276 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_3404 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013440  Hoch_3404  Phytoene synthase  100 
 
 		 276 aa  539  9.999999999999999e-153  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.295387  normal  0.128424 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  38.87 
 
 		 293 aa  172  3.9999999999999995e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  35.82 
 
 		 277 aa  161  1e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  34.7 
 
 		 278 aa  154  1e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  36.47 
 
 		 285 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  34.7 
 
 		 277 aa  151  1e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  35.09 
 
 		 278 aa  151  1e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1745  squalene/phytoene synthase  30.57 
 
 		 293 aa  150  3e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  34.56 
 
 		 280 aa  149  4e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  33.33 
 
 		 280 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  34.93 
 
 		 279 aa  145  9e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  32.84 
 
 		 293 aa  143  3e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1549  squalene/phytoene synthase  35.29 
 
 		 279 aa  142  7e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  33.21 
 
 		 279 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  33.21 
 
 		 279 aa  140  3e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0306  squalene/phytoene synthase  32.96 
 
 		 288 aa  139  3.9999999999999997e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1371  squalene/phytoene synthase  35.82 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2572  squalene synthase HpnD  35.06 
 
 		 281 aa  135  5e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0455716 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0064  squalene-phytoene synthase  36.36 
 
 		 687 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0026  squalene/phytoene synthase  30.38 
 
 		 268 aa  135  9.999999999999999e-31  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  33.82 
 
 		 280 aa  133  3e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  35.42 
 
 		 281 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3241  squalene synthase HpnD  36.82 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.154532 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3154  squalene synthase HpnD  36.02 
 
 		 285 aa  130  2.0000000000000002e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  35.34 
 
 		 337 aa  130  3e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  28.32 
 
 		 311 aa  129  5.0000000000000004e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3405  squalene synthase HpnC  34.24 
 
 		 310 aa  129  5.0000000000000004e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.151553  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  37.08 
 
 		 331 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1718  squalene/phytoene synthase  35.66 
 
 		 279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.150887  normal  0.105129 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1287  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  33.94 
 
 		 287 aa  126  5e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.200444  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4139  squalene synthase HpnD  35.16 
 
 		 290 aa  125  6e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  34.98 
 
 		 337 aa  125  7e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0010  putative squalene/phytoene synthase  36.14 
 
 		 306 aa  125  9e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1042  squalene/phytoene synthase  27.13 
 
 		 286 aa  123  3e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.100807  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  32.83 
 
 		 324 aa  123  3e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2967  putative phytoene synthase  34.62 
 
 		 279 aa  123  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2441  Phytoene synthase  35.41 
 
 		 289 aa  122  5e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.214033  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7027  squalene synthase HpnD  34.98 
 
 		 282 aa  122  5e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.597423  hitchhiker  0.000000555779 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0309  Squalene/phytoene synthase  26.98 
 
 		 310 aa  121  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0309  Phytoene synthase  26.98 
 
 		 310 aa  121  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.334071  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  32.42 
 
 		 303 aa  120  1.9999999999999998e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1456  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  33.7 
 
 		 286 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  26.79 
 
 		 309 aa  119  4.9999999999999996e-26  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0118  squalene/phytoene synthase  36.5 
 
 		 290 aa  119  7e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7144  squalene synthase HpnD  37.75 
 
 		 283 aa  118  7.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_12559  predicted protein  29.57 
 
 		 273 aa  117  9.999999999999999e-26  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.209763  normal  0.196988 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  34.91 
 
 		 310 aa  118  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2271  squalene/phytoene synthase  33.72 
 
 		 278 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.3606  normal  0.152656 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4263  squalene synthase HpnD  33.33 
 
 		 279 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3173  squalene synthase HpnD  35.27 
 
 		 282 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.170379  normal  0.798484 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5424  squalene synthase HpnD  40.1 
 
 		 283 aa  117  3e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.766675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3575  squalene/phytoene synthase  36.15 
 
 		 279 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0912672  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  27.31 
 
 		 310 aa  115  5e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2361  phytoene synthase, putative  35 
 
 		 397 aa  115  6e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2874  phytoene synthase  25.35 
 
 		 310 aa  115  6.9999999999999995e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.109595  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4794  phytoene synthase  26.95 
 
 		 310 aa  115  7.999999999999999e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000235829  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3277  squalene/phytoene synthase family protein  35 
 
 		 282 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.173331  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  26.98 
 
 		 309 aa  115  1.0000000000000001e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2102  putative phytoene synthase  35 
 
 		 282 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1565  squalene synthase HpnD  31.52 
 
 		 277 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0179833  normal  0.166486 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1491  squalene/phytoene synthase  35 
 
 		 275 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116412  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3163  squalene/phytoene synthase family protein  35 
 
 		 282 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.395921  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1411  putative phytoene synthase  35 
 
 		 282 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.590662  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1131  putative phytoene synthase  35 
 
 		 282 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0886071  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1984  phytoene synthase  27.74 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.735846  normal  0.234628 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0906  squalene/phytoene synthase  32.21 
 
 		 284 aa  114  2.0000000000000002e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0584416  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1894  squalene synthase HpnD  31.13 
 
 		 277 aa  114  3e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.635436  normal  0.151415 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  25.18 
 
 		 310 aa  113  3e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1833  squalene synthase HpnD  38.61 
 
 		 283 aa  112  6e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1827  squalene synthase HpnD  35.68 
 
 		 298 aa  112  7.000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1724  squalene/phytoene synthase  34.6 
 
 		 279 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.949729  normal  0.0688647 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_56481  phytoene synthase  31.14 
 
 		 505 aa  112  8.000000000000001e-24  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2684  squalene/phytoene synthase  33.46 
 
 		 278 aa  112  9e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.166046  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1158  Squalene/phytoene synthase  27.02 
 
 		 310 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4953  squalene/phytoene synthase  34.85 
 
 		 282 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.202978  normal  0.0913001 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6349  squalene synthase HpnD  36.48 
 
 		 284 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00743094  normal  0.0909411 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1175  phytoene desaturase  26.91 
 
 		 316 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.111689  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4189  Squalene/phytoene synthase  26.9 
 
 		 312 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal  0.235652 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5681  squalene/phytoene synthase  34.44 
 
 		 344 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450879  hitchhiker  0.0020025 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  26.18 
 
 		 311 aa  110  3e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5178  squalene/phytoene synthase  34.43 
 
 		 286 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4010  phytoene synthase  26.24 
 
 		 325 aa  110  3e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5506  squalene synthase HpnD  34.85 
 
 		 282 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0194601 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1696  putative phytoene synthase-like protein  36.93 
 
 		 281 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.635329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4554  squalene synthase HpnD  34.44 
 
 		 282 aa  109  5e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.124742  normal  0.209496 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0017  squalene/phytoene synthase  32.58 
 
 		 282 aa  109  5e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1652  putative phytoene synthase protein  32.31 
 
 		 290 aa  108  7.000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.665297 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  32.95 
 
 		 298 aa  108  7.000000000000001e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4149  phytoene synthase  31.03 
 
 		 282 aa  108  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.165993  normal  0.461254 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26420  phytoene synthase  34.47 
 
 		 321 aa  108  1e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.893162 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  31.76 
 
 		 313 aa  106  4e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3229  Squalene/phytoene synthase  30.85 
 
 		 332 aa  106  5e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.584963  normal  0.0335688 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2218  squalene synthase HpnD  40.11 
 
 		 283 aa  105  6e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.674273  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1942  squalene synthase HpnD  40.11 
 
 		 283 aa  105  6e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.802248 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1746  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  30.34 
 
 		 316 aa  104  1e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5132  squalene/phytoene synthase  31.9 
 
 		 326 aa  103  2e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.126114  normal  0.060719 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0469  Squalene/phytoene synthase  32.49 
 
 		 294 aa  103  3e-21  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0305  squalene/phytoene synthase  31.3 
 
 		 294 aa  103  4e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1464  Squalene/phytoene synthase  28.83 
 
 		 311 aa  102  5e-21  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2501  Phytoene synthase  29.74 
 
 		 293 aa  101  1e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000012826  normal  0.0149177 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>