More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_0005 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009073  Pcal_0005  replication factor C small subunit  100 
 
 		 326 aa  655    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0656  replication factor C small subunit  86.93 
 
 		 329 aa  580  1.0000000000000001e-165  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0195839  hitchhiker  0.005923 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0002  replication factor C small subunit  86.38 
 
 		 329 aa  567  1e-160  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_2008  replication factor C small subunit  85.37 
 
 		 328 aa  544  1e-154  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0583  replication factor C small subunit  66.35 
 
 		 324 aa  411  1e-114  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1668  replication factor C small subunit  64.74 
 
 		 320 aa  409  1e-113  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.348586  normal  0.014006 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1846  replication factor C small subunit  62.82 
 
 		 322 aa  402  1e-111  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.432596 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0695  replication factor C small subunit  64.21 
 
 		 319 aa  391  1e-108  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0267  replication factor C small subunit  58.88 
 
 		 325 aa  389  1e-107  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0919  replication factor C  57.32 
 
 		 348 aa  367  1e-100  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0750  ATPase central domain-containing protein  52.58 
 
 		 318 aa  325  6e-88  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1827  Replication factor C  49.38 
 
 		 330 aa  323  2e-87  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2050  replication factor C small subunit  49.69 
 
 		 326 aa  320  1.9999999999999998e-86  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1412  replication factor C small subunit  48.38 
 
 		 315 aa  317  1e-85  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1424  replication factor C small subunit  50.49 
 
 		 315 aa  317  2e-85  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0411425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1210  replication factor C small subunit  50.81 
 
 		 315 aa  316  4e-85  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0484  replication factor C small subunit  50.81 
 
 		 315 aa  315  9e-85  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.362585  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0188  Replication factor C  48.73 
 
 		 317 aa  313  2.9999999999999996e-84  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00219478  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1248  replication factor C small subunit  46.62 
 
 		 322 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1126  replication factor C small subunit  47.42 
 
 		 322 aa  295  5e-79  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.609813  normal  0.991344 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0027  Replication factor C  47.56 
 
 		 330 aa  292  5e-78  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0994  replication factor C small subunit  43.22 
 
 		 323 aa  291  8e-78  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.265102  normal  0.191705 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1910  Replication factor C  47.08 
 
 		 341 aa  291  1e-77  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0262  replication factor C small subunit  47.62 
 
 		 305 aa  290  2e-77  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0941959  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1927  replication factor C small subunit  47.83 
 
 		 326 aa  290  3e-77  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1674  replication factor C small subunit  45.45 
 
 		 322 aa  289  4e-77  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.511307  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0515  replication factor C small subunit  46.96 
 
 		 321 aa  289  5.0000000000000004e-77  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.647591  normal  0.738478 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0384  replication factor C small subunit  46.67 
 
 		 327 aa  286  2e-76  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.817409  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2103  replication factor C small subunit  45.13 
 
 		 326 aa  280  2e-74  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1582  replication factor C small subunit  45.31 
 
 		 334 aa  280  3e-74  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_35082  predicted protein  45.13 
 
 		 342 aa  269  5e-71  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.216032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0240  replication factor C  43.91 
 
 		 316 aa  268  7e-71  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006683  CNN00630  DNA replication factor, putative  43.46 
 
 		 373 aa  258  7e-68  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.853584  n/a   
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_11922  predicted protein  41.5 
 
 		 338 aa  245  6.999999999999999e-64  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119614  replication factor C subunit 5 (36kDa), probable  40.79 
 
 		 332 aa  245  6.999999999999999e-64  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH00770  activator 1 41 kda subunit, putative  41.18 
 
 		 363 aa  239  4e-62  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08064  subunit of heteropentameric Replication factor (Eurofung)  39.16 
 
 		 398 aa  233  2.0000000000000002e-60  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9547  predicted protein  42.09 
 
 		 350 aa  234  2.0000000000000002e-60  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.606232  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02969  subunit of heteropentameric Replication factor C (RF-C) (Eurofung)  38.11 
 
 		 387 aa  231  1e-59  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.715501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_60537  DNA replication factor C  38.16 
 
 		 322 aa  229  4e-59  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0632786  normal  0.140839 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_72583  Replication factor C, subunit RFC4  35.09 
 
 		 369 aa  218  1e-55  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.0238341 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49374  predicted protein  39.2 
 
 		 349 aa  210  2e-53  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.186193  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06517  subunit of heteropentameric replication factor (Eurofung)  43.14 
 
 		 289 aa  204  1e-51  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_39197  predicted protein  38.44 
 
 		 334 aa  205  1e-51  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.023839  normal  0.0377209 
 
 
-
 
NC_006692  CNG02470  Activator 1 40 kDa subunit, putative  36.94 
 
 		 347 aa  199  7e-50  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_39313  DNA replication factor C  37.62 
 
 		 325 aa  196  3e-49  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0850  replication factor C small subunit 2  34.14 
 
 		 340 aa  179  4.999999999999999e-44  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1312  replication factor C small subunit  58.02 
 
 		 940 aa  176  4e-43  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.425984  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1881  replication factor C small subunit 2  31.95 
 
 		 332 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.633659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0833  replication factor C small subunit 2  31.21 
 
 		 331 aa  160  2e-38  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.304305  normal  0.0467455 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1664  replication factor C small subunit 2  31.95 
 
 		 331 aa  155  1e-36  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.137515 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0919  replication factor C small subunit 2  32.15 
 
 		 332 aa  154  2e-36  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1233  replication factor C small subunit 2  36.61 
 
 		 336 aa  153  5e-36  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1988  replication factor C small subunit 2  29.59 
 
 		 341 aa  144  2e-33  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.135207  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB04440  DNA clamp loader, putative  29.6 
 
 		 356 aa  136  4e-31  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0154026  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06300  DNA replication factor C subunit Rfc5, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G12250)  30.43 
 
 		 352 aa  128  1.0000000000000001e-28  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_50732  predicted protein  28.45 
 
 		 361 aa  121  9.999999999999999e-27  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.850947  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0243  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.86 
 
 		 478 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38748  predicted protein  27.17 
 
 		 355 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0245  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.48 
 
 		 478 aa  119  7.999999999999999e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0027  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.18 
 
 		 589 aa  116  6e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000154817 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0916  replication factor C large subunit  32.71 
 
 		 483 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.371942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_76038  DNA replicationn factor C  25.42 
 
 		 363 aa  112  1.0000000000000001e-23  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1957  replication factor C small subunit 2  29.24 
 
 		 336 aa  110  2.0000000000000002e-23  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0470  replication factor C large subunit  35.22 
 
 		 467 aa  110  3e-23  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.252286  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1247  replication factor C small subunit 2  26.09 
 
 		 340 aa  108  1e-22  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.572777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1074  replication factor C large subunit  32.58 
 
 		 481 aa  108  1e-22  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.106166  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0257  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.4 
 
 		 518 aa  108  1e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0920  replication factor C large subunit  33.58 
 
 		 418 aa  108  2e-22  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0729  AAA ATPase central domain protein  33.17 
 
 		 514 aa  107  2e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2075  replication factor C large subunit  33.33 
 
 		 642 aa  107  3e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.314797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1751  replication factor C large subunit  31.43 
 
 		 451 aa  107  3e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0276  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  32.34 
 
 		 575 aa  107  3e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.414752  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0023  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  26.46 
 
 		 664 aa  105  8e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0608754  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0115  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.79 
 
 		 755 aa  105  1e-21  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.032481  normal  0.138962 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0015  DNA polymerase III subunit gamma/tau  30.86 
 
 		 548 aa  105  1e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.466533  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2130  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.33 
 
 		 427 aa  105  1e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0748227  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1913  AAA ATPase central domain protein  32.86 
 
 		 497 aa  104  2e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2005  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.84 
 
 		 496 aa  103  4e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2789  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.37 
 
 		 602 aa  103  4e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.226663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0008  DNA polymerase III gamma-tau subunits  30.23 
 
 		 669 aa  103  5e-21  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.167579  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0603  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.53 
 
 		 735 aa  102  6e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.705665 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1138  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.25 
 
 		 550 aa  102  7e-21  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0632409  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0277  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.73 
 
 		 517 aa  102  8e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.433516  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2444  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.18 
 
 		 567 aa  102  9e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.453017  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1879  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  26.16 
 
 		 569 aa  102  9e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0106  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.27 
 
 		 586 aa  102  1e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3695  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.3 
 
 		 601 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4530  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.54 
 
 		 361 aa  101  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.162349  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0058  DNA-directed DNA polymerase  28.28 
 
 		 625 aa  100  2e-20  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0062  DNA polymerase III, tau subunit  28.62 
 
 		 614 aa  101  2e-20  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1228  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.49 
 
 		 732 aa  100  2e-20  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.0388635 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0242  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.18 
 
 		 562 aa  100  3e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000227385  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0374  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  31.51 
 
 		 582 aa  100  3e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000945747  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3762  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.89 
 
 		 606 aa  100  3e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.440006  normal  0.772906 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3778  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.3 
 
 		 601 aa  100  3e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.131326  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0498  replication factor C large subunit  31.1 
 
 		 476 aa  100  4e-20  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0831  replication factor C large subunit  32.22 
 
 		 454 aa  100  4e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.248634  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1397  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.41 
 
 		 460 aa  100  4e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.610857  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3637  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.89 
 
 		 606 aa  100  5e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0803944  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>