116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0178 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0178  prepilin-type cleavage/methylation  100 
 
 		 188 aa  388  1e-107  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4568  MSHA pilin protein MshC  38.2 
 
 		 182 aa  91.7  5e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.116926  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00259  putative Mannose-sensitive agglutinin (MSHA) biogenesis protein MshC (pilus type IV)  33.33 
 
 		 153 aa  83.6  0.000000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3339  methylation  37.14 
 
 		 157 aa  77.8  0.00000000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000729468  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2828  MSHA pilin protein MshC  33.52 
 
 		 162 aa  76.3  0.0000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4104  MSHA pilin protein MshC  33.33 
 
 		 157 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3759  MSHA pilin protein MshC  29.48 
 
 		 158 aa  66.2  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00178977  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0517  MSHA pilin protein MshC  32.57 
 
 		 162 aa  64.3  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.426127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0569  MSHA pilin protein MshC  32.76 
 
 		 162 aa  63.2  0.000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3827  methylation site containing protein  31.03 
 
 		 162 aa  62.4  0.000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000859994  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0474  methylation site containing protein  30.18 
 
 		 162 aa  62  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00105235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0492  methylation site containing protein  29.89 
 
 		 160 aa  61.6  0.000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00337293  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3653  methylation site containing protein  29.59 
 
 		 162 aa  60.8  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0513  methylation site containing protein  31.61 
 
 		 162 aa  59.7  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00478235  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3477  methylation site containing protein  28.99 
 
 		 162 aa  58.2  0.00000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000223181  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0478  type IV pilus, prepilin-like protein (MSHC)  25.81 
 
 		 204 aa  56.6  0.0000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.993627  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0462  MSHA pilin protein MshC  31.76 
 
 		 163 aa  53.9  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.551025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3743  methylation site containing protein  31.95 
 
 		 159 aa  53.5  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.160506  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0398  MSHA pilin protein MshC  27.75 
 
 		 149 aa  52.8  0.000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.556071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3341  methylation  31.82 
 
 		 182 aa  52  0.000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0553  MSHA pilin protein MshC  28.09 
 
 		 155 aa  49.7  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00995446  normal  0.374252 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002378  MSHA pilin protein MshC  42.31 
 
 		 153 aa  49.7  0.00003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0204489  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0548  hypothetical protein  32.14 
 
 		 169 aa  48.5  0.00006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4569  MSHA pilin protein MshA  61.11 
 
 		 187 aa  47.8  0.00009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.442923  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0224  N- methylation  40 
 
 		 220 aa  47.8  0.0001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0319  hypothetical protein  29.84 
 
 		 199 aa  47  0.0002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.380813  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0627  putative major pilin subunit  29.41 
 
 		 147 aa  45.4  0.0004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0573  MshA, mannose-sensitive haemaglutinin  70.37 
 
 		 166 aa  45.4  0.0005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.200044 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3315  pilin, putative  70.37 
 
 		 185 aa  45.4  0.0005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.540059  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3781  hypothetical protein  46.94 
 
 		 172 aa  44.7  0.0007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0397  methylation site containing protein  66.67 
 
 		 163 aa  45.1  0.0007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.061774  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4409  methylation site containing protein  66.67 
 
 		 166 aa  44.7  0.0007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000123074  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4159  hypothetical protein  76.92 
 
 		 193 aa  44.7  0.0008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4105  MSHA pilin protein MshA  66.67 
 
 		 171 aa  44.3  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0898  hypothetical protein  51.06 
 
 		 172 aa  44.3  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3479  methylation site containing protein  66.67 
 
 		 169 aa  44.3  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000294883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3520  methylation site containing protein  73.08 
 
 		 201 aa  44.3  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0435  methylation site containing protein  73.08 
 
 		 201 aa  44.3  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0473  methylation site containing protein  66.67 
 
 		 174 aa  43.9  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000513166  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3656  methylation site containing protein  66.67 
 
 		 169 aa  44.3  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00406084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3698  methylation site containing protein  73.08 
 
 		 192 aa  43.9  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.452925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3464  hypothetical protein  51.06 
 
 		 172 aa  44.3  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3828  methylation site containing protein  66.67 
 
 		 172 aa  44.3  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000112537  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3074  pilin, putative  60 
 
 		 178 aa  43.9  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0530  hypothetical protein  58.82 
 
 		 192 aa  44.3  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0567  methylation site containing protein  66.67 
 
 		 169 aa  43.9  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.468703  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0448  hypothetical protein  58.82 
 
 		 191 aa  43.9  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0491  methylation site containing protein  66.67 
 
 		 186 aa  43.9  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000497616  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0872  hypothetical protein  51.06 
 
 		 172 aa  44.3  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0907  hypothetical protein  51.06 
 
 		 172 aa  44.3  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0515  methylation site containing protein  66.67 
 
 		 168 aa  43.5  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000372661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3340  methylation  66.67 
 
 		 172 aa  43.1  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000827612  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002375  MSHA pilin protein MshA  70.37 
 
 		 168 aa  43.5  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0138724  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3744  methylation site containing protein  48.94 
 
 		 173 aa  43.9  0.002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.144711  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3983  methylation site containing protein  70.37 
 
 		 165 aa  43.5  0.002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0461  MSHA pilin protein MshA  66.67 
 
 		 172 aa  43.9  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3866  hypothetical protein  43.14 
 
 		 191 aa  43.1  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0396  methylation site containing protein  66.67 
 
 		 169 aa  43.5  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0195536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2827  MSHA pilin protein MshA  57.58 
 
 		 178 aa  43.1  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.99325  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2151  membrane protein  62.96 
 
 		 186 aa  43.1  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.899411  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0551  MSHA pilin protein MshA  66.67 
 
 		 173 aa  43.5  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000258454  normal  0.542221 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0552  MSHA pilin protein MshA  66.67 
 
 		 159 aa  43.1  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00386307  normal  0.526597 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3689  pilin, putative  58.82 
 
 		 186 aa  43.1  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3760  methylation site containing protein  66.67 
 
 		 176 aa  43.9  0.002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000143336  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3761  MSHA pilin protein MshA  66.67 
 
 		 178 aa  43.5  0.002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000202365  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0464  hypothetical protein  55.88 
 
 		 191 aa  43.1  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0512  methylation site containing protein  66.67 
 
 		 182 aa  43.5  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000175657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4410  methylation site containing protein  66.67 
 
 		 175 aa  43.5  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000246782  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2916  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  33.71 
 
 		 145 aa  43.1  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00261  Tfp pilus assembly protein PilW  33.33 
 
 		 251 aa  43.5  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3296  methylation site containing protein  66.67 
 
 		 173 aa  42.7  0.003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3478  methylation site containing protein  66.67 
 
 		 169 aa  42.7  0.003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000141512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0516  methylation site containing protein  47.92 
 
 		 172 aa  43.1  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00623258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0576  hypothetical protein  69.23 
 
 		 174 aa  42.7  0.003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0726397 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3102  hypothetical protein  42.11 
 
 		 157 aa  42.7  0.003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1679  hypothetical protein  37.7 
 
 		 225 aa  43.1  0.003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00258  MSHA pilin protein MshA  50 
 
 		 163 aa  42.7  0.003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3758  hypothetical protein  69.23 
 
 		 174 aa  42.4  0.004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0568  methylation site containing protein  72 
 
 		 169 aa  42.4  0.004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238644  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03692  hypothetical protein  70.37 
 
 		 151 aa  42.4  0.004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1487  carbamoyl-phosphate synthase large subunit  32.39 
 
 		 231 aa  42.4  0.004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1388  methylation site containing protein  58.62 
 
 		 175 aa  42.4  0.004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4408  MSHA pilin protein MshA  65.52 
 
 		 170 aa  42.4  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00456827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0392  hypothetical protein  36.49 
 
 		 150 aa  42  0.005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000497888  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3099  methylation site containing protein  50 
 
 		 172 aa  42  0.005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03690  hypothetical protein  23.35 
 
 		 149 aa  42  0.005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1956  hypothetical protein  65.38 
 
 		 189 aa  42  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0620526  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2521  hypothetical protein  57.14 
 
 		 193 aa  42  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3385  fgenesh4_pg.C_scaffold_2883000002  32.14 
 
 		 199 aa  42  0.005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0802  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  31.94 
 
 		 152 aa  42  0.005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.964553  normal  0.826959 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1436  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  46.15 
 
 		 171 aa  42  0.005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1176  hypothetical protein  65.38 
 
 		 163 aa  42  0.006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0856  methylation site containing protein  70.37 
 
 		 182 aa  41.6  0.006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0519  MSHA biogenesis protein MshO  40.32 
 
 		 282 aa  41.6  0.006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4407  MSHA pilin protein MshC  26.7 
 
 		 154 aa  42  0.006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.318857  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0476  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin A  72 
 
 		 157 aa  42  0.006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.903201  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0477  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin A  66.67 
 
 		 156 aa  41.6  0.006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.581973  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0800  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  32.88 
 
 		 167 aa  41.6  0.007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.346386  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0476  methylation site containing protein  35.71 
 
 		 287 aa  41.2  0.008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0553768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1064  methylation site containing protein  65.38 
 
 		 164 aa  41.2  0.008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.691522  normal  0.0588159 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>