More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_4161 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_4161  diguanylate cyclase  100 
 
 		 490 aa  941    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.704055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0247  diguanylate cyclase  41.81 
 
 		 513 aa  222  9.999999999999999e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0161345  hitchhiker  0.00488955 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3507  diguanylate cyclase  38.79 
 
 		 487 aa  214  1.9999999999999998e-54  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.15904  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3541  diguanylate cyclase  36.66 
 
 		 501 aa  211  2e-53  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1663  diguanylate cyclase  36.75 
 
 		 491 aa  187  4e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2950  diguanylate cyclase  36.83 
 
 		 485 aa  158  3e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0805106  normal  0.172242 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0595  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.3 
 
 		 752 aa  155  2e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1544  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.87 
 
 		 762 aa  143  7e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4063  diguanylate cyclase  30.9 
 
 		 594 aa  139  1e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3413  diguanylate cyclase with GAF sensor  52.87 
 
 		 342 aa  127  3e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2458  diguanylate cyclase  43.3 
 
 		 351 aa  126  8.000000000000001e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0038225 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2455  diguanylate cyclase  44.31 
 
 		 699 aa  126  9e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2096  diguanylate cyclase  46.71 
 
 		 584 aa  126  1e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4283  diguanylate cyclase  32 
 
 		 480 aa  126  1e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4604  diguanylate cyclase  36.05 
 
 		 489 aa  125  1e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  37.12 
 
 		 436 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  33.86 
 
 		 485 aa  117  6e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0350  diguanylate cyclase  44.65 
 
 		 776 aa  117  6.9999999999999995e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2109  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.44 
 
 		 599 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.161845  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  34.32 
 
 		 485 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.33 
 
 		 669 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  34.54 
 
 		 486 aa  113  7.000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3451  GGDEF family protein  43.27 
 
 		 909 aa  113  9e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3855  serine/threonine protein kinase  41.43 
 
 		 1726 aa  113  1.0000000000000001e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.993945  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 381 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  33.73 
 
 		 485 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  31.74 
 
 		 487 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  34.68 
 
 		 485 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  36.14 
 
 		 548 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  34.6 
 
 		 355 aa  110  5e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6345  diguanylate cyclase  41.75 
 
 		 506 aa  110  5e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  38.98 
 
 		 410 aa  110  6e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5204  diguanylate cyclase  40.66 
 
 		 466 aa  110  6e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0140022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 476 aa  110  7.000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1926  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 466 aa  110  8.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647076  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1891  diguanylate cyclase  40.66 
 
 		 466 aa  110  8.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.311116  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1425  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  44.51 
 
 		 483 aa  109  9.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1821  diguanylate cyclase  40.66 
 
 		 466 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1903  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 466 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6176  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 466 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.32 
 
 		 1078 aa  109  9.000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  37.63 
 
 		 343 aa  109  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  36.04 
 
 		 738 aa  109  1e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 486 aa  109  1e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 486 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6048  diguanylate cyclase  40.37 
 
 		 506 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.423069 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.22 
 
 		 424 aa  108  2e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 486 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4251  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.42 
 
 		 603 aa  108  2e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 486 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  39.08 
 
 		 418 aa  108  3e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4161  diguanylate cyclase  36.69 
 
 		 366 aa  108  3e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.61051  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  43.89 
 
 		 753 aa  108  3e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.4 
 
 		 811 aa  107  3e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000191442 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  30.62 
 
 		 482 aa  108  3e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 405 aa  108  3e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  32.16 
 
 		 659 aa  107  4e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3188  diguanylate cyclase  41 
 
 		 529 aa  107  4e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.210299 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  31.1 
 
 		 483 aa  107  5e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  37.04 
 
 		 466 aa  107  5e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  37.04 
 
 		 466 aa  107  5e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  37.04 
 
 		 466 aa  107  5e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 466 aa  107  5e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2404  diguanylate cyclase  43.01 
 
 		 479 aa  107  5e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00227226  normal  0.966476 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  37.04 
 
 		 454 aa  107  5e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 466 aa  107  5e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  37.04 
 
 		 454 aa  107  5e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 438 aa  107  6e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0674  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 355 aa  107  7e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.811028 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  30.62 
 
 		 482 aa  107  7e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2394  GGDEF domain-containing protein  37.43 
 
 		 415 aa  106  8e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  34.84 
 
 		 378 aa  106  8e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 263 aa  106  9e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  31.48 
 
 		 556 aa  106  9e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  35.08 
 
 		 369 aa  106  1e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.11 
 
 		 709 aa  106  1e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.53 
 
 		 325 aa  105  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1817  GGDEF family protein  35.9 
 
 		 512 aa  105  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  32.95 
 
 		 357 aa  106  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.04 
 
 		 772 aa  106  1e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  37.04 
 
 		 628 aa  105  2e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2867  diguanylate cyclase  34.43 
 
 		 402 aa  105  2e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.57 
 
 		 496 aa  105  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  30.08 
 
 		 320 aa  105  2e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 227 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  39.88 
 
 		 381 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  37.1 
 
 		 425 aa  104  3e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 432 aa  104  3e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  38.38 
 
 		 464 aa  105  3e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  41.07 
 
 		 671 aa  104  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  29.29 
 
 		 340 aa  104  4e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  38.25 
 
 		 467 aa  104  4e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0402  diguanylate cyclase  36.74 
 
 		 866 aa  104  4e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.362695  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  34.36 
 
 		 460 aa  103  5e-21  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  39.64 
 
 		 796 aa  104  5e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0236  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.1 
 
 		 580 aa  103  5e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.02 
 
 		 728 aa  103  5e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0567  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 377 aa  103  6e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003740  GGDEF family protein  37.35 
 
 		 445 aa  103  7e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.440951  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  38.32 
 
 		 373 aa  103  7e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>