More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5500 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_5500  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 190 aa  395  1e-109  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.161362  decreased coverage  0.000153945 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3410  transcriptional regulator, TetR family  46.6 
 
 		 192 aa  189  2e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.208492  normal  1 
 
 
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NC_013132  Cpin_3573  transcriptional regulator, TetR family  40.11 
 
 		 195 aa  143  1e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0355911  normal  0.084172 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4925  TetR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 193 aa  110  9e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4501  putative transcriptional regulator, TetR family  33.16 
 
 		 198 aa  105  4e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.749355 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3301  transcriptional regulator, TetR family  34.21 
 
 		 193 aa  105  6e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000664283 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0716  TetR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 215 aa  103  1e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0418191  n/a   
 
 
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NC_013595  Sros_4260  putative transcriptional regulator, TetR family  35.8 
 
 		 192 aa  103  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370014  normal  0.537998 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0385  transcriptional regulator, TetR family  30.72 
 
 		 219 aa  100  9e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.464521 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1209  TetR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 193 aa  99  4e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0397499 
 
 
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NC_013595  Sros_9334  putative transcriptional regulator, TetR family  30.99 
 
 		 193 aa  99  4e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.913929  normal  0.775461 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4897  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 193 aa  95.5  4e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.684326  normal  0.293164 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5338  TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 213 aa  94  1e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.220511  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5427  TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 213 aa  94  1e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.926308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5717  TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 213 aa  93.6  2e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5917  TetR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 206 aa  93.2  2e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.640474  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3254  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 224 aa  92  4e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0979  TetR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 196 aa  92  5e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4307  TetR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 200 aa  91.7  7e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0504608 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2969  TetR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 222 aa  91.3  7e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4302  transcriptional regulator, TetR family  31.61 
 
 		 192 aa  91.3  7e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.985761  normal  0.0925574 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4319  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 207 aa  89.4  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0481  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 211 aa  89.4  3e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010338  Caul_4047  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 205 aa  88.6  6e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.866362  normal  0.450827 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1617  TetR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 202 aa  88.2  6e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0133761 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0224  transcriptional regulator, TetR-family  29.08 
 
 		 192 aa  87.8  1e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2529  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 194 aa  86.3  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013440  Hoch_5198  transcriptional regulator, TetR family  25.58 
 
 		 193 aa  86.3  3e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2864  TetR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 203 aa  86.3  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.037684 
 
 
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NC_013947  Snas_4082  transcriptional regulator, TetR family  23.83 
 
 		 193 aa  85.5  4e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.129417  normal  0.830605 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0531  TetR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 218 aa  85.5  4e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1495  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 204 aa  85.1  5e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000123966  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3345  transcriptional regulator, TetR family  28.24 
 
 		 191 aa  85.5  5e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2793  TetR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 214 aa  85.5  5e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0944  TetR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 193 aa  84.7  7e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010184  BcerKBAB4_3000  TetR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 193 aa  84.7  7e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000368141  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2955  TetR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 193 aa  84.7  7e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1478  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 188 aa  84.7  7e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.182244  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5134  transcriptional regulator, TetR family  28.11 
 
 		 197 aa  84.7  8e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5058  transcriptional regulator, TetR family  31.79 
 
 		 195 aa  84.3  9e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1578  TetR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 203 aa  84  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3494  TetR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 210 aa  84  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1179  transcriptional regulator, TetR family  27.92 
 
 		 198 aa  84.3  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.288888  normal  0.322158 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3078  regulatory protein, TetR  26.25 
 
 		 203 aa  84.3  0.000000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.745436  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2545  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 194 aa  84  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1977  transcriptional regulator, TetR family  27.55 
 
 		 193 aa  83.2  0.000000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0815  TetR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 196 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.642279  normal  0.93191 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2692  TetR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 193 aa  83.6  0.000000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.504761 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2892  TetR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 194 aa  83.6  0.000000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.227449 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2694  TetR family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 203 aa  83.2  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357406 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1144  TetR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 206 aa  83.2  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00178929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0716  TetR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 195 aa  83.2  0.000000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.359164  normal  1 
 
 
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NC_008709  Ping_2903  transcriptional regulator of TetR family protein  32.53 
 
 		 196 aa  83.2  0.000000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.453644  normal  0.873941 
 
 
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NC_009664  Krad_2189  transcriptional regulator, TetR family  28.72 
 
 		 202 aa  83.2  0.000000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2985  TetR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 193 aa  82.8  0.000000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000207551  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000004  transcriptional regulator  31.95 
 
 		 191 aa  82.8  0.000000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012850  Rleg_0959  transcriptional regulator, TetR family  27.65 
 
 		 219 aa  82  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.783426  normal  1 
 
 
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NC_010676  Bphyt_7235  transcriptional regulator, TetR family  35.2 
 
 		 204 aa  81.6  0.000000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008321  Shewmr4_1072  TetR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 206 aa  82  0.000000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000136093  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0160  transcriptional regulator, TetR family  28.65 
 
 		 193 aa  81.6  0.000000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0446  TetR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 204 aa  81.6  0.000000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05594  transcriptional regulator  31.36 
 
 		 191 aa  81.3  0.000000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1076  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 206 aa  81.3  0.000000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1395  TetR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 202 aa  81.3  0.000000000000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0418723  normal  0.76235 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3182  TetR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 207 aa  80.5  0.00000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3183  TetR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 207 aa  80.5  0.00000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4262  TetR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 226 aa  80.9  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011663  Sbal223_1186  transcriptional regulator, TetR family  25.62 
 
 		 206 aa  80.9  0.00000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3326  TetR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 207 aa  80.5  0.00000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4123  TetR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 204 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05760  Transcriptional regulatory protein, TetR family  32.5 
 
 		 195 aa  80.9  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.466087  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2606  transcriptional regulator, TetR family  27.6 
 
 		 209 aa  80.1  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.417971  n/a   
 
 
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NC_005945  BAS0948  TetR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 191 aa  79.7  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.627177  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1013  TetR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 191 aa  79.7  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1181  transcriptional regulator, TetR family  30.67 
 
 		 191 aa  79.7  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000215765  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3433  TetR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 193 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.389542  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2964  transcriptional regulator, TetR family  29.83 
 
 		 195 aa  79.7  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0240167  normal  0.157932 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2762  TetR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 203 aa  79.7  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4399  transcriptional regulator, TetR family  26.77 
 
 		 200 aa  80.1  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5717  transcriptional regulator, TetR family  34.93 
 
 		 156 aa  79.7  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0969  TetR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 202 aa  79.3  0.00000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021423 
 
 
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NC_008391  Bamb_3672  TetR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 188 aa  79.3  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6904  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3554  transcriptional regulator, TetR family  30.18 
 
 		 217 aa  79  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010581  Bind_2355  TetR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 201 aa  78.6  0.00000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.552854 
 
 
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NC_007948  Bpro_0534  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 196 aa  78.2  0.00000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00215663  normal  1 
 
 
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NC_007949  Bpro_5182  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 196 aa  78.2  0.00000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000128547  normal  0.266544 
 
 
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NC_010552  BamMC406_4144  TetR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 188 aa  77.8  0.00000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.188303  normal  0.0621662 
 
 
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NC_010623  Bphy_4679  TetR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 193 aa  77.8  0.00000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.136213 
 
 
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NC_011368  Rleg2_5165  transcriptional regulator, TetR family  29.52 
 
 		 194 aa  77.4  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.707616 
 
 
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NC_008048  Sala_2260  TetR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 214 aa  77.4  0.0000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0561114  normal  0.813784 
 
 
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NC_009092  Shew_2729  TetR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 196 aa  77  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621665 
 
 
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NC_009997  Sbal195_1418  TetR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 196 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011369  Rleg2_0839  transcriptional regulator, TetR family  26.32 
 
 		 203 aa  75.9  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009052  Sbal_1395  TetR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 196 aa  75.9  0.0000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009484  Acry_3101  TetR family transcriptional regulator  25.54 
 
 		 212 aa  76.3  0.0000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011004  Rpal_3430  transcriptional regulator, TetR family  27.11 
 
 		 195 aa  76.3  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.842575  n/a   
 
 
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NC_013037  Dfer_2332  transcriptional regulator, TetR family  24.12 
 
 		 193 aa  75.1  0.0000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.950158  normal  1 
 
 
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NC_009665  Shew185_1379  TetR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 196 aa  75.1  0.0000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009621  Smed_5330  TetR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 188 aa  75.1  0.0000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.733819 
 
 
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NC_011205  SeD_A2156  TetR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 211 aa  75.1  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000133556 
 
 
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