More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_0389 on replicon NC_010505
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_0389  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
359 aa  737    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2598  putative PAS/PAC sensor protein  75.53 
 
 
188 aa  286  5.999999999999999e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3594  putative PAS/PAC sensor protein  36.76 
 
 
361 aa  199  7.999999999999999e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.419361  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0364  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.79 
 
 
1013 aa  143  4e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.52 
 
 
1002 aa  129  6e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.33 
 
 
1215 aa  127  3e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0437  PAS sensor protein  30.51 
 
 
1225 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719852  normal  0.440419 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2148  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  47.01 
 
 
770 aa  126  6e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0471  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.51 
 
 
1225 aa  126  7e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221036  normal  0.153067 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4734  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.61 
 
 
798 aa  125  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00660973 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2159  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.86 
 
 
796 aa  124  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.758044 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4217  PAS sensor protein  36.46 
 
 
792 aa  124  3e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.423052  normal  0.639944 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2489  PAS sensor protein  29.36 
 
 
366 aa  122  9e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.109724 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4587  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.94 
 
 
803 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0699795  normal  0.0670662 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1552  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.33 
 
 
947 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5345  PAS fold-3 domain protein  31.74 
 
 
338 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.929152 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5399  PAS sensor protein  30.06 
 
 
338 aa  119  7e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4859  PAS domain-containing protein  30.93 
 
 
338 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1539  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.17 
 
 
1273 aa  116  7.999999999999999e-25  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4215  signal transduction histidine kinase  31.22 
 
 
582 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0433147 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2512  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.11 
 
 
798 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.505413  normal  0.958019 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3141  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.57 
 
 
1406 aa  113  4.0000000000000004e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.367834  normal  0.195519 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1559  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  27.47 
 
 
508 aa  110  3e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0906975 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2672  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.26 
 
 
991 aa  110  3e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.646953  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1860  PAS sensor protein  29.3 
 
 
340 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.504113 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1581  PAS sensor protein  29.3 
 
 
340 aa  109  7.000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.12161 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3520  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.29 
 
 
1015 aa  107  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2852  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.69 
 
 
1057 aa  105  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0776  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.23 
 
 
1559 aa  103  3e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3558  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.29 
 
 
984 aa  103  4e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.299477 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.69 
 
 
1076 aa  103  4e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.715458 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3634  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.86 
 
 
944 aa  101  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103342  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5416  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.71 
 
 
632 aa  101  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4875  PAS sensor protein  38.71 
 
 
632 aa  99.8  6e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.152822  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0136  diguanylate cyclase  30.51 
 
 
1428 aa  100  6e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2140  PAS/protein phosphatase 2C-like  32.14 
 
 
688 aa  98.6  1e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731032  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5360  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.9 
 
 
632 aa  98.6  1e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  26.92 
 
 
3706 aa  98.6  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0235  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.2 
 
 
941 aa  98.2  2e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4812  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.58 
 
 
1423 aa  98.6  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.330918  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0404  hypothetical protein  23.48 
 
 
1182 aa  97.4  3e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.465468  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3055  putative PAS/PAC sensor protein  29.35 
 
 
561 aa  97.4  3e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.618146  normal  0.669916 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4799  signal transduction histidine kinase  30.18 
 
 
620 aa  96.7  5e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0798  PAS sensor protein  24.7 
 
 
624 aa  97.1  5e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0300  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.33 
 
 
887 aa  96.3  7e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.328128  normal  0.0126688 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0119  PAS sensor protein  30.67 
 
 
1561 aa  96.3  7e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.76 
 
 
1071 aa  96.3  8e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00592248 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1668  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.78 
 
 
1051 aa  95.9  9e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5239  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.87 
 
 
869 aa  95.9  9e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0570546 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5794  signal transduction histidine kinase  32.31 
 
 
717 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.63151  normal  0.343732 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2200  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.74 
 
 
678 aa  95.9  1e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.541226  hitchhiker  0.00764394 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1130  signal transduction histidine kinase  30.2 
 
 
1002 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.039296  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2138  putative PAS/PAC sensor protein  40.17 
 
 
386 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0223192  normal  0.334318 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5545  two component sensor kinase/response regulator hybrid  33.91 
 
 
1036 aa  94.7  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2786  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.71 
 
 
627 aa  94.4  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3360  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.95 
 
 
1068 aa  94.7  2e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4119  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.36 
 
 
1331 aa  94.7  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1053  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.22 
 
 
1059 aa  94.4  3e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.111783  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1798  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.67 
 
 
1501 aa  94  4e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2003  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.43 
 
 
1109 aa  93.6  4e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2169  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.31 
 
 
1148 aa  93.2  6e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1350  signal transduction histidine kinase  29.96 
 
 
1016 aa  92.8  9e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.597121 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1190  PAS sensor protein  29.96 
 
 
1041 aa  92.8  9e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0314947 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0064  Signal transduction histidine kinase  25.2 
 
 
1714 aa  92  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.274411 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1606  putative PAS/PAC sensor protein  34.27 
 
 
693 aa  91.7  2e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.132491  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3579  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.34 
 
 
1432 aa  90.9  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.133683  normal  0.981214 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3519  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.86 
 
 
987 aa  90.9  3e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1901  two-component sensor histidine kinase  23.51 
 
 
931 aa  90.9  3e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0313083  normal  0.0871787 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6450  signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
635 aa  90.9  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0108  PAS sensor protein  29.28 
 
 
620 aa  90.9  3e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.04 
 
 
832 aa  90.5  4e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.425647  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4198  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.9 
 
 
1185 aa  90.1  5e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.996958 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3272  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.5 
 
 
1011 aa  90.5  5e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.22 
 
 
833 aa  89.7  7e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2168  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.38 
 
 
828 aa  89.7  8e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.419482 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3613  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.62 
 
 
1808 aa  88.6  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.643019 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3819  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.4 
 
 
1297 aa  88.2  2e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.11644  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4639  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  31.32 
 
 
1453 aa  87.4  3e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.432269  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3048  signal transduction histidine kinase  28.92 
 
 
1001 aa  87.8  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.143163  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5710  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  27.82 
 
 
515 aa  87.4  4e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.107455 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6854  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.02 
 
 
886 aa  86.7  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1659  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.12 
 
 
833 aa  86.7  6e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0467119  normal  0.0611646 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0114  Signal transduction histidine kinase  30.31 
 
 
939 aa  85.5  0.000000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.153209 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1913  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.89 
 
 
1118 aa  85.9  0.000000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1213  signal transduction histidine kinase  25.71 
 
 
603 aa  85.9  0.000000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1109  putative PAS/PAC sensor protein  42.74 
 
 
375 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.151252  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3356  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  39.23 
 
 
692 aa  84.7  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.223934  normal  0.0312208 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5910  putative PAS/PAC sensor protein  36.44 
 
 
739 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0139  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.82 
 
 
1066 aa  84.3  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3640  MCP methyltransferase, CheR-type with PAS/PAC sensor  26.18 
 
 
1303 aa  83.6  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.581797 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.86 
 
 
1211 aa  84  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.125854  normal  0.0422439 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1796  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.47 
 
 
1965 aa  84  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3477  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.79 
 
 
1465 aa  82.8  0.000000000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  25.63 
 
 
1099 aa  83.2  0.000000000000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2995  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.04 
 
 
1002 aa  83.2  0.000000000000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.175208  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4603  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.38 
 
 
783 aa  83.2  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1241  putative PAS/PAC sensor protein  38.17 
 
 
1432 aa  83.2  0.000000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00402812 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4307  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.21 
 
 
806 aa  82.8  0.000000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.767019  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0172  signal transduction histidine kinase  30.87 
 
 
897 aa  82  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1958  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.93 
 
 
816 aa  82  0.00000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952692  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>