More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ccur_08010 on replicon NC_013170
Organism: Cryptobacterium curtum DSM 15641



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013170  Ccur_08010  tRNA pseudouridine 55 synthase  100 
 
 		 340 aa  694    Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.608305 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09390  tRNA pseudouridine 55 synthase  49.25 
 
 		 334 aa  304  1.0000000000000001e-81  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.86572 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1807  tRNA pseudouridine synthase B  49.4 
 
 		 340 aa  303  2.0000000000000002e-81  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.098308  normal  0.268652 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0827  tRNA pseudouridine synthase B  35.42 
 
 		 313 aa  198  9e-50  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000378584 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  43.22 
 
 		 302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  46.54 
 
 		 293 aa  179  7e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  45.02 
 
 		 302 aa  178  1e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1449  tRNA pseudouridine synthase B  41.15 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00175949  normal  0.371099 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  42.7 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  45.95 
 
 		 299 aa  172  5e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  43.17 
 
 		 295 aa  172  5.999999999999999e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  40.24 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  42.73 
 
 		 307 aa  171  2e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  42.2 
 
 		 307 aa  170  3e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  42.92 
 
 		 241 aa  170  4e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  40.85 
 
 		 298 aa  169  9e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  41.05 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  41.34 
 
 		 297 aa  168  1e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  41.34 
 
 		 297 aa  168  1e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  41.34 
 
 		 297 aa  168  1e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  40.61 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  41.05 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  42.73 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  42.86 
 
 		 299 aa  168  2e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3908  tRNA pseudouridine synthase B  40.61 
 
 		 307 aa  168  2e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.857105  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  41.05 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  40.47 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  41.05 
 
 		 307 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  41.05 
 
 		 307 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  41.05 
 
 		 307 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1642  tRNA pseudouridine synthase B  41.31 
 
 		 283 aa  166  5e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  39.3 
 
 		 307 aa  166  5e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  43.46 
 
 		 297 aa  164  1.0000000000000001e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1213  tRNA pseudouridine synthase B  45.02 
 
 		 325 aa  164  2.0000000000000002e-39  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5115  tRNA pseudouridine synthase B  43.58 
 
 		 310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.135033  normal  0.0750927 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2158  tRNA pseudouridine synthase B  40.24 
 
 		 299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285493  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  39.83 
 
 		 302 aa  163  4.0000000000000004e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  44.26 
 
 		 304 aa  163  4.0000000000000004e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3960  tRNA pseudouridine synthase B  43.56 
 
 		 304 aa  163  4.0000000000000004e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1514  tRNA pseudouridine synthase B  40.16 
 
 		 336 aa  163  5.0000000000000005e-39  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1313  pseudouridine synthase  33.12 
 
 		 298 aa  163  5.0000000000000005e-39  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.702604  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0059  tRNA pseudouridine synthase B  40.81 
 
 		 366 aa  162  8.000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1432  tRNA pseudouridine synthase B  43.52 
 
 		 322 aa  162  9e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000149867 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1125  tRNA pseudouridine synthase B  38.35 
 
 		 303 aa  162  1e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2073  tRNA pseudouridine synthase B  41.78 
 
 		 306 aa  160  3e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.427039 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1045  tRNA pseudouridine synthase B  42.6 
 
 		 300 aa  160  3e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.128429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  37.6 
 
 		 291 aa  160  4e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  41.12 
 
 		 294 aa  160  4e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17741  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  36.36 
 
 		 314 aa  160  4e-38  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.971864 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1144  tRNA pseudouridine synthase B  41.89 
 
 		 315 aa  159  5e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.431473  normal  0.105946 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  38.3 
 
 		 302 aa  159  5e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4620  tRNA pseudouridine synthase B  40.79 
 
 		 335 aa  159  7e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29706  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2293  tRNA pseudouridine synthase B  39.82 
 
 		 299 aa  159  8e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  39.18 
 
 		 371 aa  159  9e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  35.74 
 
 		 309 aa  158  1e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  39.3 
 
 		 313 aa  158  1e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1512  tRNA pseudouridine synthase B  45.21 
 
 		 303 aa  159  1e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.467082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2801  tRNA pseudouridine synthase B  43.11 
 
 		 298 aa  158  1e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.404125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0918  tRNA pseudouridine synthase B  36.36 
 
 		 314 aa  157  2e-37  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  40.81 
 
 		 293 aa  157  2e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0761  tRNA pseudouridine synthase B  41.02 
 
 		 312 aa  157  2e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.634886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2609  tRNA pseudouridine synthase B  41.41 
 
 		 354 aa  157  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0543  tRNA pseudouridine synthase B  38.49 
 
 		 302 aa  157  3e-37  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0888324  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1727  tRNA pseudouridine synthase B  40.31 
 
 		 297 aa  157  3e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  39.38 
 
 		 289 aa  157  3e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  39.57 
 
 		 304 aa  156  4e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  39.15 
 
 		 299 aa  156  5.0000000000000005e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  42.52 
 
 		 306 aa  156  6e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2749  tRNA pseudouridine synthase B  38.19 
 
 		 309 aa  156  6e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05391  tRNA pseudouridine synthase B  41.05 
 
 		 323 aa  155  7e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3007  tRNA pseudouridine synthase B  36.77 
 
 		 322 aa  155  9e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  41.89 
 
 		 299 aa  155  1e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1336  tRNA pseudouridine synthase B  46.08 
 
 		 305 aa  154  1e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0671374  hitchhiker  0.00117638 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0438  tRNA pseudouridine synthase B  39.46 
 
 		 366 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  39.51 
 
 		 363 aa  154  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0229  tRNA pseudouridine synthase B  38.05 
 
 		 368 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00860319  normal  0.483452 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2319  tRNA pseudouridine synthase B  37.17 
 
 		 301 aa  154  2e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.163994  hitchhiker  0.00744574 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2205  tRNA pseudouridine synthase B  36.17 
 
 		 318 aa  154  2.9999999999999998e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.344514  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  40.65 
 
 		 303 aa  154  2.9999999999999998e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0033  tRNA pseudouridine synthase B  40.71 
 
 		 412 aa  153  2.9999999999999998e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  44.7 
 
 		 289 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11500  tRNA pseudouridine 55 synthase  33.64 
 
 		 348 aa  154  2.9999999999999998e-36  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0558927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0076  tRNA pseudouridine synthase B  37.89 
 
 		 359 aa  153  4e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.225671  normal  0.908993 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  41.1 
 
 		 302 aa  153  4e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  38.96 
 
 		 294 aa  153  4e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14011  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  36.68 
 
 		 309 aa  153  4e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.276631 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03033  tRNA pseudouridine synthase B  37.96 
 
 		 314 aa  153  5e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.975802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0539  tRNA pseudouridine synthase B  37.96 
 
 		 314 aa  153  5e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3358  tRNA pseudouridine synthase B  37.96 
 
 		 314 aa  153  5e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.928747  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2131  tRNA pseudouridine synthase B  39.24 
 
 		 315 aa  152  5e-36  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.222918  normal  0.419239 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0532  tRNA pseudouridine synthase B  37.96 
 
 		 314 aa  153  5e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405191 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02984  hypothetical protein  37.96 
 
 		 314 aa  153  5e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3462  tRNA pseudouridine synthase B  37.96 
 
 		 314 aa  153  5e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.266438 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 309 aa  152  5.9999999999999996e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3605  tRNA pseudouridine synthase B  37.96 
 
 		 314 aa  152  8e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0603  tRNA pseudouridine synthase B  37.67 
 
 		 351 aa  152  8e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3603  tRNA pseudouridine synthase B  34.98 
 
 		 314 aa  152  8e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0328137 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0482  tRNA pseudouridine synthase B  39.01 
 
 		 387 aa  152  8e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.266724  normal  0.260963 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  36.73 
 
 		 314 aa  152  8.999999999999999e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1357  tRNA pseudouridine synthase B  36.05 
 
 		 305 aa  152  1e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.531893  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>