More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_0583 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009073  Pcal_0583  replication factor C small subunit  100 
 
 		 324 aa  653    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1668  replication factor C small subunit  88.92 
 
 		 320 aa  587  1e-166  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.348586  normal  0.014006 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0695  replication factor C small subunit  86.71 
 
 		 319 aa  575  1.0000000000000001e-163  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1846  replication factor C small subunit  84.91 
 
 		 322 aa  571  1.0000000000000001e-162  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.432596 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0005  replication factor C small subunit  66.35 
 
 		 326 aa  402  1e-111  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0002  replication factor C small subunit  64.88 
 
 		 329 aa  399  9.999999999999999e-111  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0656  replication factor C small subunit  63.17 
 
 		 329 aa  397  1e-109  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0195839  hitchhiker  0.005923 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_2008  replication factor C small subunit  62.54 
 
 		 328 aa  383  1e-105  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0750  ATPase central domain-containing protein  60.13 
 
 		 318 aa  377  1e-103  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0267  replication factor C small subunit  58.04 
 
 		 325 aa  370  1e-101  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0919  replication factor C  53.97 
 
 		 348 aa  331  9e-90  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2050  replication factor C small subunit  51.27 
 
 		 326 aa  324  1e-87  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1827  Replication factor C  50 
 
 		 330 aa  314  1.9999999999999998e-84  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1424  replication factor C small subunit  48.53 
 
 		 315 aa  298  9e-80  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0411425  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0188  Replication factor C  48.05 
 
 		 317 aa  297  2e-79  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00219478  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0484  replication factor C small subunit  48.86 
 
 		 315 aa  296  2e-79  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.362585  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1210  replication factor C small subunit  48.86 
 
 		 315 aa  296  4e-79  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1412  replication factor C small subunit  46.91 
 
 		 315 aa  295  9e-79  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1126  replication factor C small subunit  46.62 
 
 		 322 aa  288  1e-76  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.609813  normal  0.991344 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1248  replication factor C small subunit  45.75 
 
 		 322 aa  276  3e-73  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0994  replication factor C small subunit  44.12 
 
 		 323 aa  276  4e-73  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.265102  normal  0.191705 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0262  replication factor C small subunit  47.57 
 
 		 305 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0941959  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0515  replication factor C small subunit  45.95 
 
 		 321 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.647591  normal  0.738478 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0027  Replication factor C  44.3 
 
 		 330 aa  272  5.000000000000001e-72  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1910  Replication factor C  44.3 
 
 		 341 aa  270  2e-71  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1927  replication factor C small subunit  46.6 
 
 		 326 aa  269  5e-71  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1582  replication factor C small subunit  42.99 
 
 		 334 aa  264  1e-69  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1674  replication factor C small subunit  43.87 
 
 		 322 aa  261  1e-68  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.511307  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0384  replication factor C small subunit  44.41 
 
 		 327 aa  260  2e-68  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.817409  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2103  replication factor C small subunit  42.72 
 
 		 326 aa  252  7e-66  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_35082  predicted protein  43.38 
 
 		 342 aa  248  1e-64  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.216032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0240  replication factor C  41.99 
 
 		 316 aa  242  7.999999999999999e-63  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006683  CNN00630  DNA replication factor, putative  39.12 
 
 		 373 aa  239  2.9999999999999997e-62  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.853584  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_39197  predicted protein  41.14 
 
 		 334 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.023839  normal  0.0377209 
 
 
-
 
NC_006692  CNG02470  Activator 1 40 kDa subunit, putative  39.5 
 
 		 347 aa  231  1e-59  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH00770  activator 1 41 kda subunit, putative  52.34 
 
 		 363 aa  223  3e-57  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49374  predicted protein  41.06 
 
 		 349 aa  223  3e-57  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.186193  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119614  replication factor C subunit 5 (36kDa), probable  40.27 
 
 		 332 aa  223  4e-57  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_11922  predicted protein  41.09 
 
 		 338 aa  219  3.9999999999999997e-56  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02969  subunit of heteropentameric Replication factor C (RF-C) (Eurofung)  37.54 
 
 		 387 aa  217  2e-55  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.715501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9547  predicted protein  39.41 
 
 		 350 aa  216  5.9999999999999996e-55  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.606232  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_39313  DNA replication factor C  40.82 
 
 		 325 aa  214  9.999999999999999e-55  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_60537  DNA replication factor C  40.15 
 
 		 322 aa  213  3.9999999999999995e-54  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0632786  normal  0.140839 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08064  subunit of heteropentameric Replication factor (Eurofung)  35.19 
 
 		 398 aa  206  5e-52  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_72583  Replication factor C, subunit RFC4  36.03 
 
 		 369 aa  206  5e-52  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.0238341 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06517  subunit of heteropentameric replication factor (Eurofung)  44.53 
 
 		 289 aa  204  1e-51  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1312  replication factor C small subunit  58.02 
 
 		 940 aa  177  2e-43  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.425984  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0850  replication factor C small subunit 2  33.79 
 
 		 340 aa  155  1e-36  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1988  replication factor C small subunit 2  33.01 
 
 		 341 aa  153  4e-36  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.135207  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1233  replication factor C small subunit 2  31.94 
 
 		 336 aa  152  1e-35  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1881  replication factor C small subunit 2  33.22 
 
 		 332 aa  149  8e-35  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.633659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0833  replication factor C small subunit 2  30.12 
 
 		 331 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.304305  normal  0.0467455 
 
 
-
 
NC_006684  CNB04440  DNA clamp loader, putative  30.29 
 
 		 356 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0154026  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1664  replication factor C small subunit 2  32.18 
 
 		 331 aa  140  3e-32  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.137515 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0919  replication factor C small subunit 2  28.49 
 
 		 332 aa  138  1e-31  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06300  DNA replication factor C subunit Rfc5, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G12250)  28.65 
 
 		 352 aa  129  6e-29  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1751  replication factor C large subunit  35.38 
 
 		 451 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_76038  DNA replicationn factor C  31.3 
 
 		 363 aa  119  4.9999999999999996e-26  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0277  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.32 
 
 		 517 aa  117  3.9999999999999997e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.433516  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0916  replication factor C large subunit  35.32 
 
 		 483 aa  116  5e-25  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.371942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1397  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.94 
 
 		 460 aa  116  5e-25  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.610857  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38748  predicted protein  24.93 
 
 		 355 aa  112  6e-24  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0729  AAA ATPase central domain protein  32.88 
 
 		 514 aa  112  1.0000000000000001e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0920  replication factor C large subunit  36.32 
 
 		 418 aa  110  3e-23  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1913  AAA ATPase central domain protein  33.18 
 
 		 497 aa  110  3e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2075  replication factor C large subunit  33.18 
 
 		 642 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.314797  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2242  replication factor C large subunit  32.89 
 
 		 497 aa  110  5e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1074  replication factor C large subunit  32.85 
 
 		 481 aa  109  6e-23  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.106166  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0470  replication factor C large subunit  32.39 
 
 		 467 aa  108  1e-22  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.252286  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0257  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.89 
 
 		 518 aa  108  2e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0243  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.39 
 
 		 478 aa  106  5e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0050  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.17 
 
 		 554 aa  106  7e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000022733  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0276  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  29.8 
 
 		 575 aa  105  1e-21  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.414752  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2005  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.01 
 
 		 496 aa  104  2e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0245  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.01 
 
 		 478 aa  104  2e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0015  DNA polymerase III subunit gamma/tau  28.57 
 
 		 548 aa  104  2e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.466533  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_50732  predicted protein  26.07 
 
 		 361 aa  103  3e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.850947  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1975  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.67 
 
 		 632 aa  103  4e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.106015  normal  0.868951 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1423  DNA polymerase III subunits gamma and tau  31.45 
 
 		 529 aa  103  4e-21  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0212  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.67 
 
 		 582 aa  103  5e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.783119  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0195  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.67 
 
 		 579 aa  102  7e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.92139e-31 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0831  replication factor C large subunit  33.65 
 
 		 454 aa  102  7e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.248634  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1810  replication factor C large subunit  30.27 
 
 		 500 aa  102  9e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0374  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  30.86 
 
 		 582 aa  101  1e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000945747  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4327  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.69 
 
 		 579 aa  101  1e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.923822  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0027  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.51 
 
 		 589 aa  102  1e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000154817 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1247  replication factor C small subunit 2  28.77 
 
 		 340 aa  101  2e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.572777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2144  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.16 
 
 		 547 aa  101  2e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00119695  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2519  replication factor C small subunit 2  31 
 
 		 349 aa  101  2e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.412171  normal  0.289357 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1386  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.05 
 
 		 550 aa  101  2e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2789  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.34 
 
 		 602 aa  100  2e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.226663  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0114  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  27.31 
 
 		 568 aa  100  3e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2049  replication factor C large subunit  34.53 
 
 		 443 aa  100  3e-20  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0094  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  28.85 
 
 		 579 aa  100  4e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0657  replication factor C large subunit  31.98 
 
 		 423 aa  100  4e-20  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.291269  hitchhiker  0.00784495 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0115  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.97 
 
 		 755 aa  100  5e-20  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.032481  normal  0.138962 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2130  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.57 
 
 		 427 aa  99  1e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0748227  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0092  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  27.94 
 
 		 527 aa  98.6  1e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000833689 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1957  replication factor C small subunit 2  28.44 
 
 		 336 aa  98.6  1e-19  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0301  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.86 
 
 		 569 aa  98.6  1e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0288678  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>