More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmc1_2098 on replicon NC_008576
Organism: Magnetococcus sp. MC-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 270 aa  558  1e-158  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3352  pseudouridylate synthase  49.6 
 
 		 278 aa  238  8e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  48.78 
 
 		 265 aa  224  1e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  49.38 
 
 		 261 aa  223  2e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  46.15 
 
 		 249 aa  222  6e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  45.88 
 
 		 261 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  47.54 
 
 		 269 aa  218  7e-56  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  46.12 
 
 		 245 aa  218  8.999999999999998e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  44.83 
 
 		 270 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  46.27 
 
 		 270 aa  216  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  46.27 
 
 		 270 aa  216  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  46.27 
 
 		 270 aa  216  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  46.27 
 
 		 270 aa  216  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  45.77 
 
 		 259 aa  216  4e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  43.97 
 
 		 264 aa  216  4e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  46.27 
 
 		 270 aa  216  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  45.1 
 
 		 261 aa  215  5e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  44.83 
 
 		 270 aa  214  9e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  44.83 
 
 		 270 aa  214  9e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  44.83 
 
 		 270 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1528  tRNA pseudouridine synthase A  45.98 
 
 		 286 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.141519  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0391  tRNA pseudouridine synthase A  44.94 
 
 		 247 aa  214  9.999999999999999e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.16094  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  44.83 
 
 		 270 aa  213  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  44.83 
 
 		 270 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  44.83 
 
 		 270 aa  213  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  46.5 
 
 		 261 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  44.83 
 
 		 270 aa  213  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  44.83 
 
 		 270 aa  213  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  45.1 
 
 		 263 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4238  tRNA pseudouridine synthase A  46.54 
 
 		 250 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00146243 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  44.71 
 
 		 283 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  43.92 
 
 		 261 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  46.67 
 
 		 262 aa  212  4.9999999999999996e-54  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  44.31 
 
 		 261 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  43.92 
 
 		 261 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  44.75 
 
 		 270 aa  212  5.999999999999999e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  43.92 
 
 		 264 aa  212  5.999999999999999e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  45.21 
 
 		 284 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  44.31 
 
 		 262 aa  211  7e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  44.31 
 
 		 261 aa  211  7e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  46 
 
 		 266 aa  211  1e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4567  tRNA pseudouridine synthase A  43.55 
 
 		 249 aa  211  1e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3767  tRNA pseudouridine synthase A  46.99 
 
 		 332 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1259  tRNA pseudouridine synthase A  46.46 
 
 		 290 aa  211  1e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  43.92 
 
 		 261 aa  211  1e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0498  tRNA pseudouridine synthase A  43.82 
 
 		 260 aa  211  1e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.276937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  43.92 
 
 		 261 aa  210  2e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4747  tRNA pseudouridine synthase A  46.75 
 
 		 254 aa  210  2e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.771886  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1617  tRNA pseudouridine synthase A  43.92 
 
 		 261 aa  210  2e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00313277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1969  tRNA pseudouridine synthase A  43.14 
 
 		 261 aa  210  2e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.755925 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  43.92 
 
 		 261 aa  210  2e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0263  tRNA pseudouridine synthase A  42.45 
 
 		 246 aa  210  2e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  43.92 
 
 		 261 aa  210  2e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1368  tRNA pseudouridine synthase A  45.88 
 
 		 276 aa  210  2e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  43.53 
 
 		 261 aa  209  3e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  41.47 
 
 		 274 aa  209  4e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  43.62 
 
 		 261 aa  209  4e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  42.75 
 
 		 264 aa  209  5e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  46.5 
 
 		 259 aa  209  5e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  45.24 
 
 		 289 aa  209  5e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  45.27 
 
 		 261 aa  207  2e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  45.38 
 
 		 261 aa  207  2e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  43.14 
 
 		 264 aa  206  4e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  43.77 
 
 		 302 aa  205  5e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  46.8 
 
 		 271 aa  205  6e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  46.8 
 
 		 271 aa  205  6e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  43.92 
 
 		 273 aa  205  7e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2800  tRNA pseudouridine synthase A  44.31 
 
 		 283 aa  203  2e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.420943  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0868  tRNA pseudouridine synthase A  46.61 
 
 		 262 aa  204  2e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00469579  hitchhiker  0.00315924 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3066  tRNA pseudouridine synthase A  44.13 
 
 		 255 aa  203  2e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.301608  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2576  tRNA pseudouridine synthase A  45.88 
 
 		 275 aa  202  4e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  44.58 
 
 		 271 aa  202  6e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  45.82 
 
 		 271 aa  202  7e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  41.47 
 
 		 261 aa  201  9.999999999999999e-51  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  41.47 
 
 		 261 aa  201  9.999999999999999e-51  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0419  tRNA pseudouridine synthase A  43.03 
 
 		 245 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.293905  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0571  tRNA pseudouridine synthase A  43.25 
 
 		 255 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.217469  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  44.35 
 
 		 274 aa  199  3e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  41.9 
 
 		 270 aa  199  3e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  42.29 
 
 		 270 aa  199  3e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  43.97 
 
 		 351 aa  199  3.9999999999999996e-50  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0059  tRNA pseudouridine synthase A  42.86 
 
 		 268 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.933928  normal  0.0174964 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  42.35 
 
 		 267 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2893  tRNA pseudouridine synthase A  42.74 
 
 		 254 aa  199  5e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2224  tRNA pseudouridine synthase A  43.25 
 
 		 255 aa  199  5e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0737509  normal  0.881162 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0056  tRNA pseudouridine synthase A  41.7 
 
 		 247 aa  198  7e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00478074 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1130  tRNA pseudouridine synthase A  43.03 
 
 		 248 aa  198  7.999999999999999e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.131343 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2851  tRNA pseudouridine synthase A  46.34 
 
 		 256 aa  198  7.999999999999999e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  43.53 
 
 		 285 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  43.82 
 
 		 285 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0502  tRNA pseudouridine synthase A  44.84 
 
 		 257 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.317383  normal  0.200286 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  42.69 
 
 		 271 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0622  tRNA pseudouridine synthase A  40.65 
 
 		 245 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.939748  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3695  tRNA pseudouridine synthase A  42.45 
 
 		 245 aa  196  2.0000000000000003e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.817214  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  42.69 
 
 		 271 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1417  tRNA pseudouridine synthase A  42.69 
 
 		 270 aa  196  3e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  43.03 
 
 		 270 aa  196  3e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  43.03 
 
 		 270 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  43.03 
 
 		 270 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  43.03 
 
 		 270 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>