More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_2541 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_2541  NAD-dependent DNA ligase LigA  100 
 
 		 662 aa  1349    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00953923  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2245  NAD-dependent DNA ligase LigA  99.4 
 
 		 662 aa  1344    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0981  NAD-dependent DNA ligase LigA  50.92 
 
 		 666 aa  660    Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0286  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.66 
 
 		 669 aa  496  1e-139  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0335  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.07 
 
 		 669 aa  494  9.999999999999999e-139  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0276  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.92 
 
 		 669 aa  493  9.999999999999999e-139  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0279  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.92 
 
 		 669 aa  493  9.999999999999999e-139  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0352  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.92 
 
 		 669 aa  492  9.999999999999999e-139  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0378  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.07 
 
 		 669 aa  493  9.999999999999999e-139  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4968  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.92 
 
 		 669 aa  492  9.999999999999999e-139  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0287  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.62 
 
 		 669 aa  490  1e-137  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0850  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.26 
 
 		 652 aa  489  1e-137  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0292  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.77 
 
 		 669 aa  491  1e-137  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004153  DNA ligase  43.39 
 
 		 690 aa  489  1e-137  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0490058  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0271  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.84 
 
 		 670 aa  490  1e-137  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0306  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.77 
 
 		 669 aa  491  1e-137  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0337  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.77 
 
 		 669 aa  491  1e-137  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0538  DNA ligase, NAD-dependent  41.41 
 
 		 662 aa  492  1e-137  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2346  DNA ligase, NAD-dependent  41.58 
 
 		 670 aa  487  1e-136  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1239  DNA ligase, NAD-dependent  41.35 
 
 		 672 aa  486  1e-136  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00267622  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2896  DNA ligase, NAD-dependent  42.14 
 
 		 689 aa  483  1e-135  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2744  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.79 
 
 		 670 aa  483  1e-135  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000148607  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1432  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.64 
 
 		 670 aa  483  1e-135  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000269504  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1094  DNA ligase, NAD-dependent  39.64 
 
 		 672 aa  484  1e-135  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.878392  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1321  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.64 
 
 		 670 aa  483  1e-135  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000153003  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01312  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.24 
 
 		 670 aa  481  1e-134  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1575  DNA ligase, NAD-dependent  42.01 
 
 		 690 aa  481  1e-134  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0209027  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1569  DNA ligase, NAD-dependent  42.01 
 
 		 691 aa  482  1e-134  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0515781  unclonable  0.000000000191104 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.58 
 
 		 671 aa  477  1e-133  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  41.58 
 
 		 671 aa  476  1e-133  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.58 
 
 		 671 aa  476  1e-133  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1035  DNA ligase, NAD-dependent  40.27 
 
 		 663 aa  478  1e-133  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0890  DNA ligase, NAD-dependent  40.24 
 
 		 670 aa  478  1e-133  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  41.58 
 
 		 671 aa  477  1e-133  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.58 
 
 		 671 aa  477  1e-133  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3444  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.69 
 
 		 673 aa  477  1e-133  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000441921  hitchhiker  0.000209829 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2364  DNA ligase, NAD-dependent  41.12 
 
 		 685 aa  477  1e-133  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0084265  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2679  DNA ligase, NAD-dependent  41.33 
 
 		 685 aa  475  1e-133  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000018832  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.58 
 
 		 671 aa  476  1e-133  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2758  DNA ligase, NAD-dependent  41.48 
 
 		 685 aa  477  1e-133  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00554758  hitchhiker  0.000696981 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1508  DNA ligase, NAD-dependent  41.86 
 
 		 690 aa  477  1e-133  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000647513  hitchhiker  0.000000119836 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0763  DNA ligase, NAD-dependent  40.98 
 
 		 677 aa  477  1e-133  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000192603  normal  0.836157 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.58 
 
 		 671 aa  476  1e-133  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1513  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.67 
 
 		 648 aa  478  1e-133  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.58 
 
 		 671 aa  476  1e-133  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000402344  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1020  DNA ligase  40.66 
 
 		 673 aa  474  1e-132  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0987  DNA ligase  40.51 
 
 		 673 aa  473  1e-132  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2939  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.08 
 
 		 671 aa  473  1e-132  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000192646  normal  0.0623801 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2571  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.1 
 
 		 671 aa  473  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000161057  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1517  DNA ligase, NAD-dependent  40.48 
 
 		 659 aa  474  1e-132  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000611736  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2686  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.1 
 
 		 671 aa  473  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.595672  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02300  DNA ligase, NAD-dependent  40.39 
 
 		 670 aa  474  1e-132  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000139643  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0377  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.35 
 
 		 673 aa  473  1e-132  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1705  DNA ligase, NAD-dependent  41.33 
 
 		 685 aa  475  1e-132  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000114947  decreased coverage  0.000000000204337 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2792  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.1 
 
 		 671 aa  473  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.755122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2927  DNA ligase, NAD-dependent  39.25 
 
 		 683 aa  471  1.0000000000000001e-131  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000591487  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2728  NAD-dependent DNA ligase C4-type  39.91 
 
 		 671 aa  469  1.0000000000000001e-131  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1147  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.54 
 
 		 670 aa  471  1.0000000000000001e-131  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2620  NAD-dependent DNA ligase LigA  40.95 
 
 		 671 aa  471  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.936148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2662  NAD-dependent DNA ligase LigA  40.95 
 
 		 671 aa  471  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0516763  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1618  DNA ligase, NAD-dependent  41.92 
 
 		 673 aa  471  1.0000000000000001e-131  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000164842  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1617  DNA ligase, NAD-dependent  39.31 
 
 		 672 aa  466  9.999999999999999e-131  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.755766  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1516  DNA ligase (NAD(+))  41.41 
 
 		 681 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000678531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3475  DNA ligase, NAD-dependent  39.85 
 
 		 668 aa  466  9.999999999999999e-131  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.502596  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1117  DNA ligase, NAD-dependent  39.2 
 
 		 673 aa  464  1e-129  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.62969  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  41.49 
 
 		 711 aa  462  1e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1693  DNA ligase (NAD+)  40.92 
 
 		 675 aa  464  1e-129  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000392244  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3403  NAD-dependent DNA ligase LigA  40.74 
 
 		 681 aa  464  1e-129  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2353  NAD-dependent DNA ligase LigA  40.86 
 
 		 669 aa  464  1e-129  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2201  DNA ligase, NAD-dependent  39.88 
 
 		 690 aa  463  1e-129  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378461  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3562  NAD-dependent DNA ligase LigA  40.56 
 
 		 681 aa  462  1e-129  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2592  DNA ligase, NAD-dependent  40.82 
 
 		 706 aa  465  1e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.457213 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1371  DNA ligase, NAD-dependent  42.66 
 
 		 648 aa  464  1e-129  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00123694  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1442  DNA ligase, NAD-dependent  40.63 
 
 		 665 aa  460  9.999999999999999e-129  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.474438  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1455  DNA ligase, NAD-dependent  41.53 
 
 		 671 aa  460  9.999999999999999e-129  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1222  DNA ligase, NAD-dependent  42.04 
 
 		 712 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0462  DNA ligase, NAD-dependent  38.9 
 
 		 663 aa  461  9.999999999999999e-129  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0703  DNA ligase, NAD-dependent  42.3 
 
 		 691 aa  461  9.999999999999999e-129  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1522  NAD-dependent DNA ligase  40 
 
 		 673 aa  459  9.999999999999999e-129  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1776  DNA ligase, NAD-dependent  39.55 
 
 		 677 aa  462  9.999999999999999e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.19429  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2377  DNA ligase, NAD-dependent  40.45 
 
 		 669 aa  456  1e-127  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000760862  unclonable  0.00000201736 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1959  DNA ligase, NAD-dependent  40.36 
 
 		 667 aa  458  1e-127  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0655  DNA ligase, NAD-dependent  39.85 
 
 		 670 aa  457  1e-127  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0647  DNA ligase, NAD-dependent  40.26 
 
 		 707 aa  458  1e-127  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.407599  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2013  DNA ligase, NAD-dependent  40 
 
 		 666 aa  457  1e-127  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1252  DNA ligase, NAD-dependent  40.77 
 
 		 691 aa  458  1e-127  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0258025  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0835  NAD-dependent DNA ligase LigA  40.21 
 
 		 684 aa  458  1e-127  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0503  DNA ligase, NAD-dependent  41.23 
 
 		 671 aa  456  1e-127  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.720163  normal  0.76832 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0472  NAD-dependent DNA ligase LigA  39.12 
 
 		 686 aa  457  1e-127  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1993  DNA ligase, NAD-dependent  40.36 
 
 		 667 aa  458  1e-127  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1017  NAD-dependent DNA ligase LigA  40.27 
 
 		 645 aa  454  1.0000000000000001e-126  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.682519  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl160  DNA ligase, polydeoxyribonucleotide synthase NAD+  41.2 
 
 		 666 aa  454  1.0000000000000001e-126  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  0.0025564  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6053  DNA ligase, NAD-dependent  40.48 
 
 		 746 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.255704  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0681  DNA ligase, NAD-dependent  39.17 
 
 		 673 aa  452  1.0000000000000001e-126  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.295891  normal  0.841285 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2461  DNA ligase, NAD-dependent  39.7 
 
 		 670 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.360751  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0568  NAD-dependent DNA ligase  41.02 
 
 		 680 aa  452  1.0000000000000001e-126  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2024  DNA ligase, NAD-dependent  40.48 
 
 		 691 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1428  DNA ligase, NAD-dependent  39.4 
 
 		 694 aa  452  1.0000000000000001e-126  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0176599  normal  0.198216 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1305  DNA ligase, NAD-dependent  39.27 
 
 		 672 aa  452  1.0000000000000001e-126  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.617786  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2044  DNA ligase, NAD-dependent  40.33 
 
 		 691 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>