More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_4453 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_4453  RND efflux transporter  100 
 
 		 889 aa  1753    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2964  hypothetical protein  60.82 
 
 		 687 aa  730    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2999  MMPL domain-containing protein  58.68 
 
 		 821 aa  913    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0113  MMPL domain-containing protein  69.84 
 
 		 865 aa  1084    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.382745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2275  hydrophobe/amphiphile efflux-3 HAE3  27.31 
 
 		 812 aa  262  3e-68  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0590834  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1269  RND superfamily protein  29.21 
 
 		 748 aa  259  1e-67  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4897  hypothetical protein  25.94 
 
 		 864 aa  243  1e-62  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1056  efflux transporter, , hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  25.57 
 
 		 756 aa  221  6e-56  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0557741  normal  0.21545 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0456  HAE1 family efflux transporter  29.03 
 
 		 752 aa  216  9.999999999999999e-55  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.857513  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3150  RND superfamily protein  23.11 
 
 		 755 aa  199  2.0000000000000003e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0817693  normal  0.0240782 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0867  HAE1 family efflux transporter  26.88 
 
 		 778 aa  198  5.000000000000001e-49  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1961  hydrophobe/amphiphile efflux-3 HAE3  26.96 
 
 		 758 aa  195  3e-48  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0768  hydrophobe/amphiphile efflux-3 HAE3  25.25 
 
 		 747 aa  190  1e-46  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.53096  normal  0.282667 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1701  HAE1 family efflux transporter  25.25 
 
 		 777 aa  186  1.0000000000000001e-45  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.271028  normal  0.950997 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0222  efflux transporter, , hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  27.2 
 
 		 746 aa  186  1.0000000000000001e-45  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1059  HAE1 family efflux transporter  23.35 
 
 		 777 aa  186  2.0000000000000003e-45  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.101015 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0901  HAE1 family efflux transporter  25.72 
 
 		 752 aa  167  9e-40  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.395656  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08450  efflux transporter, putative, hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  21.47 
 
 		 764 aa  116  2.0000000000000002e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1628  RND superfamily protein-like exporter  28.96 
 
 		 921 aa  114  1.0000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.221009 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0020  Patched family protein  23.23 
 
 		 1359 aa  104  9e-21  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.637086  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1668  Patched family protein  25.87 
 
 		 842 aa  103  1e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4341  Patched family protein  25.84 
 
 		 895 aa  103  2e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.354864  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0691  hypothetical protein  23.74 
 
 		 805 aa  101  5e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2986  RND efflux transporter  23.74 
 
 		 1051 aa  94.4  8e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.594238  normal  0.491222 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1669  hypothetical protein  27.62 
 
 		 388 aa  94  1e-17  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0572  hypothetical protein  26.25 
 
 		 385 aa  92.8  3e-17  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.67085  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1297  hypothetical protein  23.16 
 
 		 380 aa  92  4e-17  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1194  hypothetical protein  35.52 
 
 		 832 aa  91.3  7e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  unclonable  0.0000134903  hitchhiker  0.0000145799 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0264  MMPL domain-containing protein  25.15 
 
 		 385 aa  89.7  2e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00700265 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1637  hypothetical protein  26.9 
 
 		 385 aa  90.1  2e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2278  transport protein, putative  20.84 
 
 		 835 aa  83.6  0.00000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0367  putative integral membrane protein  21.04 
 
 		 821 aa  80.1  0.0000000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.1024  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0297  hypothetical protein  25.87 
 
 		 387 aa  79  0.0000000000004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.981573  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3221  hypothetical protein  33.49 
 
 		 874 aa  78.2  0.0000000000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0321  putative integral membrane protein  19.23 
 
 		 813 aa  77.8  0.0000000000009  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.322021  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0788  Patched family protein  32.58 
 
 		 923 aa  75.9  0.000000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1238  hypothetical protein  29.11 
 
 		 855 aa  74.3  0.000000000009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.409284  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1551  hypothetical protein  25.63 
 
 		 799 aa  70.9  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4267  putative RND superfamily transporter  24.62 
 
 		 789 aa  70.1  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2200  hypothetical protein  20.58 
 
 		 816 aa  69.3  0.0000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2959  MMPL domain protein  28.12 
 
 		 1011 aa  69.7  0.0000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.301766  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0277  hypothetical protein  19.97 
 
 		 823 aa  69.3  0.0000000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3723  RND efflux transporter  24.86 
 
 		 799 aa  68.9  0.0000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2229  Patched family protein  21.63 
 
 		 755 aa  68.9  0.0000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.271746  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1376  hypothetical protein  20.21 
 
 		 823 aa  68.6  0.0000000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2019  hypothetical protein  24.86 
 
 		 799 aa  68.2  0.0000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.62058  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2704  hypothetical protein  23.21 
 
 		 898 aa  68.2  0.0000000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3777  hypothetical protein  22.5 
 
 		 796 aa  68.6  0.0000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003709  predicted exporter of the RND superfamily  22.56 
 
 		 792 aa  68.2  0.0000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0943  RND efflux transporter  28.57 
 
 		 791 aa  68.2  0.0000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0258  hypothetical protein  18.51 
 
 		 767 aa  67  0.000000002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.467137  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2681  hypothetical protein  32.79 
 
 		 879 aa  67  0.000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.43238 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0048  integral membrane protein  22.71 
 
 		 788 aa  66.6  0.000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1239  hypothetical protein  30.29 
 
 		 862 aa  66.2  0.000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1579  hypothetical protein  25.27 
 
 		 799 aa  66.6  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.69775  normal  0.0697261 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0766  hypothetical protein  21.11 
 
 		 689 aa  65.9  0.000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.71633  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1350  RND efflux transporter  23.63 
 
 		 790 aa  66.2  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000832069  decreased coverage  0.00000222062 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2971  RND efflux transporter  22.34 
 
 		 797 aa  66.2  0.000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0860  Patched family protein  29.44 
 
 		 1131 aa  65.9  0.000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3229  hypothetical protein  23.09 
 
 		 794 aa  65.1  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0514277  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3078  exporter of the RND superfamily protein-like protein  33.33 
 
 		 1109 aa  63.9  0.00000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2900  MMPL domain-containing protein  29.94 
 
 		 1003 aa  64.3  0.00000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.689966  normal  0.0696558 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0958  hypothetical protein  29.59 
 
 		 779 aa  63.5  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.764454  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2467  RND efflux transporter  24.87 
 
 		 792 aa  63.5  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.022945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11207  transmembrane transport protein mmpL10  29.41 
 
 		 1002 aa  63.5  0.00000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1317  RND efflux transporter  20.72 
 
 		 778 aa  62.4  0.00000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00469095  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0403  transport protein  29.37 
 
 		 1001 aa  62.4  0.00000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3117  putative rRNA methylase  25.79 
 
 		 972 aa  62.4  0.00000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0109517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0312  MMPL domain-containing protein  29.31 
 
 		 1028 aa  62  0.00000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2865  Patched family protein  32.21 
 
 		 1011 aa  61.6  0.00000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2918  exporter of the RND superfamily protein  35.66 
 
 		 1204 aa  62  0.00000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0248285  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0586  MMPL domain protein  26.96 
 
 		 778 aa  62  0.00000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.291824  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1565  hypothetical protein  19.97 
 
 		 823 aa  61.6  0.00000006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3114  transport protein  29.31 
 
 		 1062 aa  61.2  0.00000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.927661  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3174  transport protein  29.31 
 
 		 1062 aa  61.2  0.00000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03830  hypothetical membrane protein  19.68 
 
 		 1225 aa  61.2  0.00000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2244  putative transporter  21.35 
 
 		 831 aa  60.8  0.00000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.166877  hitchhiker  0.0000000000000152774 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0460  putative exporter of the RND superfamily protein  25.15 
 
 		 806 aa  60.5  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10518  transmembrane transport protein mmpL2  26.54 
 
 		 968 aa  59.7  0.0000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.930398 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4595  MMPL domain-containing protein  29.31 
 
 		 1040 aa  60.1  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3125  transport protein  28.65 
 
 		 1077 aa  60.1  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4632  MMPL domain-containing protein  28.74 
 
 		 681 aa  60.1  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.839502 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4841  MMPL  27.88 
 
 		 1022 aa  59.7  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0784394  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2375  transport protein, putative  24.62 
 
 		 825 aa  60.5  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4929  MMPL domain-containing protein  27.88 
 
 		 1022 aa  59.7  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.559096  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3164  hypothetical protein  21.75 
 
 		 784 aa  59.3  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.330305  normal  0.727475 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1720  RND superfamily transporter  23.94 
 
 		 788 aa  59.3  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.362573  normal  0.170717 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3348  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  27.13 
 
 		 1045 aa  58.9  0.0000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15720  predicted RND superfamily drug exporter  24.89 
 
 		 920 aa  58.9  0.0000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.448336  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1701  hypothetical protein  20.83 
 
 		 796 aa  58.9  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.49055 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2275  RND superfamily transporter  24.05 
 
 		 797 aa  58.9  0.0000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.857443  normal  0.323939 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0236  transport protein  26.67 
 
 		 998 aa  58.9  0.0000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.414899  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4346  RND efflux transporter  22.15 
 
 		 786 aa  58.9  0.0000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.312397  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0246  transport protein  27.15 
 
 		 998 aa  58.9  0.0000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.792517  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0256  transport protein  27.15 
 
 		 998 aa  58.9  0.0000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.321706  decreased coverage  0.00659163 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2637  MMPL domain protein  26.06 
 
 		 1013 aa  58.5  0.0000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2935  Patched family protein  23.05 
 
 		 784 aa  58.5  0.0000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0413  conserved hypothetical protein, membrane  25.68 
 
 		 773 aa  58.2  0.0000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0655355  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4241  MMPL domain protein  27.68 
 
 		 709 aa  58.5  0.0000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.682094  normal  0.157718 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1161  Patched family protein  23.81 
 
 		 831 aa  58.2  0.0000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>