More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU3324 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU3324  Cro/CI family transcriptional regulator  100 
 
 		 212 aa  429  1e-119  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0130  putative prophage repressor  58.82 
 
 		 216 aa  248  5e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3746  putative prophage repressor  55.02 
 
 		 216 aa  241  7.999999999999999e-63  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0633  putative phage repressor  54.5 
 
 		 209 aa  217  8.999999999999998e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.681909  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0647  transcriptional regulator, XRE family  54.03 
 
 		 209 aa  214  7e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9067299999999995e-25 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1255  transcriptional regulator, XRE family  27.97 
 
 		 242 aa  70.9  0.00000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0691404  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1210  XRE family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 209 aa  68.9  0.00000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1019  XRE family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 245 aa  68.2  0.00000000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0426259 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0472  Cro/CI family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 224 aa  66.2  0.0000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.404493 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0808  putative repressor protein  25.11 
 
 		 251 aa  64.7  0.0000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.768996  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4345  transcriptional regulator, XRE family  43.66 
 
 		 218 aa  63.9  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.759199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1911  putative phage repressor  28.95 
 
 		 331 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0192387  normal  0.0833716 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4206  transcriptional regulator, XRE family  38.03 
 
 		 170 aa  62.8  0.000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000156355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2812  peptidase  27.19 
 
 		 216 aa  62  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.354301 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3983  putative phage repressor  26.2 
 
 		 240 aa  62  0.000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00000900431  normal  0.128218 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3896  Cro/CI family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 215 aa  60.1  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00353592 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2481  putative phage repressor  24.89 
 
 		 230 aa  59.3  0.00000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008265  CPR_C0038  Helix-turn-helix domain protein  36.36 
 
 		 120 aa  59.7  0.00000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000000109438  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0219  putative phage repressor  27.01 
 
 		 235 aa  58.2  0.00000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.449525  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2140  XRE family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 196 aa  57.8  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1866  putative phage repressor  27.52 
 
 		 244 aa  57.4  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0797  transcriptional regulator, XRE family  24.84 
 
 		 206 aa  56.6  0.0000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.028007  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0726  putative phage repressor  28.19 
 
 		 225 aa  55.8  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.255707  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0092  XRE family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 210 aa  55.8  0.0000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2211  putative repressor protein encoded within prophage CP-933O  22.86 
 
 		 212 aa  55.5  0.0000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000372098  hitchhiker  7.21375e-19 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0147  hypothetical protein  26.15 
 
 		 234 aa  55.1  0.0000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0918  XRE family transcriptional regulator  23.39 
 
 		 229 aa  54.7  0.0000009  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000791351  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1500  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  24.2 
 
 		 220 aa  54.3  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000043506  normal  0.0115826 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2924  putative phage repressor  24.03 
 
 		 264 aa  54.3  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  28.46 
 
 		 199 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3076  transcriptional regulator  23.98 
 
 		 219 aa  53.9  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.0011023  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  34.94 
 
 		 94 aa  53.5  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  34.94 
 
 		 94 aa  53.5  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  34.94 
 
 		 94 aa  53.5  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  34.94 
 
 		 94 aa  53.5  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  34.94 
 
 		 94 aa  53.5  0.000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  26.44 
 
 		 196 aa  53.9  0.000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  34.94 
 
 		 94 aa  53.5  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0817  putative phage repressor  25.24 
 
 		 205 aa  53.5  0.000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1907  XRE family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 94 aa  53.1  0.000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512195  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 76 aa  52.8  0.000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2775  putative phage repressor  23.61 
 
 		 264 aa  52.8  0.000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0710  putative phage repressor  23.4 
 
 		 238 aa  52.4  0.000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0165  hypothetical protein  27.6 
 
 		 227 aa  52.4  0.000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2672  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 118 aa  52.4  0.000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000679525  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2889  DNA-binding protein  35.59 
 
 		 223 aa  52.4  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1479  putative prophage repressor  25.6 
 
 		 206 aa  52.4  0.000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.734418  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1840  putative phage repressor  22.08 
 
 		 270 aa  52  0.000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.100687  hitchhiker  0.0000604594 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  27.87 
 
 		 199 aa  52  0.000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1413  putative phage repressor  25.84 
 
 		 216 aa  51.6  0.000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0602324  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5338  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 503 aa  51.6  0.000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.81894 
 
 
-
 
NC_002936  DET0251  transcriptional repressor LexA, putative  23.11 
 
 		 217 aa  50.8  0.00001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00843575  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0274  transcriptional repressor LexA, putative  23.11 
 
 		 217 aa  50.8  0.00001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0884  transcriptional repressor LexA, putative  23.11 
 
 		 217 aa  50.8  0.00001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0403534  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0710  putative prophage repressor  25.25 
 
 		 245 aa  50.8  0.00001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2077  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 81 aa  51.2  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1868  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 81 aa  51.2  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0234  LexA family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 210 aa  51.2  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2568  LacI family transcription regulator  33.9 
 
 		 223 aa  50.8  0.00001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1992  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 81 aa  51.2  0.00001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  29.17 
 
 		 476 aa  51.2  0.00001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 199 aa  50.1  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0702  XRE family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 137 aa  50.4  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000217339  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0077  phage repressor like transcriptional regulator  26.73 
 
 		 207 aa  50.8  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2927  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 204 aa  50.4  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.035933  normal  0.395861 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 199 aa  50.1  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1365  putative phage repressor  26.73 
 
 		 227 aa  50.1  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3365  putative phage repressor  26.22 
 
 		 215 aa  50.4  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4921  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 260 aa  50.1  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.320603  hitchhiker  0.00542326 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1339  putative prophage repressor  24.87 
 
 		 219 aa  50.1  0.00003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00520189 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 199 aa  50.1  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3443  XRE family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 228 aa  49.7  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00400113  unclonable  9.66468e-17 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3094  LexA repressor  31.25 
 
 		 228 aa  50.1  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.938529  normal  0.561112 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0189  putative phage repressor  26.34 
 
 		 211 aa  49.7  0.00003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2186  MerR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 461 aa  49.3  0.00004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2308  hypothetical protein  38.1 
 
 		 461 aa  49.3  0.00004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0858  hypothetical protein  38.1 
 
 		 461 aa  49.3  0.00004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0175977  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2927  transcriptional regulator, XRE family  34.58 
 
 		 130 aa  49.3  0.00004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.298234 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1183  Peptidase S24/S26A/S26B, conserved region  28.23 
 
 		 217 aa  48.9  0.00005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.186199 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1025  helix-turn-helix domain-containing protein  36.05 
 
 		 130 aa  49.3  0.00005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00102853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0070  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 67 aa  48.9  0.00006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1504  SOS-response transcriptional repressor, LexA  31.15 
 
 		 222 aa  48.9  0.00006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000188226 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1931  transcriptional regulator of molybdate metabolism, XRE family  41.67 
 
 		 352 aa  48.9  0.00006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.584244  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2894  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 131 aa  48.9  0.00006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0696  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 228 aa  48.5  0.00007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7538  XRE family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 139 aa  48.5  0.00007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.918072  normal  0.0410709 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0716  transcriptional regulator  34.92 
 
 		 464 aa  48.1  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.582865  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0643  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 191 aa  48.1  0.0001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.605698  hitchhiker  0.00857355 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0965  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 191 aa  47.4  0.0001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0889  Peptidase S24/S26A/S26B, conserved region  26.53 
 
 		 219 aa  47.8  0.0001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  28.89 
 
 		 189 aa  48.1  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 292 aa  48.1  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3964  putative phage repressor  37.88 
 
 		 259 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.072898  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1879  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 491 aa  48.1  0.0001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.639599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4635  putative phage repressor  24.68 
 
 		 214 aa  47.8  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.671239 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3598  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 477 aa  48.1  0.0001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.149473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1971  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 112 aa  47.8  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.910423 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1750  putative prophage repressor  28.97 
 
 		 230 aa  48.1  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.141014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1460  molybdate metabolism transcriptional regulator  35.82 
 
 		 368 aa  47.8  0.0001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3349  XRE family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 115 aa  47.8  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.185008 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>