More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_0536 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_0536  extracellular solute-binding protein family 5  100 
 
 
565 aa  1140    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0818  peptide/nickel transport system substrate-binding protein  39.82 
 
 
568 aa  399  9.999999999999999e-111  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3275  extracellular solute-binding protein family 5  36.91 
 
 
570 aa  373  1e-102  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0712739  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7096  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  36.33 
 
 
578 aa  360  3e-98  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1954  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  31.64 
 
 
567 aa  317  3e-85  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.754029 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2402  extracellular solute-binding protein family 5  34.62 
 
 
566 aa  315  9.999999999999999e-85  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.951994 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5593  extracellular solute-binding protein family 5  31.45 
 
 
567 aa  284  4.0000000000000003e-75  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.38037 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3931  extracellular solute-binding protein  32.46 
 
 
555 aa  260  4e-68  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0539387  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4005  extracellular solute-binding protein  32.46 
 
 
555 aa  260  4e-68  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.326685  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4433  extracellular solute-binding protein  31.12 
 
 
550 aa  258  2e-67  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.766057  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3946  extracellular solute-binding protein  32.46 
 
 
554 aa  257  5e-67  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.436412  normal  0.0739925 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2258  extracellular solute-binding protein  31.43 
 
 
558 aa  253  5.000000000000001e-66  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.152339  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8314  extracellular solute-binding protein family 5  30.65 
 
 
576 aa  249  1e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.5259 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08460  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  29.85 
 
 
579 aa  225  1e-57  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11306  periplasmic oligopeptide-binding lipoprotein oppA  28.25 
 
 
591 aa  219  1e-55  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0619  extracellular solute-binding protein family 5  29.24 
 
 
551 aa  187  6e-46  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1251  extracellular solute-binding protein  26.25 
 
 
580 aa  166  8e-40  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00147859 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1116  extracellular solute-binding protein  24.41 
 
 
581 aa  149  2.0000000000000003e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.749385  normal  0.0404913 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0917  extracellular solute-binding protein family 5  24.44 
 
 
592 aa  124  3e-27  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.340529 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4014  extracellular solute-binding protein  26.4 
 
 
569 aa  116  1.0000000000000001e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1835  extracellular solute-binding protein  25.88 
 
 
563 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00561184  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1273  extracellular solute-binding protein family 5  24.34 
 
 
593 aa  111  3e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31150  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  30.29 
 
 
622 aa  110  6e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2906  extracellular solute-binding protein family 5  26.7 
 
 
574 aa  109  1e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1596  extracellular solute-binding protein family 5  25.22 
 
 
572 aa  105  3e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0368881  unclonable  7.93881e-23 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  23.97 
 
 
546 aa  104  5e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0219  extracellular solute-binding protein  25.83 
 
 
575 aa  103  7e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7203  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  23.77 
 
 
581 aa  103  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.120174  normal  0.128293 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5299  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  22.14 
 
 
556 aa  103  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0245  oligopeptide-binding protein OppA  25.2 
 
 
575 aa  100  9e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0551474  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3805  extracellular solute-binding protein family 5  23.14 
 
 
590 aa  99.8  1e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7779  extracellular solute-binding protein family 5  21.73 
 
 
597 aa  99.8  1e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.354248 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0910  extracellular solute-binding protein  23.41 
 
 
555 aa  99  2e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.463169  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  23.43 
 
 
540 aa  98.6  3e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0872  extracellular solute-binding protein  22.12 
 
 
541 aa  98.2  4e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00426332  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0205  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25 
 
 
575 aa  97.4  7e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5080  oligopeptide-binding protein OppA  25 
 
 
575 aa  97.1  8e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0266  extracellular solute-binding protein family 5  24.27 
 
 
575 aa  95.9  2e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  25.22 
 
 
565 aa  95.5  2e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  23.45 
 
 
544 aa  95.5  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0477  extracellular solute-binding protein family 5  24.12 
 
 
573 aa  94.4  5e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3330  extracellular solute-binding protein family 5  26.24 
 
 
614 aa  94  7e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.424693  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0093  extracellular solute-binding protein  23.77 
 
 
604 aa  93.6  9e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.503977 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4315  extracellular solute-binding protein family 5  31.22 
 
 
603 aa  93.2  1e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0499363  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0208  extracellular solute-binding protein  23.83 
 
 
575 aa  92.8  2e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2944  extracellular solute-binding protein family 5  24.89 
 
 
587 aa  92  3e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0305195 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0218  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  23.62 
 
 
559 aa  91.3  4e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0106  extracellular solute-binding protein family 5  22.94 
 
 
533 aa  90.9  6e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0909337  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1797  extracellular solute-binding protein family 5  25.85 
 
 
551 aa  89.7  1e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.645119  normal  0.0256709 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1633  putative solute-binding dependent transport lipoprotein  23.51 
 
 
585 aa  89  2e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3028  twin-arginine translocation pathway signal  25.51 
 
 
562 aa  89.4  2e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000374916  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3678  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  24.86 
 
 
525 aa  88.6  3e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0885273 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5668  extracellular solute-binding protein family 5  24 
 
 
557 aa  88.2  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0760  extracellular solute-binding protein family 5  24.37 
 
 
566 aa  88.2  3e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.010503  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  22.94 
 
 
529 aa  87.8  5e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0241  putative oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  23.57 
 
 
575 aa  87.8  5e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0788  extracellular solute-binding protein family 5  25 
 
 
576 aa  87.4  6e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.301156 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  22.81 
 
 
539 aa  87.4  6e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0724  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  20.51 
 
 
593 aa  87  7e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0231  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  23.52 
 
 
555 aa  87  7e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0599  extracellular solute-binding protein family 5  25.66 
 
 
619 aa  87  7e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.300607 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0566  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  20.51 
 
 
593 aa  87  8e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0570  extracellular solute-binding protein  21.3 
 
 
591 aa  87  9e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0623  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  21.28 
 
 
593 aa  86.7  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0351  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  25.05 
 
 
532 aa  86.3  0.000000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0656  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  21.28 
 
 
593 aa  86.7  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1032  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  24.38 
 
 
544 aa  86.3  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000591223  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0713  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  21.28 
 
 
593 aa  86.7  0.000000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00303874 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  23.29 
 
 
544 aa  86.7  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  22.36 
 
 
524 aa  86.3  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0785  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  21.58 
 
 
593 aa  85.9  0.000000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0132  extracellular solute-binding protein  22.13 
 
 
532 aa  85.9  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0608  extracellular solute-binding protein  24.68 
 
 
566 aa  86.3  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0510  extracellular solute-binding protein  24.64 
 
 
510 aa  85.5  0.000000000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0306064  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3320  extracellular solute-binding protein  25.64 
 
 
528 aa  85.1  0.000000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0123121  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0209  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  23.95 
 
 
575 aa  84.3  0.000000000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.019765  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1768  extracellular solute-binding protein family 5  21.82 
 
 
579 aa  84  0.000000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000449992  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0324  extracellular solute-binding protein  22.91 
 
 
586 aa  84.3  0.000000000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.000000261589  hitchhiker  0.0038707 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  21.21 
 
 
559 aa  84  0.000000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2164  extracellular solute-binding protein  25.59 
 
 
599 aa  84  0.000000000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.10806 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1563  extracellular solute-binding protein  22.86 
 
 
588 aa  83.2  0.00000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.176735  normal  0.279007 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1900  extracellular solute-binding protein family 5  25.11 
 
 
569 aa  83.2  0.00000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0147571  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3842  extracellular solute-binding protein family 5  24.49 
 
 
535 aa  83.2  0.00000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.298652  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1578  extracellular solute-binding protein  25.91 
 
 
595 aa  82.8  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.259952  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0248  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein, putative  23.77 
 
 
575 aa  82.4  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0761  extracellular solute-binding protein family 5  21.32 
 
 
604 aa  82.4  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.952848  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0480  extracellular solute-binding protein family 5  24.02 
 
 
569 aa  82.4  0.00000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.105843  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0337  extracellular solute-binding protein family 5  24.06 
 
 
581 aa  82.4  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2203  extracellular solute-binding protein family 5  24.32 
 
 
531 aa  81.6  0.00000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0247328 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  23.51 
 
 
530 aa  81.3  0.00000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6684  extracellular solute-binding protein family 5  23.21 
 
 
548 aa  81.3  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.146405  normal  0.692475 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31140  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  24.24 
 
 
586 aa  81.3  0.00000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0551  extracellular solute-binding protein  20.47 
 
 
591 aa  80.9  0.00000000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3677  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.04 
 
 
520 aa  80.9  0.00000000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.969921  normal  0.0940549 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0074  twin-arginine translocation pathway signal  24.03 
 
 
514 aa  80.9  0.00000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0403886  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4535  extracellular solute-binding protein family 5  24.67 
 
 
567 aa  80.9  0.00000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.494788 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0431  extracellular solute-binding protein  21.91 
 
 
522 aa  80.9  0.00000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3787  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 
531 aa  80.5  0.00000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.216169  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4611  extracellular solute-binding protein family 5  22.57 
 
 
553 aa  80.1  0.00000000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.596915 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5780  extracellular solute-binding protein family 5  22.75 
 
 
548 aa  80.1  0.00000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0222518  normal  0.0795178 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>