More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_2078 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013173  Dbac_2078  DNA ligase (NAD(+))  100 
 
 		 615 aa  1250    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1230  DNA ligase, NAD-dependent, putative  44.72 
 
 		 609 aa  494  9.999999999999999e-139  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2336  DNA ligase (NAD(+))  42.31 
 
 		 649 aa  484  1e-135  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.182524  normal  0.116462 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2695  DNA ligase (NAD(+))  46.61 
 
 		 652 aa  481  1e-134  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.278401  normal  0.204857 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2653  DNA ligase (NAD(+))  40.36 
 
 		 648 aa  462  1e-129  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.869287  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0810  DNA ligase, NAD-dependent  31.66 
 
 		 673 aa  239  1e-61  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2728  NAD-dependent DNA ligase C4-type  30.52 
 
 		 671 aa  226  7e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2628  NAD-dependent DNA ligase LigA  30.64 
 
 		 693 aa  226  7e-58  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.533906  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2948  DNA ligase, NAD-dependent  30.7 
 
 		 668 aa  223  8e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1480  DNA ligase, NAD-dependent  29.81 
 
 		 663 aa  223  8e-57  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3645  DNA ligase, NAD-dependent  29.94 
 
 		 692 aa  223  9.999999999999999e-57  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1336  DNA ligase, NAD-dependent  30.77 
 
 		 668 aa  220  6e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1433  DNA ligase, NAD-dependent  29.82 
 
 		 704 aa  220  7e-56  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0890  DNA ligase, NAD-dependent  30.98 
 
 		 670 aa  219  1e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0894  DNA ligase, NAD-dependent  28.47 
 
 		 700 aa  219  1e-55  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004153  DNA ligase  29.29 
 
 		 690 aa  219  2e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0490058  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2093  DNA ligase, NAD-dependent  30.36 
 
 		 705 aa  217  5.9999999999999996e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.259807  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2964  DNA ligase, NAD-dependent  30.55 
 
 		 674 aa  216  9.999999999999999e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00282496  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1017  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.87 
 
 		 645 aa  215  9.999999999999999e-55  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.682519  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2927  DNA ligase, NAD-dependent  29.58 
 
 		 683 aa  216  9.999999999999999e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000591487  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2645  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.61 
 
 		 710 aa  215  1.9999999999999998e-54  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3660  DNA ligase, NAD-dependent  30.78 
 
 		 681 aa  215  1.9999999999999998e-54  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0589668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1305  DNA ligase, NAD-dependent  30.35 
 
 		 672 aa  215  1.9999999999999998e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.617786  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2085  DNA ligase, NAD-dependent  28.92 
 
 		 699 aa  215  1.9999999999999998e-54  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3562  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.68 
 
 		 681 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2541  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.3 
 
 		 662 aa  214  3.9999999999999995e-54  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00953923  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2438  DNA ligase, NAD-dependent  30.12 
 
 		 673 aa  214  4.9999999999999996e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0327  DNA ligase, NAD-dependent  31.01 
 
 		 685 aa  213  5.999999999999999e-54  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0835  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.14 
 
 		 684 aa  213  9e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1959  DNA ligase, NAD-dependent  28.17 
 
 		 667 aa  213  9e-54  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1993  DNA ligase, NAD-dependent  28.17 
 
 		 667 aa  213  9e-54  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0996  DNA ligase, NAD-dependent  27.05 
 
 		 668 aa  212  1e-53  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3403  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.43 
 
 		 681 aa  212  1e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3444  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.6 
 
 		 673 aa  212  2e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000441921  hitchhiker  0.000209829 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.77 
 
 		 671 aa  211  2e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2245  NAD-dependent DNA ligase LigA  29 
 
 		 662 aa  212  2e-53  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.92 
 
 		 671 aa  211  2e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000402344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01312  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.88 
 
 		 670 aa  211  3e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.92 
 
 		 671 aa  210  5e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  29.77 
 
 		 671 aa  211  5e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.77 
 
 		 671 aa  211  5e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1084  NAD-dependent DNA ligase LigA  30.09 
 
 		 700 aa  210  5e-53  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.419808  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  29.92 
 
 		 671 aa  210  5e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.92 
 
 		 671 aa  210  5e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0462  DNA ligase, NAD-dependent  28.96 
 
 		 663 aa  210  6e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.77 
 
 		 671 aa  210  6e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1693  DNA ligase (NAD+)  28.38 
 
 		 675 aa  210  7e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000392244  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1575  DNA ligase, NAD-dependent  29.67 
 
 		 690 aa  210  8e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0209027  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0568  NAD-dependent DNA ligase  29.73 
 
 		 680 aa  209  8e-53  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02300  DNA ligase, NAD-dependent  29.07 
 
 		 670 aa  210  8e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000139643  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0427  NAD-dependent DNA ligase  29.86 
 
 		 684 aa  209  9e-53  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2213  DNA ligase, NAD-dependent  30.63 
 
 		 671 aa  209  1e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000618814  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  29.62 
 
 		 675 aa  209  1e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3499  DNA ligase, NAD-dependent  29.12 
 
 		 700 aa  209  2e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0569727 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2686  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.68 
 
 		 671 aa  208  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.595672  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1094  DNA ligase, NAD-dependent  31.02 
 
 		 672 aa  208  2e-52  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.878392  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1508  DNA ligase, NAD-dependent  29.25 
 
 		 690 aa  209  2e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000647513  hitchhiker  0.000000119836 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2792  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.68 
 
 		 671 aa  208  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.755122  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0271  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.27 
 
 		 670 aa  208  3e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0681  DNA ligase, NAD-dependent  30.34 
 
 		 673 aa  207  3e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.295891  normal  0.841285 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1371  DNA ligase, NAD-dependent  29.48 
 
 		 648 aa  208  3e-52  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00123694  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1513  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.62 
 
 		 648 aa  208  3e-52  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2744  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.05 
 
 		 670 aa  207  7e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000148607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1569  DNA ligase, NAD-dependent  29.2 
 
 		 691 aa  206  9e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0515781  unclonable  0.000000000191104 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0728  DNA ligase, NAD-dependent  30.79 
 
 		 687 aa  206  1e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1432  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.05 
 
 		 670 aa  206  1e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000269504  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1315  DNA ligase, NAD-dependent  28.68 
 
 		 696 aa  206  1e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.175272 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1321  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.05 
 
 		 670 aa  206  1e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000153003  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2620  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.53 
 
 		 671 aa  206  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.936148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0473  DNA ligase, NAD-dependent  28.45 
 
 		 686 aa  204  3e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0286  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.6 
 
 		 669 aa  204  4e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2571  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.38 
 
 		 671 aa  204  6e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000161057  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1444  DNA ligase, NAD-dependent  29.69 
 
 		 680 aa  203  7e-51  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0179686  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0673  NAD-dependent DNA ligase LigA  27.33 
 
 		 651 aa  203  7e-51  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2939  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.75 
 
 		 671 aa  202  9.999999999999999e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000192646  normal  0.0623801 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1222  DNA ligase, NAD-dependent  30.48 
 
 		 712 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0378  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.5 
 
 		 669 aa  202  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0292  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.5 
 
 		 669 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0306  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.5 
 
 		 669 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0337  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.5 
 
 		 669 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18071  NAD-dependent DNA ligase LigA  27.9 
 
 		 697 aa  202  1.9999999999999998e-50  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.113319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4968  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.5 
 
 		 669 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2662  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.22 
 
 		 671 aa  202  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0516763  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1705  DNA ligase, NAD-dependent  29.7 
 
 		 685 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000114947  decreased coverage  0.000000000204337 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0335  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.19 
 
 		 669 aa  201  3e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0276  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.5 
 
 		 669 aa  201  3e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2432  DNA ligase, NAD-dependent  28.3 
 
 		 710 aa  201  3.9999999999999996e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2896  DNA ligase, NAD-dependent  29.06 
 
 		 689 aa  200  5e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0287  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.5 
 
 		 669 aa  201  5e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0352  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.5 
 
 		 669 aa  200  6e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2086  DNA ligase, NAD-dependent  30.58 
 
 		 670 aa  200  7e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2844  DNA ligase, NAD-dependent  28.23 
 
 		 707 aa  199  9e-50  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.764742  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1670  DNA ligase NAD-dependent  29.57 
 
 		 666 aa  199  9e-50  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.229082 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1515  NAD-dependent DNA ligase  28.9 
 
 		 668 aa  199  9e-50  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.872196 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0279  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.35 
 
 		 669 aa  199  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2758  DNA ligase, NAD-dependent  29.85 
 
 		 685 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00554758  hitchhiker  0.000696981 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2013  DNA ligase, NAD-dependent  29.44 
 
 		 666 aa  199  1.0000000000000001e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2353  NAD-dependent DNA ligase LigA  27.92 
 
 		 669 aa  199  1.0000000000000001e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1344  NAD-dependent DNA ligase LigA  29 
 
 		 652 aa  199  2.0000000000000003e-49  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0984066  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0981  NAD-dependent DNA ligase LigA  26.84 
 
 		 666 aa  199  2.0000000000000003e-49  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>