More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU3089 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU3089  RNA polymerase sigma factor RpoD  100 
 
 
577 aa  1133    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4047  RpoD family RNA polymerase sigma factor  82.08 
 
 
586 aa  879    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000898252  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3694  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  78.84 
 
 
584 aa  859    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6393  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  60.61 
 
 
697 aa  644    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2678  RNA polymerase, sigma(70) factor  65.65 
 
 
588 aa  705    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD-like  84.97 
 
 
579 aa  915    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.309099  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  57.21 
 
 
819 aa  640    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.023937  normal  0.967295 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3789  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  78.84 
 
 
584 aa  860    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  57.28 
 
 
802 aa  637    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1013  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  73.94 
 
 
586 aa  821    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.241628  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3049  RpoD family RNA polymerase sigma factor  73.5 
 
 
582 aa  784    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000323778  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  57.28 
 
 
805 aa  637    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1212  RpoD family RNA polymerase sigma factor  57.05 
 
 
599 aa  618  1e-175  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.389301 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4296  sigma 38, RpoS  53.48 
 
 
574 aa  563  1.0000000000000001e-159  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.939988  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1370  RpoD family RNA polymerase sigma factor  51.68 
 
 
590 aa  553  1e-156  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.69514  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.79 
 
 
650 aa  547  1e-154  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.672133  normal  0.0730738 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2052  sigma-70 factor  51.02 
 
 
589 aa  546  1e-154  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0289381  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0494  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  50.58 
 
 
590 aa  546  1e-154  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00018772 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1894  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  50.43 
 
 
587 aa  536  1e-151  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0780433  normal  0.0147198 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1085  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  50.84 
 
 
589 aa  534  1e-150  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.348489  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2457  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  50.59 
 
 
588 aa  533  1e-150  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.36607  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2223  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.76 
 
 
684 aa  534  1e-150  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.909568 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0966  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.35 
 
 
666 aa  527  1e-148  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0575289  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1465  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.6 
 
 
668 aa  525  1e-148  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2261  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.03 
 
 
664 aa  523  1e-147  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.435799 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.96 
 
 
666 aa  523  1e-147  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183053  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.33 
 
 
638 aa  522  1e-147  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7520  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.88 
 
 
665 aa  523  1e-147  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2141  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.85 
 
 
664 aa  522  1e-147  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.320176  normal  0.578732 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2698  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.29 
 
 
685 aa  525  1e-147  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.87 
 
 
656 aa  523  1e-147  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1688  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.5 
 
 
671 aa  519  1e-146  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.585859  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2956  RNA polymerase sigma factor RpoD  46 
 
 
685 aa  521  1e-146  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.661846  normal  0.765968 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3104  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.66 
 
 
681 aa  521  1e-146  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.218533  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1434  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.21 
 
 
672 aa  515  1.0000000000000001e-145  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.960837  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0573  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.9 
 
 
659 aa  515  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0841  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.4 
 
 
667 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104141  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4072  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.6 
 
 
664 aa  518  1.0000000000000001e-145  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.518001 
 
 
-
 
NC_004310  BR1479  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.21 
 
 
672 aa  514  1e-144  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  49.34 
 
 
602 aa  513  1e-144  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.62 
 
 
666 aa  509  1e-143  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2151  RpoD family RNA polymerase sigma factor  51.55 
 
 
738 aa  508  1e-143  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  48.86 
 
 
602 aa  508  1e-143  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  49.27 
 
 
616 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0431  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.2 
 
 
674 aa  505  1e-141  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213243  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  48.95 
 
 
616 aa  504  1e-141  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.08 
 
 
666 aa  504  1e-141  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  49.67 
 
 
598 aa  503  1e-141  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0586  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.85 
 
 
667 aa  502  1e-141  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  0.0214442 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.08 
 
 
718 aa  504  1e-141  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0303  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.99 
 
 
612 aa  499  1e-140  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000283425  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0310  RNA polymerase sigma-70 factor RpoD  47.82 
 
 
617 aa  499  1e-140  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.744549  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02937  RNA polymerase sigma factor  47.73 
 
 
613 aa  497  1e-139  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00570536  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3360  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.73 
 
 
613 aa  497  1e-139  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0343174  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  48.75 
 
 
599 aa  496  1e-139  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0461  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.51 
 
 
608 aa  495  1e-139  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3567  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.44 
 
 
615 aa  497  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.942992  normal  0.234837 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3473  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.84 
 
 
631 aa  496  1e-139  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0442977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3471  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.44 
 
 
615 aa  497  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  47.14 
 
 
621 aa  497  1e-139  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  47.14 
 
 
621 aa  497  1e-139  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3532  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.73 
 
 
613 aa  497  1e-139  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000451825  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0553  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.83 
 
 
612 aa  497  1e-139  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000359129  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.75 
 
 
610 aa  498  1e-139  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3248  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.73 
 
 
613 aa  497  1e-139  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0316286  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0721  sigma 70 (RpoD)  67.28 
 
 
805 aa  496  1e-139  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.473729  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4380  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.73 
 
 
613 aa  497  1e-139  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00205022  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0716  Fis family transcriptional regulator  48.41 
 
 
613 aa  498  1e-139  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000378476  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02887  hypothetical protein  47.73 
 
 
613 aa  497  1e-139  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00855324  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2322  sigma 70 (RpoD)  44.92 
 
 
644 aa  498  1e-139  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000648058  hitchhiker  0.00289182 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3465  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.44 
 
 
615 aa  497  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268708  hitchhiker  0.00491171 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0044  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.11 
 
 
621 aa  498  1e-139  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00416651  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0548  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.15 
 
 
612 aa  497  1e-139  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128359  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3397  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.44 
 
 
615 aa  497  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000443649  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3401  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.44 
 
 
615 aa  497  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3502  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.73 
 
 
613 aa  497  1e-139  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00613431  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0632  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.73 
 
 
613 aa  497  1e-139  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0281134  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3489  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.62 
 
 
611 aa  496  1e-139  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0495804  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0634  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.83 
 
 
612 aa  497  1e-139  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0230181  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0633  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.57 
 
 
613 aa  494  9.999999999999999e-139  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000780039  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0718  RNA polymerase sigma factor RpoD  49.01 
 
 
617 aa  495  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2336  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.73 
 
 
624 aa  494  9.999999999999999e-139  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.684077  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.77 
 
 
707 aa  495  9.999999999999999e-139  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0783  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.57 
 
 
611 aa  494  9.999999999999999e-139  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.060586  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1970  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.73 
 
 
631 aa  494  9.999999999999999e-139  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.53576  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4300  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.16 
 
 
647 aa  491  1e-137  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0616  RNA polymerase, sigma 70 factor  46.2 
 
 
612 aa  491  1e-137  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.840508  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1806  sigma 70 (RpoD)  46.41 
 
 
594 aa  486  1e-136  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000803488  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4334  RNA polymerase sigma-70 factor  47.47 
 
 
616 aa  485  1e-135  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.83 
 
 
623 aa  474  1e-132  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.34 
 
 
623 aa  472  1e-132  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1235  RNA polymerase sigma factor RpoD  46 
 
 
595 aa  469  1.0000000000000001e-131  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0393  RNA polymerase sigma factor  45.85 
 
 
698 aa  466  9.999999999999999e-131  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.735984  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1784  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.85 
 
 
698 aa  466  9.999999999999999e-131  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.101726  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1558  sigma 70 (RpoD)  45.15 
 
 
783 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.990853  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2485  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  45.66 
 
 
801 aa  459  9.999999999999999e-129  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.187412  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2491  putative RNA polymerase sigma(sigma-70) factor transcription regulator protein  45.37 
 
 
746 aa  457  1e-127  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.046137  normal  0.87444 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7094  sigma 70 (RpoD)  42.38 
 
 
677 aa  455  1e-127  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.678093  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3138  RpoD family RNA polymerase sigma factor  45.75 
 
 
797 aa  458  1e-127  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.335068  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1406  RpoD family RNA polymerase sigma factor  45.57 
 
 
781 aa  455  1.0000000000000001e-126  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>