More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_0487 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_0487  extracellular solute-binding protein family 5  100 
 
 
592 aa  1212    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.183361  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0617  extracellular solute-binding protein family 5  40.27 
 
 
596 aa  479  1e-134  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1142  extracellular solute-binding protein family 5  33 
 
 
616 aa  295  2e-78  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.163498  normal  0.236826 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0901  extracellular solute-binding protein family 5  31 
 
 
675 aa  273  8.000000000000001e-72  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1796  extracellular solute-binding protein  22.61 
 
 
616 aa  109  2e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000801458  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4518  extracellular solute-binding protein family 5  25.47 
 
 
615 aa  99  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.872953 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3566  dipeptide/oligopeptide-binding protein  21.61 
 
 
562 aa  92.4  2e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.672958  normal  0.0864129 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2233  extracellular solute-binding protein family 5  25.16 
 
 
735 aa  88.6  3e-16  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.039331  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1189  extracellular solute-binding protein family 5  24.47 
 
 
621 aa  85.1  0.000000000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.105584  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5701  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  21.84 
 
 
607 aa  85.1  0.000000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.167771  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4466  extracellular solute-binding protein family 5  22.87 
 
 
564 aa  81.6  0.00000000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0117733  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0933  extracellular solute-binding protein family 5  23.79 
 
 
561 aa  80.9  0.00000000000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4449  extracellular solute-binding protein family 5  25.32 
 
 
604 aa  80.9  0.00000000000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2749  extracellular solute-binding protein family 5  23.62 
 
 
645 aa  77.8  0.0000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.655087  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0482  extracellular solute-binding protein  22.47 
 
 
531 aa  73.9  0.000000000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0312851  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2624  extracellular solute-binding protein family 5  22.03 
 
 
547 aa  73.2  0.00000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.276954  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2073  extracellular solute-binding protein family 5  24.42 
 
 
627 aa  73.2  0.00000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0694715  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2094  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
627 aa  73.2  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0552  extracellular solute-binding protein  23.38 
 
 
788 aa  71.6  0.00000000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.295853 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1553  extracellular solute-binding protein  20.7 
 
 
559 aa  71.6  0.00000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.208561  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1964  extracellular solute-binding protein  24.79 
 
 
627 aa  71.6  0.00000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20180  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  23.11 
 
 
551 aa  71.2  0.00000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1636  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  23.86 
 
 
654 aa  70.9  0.00000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.106746  normal  0.365226 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1189  extracellular solute-binding protein  22.02 
 
 
793 aa  70.9  0.00000000007  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.109434  hitchhiker  0.000120302 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3011  ABC transporter related  23.88 
 
 
577 aa  70.5  0.00000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.631119  normal  0.383065 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0685  extracellular solute-binding protein  23.46 
 
 
682 aa  70.5  0.00000000009  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.025918 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0551  extracellular solute-binding protein  22.55 
 
 
591 aa  69.7  0.0000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4667  extracellular solute-binding protein family 5  24.35 
 
 
587 aa  69.3  0.0000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6015  extracellular solute-binding protein  24.59 
 
 
624 aa  69.3  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0785  extracellular solute-binding protein  22.18 
 
 
512 aa  68.9  0.0000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0600833  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1886  periplasmic dipeptide transport protein precursor  24.53 
 
 
525 aa  68.6  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.105927  normal  0.91526 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1450  peptide ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.32 
 
 
511 aa  68.6  0.0000000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000000430411  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2062  extracellular solute-binding protein  24.59 
 
 
624 aa  68.6  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.389023  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0050  extracellular solute-binding protein family 5  24.82 
 
 
628 aa  68.2  0.0000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.600017  normal  0.630489 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1595  extracellular solute-binding protein  20.63 
 
 
557 aa  68.2  0.0000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0133917  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2081  extracellular solute-binding protein  24.38 
 
 
624 aa  68.6  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1411  extracellular solute-binding protein  21.12 
 
 
791 aa  67.8  0.0000000005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.536726 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0255  extracellular solute-binding protein  22.36 
 
 
531 aa  67.8  0.0000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.146115  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3254  extracellular solute-binding protein  27.17 
 
 
643 aa  67.8  0.0000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1545  extracellular solute-binding protein  20.63 
 
 
557 aa  67.4  0.0000000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.2137  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1398  extracellular solute-binding protein family 5  23.85 
 
 
562 aa  67.4  0.0000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.986828  normal  0.969327 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0482  extracellular solute-binding protein family 5  21.36 
 
 
693 aa  67  0.0000000009  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.181954  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  24.61 
 
 
530 aa  66.6  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1607  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.9 
 
 
650 aa  66.2  0.000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00266452  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0910  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport systems, periplasmic components  25.78 
 
 
572 aa  65.9  0.000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.293935  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2635  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.1 
 
 
686 aa  65.9  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63534  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0536  extracellular solute-binding protein family 5  25.16 
 
 
565 aa  66.2  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01310  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  22.72 
 
 
564 aa  65.9  0.000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.860675  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0033  extracellular solute-binding protein  23.3 
 
 
781 aa  65.5  0.000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.649183  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3204  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.9 
 
 
650 aa  66.2  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0292064  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2493  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.1 
 
 
650 aa  65.9  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.409062  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2547  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.1 
 
 
650 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.524722  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1382  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.9 
 
 
650 aa  66.2  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.417398  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2585  extracellular solute-binding protein family 5  22.19 
 
 
603 aa  65.9  0.000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4448  extracellular solute-binding protein family 5  22.45 
 
 
604 aa  65.1  0.000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1214  extracellular solute-binding protein  24.5 
 
 
627 aa  65.5  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.454357 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0328  extracellular solute-binding protein family 5  23.39 
 
 
540 aa  65.5  0.000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0545  oligopeptide ABC transporter extracellular solute-binding family 5 protein  24.26 
 
 
545 aa  65.1  0.000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.00000683285  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2745  extracellular solute-binding protein  21.78 
 
 
551 aa  65.1  0.000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2501  extracellular solute-binding protein family 5  24.45 
 
 
613 aa  64.7  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0677964  normal  0.0181569 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1494  extracellular solute-binding protein  25.81 
 
 
716 aa  64.3  0.000000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.580792 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0480  extracellular solute-binding protein family 5  30.89 
 
 
569 aa  64.3  0.000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.105843  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 
559 aa  64.3  0.000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2109  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.9 
 
 
936 aa  64.3  0.000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.556934  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1933  extracellular solute-binding protein family 5  24.84 
 
 
505 aa  63.9  0.000000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.22177  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1303  extracellular solute-binding protein  22.39 
 
 
544 aa  63.9  0.000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.949785 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0892  extracellular solute-binding protein  23.94 
 
 
604 aa  63.2  0.00000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6684  extracellular solute-binding protein family 5  22.72 
 
 
548 aa  63.2  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.146405  normal  0.692475 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  24.16 
 
 
565 aa  63.2  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1810  extracellular solute-binding protein  25.48 
 
 
624 aa  63.2  0.00000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0607685  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1397  extracellular solute-binding protein family 5  21.65 
 
 
567 aa  63.2  0.00000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.75572 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  24.74 
 
 
524 aa  63.2  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0366  extracellular solute-binding protein family 5  25.07 
 
 
607 aa  63.2  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0914  extracellular solute-binding protein  23.94 
 
 
604 aa  62.8  0.00000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0510  extracellular solute-binding protein  26.11 
 
 
510 aa  62.8  0.00000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0306064  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4877  putative ABC transporter, substrate binding protein  26.2 
 
 
560 aa  62.8  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.674427  normal  0.0830201 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3798  extracellular solute-binding protein family 5  24.28 
 
 
557 aa  62.4  0.00000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3863  extracellular solute-binding protein  22.79 
 
 
643 aa  61.6  0.00000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0562  oligopeptide ABC transporter extracellular solute-binding family 5 protein  24.54 
 
 
518 aa  61.6  0.00000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0685  extracellular solute-binding protein  21.97 
 
 
526 aa  61.6  0.00000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0429103 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1569  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  22.12 
 
 
511 aa  61.6  0.00000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0208  extracellular solute-binding protein  24.32 
 
 
575 aa  61.2  0.00000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06680  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.72 
 
 
525 aa  61.2  0.00000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.000000372543  normal  0.255135 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1918  extracellular solute-binding protein family 5  25.75 
 
 
624 aa  61.2  0.00000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.141115  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0359  extracellular solute-binding protein family 5  24.8 
 
 
607 aa  61.2  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.21 
 
 
510 aa  60.8  0.00000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0960  extracellular solute-binding protein family 5  23.97 
 
 
547 aa  60.8  0.00000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2116  hypothetical protein  22.33 
 
 
510 aa  60.8  0.00000007  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5371  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  23.35 
 
 
623 aa  60.8  0.00000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.970504 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1383  extracellular solute-binding protein  23.84 
 
 
640 aa  60.5  0.00000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.138715  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5780  extracellular solute-binding protein family 5  22.39 
 
 
548 aa  60.5  0.00000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0222518  normal  0.0795178 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06390  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  21.89 
 
 
552 aa  60.1  0.0000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.963018  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0663  extracellular solute-binding protein family 5  21.75 
 
 
526 aa  60.1  0.0000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.373149  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2564  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  22.52 
 
 
542 aa  60.1  0.0000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0172077  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2857  extracellular solute-binding protein  23.89 
 
 
593 aa  60.5  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.358002 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1284  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  23.68 
 
 
545 aa  59.7  0.0000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000669385  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1764  extracellular solute-binding protein family 5  23.58 
 
 
526 aa  58.9  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.295464 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1271  ABC transporter, periplasmic binding protein  25.05 
 
 
528 aa  59.3  0.0000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000259921  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1038  extracellular solute-binding protein  21.93 
 
 
524 aa  58.9  0.0000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4579  extracellular solute-binding protein  26.11 
 
 
596 aa  59.3  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>