234 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_4410 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_4410  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 347 aa  722    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.440663 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4420  extracellular solute-binding protein  85.09 
 
 		 342 aa  613  9.999999999999999e-175  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4380  extracellular solute-binding protein  54.79 
 
 		 347 aa  398  9.999999999999999e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6543  extracellular solute-binding protein family 1  51.8 
 
 		 407 aa  365  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0438593 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7049  extracellular solute-binding protein  50.29 
 
 		 354 aa  363  2e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.479015 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2702  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  52.66 
 
 		 383 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5999  extracellular solute-binding protein  51.52 
 
 		 362 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.281164  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1897  extracellular solute-binding protein family 1  52.83 
 
 		 355 aa  355  6.999999999999999e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.179851  normal  0.425748 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0200  extracellular solute-binding protein  45.85 
 
 		 345 aa  331  1e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.521347 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2705  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  45.35 
 
 		 342 aa  329  5.0000000000000004e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0128801  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1837  ABC transporter substrate-binding protein  47.59 
 
 		 335 aa  328  8e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.695215 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8307  ABC transporter substrate-binding protein  44.8 
 
 		 344 aa  298  8e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0387111  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2518  bacterial extracellular solute-binding domain protein  39.23 
 
 		 350 aa  259  4e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.27383  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2329  extracellular solute-binding protein  38.64 
 
 		 350 aa  258  1e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0708409  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3211  extracellular solute-binding protein  39.54 
 
 		 347 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.459481  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0752  extracellular solute-binding protein  41.82 
 
 		 374 aa  257  2e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3941  extracellular solute-binding protein  41.41 
 
 		 355 aa  254  1.0000000000000001e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.949647 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0302  extracellular solute-binding protein family 1  40.43 
 
 		 358 aa  245  6.999999999999999e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0883  extracellular solute-binding protein  40.62 
 
 		 355 aa  243  5e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4433  extracellular solute-binding protein  39.25 
 
 		 355 aa  237  2e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.23021  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6496  ABC transporter substrate-binding protein  38.2 
 
 		 348 aa  230  2e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4734  extracellular solute-binding protein  37.92 
 
 		 348 aa  218  2e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.303648  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3629  extracellular solute-binding protein  37.92 
 
 		 348 aa  218  2e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.511421 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4425  extracellular solute-binding protein family 1  38.53 
 
 		 348 aa  209  5e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.581143 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3535  extracellular solute-binding protein  37.96 
 
 		 348 aa  208  9e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.472326  normal  0.818839 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5370  extracellular solute-binding protein  37.96 
 
 		 348 aa  208  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.773263  normal  0.615146 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5064  extracellular solute-binding protein  37.92 
 
 		 350 aa  208  1e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.260672 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0745  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  37.31 
 
 		 348 aa  205  8e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.667249  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6624  extracellular solute-binding protein  36.61 
 
 		 348 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.948879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3187  putative ABC transporter substrate-binding protein  31.21 
 
 		 349 aa  149  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1248  extracellular solute-binding protein  32.73 
 
 		 347 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.432427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4043  extracellular solute-binding protein  30.88 
 
 		 348 aa  143  5e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0937845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7193  ABC transporter substrate-binding protein  30.95 
 
 		 348 aa  142  6e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.57881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5047  extracellular solute-binding protein  28.27 
 
 		 338 aa  117  3e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0495  spermidine/putrescine ABC transporter substrate-binding protein  28.75 
 
 		 344 aa  100  4e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.44949 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4156  extracellular solute-binding protein  26.32 
 
 		 358 aa  97.1  4e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3636  extracellular solute-binding protein  25.21 
 
 		 343 aa  97.1  4e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93135  normal  0.343272 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3160  extracellular solute-binding protein  28.92 
 
 		 345 aa  92.4  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00659585 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4605  extracellular solute-binding protein  22.83 
 
 		 340 aa  91.7  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2419  putative spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  26.14 
 
 		 354 aa  90.9  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3515  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic binding protein  28.27 
 
 		 345 aa  89.4  9e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1649  extracellular solute-binding protein family 1  25.58 
 
 		 346 aa  87.8  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.316325 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5508  extracellular solute-binding protein family 1  24.41 
 
 		 347 aa  87.8  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0465771 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4325  spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  25.44 
 
 		 346 aa  85.5  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0759269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3234  extracellular solute-binding protein  26.6 
 
 		 345 aa  84.3  0.000000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0952869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2020  extracellular solute-binding protein  27.97 
 
 		 363 aa  81.6  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.536453  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3159  extracellular solute-binding protein family 1  23.08 
 
 		 340 aa  79  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4681  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 343 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2854  putative spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  24.61 
 
 		 367 aa  77.8  0.0000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404932  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6274  extracellular solute-binding protein  26.83 
 
 		 365 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.283816  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3397  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  27.27 
 
 		 347 aa  77  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4968  extracellular solute-binding protein family 1  27.64 
 
 		 364 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0985864  normal  0.213163 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1682  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  27.76 
 
 		 364 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.551017 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3042  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 347 aa  75.9  0.0000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0963971  normal  0.874753 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1812  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  24.23 
 
 		 341 aa  75.1  0.000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.98446  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4943  extracellular solute-binding protein  24.93 
 
 		 340 aa  75.1  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0783  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  25.52 
 
 		 323 aa  73.9  0.000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1563  ABC transporter, substrate-binding protein  23.62 
 
 		 341 aa  73.2  0.000000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1866  putative ABC transporter, substrate-binding protein  23.93 
 
 		 341 aa  72.8  0.000000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1753  putative ABC transporter, substrate-binding protein  23.93 
 
 		 341 aa  72.4  0.000000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3590  putative ABC transporter, substrate-binding protein  24.22 
 
 		 341 aa  72.8  0.000000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6719  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  25.71 
 
 		 365 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0109692  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1991  extracellular solute-binding protein family 1  25.55 
 
 		 342 aa  72  0.00000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000248153  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8489  extracellular solute-binding protein family 1  23.12 
 
 		 346 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.504362  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1463  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  22.12 
 
 		 354 aa  72.4  0.00000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3232  extracellular solute-binding protein  27.82 
 
 		 343 aa  72  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.587408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1477  ABC transporter, substrate-binding protein  23.81 
 
 		 348 aa  72  0.00000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0040976  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1611  extracellular solute-binding protein  23.93 
 
 		 341 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.257155  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2577  extracellular solute-binding protein  25.47 
 
 		 343 aa  70.9  0.00000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1235  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  25.95 
 
 		 378 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0258695  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0720  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.45 
 
 		 341 aa  69.3  0.00000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.631762  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0863  extracellular solute-binding protein  23.96 
 
 		 355 aa  68.2  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1611  ABC transporter substrate-binding protein  24.23 
 
 		 341 aa  67.4  0.0000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.791321  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5874  extracellular solute-binding protein  25.35 
 
 		 341 aa  67  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1735  ABC transporter substrate-binding protein  24.23 
 
 		 341 aa  67.4  0.0000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.313912  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0676  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.14 
 
 		 341 aa  67  0.0000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1572  ABC transporter, substrate-binding protein  24.23 
 
 		 341 aa  67  0.0000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3281  extracellular solute-binding protein  22.83 
 
 		 343 aa  66.6  0.0000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0857  extracellular solute-binding protein  25.51 
 
 		 355 aa  65.9  0.0000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3752  extracellular solute-binding protein  25.16 
 
 		 342 aa  65.5  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.236177  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1221  extracellular solute-binding protein family 1  23.45 
 
 		 326 aa  65.1  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.141693  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8173  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  22.4 
 
 		 344 aa  65.1  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3115  extracellular solute-binding protein  23.78 
 
 		 342 aa  64.3  0.000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0701659  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1786  putative ABC transporter, substrate-binding protein  23.93 
 
 		 341 aa  64.3  0.000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3744  twin-arginine translocation pathway signal  24.19 
 
 		 345 aa  63.2  0.000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7064  extracellular solute-binding protein  25.5 
 
 		 353 aa  62.8  0.000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0311  ABC transporter periplasmic-binding protein  25.16 
 
 		 325 aa  62.4  0.00000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000568515  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4469  twin-arginine translocation pathway signal  24.52 
 
 		 367 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.290922  normal  0.355969 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3231  extracellular solute-binding protein family 1  26.33 
 
 		 325 aa  60.5  0.00000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.416701  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1097  extracellular solute-binding protein family 1  22.73 
 
 		 337 aa  60.1  0.00000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0890714  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0435  extracellular solute-binding protein, family 1  25.47 
 
 		 343 aa  59.7  0.00000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1761  extracellular solute-binding protein family 1  22.74 
 
 		 341 aa  58.9  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.893641  normal  0.0475771 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1032  extracellular solute-binding protein  26.97 
 
 		 341 aa  58.5  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.284122  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6060  extracellular solute-binding protein family 1  25.78 
 
 		 340 aa  58.2  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1463  extracellular solute-binding protein  25.99 
 
 		 326 aa  58.5  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.512158  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0544  extracellular solute-binding protein  25.17 
 
 		 322 aa  57  0.0000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04830  ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component  23.76 
 
 		 359 aa  57  0.0000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1772  extracellular solute-binding protein family 1  24.68 
 
 		 344 aa  55.8  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.320595  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1048  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  29.21 
 
 		 345 aa  55.5  0.000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00610599  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1064  extracellular solute-binding protein  26.03 
 
 		 374 aa  55.5  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000691325  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>