More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_5444 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_5444  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  100 
 
 
515 aa  1048    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  55.99 
 
 
693 aa  565  1e-160  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1347  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.94 
 
 
1082 aa  470  1.0000000000000001e-131  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4854  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.47 
 
 
541 aa  448  1e-125  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.246176  normal  0.0147757 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1739  Sigma 54 interacting domain protein  56.06 
 
 
479 aa  428  1e-118  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  52.34 
 
 
875 aa  380  1e-104  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  57.76 
 
 
635 aa  375  1e-102  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  55.31 
 
 
653 aa  367  1e-100  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  56.97 
 
 
481 aa  363  5.0000000000000005e-99  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  55.99 
 
 
457 aa  362  7.0000000000000005e-99  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.231814  hitchhiker  0.00735887 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  54.31 
 
 
650 aa  354  2e-96  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3983  formate hydrogenlyase transcriptional activator  52.21 
 
 
692 aa  350  3e-95  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.933844  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3019  formate hydrogenlyase transcriptional activator  52.21 
 
 
692 aa  349  7e-95  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2856  formate hydrogenlyase transcriptional activator  52.21 
 
 
692 aa  349  7e-95  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.573281 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3204  NifA subfamily transcriptional regulator  51.93 
 
 
690 aa  349  7e-95  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3169  formate hydrogenlyase transcriptional activator  51.52 
 
 
687 aa  349  9e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.781229 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02581  DNA-binding transcriptional activator  52.21 
 
 
692 aa  348  2e-94  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0958  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  52.21 
 
 
692 aa  348  2e-94  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02546  hypothetical protein  52.21 
 
 
692 aa  348  2e-94  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2868  formate hydrogenlyase transcriptional activator  52.21 
 
 
692 aa  348  2e-94  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3012  formate hydrogenlyase transcriptional activator  51.52 
 
 
692 aa  347  2e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0157191 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0981  NifA subfamily transcriptional regulator  52.21 
 
 
692 aa  348  2e-94  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.427916 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1742  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  55.41 
 
 
346 aa  348  2e-94  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.167315  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3064  formate hydrogenlyase transcriptional activator  51.52 
 
 
692 aa  348  2e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0761446 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3048  formate hydrogenlyase transcriptional activator  51.52 
 
 
687 aa  348  2e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396389 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2981  formate hydrogenlyase transcriptional activator  51.52 
 
 
692 aa  348  2e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2313  Fis family transcriptional regulator  47.43 
 
 
510 aa  347  3e-94  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1785  NifA subfamily transcriptional regulator  39.85 
 
 
507 aa  345  1e-93  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0072  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.65 
 
 
694 aa  344  2.9999999999999997e-93  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2724  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.82 
 
 
723 aa  342  9e-93  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00255153  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2223  NifA subfamily transcriptional regulator  52.82 
 
 
556 aa  341  2e-92  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0251727  hitchhiker  0.000170906 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0097  Fis family transcriptional regulator  50 
 
 
699 aa  341  2e-92  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0058  Fis family transcriptional regulator  48.22 
 
 
699 aa  338  1.9999999999999998e-91  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1348  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  52.78 
 
 
461 aa  338  1.9999999999999998e-91  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0398  Fis family transcriptional regulator  54.03 
 
 
687 aa  338  1.9999999999999998e-91  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3671  Sigma 54 interacting domain protein  47.01 
 
 
657 aa  337  2.9999999999999997e-91  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  43.86 
 
 
670 aa  337  2.9999999999999997e-91  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.92 
 
 
648 aa  336  5e-91  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2163  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  48.82 
 
 
575 aa  336  5.999999999999999e-91  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.92 
 
 
670 aa  336  5.999999999999999e-91  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  48.92 
 
 
668 aa  336  7e-91  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  48.92 
 
 
670 aa  336  7e-91  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  48.92 
 
 
670 aa  336  7e-91  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.92 
 
 
670 aa  336  7.999999999999999e-91  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2440  NifA subfamily transcriptional regulator  45.31 
 
 
688 aa  335  1e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0067  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  49.18 
 
 
699 aa  335  2e-90  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  48.66 
 
 
670 aa  333  3e-90  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2000  Fis family transcriptional regulator  47.44 
 
 
700 aa  333  4e-90  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.255571  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50.28 
 
 
488 aa  332  9e-90  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2085  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50.29 
 
 
457 aa  331  2e-89  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1266  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  49.21 
 
 
724 aa  330  3e-89  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4737  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  57.84 
 
 
515 aa  329  8e-89  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0920124  hitchhiker  0.000878873 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0326  NifA subfamily transcriptional regulator  45.68 
 
 
733 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.399529  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3359  NifA subfamily transcriptional regulator  39.81 
 
 
674 aa  328  2.0000000000000001e-88  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.48 
 
 
480 aa  327  5e-88  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1431  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  48.67 
 
 
806 aa  326  5e-88  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.333003  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2869  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  51.31 
 
 
648 aa  326  6e-88  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.990966 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1092  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  51.69 
 
 
647 aa  326  7e-88  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4365  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  51.86 
 
 
471 aa  323  4e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.231326 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0887  Fis family transcriptional regulator  45.1 
 
 
488 aa  323  4e-87  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3227  Fis family transcriptional regulator  45.1 
 
 
488 aa  323  4e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.539563  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3135  Fis family transcriptional regulator  45.1 
 
 
488 aa  323  6e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2253  Fis family transcriptional regulator  47.45 
 
 
648 aa  323  7e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.358713  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2834  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  46.37 
 
 
474 aa  322  8e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.653087  normal  0.743395 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  47.21 
 
 
473 aa  322  9.999999999999999e-87  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.48 
 
 
483 aa  321  1.9999999999999998e-86  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1326  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.21 
 
 
485 aa  321  1.9999999999999998e-86  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1411  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.66 
 
 
664 aa  321  1.9999999999999998e-86  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3993  Fis family transcriptional regulator  46.09 
 
 
486 aa  320  3.9999999999999996e-86  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000527576  normal  0.307332 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2629  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.21 
 
 
483 aa  320  5e-86  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.14604  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3320  Fis family transcriptional regulator  46.5 
 
 
484 aa  320  6e-86  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.296096  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2053  Fis family transcriptional regulator  50.44 
 
 
664 aa  318  1e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3660  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  44.26 
 
 
488 aa  318  2e-85  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  44.72 
 
 
551 aa  318  2e-85  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0339  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.26 
 
 
459 aa  317  3e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360791  unclonable  4.1095600000000004e-23 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1555  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.14 
 
 
467 aa  317  4e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.21045  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2398  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.57 
 
 
469 aa  316  7e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.313034  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0965  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  51.35 
 
 
466 aa  316  8e-85  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.605384  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0274  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  46.88 
 
 
474 aa  315  9.999999999999999e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2310  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.57 
 
 
469 aa  315  9.999999999999999e-85  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.294968  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1020  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  47.93 
 
 
516 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3906  transcriptional regulator, Fis family protein  47.06 
 
 
480 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3407  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.19 
 
 
458 aa  314  1.9999999999999998e-84  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2932  sigma-54 factor, interaction region  45.96 
 
 
495 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00176909  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.85 
 
 
451 aa  315  1.9999999999999998e-84  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0972  Fis family transcriptional regulator  44.29 
 
 
488 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.699188  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2258  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.03 
 
 
468 aa  313  3.9999999999999997e-84  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.428008  normal  0.0222917 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1061  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.08 
 
 
602 aa  312  7.999999999999999e-84  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1960  response regulator transcription factor  49.26 
 
 
471 aa  312  1e-83  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3332  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  44.57 
 
 
486 aa  311  1e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1027  Fis family transcriptional regulator  44.57 
 
 
486 aa  312  1e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3903  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.1 
 
 
455 aa  312  1e-83  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000574971 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.54 
 
 
473 aa  312  1e-83  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.54 
 
 
473 aa  312  1e-83  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0958  Fis family transcriptional regulator  44.57 
 
 
486 aa  312  1e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.54 
 
 
473 aa  311  2e-83  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1060  Fis family transcriptional regulator  44.57 
 
 
486 aa  311  2e-83  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1129  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  48.21 
 
 
453 aa  310  4e-83  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3819  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.8 
 
 
455 aa  310  4e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.785821  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2402  transcriptional regulator, Fis family  50.15 
 
 
641 aa  310  5e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>