More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_1003 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 		 245 aa  507  1e-143  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  51.03 
 
 		 248 aa  261  6.999999999999999e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  51.03 
 
 		 248 aa  261  6.999999999999999e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  41.53 
 
 		 243 aa  161  9e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7112  LuxR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 242 aa  159  5e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0985225  normal  0.773577 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0702  LuxR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 245 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  36.18 
 
 		 246 aa  146  3e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 242 aa  145  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  39.05 
 
 		 242 aa  145  6e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0627  LuxR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 241 aa  136  3.0000000000000003e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.253164  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0440  regulatory protein LuxR  37.56 
 
 		 246 aa  131  7.999999999999999e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0539143 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 240 aa  126  3e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 242 aa  124  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2957  transcriptional regulator protein  32.39 
 
 		 243 aa  124  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.923766  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2330  transcriptional regulator, LuxR family  33.69 
 
 		 240 aa  122  4e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20021  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2174  regulatory protein, LuxR  33.69 
 
 		 240 aa  122  6e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1766  transcriptional regulator, LuxR family  37.5 
 
 		 244 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182775  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  34.22 
 
 		 254 aa  115  6.9999999999999995e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  29.17 
 
 		 243 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  35.36 
 
 		 243 aa  113  3e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  34.81 
 
 		 243 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0505  transcriptional regulator, LuxR family  28.69 
 
 		 244 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4114  putative transcriptional activator  30.56 
 
 		 213 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  0.314154 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  35.09 
 
 		 253 aa  110  3e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5462  LuxR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 245 aa  109  3e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0918  transcriptional regulator LuxR family  28.88 
 
 		 230 aa  108  7.000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  28.15 
 
 		 248 aa  108  9.000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0548  transcriptional regulator, LuxR family  28.27 
 
 		 244 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.216848  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4435  LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 231 aa  107  2e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4396  LuxR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 228 aa  105  6e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 244 aa  101  8e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1443  ATP-dependent transcription regulator LuxR  32.62 
 
 		 238 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0542  ATP-dependent transcription regulator LuxR  32.62 
 
 		 238 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  32.62 
 
 		 238 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  32.62 
 
 		 238 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2311  LuxR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 265 aa  100  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  32.62 
 
 		 238 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2087  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.78 
 
 		 425 aa  99.8  3e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.417065  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0920  LuxR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 268 aa  99.4  5e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.81926  normal  0.148698 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1863  ATP-dependent transcription regulator LuxR  32.62 
 
 		 394 aa  98.6  7e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00465528  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 248 aa  97.4  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4439  LuxR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 234 aa  97.1  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 260 aa  96.3  4e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4168  transcriptional regulator, LuxR family  30.65 
 
 		 251 aa  95.5  7e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 242 aa  95.5  7e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  27.27 
 
 		 307 aa  94.7  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0958  transcriptional activator protein LuxR  25.96 
 
 		 247 aa  93.6  2e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0441  regulatory protein LuxR  25.42 
 
 		 286 aa  93.2  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.923746  normal  0.0183899 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4374  transcriptional regulator LuxR family  28.11 
 
 		 246 aa  90.5  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0797  transcriptional regulator, LuxR family  24.38 
 
 		 240 aa  89.7  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205827  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5040  LuxR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 229 aa  89.4  4e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2601  regulatory protein LuxR  28.05 
 
 		 247 aa  88.6  8e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3273  transcriptional regulator LuxR family  28.18 
 
 		 241 aa  87.8  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1575  transcriptional regulator, LuxR family  32.34 
 
 		 234 aa  86.7  3e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.629023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3796  LuxR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 237 aa  86.7  3e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00301827 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0175  LuxR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 254 aa  86.3  4e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.508003  normal  0.575618 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0100  transcriptional regulator, LuxR family  28.28 
 
 		 250 aa  85.5  6e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5387  autoinducer-binding domain-containing protein  27.92 
 
 		 320 aa  85.5  6e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.841269  normal  0.0379322 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1836  transcriptional regulator, LuxR family  27.32 
 
 		 245 aa  85.5  7e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.28867  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 247 aa  85.5  7e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0182  LuxR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 247 aa  85.1  8e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00268604  hitchhiker  0.00000585836 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0720  LuxR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 247 aa  85.1  8e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0791  LuxR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 247 aa  85.1  8e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1622  LuxR transcriptional regulator  29.84 
 
 		 247 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831315  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2507  LuxR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 239 aa  84.7  0.000000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.883175  normal  0.509717 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0110  LuxR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 268 aa  84.7  0.000000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.514691  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4558  LuxR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 234 aa  84.3  0.000000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.534127  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0119  LuxR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 259 aa  83.6  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.608376  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9665  two-component transcriptional regulator LuxR family  26.67 
 
 		 240 aa  84.3  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.024682  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5809  transcriptional regulator, LuxR family  28.16 
 
 		 235 aa  84  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.962539  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3140  regulatory protein LuxR  28.51 
 
 		 246 aa  83.6  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4277  transcriptional regulator, LuxR family  27.66 
 
 		 234 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.343912 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0260  LuxR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 243 aa  82.8  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49700  transcriptional regulator  31.15 
 
 		 243 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1442  transcriptional regulator, LuxR family  25.74 
 
 		 245 aa  83.2  0.000000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.600459  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1655  LuxR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 245 aa  81.3  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1547  LuxR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 245 aa  81.3  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1817  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.72 
 
 		 241 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.985291  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 228 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1715  LuxR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 245 aa  81.3  0.00000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00270807  hitchhiker  0.000116776 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2525  LuxR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 276 aa  81.3  0.00000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.853805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 228 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3898  transcriptional regulator LasR  24.9 
 
 		 239 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.219668  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3840  transcriptional regulator, LuxR family  28.87 
 
 		 251 aa  80.9  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 239 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45960  transcriptional regulator LasR  24.59 
 
 		 239 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0610  LuxR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 234 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.317613 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0127  transcriptional regulator, LuxR family  25.65 
 
 		 236 aa  80.1  0.00000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01929  transcriptional activator of quorum sensing autoinducer synthesis transcription regulator protein  25.5 
 
 		 248 aa  79.7  0.00000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.746701 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 230 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3863  transcriptional regulator PsyR  27.75 
 
 		 247 aa  79.3  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.831721  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4224  regulatory protein LuxR  25.6 
 
 		 260 aa  79.3  0.00000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.525332  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 230 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  26.11 
 
 		 230 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  26.11 
 
 		 230 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 230 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  26.11 
 
 		 230 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.11 
 
 		 230 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2798  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.35 
 
 		 237 aa  78.6  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.675669  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2915  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.35 
 
 		 237 aa  78.6  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.454836  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>