More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_3365 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_3365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
296 aa  587  1e-166  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.28 
 
 
292 aa  198  1.0000000000000001e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4028  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.26 
 
 
292 aa  196  4.0000000000000005e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.251041  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.99 
 
 
292 aa  186  4e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0772847  normal  0.304058 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
279 aa  172  5.999999999999999e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09140  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  42.2 
 
 
272 aa  169  5e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.334901 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0860  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.01 
 
 
287 aa  169  5e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.943731  normal  0.246629 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3830  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.5 
 
 
285 aa  158  8e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000468983  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0015  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.08 
 
 
288 aa  157  2e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.725179 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1150  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.04 
 
 
281 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.46 
 
 
277 aa  152  8e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0331463  normal  0.0268601 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7223  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.51 
 
 
274 aa  149  6e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109906  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05400  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  39.84 
 
 
274 aa  148  9e-35  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3483  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.3 
 
 
281 aa  148  9e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.3 
 
 
281 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.244285  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.13 
 
 
284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0168044 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.23 
 
 
326 aa  146  4.0000000000000006e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0668  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.91 
 
 
288 aa  145  7.0000000000000006e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.512596 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
286 aa  144  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5172  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.3 
 
 
278 aa  144  2e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.3 
 
 
278 aa  144  2e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.362056  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.64 
 
 
273 aa  143  3e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00939747 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.3 
 
 
278 aa  144  3e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.44 
 
 
290 aa  140  3e-32  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.108282  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0077  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.73 
 
 
271 aa  138  1e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1583  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.15 
 
 
349 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.216927  normal  0.0361789 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0722  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.38 
 
 
284 aa  133  3e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.182055 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.76 
 
 
280 aa  132  6.999999999999999e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.824425  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5377  putative retinol dehydrogenase  36.17 
 
 
296 aa  131  2.0000000000000002e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.637386  normal  0.0926246 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0032  short chain dehydrogenase  36.21 
 
 
300 aa  129  5.0000000000000004e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.249754  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.47 
 
 
304 aa  129  6e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0651953  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0545  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.4 
 
 
340 aa  129  6e-29  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00109277  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2789  short chain dehydrogenase  36.39 
 
 
304 aa  129  7.000000000000001e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.625532  normal  0.190884 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.33 
 
 
298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4196  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
288 aa  126  4.0000000000000003e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.685413  normal  0.0812429 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4116  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.76 
 
 
276 aa  126  4.0000000000000003e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.03 
 
 
298 aa  126  5e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.68402  normal 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.36 
 
 
307 aa  125  6e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1955  putative short-chain dehydrogenase  34.75 
 
 
598 aa  125  7e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00955158  hitchhiker  0.00174251 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1809  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.63 
 
 
278 aa  125  1e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.207273  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.34 
 
 
307 aa  124  2e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0401995  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.59 
 
 
282 aa  123  3e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.178945  normal  0.215411 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.41 
 
 
269 aa  120  3e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.278197 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.45 
 
 
312 aa  119  3.9999999999999996e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.3 
 
 
312 aa  119  7.999999999999999e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0596  short chain dehydrogenase  35.62 
 
 
300 aa  119  7.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5203  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.79 
 
 
289 aa  118  9e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1459  short-chain dehydrogenase/reductase  29.19 
 
 
309 aa  118  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.392397  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0143  short chain dehydrogenase  34.47 
 
 
303 aa  118  9.999999999999999e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15671  short-chain dehydrogenase/reductase  28.86 
 
 
300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0732777  normal  0.472072 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0729  short-chain dehydrogenase/reductase  28.47 
 
 
308 aa  117  3e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.486158  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.31 
 
 
297 aa  116  5e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.580908  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0762  short chain dehydrogenase  32.64 
 
 
302 aa  116  5e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.812053  normal  0.782214 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0605  short chain dehydrogenase  35.27 
 
 
300 aa  115  7.999999999999999e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.140006  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0618  short chain dehydrogenase  35.27 
 
 
300 aa  115  7.999999999999999e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.673408  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15241  short-chain dehydrogenase/reductase  28.52 
 
 
309 aa  115  1.0000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.957013  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0363  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  37.41 
 
 
273 aa  115  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.177062  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0151  short chain dehydrogenase  31.96 
 
 
305 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2094  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.78 
 
 
322 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26328  normal  0.398139 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15491  short-chain dehydrogenase/reductase  32.68 
 
 
309 aa  114  2.0000000000000002e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.821697  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3188  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
309 aa  113  3e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2120  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.35 
 
 
313 aa  113  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.289594 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15641  short-chain dehydrogenase/reductase  32.2 
 
 
309 aa  112  6e-24  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2983  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.44 
 
 
291 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.888321  normal  0.289512 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10068  short chain dehydrogenase  34.27 
 
 
303 aa  110  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.362569 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0902  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.39 
 
 
303 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0811669 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4584  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.84 
 
 
338 aa  110  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.200528  normal  0.701446 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4249  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.06 
 
 
312 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.3435  normal  0.21236 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2082  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.05 
 
 
318 aa  111  2.0000000000000002e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.613431 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.35 
 
 
323 aa  110  3e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3334  short chain dehydrogenase  34.77 
 
 
299 aa  110  3e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3314  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.41 
 
 
320 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0167098 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.03 
 
 
304 aa  109  5e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.177477  normal  0.189843 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10444  short chain dehydrogenase  32.55 
 
 
311 aa  109  7.000000000000001e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.270892  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.6 
 
 
326 aa  108  1e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0763  short chain dehydrogenase  32.41 
 
 
316 aa  107  2e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.920637  normal  0.460734 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3223  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.42 
 
 
298 aa  107  2e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.928112  hitchhiker  0.00000218148 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1341  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 
307 aa  107  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0989891  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.63 
 
 
303 aa  107  2e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.109998 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.92 
 
 
271 aa  108  2e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.173693  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.48 
 
 
341 aa  107  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.29527  normal  0.178629 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.15 
 
 
312 aa  107  2e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.334573  normal  0.72801 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7668  putative short chain dehydrogenase  34.78 
 
 
318 aa  107  3e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.685626  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.89 
 
 
290 aa  107  4e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.113909 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_17961  Short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) superfamily protein  29.49 
 
 
300 aa  105  6e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.140714 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12290  short chain dehydrogenase  32.24 
 
 
317 aa  105  7e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.521938  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1049  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.48 
 
 
326 aa  105  1e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3572  short chain dehydrogenase  35.08 
 
 
308 aa  104  2e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0596  short chain dehydrogenase  33.22 
 
 
306 aa  104  2e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0609  short chain dehydrogenase  33.22 
 
 
306 aa  104  2e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3875  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.41 
 
 
336 aa  103  3e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.893798  normal  0.0397379 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0744  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.59 
 
 
319 aa  103  4e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24495 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5862  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.21 
 
 
297 aa  103  5e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.21 
 
 
292 aa  102  7e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00870669  normal 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43764  predicted protein  28.12 
 
 
365 aa  101  1e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.93 
 
 
298 aa  101  1e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0407655  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0945  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.44 
 
 
328 aa  102  1e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.165164  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3350  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.73 
 
 
314 aa  101  1e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.244541  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1138  putative dehydrogenase  31.7 
 
 
329 aa  101  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.530654  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0587  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
306 aa  100  2e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>