More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0203 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2172  TonB-dependent receptor, plug  76.33 
 
 		 687 aa  1009    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0203  TonB-dependent receptor, plug  100 
 
 		 700 aa  1438    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.583502  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2818  TonB-dependent receptor, plug  72.83 
 
 		 691 aa  1041    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3092  TonB-dependent receptor, plug  32.17 
 
 		 726 aa  283  8.000000000000001e-75  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6129  TonB-dependent receptor plug  31.45 
 
 		 721 aa  270  7e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6730  TonB-dependent receptor  29.75 
 
 		 733 aa  258  2e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.23656 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4555  TonB-dependent receptor  29.48 
 
 		 734 aa  253  7e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000444386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01404  hypothetical protein  24.03 
 
 		 640 aa  131  4.0000000000000003e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0562  TonB-dependent receptor  27.16 
 
 		 634 aa  119  1.9999999999999998e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.222662 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0558  TonB-dependent receptor  24.7 
 
 		 657 aa  117  5e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0249  TonB-dependent receptor  26.79 
 
 		 688 aa  116  1.0000000000000001e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1539  receptor, putative  27.12 
 
 		 639 aa  114  4.0000000000000004e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1905  TonB-dependent receptor  26.59 
 
 		 713 aa  114  6e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.86655  normal  0.425592 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0766  TonB-dependent receptor  22.34 
 
 		 763 aa  113  1.0000000000000001e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0590392  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1797  TonB-dependent receptor plug  22.44 
 
 		 647 aa  112  3e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0460  TonB-dependent receptor  25.17 
 
 		 648 aa  110  7.000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2289  TonB-dependent receptor plug  24.25 
 
 		 719 aa  110  8.000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.652188 
 
 
-
 
NC_002950  PG0707  TonB-dependent receptor, putative  24.76 
 
 		 848 aa  109  2e-22  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000125429 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1628  TonB-dependent receptor, plug  23.3 
 
 		 680 aa  107  6e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.58484 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6535  TonB-dependent receptor  23.68 
 
 		 694 aa  107  7e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.822423  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3052  TonB-dependent receptor plug  23.88 
 
 		 753 aa  106  1e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.129578 
 
 
-
 
NC_002950  PG2008  TonB-dependent receptor, putative  26.11 
 
 		 833 aa  105  2e-21  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0569  TonB-dependent receptor  25.75 
 
 		 778 aa  105  2e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.147079 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0928  TonB-dependent receptor, plug  25.27 
 
 		 750 aa  104  5e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.228004  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3535  TonB-dependent receptor  22.59 
 
 		 681 aa  102  2e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.243459  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0121  TonB-dependent receptor plug  21.21 
 
 		 760 aa  102  3e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2423  TonB-dependent receptor  24.24 
 
 		 662 aa  100  8e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.075703  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0852  TonB-dependent outer membrane receptor for Fe3+/colicin I  23.92 
 
 		 633 aa  98.6  3e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.00000258389  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2412  TonB-dependent receptor  23.73 
 
 		 662 aa  98.6  3e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.115111  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2531  TonB-dependent receptor  24.07 
 
 		 680 aa  99  3e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.276329 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1935  TonB-dependent receptor  23.67 
 
 		 662 aa  97.4  7e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00717608  normal  0.914131 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0798  hypothetical protein  23.28 
 
 		 720 aa  96.7  1e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2030  TonB-dependent receptor, plug  25 
 
 		 668 aa  96.7  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3109  TonB-dependent receptor  23.96 
 
 		 745 aa  97.1  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.87493 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1806  TonB-dependent receptor  23.66 
 
 		 649 aa  95.9  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1861  TonB-dependent receptor  24.28 
 
 		 653 aa  96.3  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0473101  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2171  TonB-dependent receptor  24.32 
 
 		 649 aa  95.5  3e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3318  TonB-dependent receptor  23.12 
 
 		 720 aa  95.1  4e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000715438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1826  TonB-dependent receptor  24.37 
 
 		 661 aa  95.1  4e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0922924  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7217  TonB-dependent receptor  28.44 
 
 		 707 aa  94.4  7e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3191  TonB-dependent receptor  23.09 
 
 		 720 aa  94.4  7e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0126534  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0635  TonB-dependent receptor  22.69 
 
 		 720 aa  93.2  1e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00167095  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3815  TonB-dependent receptor  24.31 
 
 		 658 aa  93.2  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1511  TonB-dependent receptor  24.16 
 
 		 772 aa  92  3e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1506  TonB-dependent receptor  24.73 
 
 		 707 aa  90.5  1e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5373  TonB-dependent outer-membrane transporter  24.39 
 
 		 661 aa  87  9e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0456572  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1088  TonB-dependent receptor  23.76 
 
 		 679 aa  87  9e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3294  TonB-dependent receptor, plug  23.13 
 
 		 676 aa  87.4  9e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1237  TonB-dependent receptor  34.29 
 
 		 736 aa  85.1  0.000000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2342  TonB-dependent receptor  22.56 
 
 		 611 aa  84.7  0.000000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.499314  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5685  TonB-dependent receptor  22.37 
 
 		 773 aa  81.6  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0785655  normal  0.623805 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0028  enterobactin receptor protein  22.74 
 
 		 652 aa  80.9  0.00000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000507235  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0464  TonB-dependent receptor plug  22.92 
 
 		 748 aa  80.5  0.00000000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0565  TonB-dependent receptor  33.82 
 
 		 613 aa  80.5  0.00000000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.228454 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01534  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  30.53 
 
 		 647 aa  80.1  0.0000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0934  putative outer membrane receptor  25 
 
 		 655 aa  80.1  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1631  TonB-dependent receptor, plug  22.09 
 
 		 739 aa  80.5  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.371565 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6723  TonB-dependent receptor  22.39 
 
 		 1128 aa  80.5  0.0000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0784  TonB-dependent siderophore receptor, putative  21.54 
 
 		 656 aa  79  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3189  TonB-dependent receptor, plug  24.13 
 
 		 623 aa  79  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1648  ferric receptor CfrA  21.5 
 
 		 696 aa  78.6  0.0000000000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.1522  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2648  TonB-dependent receptor  23.33 
 
 		 602 aa  78.2  0.0000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2678  enterobactin receptor protein  29.59 
 
 		 653 aa  78.2  0.0000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1274  TonB-dependent receptor plug  31.02 
 
 		 861 aa  76.6  0.000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3738  TonB-dependent receptor  30.39 
 
 		 665 aa  75.9  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.430842  normal  0.0543439 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1691  TonB-dependent receptor, plug  28.35 
 
 		 732 aa  76.6  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.524758  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1266  TonB-dependent receptor  29.03 
 
 		 679 aa  76.6  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0152296  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1926  TonB-dependent receptor  29.08 
 
 		 627 aa  76.6  0.000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.201933  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  24.28 
 
 		 634 aa  75.5  0.000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1005  TonB-dependent receptor  24.19 
 
 		 699 aa  74.7  0.000000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.828736  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3503  enterobactin receptor protein  23.84 
 
 		 666 aa  74.7  0.000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00217636  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2451  colicin I receptor  26.72 
 
 		 663 aa  74.3  0.000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3290  colicin I receptor  26.72 
 
 		 659 aa  74.3  0.000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.359827  normal  0.810258 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02084  ferric iron-catecholate outer membrane transporter  26.72 
 
 		 663 aa  74.3  0.000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1503  TonB-dependent receptor plug  26.72 
 
 		 663 aa  74.3  0.000000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000115095  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0230  TonB-dependent receptor  20.22 
 
 		 729 aa  74.3  0.000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02043  hypothetical protein  26.72 
 
 		 663 aa  74.3  0.000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.214275  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3675  TonB-dependent receptor  30.43 
 
 		 737 aa  74.3  0.000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0831004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2289  colicin I receptor  26.72 
 
 		 663 aa  74.3  0.000000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1493  colicin I receptor  26.72 
 
 		 663 aa  74.3  0.000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.351325 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2302  colicin I receptor  26.72 
 
 		 641 aa  74.3  0.000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.010442 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3636  TonB-dependent receptor  30.32 
 
 		 804 aa  73.9  0.000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000134979  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1110  TonB-dependent receptor  22.7 
 
 		 625 aa  72.4  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000459108  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0988  TonB-dependent receptor plug  27.72 
 
 		 806 aa  72.4  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.124203 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2735  TonB-dependent receptor  30.19 
 
 		 641 aa  73.2  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00964506  normal  0.0993289 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1231  TonB-dependent receptor  31.71 
 
 		 678 aa  73.2  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3962  TonB-dependent receptor  23.06 
 
 		 698 aa  73.2  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2686  TonB-dependent receptor plug  24.28 
 
 		 650 aa  72.4  0.00000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.262602  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2885  histidine kinase  31.79 
 
 		 704 aa  72.4  0.00000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000018886  decreased coverage  0.000177766 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0883  ferric enterobactin receptor, putative  23.41 
 
 		 627 aa  71.6  0.00000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.277897  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4029  TonB-dependent receptor  35.29 
 
 		 719 aa  72  0.00000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0519  heme transport protein HutA  22.34 
 
 		 698 aa  71.6  0.00000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1559  TonB-dependent receptor plug  34.85 
 
 		 706 aa  71.6  0.00000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.00000264695  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0645  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  34.03 
 
 		 750 aa  71.2  0.00000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0446508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3128  bifunctional enterobactin receptor/adhesin protein  22.47 
 
 		 695 aa  71.2  0.00000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1006  TonB-dependent receptor  22.96 
 
 		 426 aa  70.9  0.00000000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.711145  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2756  colicin I receptor  28.87 
 
 		 656 aa  70.9  0.00000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.35711  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2815  TonB-dependent receptor  30.71 
 
 		 619 aa  70.9  0.00000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.186668  normal  0.478128 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2434  colicin I receptor  28.21 
 
 		 650 aa  70.5  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.198809 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1688  TonB-dependent receptor  29.73 
 
 		 710 aa  70.9  0.00000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00738992  normal  0.0180451 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>