76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1040 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1040  sensory box protein  100 
 
 		 160 aa  333  7.999999999999999e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.951062  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0887  sensory box protein  95.54 
 
 		 160 aa  314  4e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.141659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  54.49 
 
 		 319 aa  183  9e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  54.36 
 
 		 320 aa  181  4.0000000000000006e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  53.69 
 
 		 324 aa  179  2e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  53.69 
 
 		 324 aa  179  2e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  53.69 
 
 		 324 aa  179  2e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  49.66 
 
 		 319 aa  177  4e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  52.35 
 
 		 324 aa  177  5.999999999999999e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  52.35 
 
 		 318 aa  177  5.999999999999999e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3306  diguanylate cyclase  52.35 
 
 		 324 aa  176  1e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.198506  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  53.69 
 
 		 323 aa  176  1e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  50.67 
 
 		 322 aa  175  2e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3794  diguanylate cyclase  51.68 
 
 		 328 aa  175  2e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.807786  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3737  diguanylate cyclase  51.68 
 
 		 328 aa  175  3e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0251056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0531  diguanylate cyclase  51.68 
 
 		 328 aa  175  3e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.842524  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3920  diguanylate cyclase  51.68 
 
 		 328 aa  174  4e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00763336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  50.65 
 
 		 320 aa  174  4e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  53.69 
 
 		 321 aa  174  5e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3726  putative PAS/PAC sensor protein  57.04 
 
 		 145 aa  174  6e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03099  sensory box/GGDEF protein  54.61 
 
 		 163 aa  172  9.999999999999999e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.727422  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  52.35 
 
 		 323 aa  173  9.999999999999999e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  51.01 
 
 		 320 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  47.33 
 
 		 316 aa  169  1e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.45 
 
 		 332 aa  161  3e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  45.16 
 
 		 316 aa  155  2e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  43.42 
 
 		 322 aa  143  1e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06227  hypothetical protein  43.48 
 
 		 146 aa  133  9.999999999999999e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000473  hypothetical protein  44.36 
 
 		 145 aa  133  9.999999999999999e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  36.42 
 
 		 320 aa  132  1.9999999999999998e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0602  hypothetical protein  43.61 
 
 		 145 aa  131  3.9999999999999996e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  41.55 
 
 		 325 aa  130  1.0000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1086  hypothetical protein  42.86 
 
 		 148 aa  128  4.0000000000000003e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.394115  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3165  diguanylate cyclase  42.75 
 
 		 311 aa  123  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2399  diguanylate cyclase  42.75 
 
 		 311 aa  123  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291213  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3279  diguanylate cyclase  42.75 
 
 		 311 aa  123  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0418707  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2105  GGDEF domain-containing protein  42.75 
 
 		 311 aa  123  1e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1413  diguanylate cyclase  42.75 
 
 		 311 aa  123  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.195928  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1493  GGDEF domain-containing protein  42.75 
 
 		 311 aa  123  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00779791  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1133  diguanylate cyclase  42.75 
 
 		 311 aa  123  1e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.047255  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  42.75 
 
 		 311 aa  121  3e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  41.43 
 
 		 312 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.71 
 
 		 312 aa  117  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.29 
 
 		 313 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.29 
 
 		 313 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.29 
 
 		 324 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.29 
 
 		 312 aa  115  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.29 
 
 		 326 aa  115  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.29 
 
 		 313 aa  115  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.29 
 
 		 312 aa  115  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.57 
 
 		 312 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  34.29 
 
 		 334 aa  110  5e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1123  sensor histidine kinase  37.9 
 
 		 471 aa  106  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1200  sensor histidine kinase  37.9 
 
 		 471 aa  107  1e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0788  sensor histidine kinase  37.9 
 
 		 465 aa  106  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.105833  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0677  sensor histidine kinase  34.93 
 
 		 538 aa  104  4e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.755053  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2403  sensor histidine kinase  34.93 
 
 		 601 aa  104  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0603  sensory box sensor histidine kinase  37.1 
 
 		 439 aa  100  8e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1588  sensor histidine kinase  35.97 
 
 		 502 aa  98.2  4e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.153224  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2545  sensor histidine kinase  31.29 
 
 		 429 aa  95.5  3e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  35.34 
 
 		 280 aa  94.4  5e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.58 
 
 		 315 aa  77.8  0.00000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.58 
 
 		 301 aa  77.8  0.00000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01455  sensor histidine kinase  29.45 
 
 		 436 aa  75.5  0.0000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1752  diguanylate cyclase  28.24 
 
 		 301 aa  70.9  0.000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000321576  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  30.43 
 
 		 307 aa  55.8  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1982  diguanylate cyclase  26.43 
 
 		 335 aa  54.7  0.0000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2110  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.52 
 
 		 789 aa  50.8  0.000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.377648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4842  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.73 
 
 		 1339 aa  50.4  0.000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  21.19 
 
 		 427 aa  47.4  0.00007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0331  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.17 
 
 		 608 aa  43.5  0.001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2563  signal transduction histidine kinase  26.12 
 
 		 409 aa  43.5  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3526  Hpt sensor hybrid histidine kinase  23.81 
 
 		 920 aa  42.7  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00161337  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1004  sensory box histidine kinase  23.97 
 
 		 363 aa  42  0.004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.27324  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2941  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.74 
 
 		 696 aa  41.6  0.004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.843677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1663  sensor for ctr capsule biosynthesis, histidine kinase acting on RcsB  25.68 
 
 		 1093 aa  41.6  0.005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.749752  normal  0.503363 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>