More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_00738 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010513  Xfasm12_2128  NAD-dependent DNA ligase LigA  67.91 
 
 		 837 aa  813    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.825717  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00738  DNA ligase  100 
 
 		 590 aa  1186    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.453456  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2583  NAD-dependent DNA ligase LigA  67.63 
 
 		 821 aa  763    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2047  NAD-dependent DNA ligase LigA  67.74 
 
 		 831 aa  810    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1398  putative DNA ligase (polydeoxyribonucleotide synthase [NAD+]) protein  50.5 
 
 		 813 aa  527  1e-148  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1272  DNA ligase, NAD-dependent  50.42 
 
 		 817 aa  505  1e-141  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.229595 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1336  DNA ligase, NAD-dependent  50.25 
 
 		 813 aa  502  1e-141  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.528438 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3838  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.46 
 
 		 776 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.771384 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1801  NAD-dependent DNA ligase LigA  40.33 
 
 		 785 aa  394  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0162634  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2746  NAD-dependent DNA ligase LigA  40.63 
 
 		 786 aa  395  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0339353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1819  NAD-dependent DNA ligase LigA  40.63 
 
 		 787 aa  384  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.386277  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3656  DNA ligase, NAD-dependent  40.46 
 
 		 787 aa  380  1e-104  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  48.54 
 
 		 675 aa  346  7e-94  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1428  DNA ligase, NAD-dependent  46.84 
 
 		 721 aa  346  8.999999999999999e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00223913 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2592  DNA ligase, NAD-dependent  46.27 
 
 		 706 aa  344  2e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.457213 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3804  NAD-dependent DNA ligase LigA  38.46 
 
 		 794 aa  343  5e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3294  DNA ligase, NAD-dependent  38.99 
 
 		 795 aa  340  4e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.36347  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2438  DNA ligase, NAD-dependent  46.9 
 
 		 673 aa  339  7e-92  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1594  NAD-dependent DNA ligase LigA  37.58 
 
 		 776 aa  336  7e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0867553 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4274  NAD-dependent DNA ligase LigA  37.58 
 
 		 776 aa  336  7.999999999999999e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.185778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44660  NAD-dependent DNA ligase LigA  38.27 
 
 		 794 aa  335  1e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0139158  normal  0.0637496 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4463  DNA ligase, NAD-dependent  45.04 
 
 		 693 aa  335  2e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0518609  normal  0.98115 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.72 
 
 		 671 aa  333  4e-90  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  43.72 
 
 		 671 aa  333  4e-90  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.72 
 
 		 671 aa  333  4e-90  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.72 
 
 		 671 aa  333  4e-90  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  43.72 
 
 		 671 aa  333  4e-90  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.72 
 
 		 671 aa  333  4e-90  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0757  DNA ligase, NAD-dependent  42.96 
 
 		 671 aa  333  6e-90  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0903  DNA ligase, NAD-dependent  42.96 
 
 		 671 aa  333  6e-90  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.226398  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1575  DNA ligase, NAD-dependent  44.44 
 
 		 697 aa  333  7.000000000000001e-90  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1672  DNA ligase, NAD-dependent  43.65 
 
 		 740 aa  333  8e-90  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.672303  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2083  DNA ligase, NAD-dependent  43.65 
 
 		 731 aa  332  1e-89  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0521924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1343  DNA ligase, NAD-dependent  45.23 
 
 		 683 aa  332  1e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.584756  normal  0.20338 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.48 
 
 		 671 aa  332  1e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2588  DNA ligase, NAD-dependent  45.1 
 
 		 691 aa  331  2e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.245296  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.48 
 
 		 671 aa  332  2e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000402344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3600  NAD-dependent DNA ligase LigA  37.92 
 
 		 776 aa  330  4e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.278075  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2461  DNA ligase, NAD-dependent  44.23 
 
 		 688 aa  330  6e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0455112  hitchhiker  0.000280706 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1816  DNA ligase, NAD-dependent  45.77 
 
 		 707 aa  330  6e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.633094  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5334  DNA ligase (NAD+)  44.23 
 
 		 691 aa  329  7e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373441  normal  0.204139 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1560  DNA ligase, NAD-dependent  44.85 
 
 		 691 aa  329  1.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.436833  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3249  DNA ligase, NAD-dependent  44.85 
 
 		 691 aa  329  1.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1334  DNA ligase, NAD-dependent  44.85 
 
 		 691 aa  329  1.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.538237  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2062  DNA ligase, NAD-dependent  44.85 
 
 		 691 aa  329  1.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.631088  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  45.58 
 
 		 711 aa  328  2.0000000000000001e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2442  DNA ligase, NAD-dependent  44.85 
 
 		 691 aa  328  2.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.414068  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0835  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.8 
 
 		 684 aa  328  2.0000000000000001e-88  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2499  DNA ligase, NAD-dependent  44.85 
 
 		 691 aa  328  2.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2686  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.24 
 
 		 671 aa  326  9e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.595672  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3592  DNA ligase, NAD-dependent  45.02 
 
 		 703 aa  325  1e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0307521  normal  0.0769861 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1252  DNA ligase, NAD-dependent  44.23 
 
 		 691 aa  325  1e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0258025  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2662  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.24 
 
 		 671 aa  325  1e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0516763  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2571  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.24 
 
 		 671 aa  325  1e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000161057  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2620  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.24 
 
 		 671 aa  326  1e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.936148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2841  DNA ligase, NAD-dependent  43.48 
 
 		 732 aa  325  1e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1734  NAD-dependent DNA ligase  44.85 
 
 		 683 aa  324  3e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.39998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2792  NAD-dependent DNA ligase LigA  43 
 
 		 671 aa  324  3e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.755122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2044  DNA ligase, NAD-dependent  43.75 
 
 		 691 aa  324  3e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1676  NAD-dependent DNA ligase  43.51 
 
 		 688 aa  324  3e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.194979  normal  0.0666248 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2024  DNA ligase, NAD-dependent  43.75 
 
 		 691 aa  324  3e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6053  DNA ligase, NAD-dependent  43.75 
 
 		 746 aa  323  4e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.255704  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2939  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.75 
 
 		 671 aa  323  7e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000192646  normal  0.0623801 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2057  DNA ligase, NAD-dependent  43.27 
 
 		 691 aa  323  7e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.258192  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2190  DNA ligase, NAD-dependent  44.71 
 
 		 693 aa  323  8e-87  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0728062  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0491  DNA ligase, NAD-dependent  36.88 
 
 		 829 aa  322  9.999999999999999e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0503  DNA ligase, NAD-dependent  44.5 
 
 		 671 aa  322  9.999999999999999e-87  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.720163  normal  0.76832 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1926  DNA ligase, NAD-dependent  43.27 
 
 		 691 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.55791  normal  0.279266 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2201  DNA ligase, NAD-dependent  44.1 
 
 		 690 aa  320  3e-86  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378461  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30290  NAD-dependent DNA ligase LigA  37.82 
 
 		 784 aa  320  3.9999999999999996e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.301541  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1689  DNA ligase, NAD-dependent  43.75 
 
 		 668 aa  320  6e-86  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000649064  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0624  NAD-dependent DNA ligase  46.06 
 
 		 686 aa  318  1e-85  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.182096  normal  0.661335 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2022  DNA ligase, NAD-dependent  43.63 
 
 		 691 aa  318  1e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1403  DNA ligase, NAD-dependent  44.1 
 
 		 693 aa  318  2e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.655941  normal  0.448551 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1455  DNA ligase, NAD-dependent  43.75 
 
 		 671 aa  318  2e-85  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3562  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.11 
 
 		 681 aa  318  2e-85  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004153  DNA ligase  41.83 
 
 		 690 aa  317  4e-85  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0490058  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2847  DNA ligase, NAD-dependent  43.5 
 
 		 670 aa  316  7e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000873668  hitchhiker  0.000000438605 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1239  DNA ligase, NAD-dependent  40.26 
 
 		 672 aa  316  7e-85  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00267622  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5183  DNA ligase, NAD-dependent  37.25 
 
 		 814 aa  315  9.999999999999999e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2744  NAD-dependent DNA ligase LigA  62.96 
 
 		 670 aa  314  1.9999999999999998e-84  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000148607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1167  DNA ligase, NAD-dependent  44.97 
 
 		 678 aa  315  1.9999999999999998e-84  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.140803  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1432  NAD-dependent DNA ligase LigA  62.55 
 
 		 670 aa  313  6.999999999999999e-84  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000269504  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1321  NAD-dependent DNA ligase LigA  62.55 
 
 		 670 aa  313  6.999999999999999e-84  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000153003  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0655  DNA ligase, NAD-dependent  42.64 
 
 		 670 aa  312  9e-84  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2505  DNA ligase, NAD-dependent  46.1 
 
 		 768 aa  311  2e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000421321 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01312  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.94 
 
 		 670 aa  311  2e-83  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3097  DNA ligase, NAD-dependent  37.98 
 
 		 792 aa  310  5e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1522  NAD-dependent DNA ligase  42.39 
 
 		 673 aa  310  5e-83  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3403  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.89 
 
 		 681 aa  310  5.9999999999999995e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5105  DNA ligase, NAD-dependent  36.49 
 
 		 814 aa  309  9e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.599059  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0801  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.27 
 
 		 682 aa  308  2.0000000000000002e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1689  DNA ligase, NAD-dependent  35.66 
 
 		 827 aa  306  6e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.914748 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1569  DNA ligase, NAD-dependent  43.1 
 
 		 691 aa  305  2.0000000000000002e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0515781  unclonable  0.000000000191104 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2377  DNA ligase, NAD-dependent  43.25 
 
 		 669 aa  303  7.000000000000001e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000760862  unclonable  0.00000201736 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2353  NAD-dependent DNA ligase LigA  40.35 
 
 		 669 aa  302  9e-81  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01851  DNA ligase, NAD-dependent  41.23 
 
 		 517 aa  302  1e-80  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.197167  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1693  DNA ligase (NAD+)  58.92 
 
 		 675 aa  301  2e-80  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000392244  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1776  DNA ligase, NAD-dependent  57.38 
 
 		 677 aa  300  5e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.19429  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  40 
 
 		 674 aa  300  6e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>