377123  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24720  putative two-component sensor  31.18 
 
 		 741 aa  94.4  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4701  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.47 
 
 		 1237 aa  91.7  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.473456  normal  0.0283242 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0358  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.37 
 
 		 1485 aa  88.6  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2003  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.48 
 
 		 1109 aa  88.6  2e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1010  signal transduction histidine kinase  24.32 
 
 		 626 aa  86.7  9e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2074  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.64 
 
 		 912 aa  84.3  0.000000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.136005  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0480  putative PAS/PAC sensor protein  25.29 
 
 		 1686 aa  84  0.000000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  25.52 
 
 		 775 aa  83.6  0.000000000000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2527  Hpt sensor hybrid histidine kinase  28.01 
 
 		 1090 aa  83.2  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120042  normal  0.0845157 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0560  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.48 
 
 		 940 aa  82.4  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3413  Hpt sensor hybrid histidine kinase  28.1 
 
 		 1093 aa  80.5  0.00000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.464366 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0726  histidine kinase  24.69 
 
 		 570 aa  79  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.408803  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0248  histidine kinase  26.49 
 
 		 1065 aa  78.6  0.0000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2349  Hpt sensor hybrid histidine kinase  27.69 
 
 		 1093 aa  78.2  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0868194  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2180  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.12 
 
 		 1410 aa  77.4  0.0000000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2865  Signal transduction histidine kinase-like protein  24.21 
 
 		 2213 aa  77.4  0.0000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000726448 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2161  sensor histidine kinase/response regulator  23.44 
 
 		 1286 aa  77  0.0000000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4605  histidine protein kinase  22.33 
 
 		 1309 aa  77  0.0000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.292459  normal  0.0589738 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2185  diguanylate cyclase  22.41 
 
 		 941 aa  77  0.0000000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.260855  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0076  GGDEF domain-containing protein  24.59 
 
 		 941 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0782  multi-sensor signal transduction histidine kinase  21.17 
 
 		 729 aa  76.3  0.000000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.15545  normal  0.515162 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1796  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.12 
 
 		 871 aa  76.3  0.000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000183002  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3409  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.15 
 
 		 2654 aa  76.3  0.000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1864  Hpt sensor hybrid histidine kinase  26.07 
 
 		 1069 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0404414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2037  diguanylate cyclase  24.08 
 
 		 928 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2424  diguanylate cyclase  24.08 
 
 		 928 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00236557  normal  0.130217 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1794  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  24.25 
 
 		 589 aa  75.9  0.000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000132214  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2394  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.51 
 
 		 1788 aa  75.5  0.000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0407078 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4002  sensory transduction histidine kinase  24.86 
 
 		 1689 aa  75.1  0.000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2039  diguanylate cyclase with extracellular sensor  24.02 
 
 		 912 aa  73.9  0.000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0269682  hitchhiker  0.000000244551 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2063  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.71 
 
 		 1622 aa  73.2  0.000000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.578386 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2308  diguanylate cyclase  24.36 
 
 		 928 aa  73.2  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00466975  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2782  Hpt sensor hybrid histidine kinase  25.57 
 
 		 1091 aa  72.8  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0482  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.58 
 
 		 1681 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3548  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.58 
 
 		 1681 aa  72  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0091  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.71 
 
 		 854 aa  71.6  0.00000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0961  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.85 
 
 		 1611 aa  71.6  0.00000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.100608  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3519  extracellular solute-binding protein  24.9 
 
 		 366 aa  70.9  0.00000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30700  putative sensor/response regulator hybrid  25.57 
 
 		 992 aa  70.5  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.716544  hitchhiker  0.000396049 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0008  PAS  31.06 
 
 		 1439 aa  70.1  0.00000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.130257  normal  0.0574671 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0913  PAS sensor protein  26.86 
 
 		 2035 aa  69.7  0.0000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.271495  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0854  diguanylate cyclase  24.43 
 
 		 507 aa  69.7  0.0000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.485181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0402  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.65 
 
 		 789 aa  69.7  0.0000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.774871 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1952  diguanylate cyclase  23.68 
 
 		 937 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.105215  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  23.83 
 
 		 768 aa  68.6  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  22.79 
 
 		 714 aa  68.9  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1082  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.54 
 
 		 1068 aa  68.9  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.31862 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0599  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  22.44 
 
 		 957 aa  68.2  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  25.45 
 
 		 474 aa  68.6  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  20.39 
 
 		 1247 aa  67.8  0.0000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.201907  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0842  diguanylate cyclase with extracellular sensor  24.1 
 
 		 484 aa  67.8  0.0000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.105968  hitchhiker  0.00226884 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0819  diguanylate cyclase  24.52 
 
 		 507 aa  67.4  0.0000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00531525  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0476  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.74 
 
 		 431 aa  67  0.0000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2672  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.29 
 
 		 619 aa  67  0.0000000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2853  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.41 
 
 		 578 aa  67  0.0000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2113  extracellular solute-binding protein  23.28 
 
 		 955 aa  67  0.0000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3923  sensory box protein  28.68 
 
 		 297 aa  66.2  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5844  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.21 
 
 		 948 aa  65.9  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  25 
 
 		 483 aa  66.2  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1759  histidine kinase  27.74 
 
 		 596 aa  66.2  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.37697  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4032  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.88 
 
 		 1036 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.661545 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2175  histidine kinase  27.37 
 
 		 599 aa  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  21.1 
 
 		 1245 aa  66.6  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2700  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.17 
 
 		 1102 aa  66.2  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3226  Hpt sensor hybrid histidine kinase  26.33 
 
 		 1251 aa  66.2  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0796968  normal  0.806997 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1844  extracellular solute-binding protein  20.87 
 
 		 932 aa  65.5  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.192206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2693  histidine kinase  22.01 
 
 		 782 aa  65.5  0.000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.145264  normal  0.474998 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>