More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2516 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2516  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 397 aa  789    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3202  LysR family transcriptional regulator  99.5 
 
 		 397 aa  786    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0185561 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2029  LysR family transcriptional regulator  96.98 
 
 		 397 aa  761    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31260  Transcriptional regulator, LysR family  68.54 
 
 		 397 aa  515  1.0000000000000001e-145  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2093  LysR family transcriptional regulator  60.35 
 
 		 408 aa  462  1e-129  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.883671  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6042  LysR family transcriptional regulator  49.63 
 
 		 419 aa  350  2e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.137483 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0094  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  47.59 
 
 		 411 aa  346  4e-94  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0095  LysR family substrate binding transcriptional regulator  47.59 
 
 		 411 aa  346  5e-94  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6554  LysR family transcriptional regulator  47.91 
 
 		 415 aa  344  1e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.976511 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7575  LysR family transcriptional regulator  49.02 
 
 		 417 aa  343  2e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4119  LysR family transcriptional regulator  47.53 
 
 		 392 aa  335  7.999999999999999e-91  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5744  transcriptional regulator, LysR family  47.61 
 
 		 434 aa  306  5.0000000000000004e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0821476  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3707  LysR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 406 aa  280  2e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0214669 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0331  LysR family transcriptional regulator  39.57 
 
 		 417 aa  236  7e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3922  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 404 aa  218  1e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3897  LysR family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 414 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1366  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 481 aa  187  4e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03234  transcriptional regulator  32.41 
 
 		 435 aa  172  1e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3891  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 400 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2816  LysR family transcriptional regulator  33.25 
 
 		 383 aa  165  2.0000000000000002e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0493129  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3271  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 421 aa  154  2.9999999999999998e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000365661 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3811  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 426 aa  150  3e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.775008  normal  0.310651 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 316 aa  134  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3514  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 321 aa  132  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.17891  normal  0.0678834 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  30.33 
 
 		 325 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  31.91 
 
 		 299 aa  129  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1633  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 331 aa  127  3e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.749714  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0507  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 384 aa  125  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1826  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 316 aa  124  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0150451  hitchhiker  0.00784297 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2667  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 320 aa  123  7e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0457  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 328 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.973452  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2257  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 320 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206337  hitchhiker  0.000000365434 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4926  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 316 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2769  transcriptional regulator  31.72 
 
 		 304 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 313 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1042  transcriptional regulator, LysR family  32.49 
 
 		 319 aa  120  3.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.429419  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1518  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 		 316 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 316 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2956  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 316 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.2285  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1381  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 314 aa  119  7e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.31695  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1317  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 314 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.754776  normal  0.339821 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4584  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 316 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000974851 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6812  transcriptional regulator, LysR family  31.48 
 
 		 321 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.062616  hitchhiker  0.00583234 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5214  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 316 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5645  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 316 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0239097  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0040  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 316 aa  117  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2594  transcriptional regulator, LysR family  32.59 
 
 		 314 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.437006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  29.18 
 
 		 331 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3004  transcriptional regulator, LysR family  32.22 
 
 		 314 aa  116  7.999999999999999e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4394  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 306 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1848  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 314 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32700  transcriptional regulator  31.93 
 
 		 304 aa  114  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685887  hitchhiker  0.0000452911 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7648  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 341 aa  114  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0338  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 410 aa  114  4.0000000000000004e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.385737  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0515  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.03 
 
 		 298 aa  112  9e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.523289  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1464  transcriptional regulator, LysR family  32.68 
 
 		 325 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3201  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 316 aa  110  5e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0942378 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5938  transcriptional regulator, LysR family  30.3 
 
 		 305 aa  110  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.254792 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 317 aa  109  9.000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4033  putative LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 326 aa  109  9.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.652401 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4635  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 318 aa  108  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8659  transcriptional regulator, LysR family  27.91 
 
 		 304 aa  108  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3572  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 322 aa  108  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3543  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 419 aa  108  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0643746  normal  0.113442 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4432  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 300 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3970  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 300 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3275  transcriptional regulator, LysR family  28.04 
 
 		 300 aa  107  4e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0115346  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3111  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.7 
 
 		 300 aa  107  4e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2771  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 308 aa  106  8e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.290913  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1299  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 300 aa  106  8e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.713495  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7076  transcriptional regulator, LysR family  29.77 
 
 		 305 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.62251  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0642  transcriptional regulator PcaQ  28.72 
 
 		 302 aa  105  1e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0604  pca operon transcription factor PcaQ  28.72 
 
 		 302 aa  104  2e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2599  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 319 aa  104  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888741  normal  0.833483 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3574  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 356 aa  104  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5159  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 318 aa  105  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.169813 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0145  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 307 aa  105  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685524 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1954  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 313 aa  104  3e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.176573  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4461  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 323 aa  103  4e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.860585  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4546  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 300 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.471439  normal  0.18075 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3822  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 300 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.563678  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5758  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 300 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0665563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4103  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 300 aa  103  7e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 312 aa  103  8e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2156  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 313 aa  103  8e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4981  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 323 aa  102  9e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2649  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 313 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8309  transcriptional regulator, LysR family  28.37 
 
 		 318 aa  102  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.207125  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2774  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 337 aa  102  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0066556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2349  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 323 aa  102  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2503  LysR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 328 aa  101  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5236  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 311 aa  101  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.61001  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3807  LysR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 326 aa  102  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2711  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 306 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  27.36 
 
 		 302 aa  100  3e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2585  LysR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 306 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4012  putative LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 317 aa  101  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00118  galactose-binding protein regulator  28.28 
 
 		 302 aa  101  3e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.260191  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3272  transcriptional regulator, LysR family  29.05 
 
 		 302 aa  100  4e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.592818 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.36 
 
 		 302 aa  100  4e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>